Направления исследований
Большие данные о старении
Извлекаем ответы из открытых данных. Клеточные атласы позволяют выбрать ткань, тип клеток и ген, сравнить группы и найти закономерность для проверки.

Что можно извлечь из данных
Старение и продолжительность жизни
- Open Genes
Гены старения и эксперименты, в которых изменение их активности меняло продолжительность жизни или возрастные признаки.
- GenAge
Гены, связанные со старением человека, и гены, меняющие продолжительность жизни модельных организмов.
- AnAge
Максимальная продолжительность жизни, масса тела и сроки созревания более 4000 видов животных.
- DrugAge
Вещества, продлевавшие жизнь модельным организмам, с дозой, видом и величиной эффекта.
- GenDR
Гены, от которых зависит продление жизни при ограничении калорийности.
- CellAge
Гены, которые запускают или подавляют клеточное старение.
- LongevityMap
Генетические варианты, проверенные на связь с долголетием человека, включая отрицательные результаты.
- SynergyAge
Продолжительность жизни модельных организмов при сочетании нескольких генетических вмешательств.
- Aging Atlas
Данные об активности генов, эпигенетике и белках при старении, собранные из многих исследований.
- Interventions Testing Program
Проверка веществ на продолжительность жизни генетически разнородных мышей одновременно в трёх лабораториях.
- Mouse Phenome Database
Продолжительность жизни и признаки разных линий мышей, включая исходные данные Interventions Testing Program.
- ClockBase
Биологический возраст образцов человека и мыши из открытых данных метилирования ДНК, рассчитанный многими эпигенетическими часами.
- Human Mortality Database
Смертность и продолжительность жизни по странам, годам, полу и возрасту.
- International Database on Longevity
Проверенные сведения о возрасте людей, проживших 105, 110 лет и дольше.
Клетки, ткани и молекулы
- Tabula Muris Senis
Активность генов в отдельных клетках 23 тканей и органов мышей в возрасте от 1 до 30 месяцев.
- Tabula Sapiens
Атлас типов клеток многих органов, взятых у одних и тех же людей.
- Human Cell Atlas
Данные об отдельных клетках тканей человека из проектов международного консорциума.
- CZ CELLxGENE Discover
Стандартизованные данные об отдельных клетках, в которых активность гена можно сравнить по тканям, типам клеток и группам доноров.
- GTEx
Активность генов в 54 тканях почти тысячи доноров от 20 до 79 лет и генетические варианты, которые её меняют.
- Human Protein Atlas
Расположение каждого белка человека в тканях, клетках и внутриклеточных структурах.
- GEO
Архив экспериментов по активности генов и эпигенетике, включая множество сравнений молодых и старых образцов.
- ArrayExpress
Европейский архив экспериментов функциональной геномики с описаниями образцов.
- SRA
Исходные данные секвенирования для повторной обработки.
- PRIDE
Исходные данные протеомных экспериментов.
- MetaboLights
Исходные данные метаболомных экспериментов.
- HMDB
Метаболиты человека и их концентрации в крови, моче и тканях.
Геномы и наблюдения за людьми
- UK Biobank
Геномы, анализы крови, белки плазмы, снимки и медицинские записи 500 тысяч человек, доступ по заявке.
- NHANES
Обследования и анализы жителей США, связанные с данными о смертности. На них обучены часы биологического возраста PhenoAge.
- Health and Retirement Study
Многолетние наблюдения за здоровьем, доходами и памятью американцев старше 50 лет, включая метилирование ДНК.
- Baltimore Longitudinal Study of Aging
Повторные обследования одних и тех же людей с 1958 года, доступ по заявке.
- All of Us
Геномы, медицинские записи и данные носимых устройств сотен тысяч жителей США.
- FinnGen
Связи генетических вариантов с тысячами диагнозов в финской популяции. Сводные результаты открыты.
- GWAS Catalog
Опубликованные связи генетических вариантов с признаками, включая продолжительность жизни и долголетие родителей.
- gnomAD
Частоты генетических вариантов у сотен тысяч людей и устойчивость каждого гена к потере функции.
- ClinVar
Клиническое значение вариантов генов человека.
- dbGaP
Индивидуальные данные крупных когорт, например Фрамингемского исследования, доступ по заявке.
Белки, структуры и пути
- UniProt
Функции, домены, модификации и варианты белков.
- AlphaFold DB
Предсказанные структуры более 200 миллионов белков.
- RCSB PDB
Экспериментально определённые структуры белков и их комплексов с малыми молекулами.
- STRING
Известные и предсказанные взаимодействия белков.
- Reactome
Сигнальные и метаболические пути человека, расписанные по отдельным реакциям.
- KEGG
Карты метаболических и сигнальных путей многих организмов.
- Gene Ontology
Функции генов в едином словаре для анализа обогащения.
Вещества, лекарства и испытания
- ChEMBL
Измеренная активность миллионов соединений в отношении белков-мишеней.
- DrugBank
Одобренные и экспериментальные лекарства, их мишени, метаболизм и взаимодействия.
- PubChem
Химические соединения, их свойства и результаты биологических скринингов.
- Connectivity Map (LINCS)
Изменения активности генов в клетках под действием тысяч веществ. Помогает искать вещества, сдвигающие состояние клеток к молодому.
- Open Targets
Доказательства связи мишеней с болезнями из генетики, экспериментов и публикаций.
- FAERS
Сообщения о нежелательных реакциях на лекарства, поступившие в Управление по контролю за продуктами и лекарствами США (FDA).
- ClinicalTrials.gov
Зарегистрированные клинические испытания с дизайном, статусом и результатами.
- WHO ICTRP
Испытания из национальных регистров разных стран в едином поиске Всемирной организации здравоохранения.
Модельные организмы и сравнение видов
- WormBase
Гены, мутанты и фенотипы нематоды Caenorhabditis elegans, включая продолжительность жизни.
- FlyBase
Гены, линии и фенотипы плодовой мушки Drosophila melanogaster.
- MGI
Гены мыши и признаки линий с выключенными генами.
- SGD
Гены и фенотипы пекарских дрожжей, включая репликативную продолжительность жизни.
- Ensembl
Геномы позвоночных и соответствие генов между видами для сравнения долгоживущих и короткоживущих животных.
Публикации, гранты и патенты
- PubMed
Рефераты и описания более 37 миллионов биомедицинских публикаций.
- PubMed Central
Полные тексты статей в открытом доступе.
- Europe PMC
Полные тексты и препринты с автоматически размеченными генами, болезнями и веществами.
- bioRxiv
Препринты по биологии до рецензирования.
- medRxiv
Препринты по медицине и клиническим исследованиям до рецензирования.
- OpenAlex
Связи статей, авторов, организаций, цитирований и источников финансирования.
- NIH RePORTER
Проекты, финансируемые Национальными институтами здравоохранения США (NIH), с суммами, исполнителями и публикациями.
- The Lens
Патенты и научные статьи со связями между ними.
Поиск ответов в клеточных атласах
Начать исследование можно с уже собранных данных. Клеточные атласы показывают, какие клетки образуют ткань и какие гены в них активны. Выбирая возраст, ткань и тип клеток, можно проверить свою гипотезу, найти необычную группу клеток или определить мишень для эксперимента. В базе данных собраны атласы с описанием возможностей, ограничений и переходом к исходным измерениям.
Научные результаты
Атлас Tabula Muris Senis содержит данные более чем о 350 тысячах клеток из 23 тканей и органов мышей разных возрастов. Он помогает различать изменения внутри клеток одного типа и изменения долей разных типов клеток в ткани. При усреднении измерений по целой ткани эти процессы могут выглядеть сходно.
Что остаётся выяснить
Большое число изученных клеток может происходить от небольшого числа животных. Поэтому надёжность выводов зависит и от числа независимых организмов в выборке. Закономерности нужно проверять на других животных, а их применимость к человеку требует отдельных исследований.
Следующий шаг в исследовании
Выбрать в открытом атласе признак, связанный с возрастом, и проверить, обнаруживается ли та же закономерность в независимом наборе данных. Затем выяснить экспериментально, меняет ли воздействие на связанный с этим признаком процесс работу ткани.
Предложения экспериментовМесто в общей стратегии
Презентация связывает прогресс с удешевлением измерений, автоматизацией и повторным использованием биологических данных. Здесь мы разбираем, как эти ресурсы превращаются в надёжное, проверяемое знание.
Презентация «Спектр борьбы со смертью»