В реальном времени·Открытые вопросы в исследованиях долголетия
Вопросы

Открытый научный вопрос

Завершение воспаления способствует образованию рубцов или предотвращает его?

Научная формулировка вопросаУсиливают или ослабляют сигналы разрешения воспаления секрецию белка, способствующего рубцеванию, макрофагами человека, участвующими в восстановлении тканей?

Предполагаемая последовательность начинается с сигнала, меняющего активность иммунных клеток, которые очищают ткань. Эти клетки должны удалять клеточные остатки, сохраняя выделение сигналов, способствующих рубцеванию, ниже уровня, достаточного для активации фибробластов.

Полное обоснование

Если то же воздействие повышает секрецию TGF-β1, то состояние клеток, связанное с восстановлением, можно ошибочно принять за свидетельство восстановления ткани без рубцевания. Если секреция снижается, ошибочным может оказаться и предположение о том, что активность, связанная с восстановлением, обязательно усиливает этот сигнал рубцевания. Каждое из этих направлений изменения секреции само по себе оставляет открытым вопрос о восстановлении среды, поддерживающей стволовые клетки.

Полная формулировка вопроса

Вопрос состоит в том, повышают или снижают сигналы, способствующие завершению воспаления, секрецию белка, который может способствовать рубцеванию. Точнее, требуется выяснить, вызывают ли специализированные медиаторы разрешения воспаления (SPMs) переход макрофагов ниши стволовых клеток человека в связанное с восстановлением состояние M2 и меняют ли они секрецию трансформирующего фактора роста бета 1 (TGF-β1) по сравнению с сопоставимыми клетками, которые такому воздействию не подвергались. Вопрос основан на предположении, что у африканских иглистых мышей химическая метка в полусайте связывания фактора регуляции интерферона 4 (IRF4) позволяет разрешению воспаления протекать независимо от рубцевания, а у человека такой механизм отсутствует. Предоставленные источники это предположение не подтверждают. Желаемый результат состоит в удалении клеточных остатков, связанных с сенесцентными клетками, при сохранении фибробластов, образующих рубцовую ткань, в неактивном состоянии.

Конкурирующие гипотезы

Гипотезы предлагают разные механизмы. Сравнение их предсказаний помогает понять, какие наблюдения позволят их различить.

  1. 01Старение может включать механизм подавления фиброза, который у иглистых мышей действует с рожденияСогласно гипотезе, постоянное присутствие итаконата в стареющих макрофагах ниши блокирует TET2 и вызывает метилирование участка связывания IRF4 в энхансере TGFB1. В результате сигналы, способствующие разрешению воспаления, перестают стимулировать образование рубца. Тогда различие между человеком и способной к регенерации иглистой мышью Acomys объяснялось бы возрастными изменениями, а его связь с видовой принадлежностью была бы лишь кажущейся.
  2. 02Согласно гипотезе, сигнал TGF-β1, вызывающий фиброз, блокирует сетка гиалуронана, а не макрофагСогласно гипотезе, TGF-β1, фактор роста, который превращает фибробласты в клетки, формирующие рубцовую ткань, не достигает их, пока плотная околоклеточная оболочка из гиалуронана сверхвысокой молекулярной массы остаётся целой. Предполагается, что с возрастом меняется размер этой сетки, а количество TGF-β1, выделяемого макрофагом, остаётся прежним.
  3. 03Гипотеза о том, что связь разрешения воспаления с фиброзом является артефактом культивирования на пластикеПластик для культивирования клеток в миллион раз жёстче ткани. Согласно гипотезе, уже сама эта жёсткость вызывает перемещение механочувствительного белка YAP в ядро, где он активирует TGFB1 одновременно с программой заживления. На гелях с жёсткостью, соответствующей ткани, эта связь должна исчезнуть. Такой результат означал бы, что в живом организме она отсутствует в клеточной нише у обоих видов.
  4. 04NAD+ может определять участие макрофагов в фиброзе при заживленииСогласно гипотезе, при достаточном количестве метаболического кофактора никотинамидадениндинуклеотида (NAD+) фермент SIRT6 подавляет транскрипцию TGFB1, и макрофаг может способствовать разрешению воспаления, не вызывая рубцевания. С возрастом макрофаги теряют большую часть NAD+, что, по этой гипотезе, снимает подавление транскрипции TGFB1. Восполнение NAD+ должно вновь обеспечить подавление транскрипции TGFB1.
  5. 05Резолвины могут усиливать фиброз в стареющих клетках вместо того, чтобы способствовать его разрешениюСогласно гипотезе, при сниженной чувствительности рецептора FPR2 передача сигнала в ответ на резолвины переключается на путь с преимущественным участием β-arrestin, что усиливает выработку TGF-β1. При таком механизме введение резолвинов, способствующих разрешению воспаления, в стареющую ткань может не просто оказаться неэффективным, но и причинить вред, усилив фиброз.
Каждая карточка представляет опубликованную гипотезу. Если гипотез пока нет, показаны возможные ответы на научный вопрос.

Что результаты скажут о гипотезах

Выберите возможный результат: какую гипотезу он поддержал бы, что предсказывают другие гипотезы и что нужно было бы проверить дальше.

Если получим такой результат
Бисульфитное секвенирование CpG в полусайте IRF4 энхансера TGFB1 в CD163+ макрофагах ниши, выделенных методом флуоресцентно-активируемой сортировки клеток (FACS), покажет метилирование >60% у пожилых доноров (65-75) и <10% у молодых доноров (20-30). Степень метилирования будет обратно коррелировать с секрецией TGF-β1 при стимуляции SPM в опытах по поляризации клеток вне организма. Возможный результат
Поддержало бы гипотезу
Старение может включать механизм подавления фиброза, который у иглистых мышей действует с рождения — Согласно гипотезе, постоянное присутствие итаконата в стареющих макрофагах ниши блокирует TET2 и вызывает метилирование участка связывания IRF4 в энхансере TGFB1. В результате сигналы, способствующие разрешению воспаления, перестают стимулировать образование рубца. Тогда различие между человеком и способной к регенерации иглистой мышью Acomys объяснялось бы возрастными изменениями, а его связь с видовой принадлежностью была бы лишь кажущейся.
Что предсказывают другие гипотезы
  • Согласно гипотезе, сигнал TGF-β1, вызывающий фиброз, блокирует сетка гиалуронана, а не макрофаг — Бисульфитное секвенирование CpG в полусайте связывания IRF4 в энхансере TGFB1 у CD163+ макрофагов тканевой ниши, выделенных методом флуоресцентно-активируемой сортировки клеток (FACS), покажет уровень метилирования >60% у пожилых доноров (65-75 лет) и <10% у молодых доноров (20-30 лет). В опытах по поляризации ex vivo уровень этого метилирования будет обратно коррелировать с секрецией TGF-β1 при стимуляции специализированными медиаторами разрешения воспаления (SPM).
  • Гипотеза о том, что связь разрешения воспаления с фиброзом является артефактом культивирования на пластике — Бисульфитное секвенирование CpG в полусайте связывания IRF4 в энхансере TGFB1 у CD163+ макрофагов тканевой ниши, выделенных методом флуоресцентно-активируемой сортировки клеток (FACS), покажет уровень метилирования >60% у пожилых доноров (65-75 лет) и <10% у молодых доноров (20-30 лет). В опытах по поляризации ex vivo уровень этого метилирования будет обратно коррелировать с секрецией TGF-β1 при стимуляции специализированными медиаторами разрешения воспаления (SPM).
  • NAD+ может определять участие макрофагов в фиброзе при заживлении — Бисульфитное секвенирование CpG в полусайте связывания IRF4 в энхансере TGFB1 у CD163+ макрофагов тканевой ниши, выделенных методом флуоресцентно-активируемой сортировки клеток (FACS), покажет уровень метилирования >60% у пожилых доноров (65-75 лет) и <10% у молодых доноров (20-30 лет). В опытах по поляризации ex vivo уровень этого метилирования будет обратно коррелировать с секрецией TGF-β1 при стимуляции специализированными медиаторами разрешения воспаления (SPM).
  • Резолвины могут усиливать фиброз в стареющих клетках вместо того, чтобы способствовать его разрешению — Бисульфитное секвенирование CpG в полусайте связывания IRF4 в энхансере TGFB1 у CD163+ макрофагов тканевой ниши, выделенных методом флуоресцентно-активируемой сортировки клеток (FACS), покажет уровень метилирования >60% у пожилых доноров (65-75 лет) и <10% у молодых доноров (20-30 лет). В опытах по поляризации ex vivo уровень этого метилирования будет обратно коррелировать с секрецией TGF-β1 при стимуляции специализированными медиаторами разрешения воспаления (SPM).
Что проверить дальше
Повышает или снижает воздействие специализированных медиаторов разрешения воспаления секрецию TGF-β1 при переходе макрофагов ниши стволовых клеток человека в состояние M2, связанное с восстановлением тканей?

Здесь рассматриваются возможные результаты. Выбор показывает, какие выводы из них следовали бы; он не подтверждает гипотезу и не меняет её оценку.

Сравнение гипотез

Сопоставьте предлагаемые механизмы, различия в предсказаниях и наблюдения, которые ослабили бы каждую гипотезу.

01

Старение может включать механизм подавления фиброза, который у иглистых мышей действует с рождения

Информация и восприятие сигналов
Предлагаемый механизм

Согласно гипотезе, постоянное присутствие итаконата в стареющих макрофагах ниши блокирует TET2 и вызывает метилирование участка связывания IRF4 в энхансере TGFB1.

Полный текст

Согласно гипотезе, в макрофагах ниши человека совместное связывание IRF4 и STAT6 с энхансером TGFB1 зависит от состояния хроматина. Этот механизм динамически регулируется системой итаконат-TET2 и не закреплён постоянно в одном состоянии: постоянная активность системы IRG1-итаконат в стареющих макрофагах подавляет TET2 и вызывает гиперметилирование CpG в полусайте связывания IRF4 в энхансере TGFB1. Предполагается, что в результате макрофаги пожилых людей переходят в состояние, сходное с состоянием макрофагов Acomys. В этом состоянии разрешение воспаления разобщено с фиброзом; у молодых людей такой переход, согласно гипотезе, отсутствует. Поэтому гипотеза предсказывает, что поляризация макрофагов ниши пожилого человека в состояние M2 под действием специализированных медиаторов разрешения воспаления (SPM) не повышает секрецию TGF-β1: хроническое присутствие итаконата одновременно нарушает эффероцитоз, то есть поглощение погибших клеток, и вызывает метилирование участка совместного связывания IRF4 и STAT6 в энхансере TGFB1. В таком случае наблюдаемое межвидовое различие объяснялось бы возрастными различиями эпигенетического состояния.

Чем отличается её предсказание

Бисульфитное секвенирование CpG в полусайте IRF4 энхансера TGFB1 в CD163+ макрофагах ниши, выделенных методом флуоресцентно-активируемой сортировки клеток (FACS), покажет метилирование >60% у пожилых доноров (65-75) и <10% у молодых доноров (20-30).

Полный текст

Степень метилирования будет обратно коррелировать с секрецией TGF-β1 при стимуляции SPM в опытах по поляризации клеток вне организма.

Что ослабило бы гипотезу

Согласно гипотезе, сигнал TGF-β1, вызывающий фиброз, блокирует сетка гиалуронана, а не макрофаг даёт другое предсказание: Бисульфитное секвенирование CpG в полусайте связывания IRF4 в энхансере TGFB1 у CD163+ макрофагов тканевой ниши, выделенных методом флуоресцентно-активируемой сортировки клеток (FACS), покажет уровень метилирования >60% у пожилых доноров (65-75 лет) и <10% у молодых доноров (20-30 лет).

Полный текст

В опытах по поляризации ex vivo уровень этого метилирования будет обратно коррелировать с секрецией TGF-β1 при стимуляции специализированными медиаторами разрешения воспаления (SPM).

Гипотеза о том, что связь разрешения воспаления с фиброзом является артефактом культивирования на пластике даёт другое предсказание: Бисульфитное секвенирование CpG в полусайте связывания IRF4 в энхансере TGFB1 у CD163+ макрофагов тканевой ниши, выделенных методом флуоресцентно-активируемой сортировки клеток (FACS), покажет уровень метилирования >60% у пожилых доноров (65-75 лет) и <10% у молодых доноров (20-30 лет). В опытах по поляризации ex vivo уровень этого метилирования будет обратно коррелировать с секрецией TGF-β1 при стимуляции специализированными медиаторами разрешения воспаления (SPM).

NAD+ может определять участие макрофагов в фиброзе при заживлении даёт другое предсказание: Бисульфитное секвенирование CpG в полусайте связывания IRF4 в энхансере TGFB1 у CD163+ макрофагов тканевой ниши, выделенных методом флуоресцентно-активируемой сортировки клеток (FACS), покажет уровень метилирования >60% у пожилых доноров (65-75 лет) и <10% у молодых доноров (20-30 лет). В опытах по поляризации ex vivo уровень этого метилирования будет обратно коррелировать с секрецией TGF-β1 при стимуляции специализированными медиаторами разрешения воспаления (SPM).

Резолвины могут усиливать фиброз в стареющих клетках вместо того, чтобы способствовать его разрешению даёт другое предсказание: Бисульфитное секвенирование CpG в полусайте связывания IRF4 в энхансере TGFB1 у CD163+ макрофагов тканевой ниши, выделенных методом флуоресцентно-активируемой сортировки клеток (FACS), покажет уровень метилирования >60% у пожилых доноров (65-75 лет) и <10% у молодых доноров (20-30 лет). В опытах по поляризации ex vivo уровень этого метилирования будет обратно коррелировать с секрецией TGF-β1 при стимуляции специализированными медиаторами разрешения воспаления (SPM).

02

Согласно гипотезе, сигнал TGF-β1, вызывающий фиброз, блокирует сетка гиалуронана, а не макрофаг

Структура и топология
Предлагаемый механизм

Согласно гипотезе, TGF-β1, фактор роста, который превращает фибробласты в клетки, формирующие рубцовую ткань, не достигает их, пока плотная околоклеточная оболочка из гиалуронана сверхвысокой молекулярной массы остаётся целой.

Полный текст

Согласно гипотезе, связь между специализированными медиаторами разрешения воспаления (SPM) и TGF-β1 теряет значение для активации фибробластов, поскольку TGF-β1, секретируемый макрофагами M2, не достигает фибробластов ниши в функционально значимой концентрации, пока околоклеточная оболочка из гиалуронана сверхвысокой молекулярной массы (ultra-HMW-HA, остаётся целой. Предполагается следующий механизм: TGF-β1, гомодимер массой 25 kDa, удерживается внутри этой гидрогелевой оболочки белком, связывающим латентный TGF-β (LTBP), который связан с гиалуронаном (HA). Для активации TGF-β1 требуется механическое воздействие через интегрин αvβ6, однако податливый барьер из HA препятствует передаче этого воздействия. В этой гипотезе исход определяется распределением HA по молекулярной массе (MW) на границе между макрофагом и фибробластом. Количество TGF-β1, выделяемого макрофагом, не определяет исход: когда в стареющих нишах молекулярная масса HA опускается ниже ~4 MDa, механическая активация TGF-β1 становится возможной независимо от состояния поляризации макрофага.

Чем отличается её предсказание

Гипотеза предсказывает, что в совместных культурах с эксплантатами ниш человека добавление экзогенного гиалуронана сверхвысокой молекулярной массы (ultra-HMW-HA, >6 MDa) на границе между макрофагами и фибробластами заблокирует вызванную TGF-β1 экспрессию α-гладкомышечного актина (αSMA) в фибробластах даже при максимально выраженной поляризации макрофагов в состояние M2 и высокой секреции TGF-β1.

Полный текст

При той же концентрации TGF-β1 в присутствии низкомолекулярного гиалуронана (HA, <500 kDa) активация фибробластов будет возможна.

Что ослабило бы гипотезу

Старение может включать механизм подавления фиброза, который у иглистых мышей действует с рождения даёт другое предсказание: Бисульфитное секвенирование цитозин-гуанинового динуклеотида (CpG) в полусайте связывания IRF4 в энхансере TGFB1 покажет уровень метилирования >60% у пожилых доноров (65-75 лет) и <10% у молодых доноров (20-30 лет).

Полный текст

Исследование проведут на CD163+ макрофагах тканевой ниши, выделенных методом флуоресцентно-активируемой сортировки клеток (FACS). В экспериментах по поляризации ex vivo при стимуляции специализированными медиаторами разрешения воспаления (SPM) будет наблюдаться обратная корреляция между уровнем метилирования и секрецией трансформирующего фактора роста β1 (TGF-β1).

Гипотеза о том, что связь разрешения воспаления с фиброзом является артефактом культивирования на пластике даёт другое предсказание: В совместных культурах эксплантатов тканевых ниш человека добавление экзогенной гиалуроновой кислоты сверхвысокой молекулярной массы (ultra-HMW-HA, >6 MDa) в область контакта макрофагов и фибробластов заблокирует вызванную TGF-β1 экспрессию αSMA в фибробластах даже при максимальной M2-поляризации макрофагов и высокой секреции TGF-β1. В присутствии гиалуроновой кислоты низкой молекулярной массы (HA, <500 kDa) активация фибробластов останется возможной при той же концентрации TGF-β1.

NAD+ может определять участие макрофагов в фиброзе при заживлении даёт другое предсказание: При совместном культивировании эксплантатов тканевых ниш человека добавление экзогенной сверхвысокомолекулярной гиалуроновой кислоты (ultra-HMW-HA, >6 MDa) в область контакта макрофагов и фибробластов заблокирует экспрессию α-гладкомышечного актина (αSMA) в фибробластах, вызываемую трансформирующим фактором роста β1 (TGF-β1), даже при максимальной поляризации макрофагов в состояние M2 и высокой секреции TGF-β1. При той же концентрации TGF-β1 низкомолекулярная гиалуроновая кислота (HA, <500 kDa) позволит фибробластам активироваться.

Резолвины могут усиливать фиброз в стареющих клетках вместо того, чтобы способствовать его разрешению даёт другое предсказание: При совместном культивировании эксплантатов тканевых ниш человека добавление экзогенной сверхвысокомолекулярной гиалуроновой кислоты (ultra-HMW-HA, >6 MDa) в область контакта макрофагов и фибробластов заблокирует экспрессию α-гладкомышечного актина (αSMA) в фибробластах, вызываемую трансформирующим фактором роста β1 (TGF-β1), даже при максимальной поляризации макрофагов в состояние M2 и высокой секреции TGF-β1. При той же концентрации TGF-β1 низкомолекулярная гиалуроновая кислота (HA, <500 kDa) позволит фибробластам активироваться.

03

Гипотеза о том, что связь разрешения воспаления с фиброзом является артефактом культивирования на пластике

Phenomenon does not exist
Предлагаемый механизм

Пластик для культивирования клеток в миллион раз жёстче ткани.

Полный текст

Согласно гипотезе, связь «поляризация в состояние M2 под действием специализированных медиаторов разрешения воспаления (SPM) → TGF-β1», наблюдаемая в стандартных экспериментах с макрофагами человека, представляет собой артефакт клеточной культуры. Предполагается следующий механизм: жёсткость пластика для культивирования клеток (~3 ГПа) вызывает перемещение YAP/TAZ в ядро, что дополнительно активирует транскрипцию TGFB1 независимо от сигнального пути IRF4/STAT6. Эта гипотеза предполагает, что на подложках с физиологической жёсткостью (0,5-5 кПа, что соответствует строме ниши) поляризация в состояние M2 под действием SPM не повышает уровень TGF-β1, поскольку YAP остаётся в цитоплазме. Согласно той же гипотезе, «межвидовое различие» между Acomys и человеком обусловлено различиями в жёсткости подложек: первичные культуры клеток Acomys обычно выращивают на мягких коллагеновых гелях, а макрофаги человека обычно культивируют на пластике. Гипотеза также предполагает, что в живом организме связь M2-TGF-β1 отсутствует у обоих видов.

Чем отличается её предсказание

В макрофагах человека, полученных из моноцитов и поляризованных с помощью резолвина D1 на полиакриламидных гелях с жёсткостью 2 кПа, уровень TGF-β1 повысится менее чем в 2 раза относительно контрольных макрофагов, не подвергавшихся поляризации.

Полный текст

В тех же клетках на пластике для культивирования уровень TGF-β1 повысится более чем в 5 раз относительно соответствующего контроля. При разных значениях жёсткости подложки отношение содержания YAP в ядре к его содержанию в цитоплазме будет коррелировать с количеством выделяемого TGF-β1 (r>0.7).

Что ослабило бы гипотезу

Старение может включать механизм подавления фиброза, который у иглистых мышей действует с рождения даёт другое предсказание: Бисульфитное секвенирование CpG в полусайте связывания IRF4 в энхансере TGFB1 у CD163+ макрофагов ниши, выделенных методом сортировки клеток по интенсивности флуоресценции (FACS), покажет метилирование >60% у пожилых доноров (65-75 лет) и <10% у молодых доноров (20-30 лет).

Полный текст

Уровень метилирования будет обратно коррелировать с секрецией TGF-β1 при стимуляции специализированными медиаторами разрешения воспаления (SPM) в экспериментах по поляризации вне организма.

Согласно гипотезе, сигнал TGF-β1, вызывающий фиброз, блокирует сетка гиалуронана, а не макрофаг даёт другое предсказание: При совместном культивировании эксплантатов тканевых ниш человека добавление экзогенной гиалуроновой кислоты сверхвысокой молекулярной массы (ultra-HMW-HA, >6 MDa) в область взаимодействия макрофагов и фибробластов заблокирует вызванную TGF-β1 экспрессию α-гладкомышечного актина (αSMA) в фибробластах даже при максимальной M2-поляризации макрофагов и высокой секреции TGF-β1. В присутствии низкомолекулярной гиалуроновой кислоты (HA, <500 kDa) фибробласты смогут активироваться при той же концентрации TGF-β1.

NAD+ может определять участие макрофагов в фиброзе при заживлении даёт другое предсказание: У макрофагов, полученных из моноцитов человека и поляризованных под действием резолвина D1 на полиакриламидных гелях жёсткостью 2 кПа, уровень трансформирующего фактора роста β1 (TGF-β1) повысится менее чем в 2 раза по сравнению с неполяризованными контрольными клетками. У таких же клеток на культуральном пластике повышение будет более чем 5-кратным. При разных значениях жёсткости субстрата отношение содержания белка YAP в ядре к его содержанию в цитоплазме будет коррелировать с продукцией TGF-β1 (r>0.7).

Резолвины могут усиливать фиброз в стареющих клетках вместо того, чтобы способствовать его разрешению даёт другое предсказание: У макрофагов, полученных из моноцитов человека и поляризованных под действием резолвина D1 на полиакриламидных гелях жёсткостью 2 кПа, уровень трансформирующего фактора роста β1 (TGF-β1) повысится менее чем в 2 раза по сравнению с неполяризованными контрольными клетками. У таких же клеток на культуральном пластике повышение будет более чем 5-кратным. При разных значениях жёсткости субстрата отношение содержания белка YAP в ядре к его содержанию в цитоплазме будет коррелировать с продукцией TGF-β1 (r>0.7).

04

NAD+ может определять участие макрофагов в фиброзе при заживлении

Ресурсы и энергия
Предлагаемый механизм

Согласно гипотезе, при достаточном количестве метаболического кофактора никотинамидадениндинуклеотида (NAD+) фермент SIRT6 подавляет транскрипцию TGFB1, и макрофаг может способствовать разрешению воспаления, не вызывая рубцевания.

Полный текст

Предлагается следующая гипотеза: продукция TGF-β1 макрофагами человека, поляризованными под действием SPM, регулируется соотношением NAD+/NADH в митохондриях через опосредованное SIRT6 деацетилирование H3K9ac в области промотора TGFB1. Согласно этой гипотезе, в молодых макрофагах с высоким содержанием NAD+ фермент SIRT6 при поляризации по типу M2 сохраняет TGFB1 в состоянии готовности к активации, но подавляет его транскрипцию. При этом SPM повышают экспрессию IL-10/Arg1 без сопутствующей экспрессии TGF-β1. В старых макрофагах документировано снижение содержания NAD+ на 50-70%. Гипотеза предполагает, что при таком истощении запаса NAD+ активности SIRT6 недостаточно: H3K9 в области TGFB1 остаётся ацетилированным, и любой активатор транскрипции, включая IRF4/STAT6, действующие при поляризации по типу M2, получает доступ к этому участку. В этой гипотезе метилирование половины сайта связывания IRF4 у Acomys рассматривается как другой способ решения той же задачи. У Acomys доступ к TGFB1 регулируется метилированием ДНК вместо деацетилирования гистонов, что позволяет обойти зависимость от NAD+. Восполнение NAD+ с помощью никотинамидмононуклеотида и никотинамидрибозида (NMN/NR) в старых макрофагах человека должно восстановить опосредованное SIRT6 подавление транскрипции TGFB1 при поляризации по типу M2 под действием SPM.

Чем отличается её предсказание

Предварительная обработка старых макрофагов человека никотинамидмононуклеотидом (NMN, 1 мМ, 48 ч) перед поляризацией по типу M2 под действием SPM снизит секрецию TGF-β1 более чем на 50% по сравнению с контролем с растворителем.

Полный текст

Ингибитор SIRT6 OSS_128167 устранит этот эффект. Иммунопреципитация хроматина с последующей количественной полимеразной цепной реакцией (ChIP-qPCR) покажет восстановление деацетилирования H3K9 в области промотора TGFB1 в старых макрофагах после обработки NMN.

Что ослабило бы гипотезу

Старение может включать механизм подавления фиброза, который у иглистых мышей действует с рождения даёт другое предсказание: Бисульфитное секвенирование цитозин-гуанинового динуклеотида (CpG) в полусайте связывания IRF4 в энхансере TGFB1 покажет уровень метилирования >60% у пожилых доноров (65-75 лет) и <10% у молодых доноров (20-30 лет).

Полный текст

Исследование проведут на CD163+ макрофагах тканевой ниши, выделенных методом флуоресцентно-активируемой сортировки клеток (FACS). В экспериментах по поляризации ex vivo при стимуляции специализированными медиаторами разрешения воспаления (SPM) будет наблюдаться обратная корреляция между уровнем метилирования и секрецией трансформирующего фактора роста β1 (TGF-β1).

Согласно гипотезе, сигнал TGF-β1, вызывающий фиброз, блокирует сетка гиалуронана, а не макрофаг даёт другое предсказание: В совместных культурах эксплантатов тканевых ниш человека добавление экзогенной гиалуроновой кислоты сверхвысокой молекулярной массы (ultra-HMW-HA, >6 MDa) в область контакта макрофагов и фибробластов заблокирует вызванную TGF-β1 экспрессию αSMA в фибробластах даже при максимальной M2-поляризации макрофагов и высокой секреции TGF-β1. В присутствии гиалуроновой кислоты низкой молекулярной массы (HA, <500 kDa) активация фибробластов останется возможной при той же концентрации TGF-β1.

Гипотеза о том, что связь разрешения воспаления с фиброзом является артефактом культивирования на пластике даёт другое предсказание: В макрофагах, полученных из моноцитов человека и поляризованных с помощью резолвина D1 на полиакриламидных гелях жёсткостью 2 kPa, продукция TGF-β1 увеличится менее чем в 2 раза относительно неполяризованного контроля. При культивировании тех же клеток на пластике продукция TGF-β1 увеличится более чем в 5 раз. При разных значениях жёсткости субстрата отношение содержания YAP в ядре к его содержанию в цитоплазме будет коррелировать с продукцией TGF-β1 (r>0.7).

Резолвины могут усиливать фиброз в стареющих клетках вместо того, чтобы способствовать его разрешению даёт другое предсказание: Предварительная обработка состарившихся макрофагов человека никотинамидмононуклеотидом (NMN, 1 мМ, 48 ч) перед M2-поляризацией, вызванной специализированными медиаторами разрешения воспаления (SPM), снизит секрецию TGF-β1 более чем на 50% по сравнению с контролем, обработанным растворителем. Ингибитор SIRT6 OSS_128167 устранит этот эффект. Иммунопреципитация хроматина с последующей количественной полимеразной цепной реакцией (ChIP-qPCR) покажет восстановление деацетилирования H3K9 в области промотора TGFB1 в состарившихся макрофагах, обработанных NMN.

05

Резолвины могут усиливать фиброз в стареющих клетках вместо того, чтобы способствовать его разрешению

Система и среда
Предлагаемый механизм

Согласно гипотезе, при сниженной чувствительности рецептора FPR2 передача сигнала в ответ на резолвины переключается на путь с преимущественным участием β-arrestin, что усиливает выработку TGF-β1.

Полный текст

Десенситизация рецептора FPR2/ALX описана в. Согласно предлагаемой гипотезе, она переключает передачу сигнала от SPM через этот рецептор с пути, сопряжённого с Gαi и подавляющего воспаление и фиброз, на путь с преимущественным участием β-arrestin, который способствует фиброзу. Гипотеза предполагает, что сигнализация FPR2 с преимущественным участием β-arrestin активирует передачу сигнала от ERK1/2 к SMAD3 (ERK1/2 → SMAD3). Этот сигнальный путь действует синергически с IRF4/STAT6 на энхансере TGFB1. При таком механизме добавление SPM к стареющим макрофагам с десенситизированным рецептором активно способствует фиброзу, а не просто оказывается неэффективным. Согласно этой гипотезе, особенности Acomys не определяют результат, поскольку у человека причина лежит на уровне рецептора: один и тот же лиганд (резолвин D1) вызывает противоположные эффекты в последующих звеньях передачи сигнала в зависимости от состояния фосфорилирования рецептора.

Чем отличается её предсказание

В стареющих макрофагах человека с подтверждённой низкой плотностью FPR2 на поверхности обработка резолвином D1 повысит секрецию TGF-β1 по сравнению с контролем без обработки, то есть эффект будет состоять именно в повышении секреции, а не только в отсутствии её снижения.

Полный текст

Малая интерферирующая РНК (siRNA), направленная против β-arrestin-2, заблокирует это повышение, тогда как коклюшный токсин (ингибитор Gαi) его не заблокирует. Такой результат подтвердит, что повышение секреции обусловлено передачей сигнала с преимущественным участием β-arrestin.

Что ослабило бы гипотезу

Старение может включать механизм подавления фиброза, который у иглистых мышей действует с рождения даёт другое предсказание: Из ниши методом флуоресцентной сортировки клеток (FACS) выделят CD163+ макрофаги.

Полный текст

Бисульфитное секвенирование CpG в половинном сайте связывания IRF4 в энхансере TGFB1 покажет уровень метилирования >60% у пожилых доноров (65-75 лет) и <10% у молодых доноров (20-30 лет). Уровень этого метилирования будет обратно коррелировать с секрецией TGF-β1 при стимуляции SPM в экспериментах по поляризации ex vivo.

Согласно гипотезе, сигнал TGF-β1, вызывающий фиброз, блокирует сетка гиалуронана, а не макрофаг даёт другое предсказание: В совместных культурах эксплантатов тканевых ниш человека добавление экзогенной гиалуроновой кислоты сверхвысокой молекулярной массы (ultra-HMW-HA, >6 MDa) в область контакта макрофагов и фибробластов заблокирует вызванную TGF-β1 экспрессию αSMA в фибробластах даже при максимальной M2-поляризации макрофагов и высокой секреции TGF-β1. В присутствии гиалуроновой кислоты низкой молекулярной массы (HA, <500 kDa) активация фибробластов останется возможной при той же концентрации TGF-β1.

Гипотеза о том, что связь разрешения воспаления с фиброзом является артефактом культивирования на пластике даёт другое предсказание: В макрофагах, полученных из моноцитов человека и поляризованных с помощью резолвина D1 на полиакриламидных гелях жёсткостью 2 kPa, продукция TGF-β1 увеличится менее чем в 2 раза относительно неполяризованного контроля. При культивировании тех же клеток на пластике продукция TGF-β1 увеличится более чем в 5 раз. При разных значениях жёсткости субстрата отношение содержания YAP в ядре к его содержанию в цитоплазме будет коррелировать с продукцией TGF-β1 (r>0.7).

NAD+ может определять участие макрофагов в фиброзе при заживлении даёт другое предсказание: Предварительная обработка состарившихся макрофагов человека никотинамидмононуклеотидом (NMN, 1 мМ, 48 ч) перед M2-поляризацией, вызванной специализированными медиаторами разрешения воспаления (SPM), снизит секрецию TGF-β1 более чем на 50% по сравнению с контролем, обработанным растворителем. Ингибитор SIRT6 OSS_128167 устранит этот эффект. Иммунопреципитация хроматина с последующей количественной полимеразной цепной реакцией (ChIP-qPCR) покажет восстановление деацетилирования H3K9 в области промотора TGFB1 в состарившихся макрофагах, обработанных NMN.

Публикация проверки по этому вопросу ещё ожидается

Выше указано, какие наблюдения позволили бы различить гипотезы. План эксперимента для этого вопроса пока не опубликован.

Что проверить дальше: Повышает или снижает воздействие специализированных медиаторов разрешения воспаления секрецию TGF-β1 при переходе макрофагов ниши стволовых клеток человека в состояние M2, связанное с восстановлением тканей?

Все предлагаемые проверки

Что установлено в литературе и что остаётся открытым

Источники, изученные для ответа на этот вопрос, исходное допущение и вывод по результатам разбора.

Усиливают или ослабляют сигналы разрешения воспаления секрецию белка, способствующего рубцеванию, макрофагами человека, участвующими в восстановлении тканей?

Суть вопроса

Вопрос состоит в том, повышают или снижают сигналы, способствующие завершению воспаления, секрецию белка, который может способствовать рубцеванию. Точнее, требуется выяснить, вызывают ли специализированные медиаторы разрешения воспаления (SPMs) переход макрофагов ниши стволовых клеток человека в связанное с восстановлением состояние M2 и меняют ли они секрецию трансформирующего фактора роста бета 1 (TGF-β1) по сравнению с сопоставимыми клетками, которые такому воздействию не подвергались. Вопрос основан на предположении, что у африканских иглистых мышей химическая метка в полусайте связывания фактора регуляции интерферона 4 (IRF4) позволяет разрешению воспаления протекать независимо от рубцевания, а у человека такой механизм отсутствует. Предоставленные источники это предположение не подтверждают. Желаемый результат состоит в удалении клеточных остатков, связанных с сенесцентными клетками, при сохранении фибробластов, образующих рубцовую ткань, в неактивном состоянии.

Значение терминов
Макрофаг
Иммунная клетка, которая поглощает клетки и клеточные остатки и выделяет сигнальные молекулы, влияющие на окружающую ткань. Здесь сравниваются две её функции: удаление клеток и клеточных остатков и передача сигналов.
Разрешение воспаления и специализированные медиаторы разрешения воспаления (SPMs)
Разрешение воспаления представляет собой процесс его затихания. Специализированные медиаторы разрешения воспаления относятся к классу сигнальных молекул, связанных с этим процессом. Вопрос состоит в том, сопровождается ли их влияние на удаление клеток и клеточных остатков изменением сигнала, способствующего рубцеванию.
M1, M2, поляризация и дифференцировка
M1 и M2 служат условными обозначениями состояний макрофагов, в общих чертах связанных соответственно с воспалением и восстановлением тканей. Поляризация и дифференцировка описывают изменения характеристик клеток. Эти обозначения охватывают разнообразные состояния, поэтому представление о двух фиксированных типах упрощает картину. Само по себе обозначение M2 также не означает, что восстановление ткани проходит без образования рубца.
Ниша стволовых клеток
Совокупность местных клеток, сигналов и физических условий, поддерживающих стволовые клетки, которые способны давать начало клеткам для замены утраченных. Вопрос касается макрофагов в таком окружении, однако конкретная тканевая ниша человека в исходных материалах не указана.
Трансформирующий фактор роста бета 1 (TGF-β1) и TGFB1
TGF-β1 представляет собой сигнальный белок, которому здесь приписываются две функции: ослабление воспаления и содействие рубцеванию. TGFB1 обозначает ген, кодирующий этот белок. Чтобы установить, сопровождается ли изменение экспрессии гена изменением выделения белка, нужны дополнительные измерения.
Экспрессия генов и секреция белков
Экспрессия генов представляет собой использование генетической информации для синтеза клеточных продуктов. Секреция означает выделение вещества из клетки. Вопрос касается секреции белка, тогда как S2 и S4 сообщают об экспрессии кодирующего его гена.
Фибробласт, активация фибробластов, фиброз и коллаген
Фибробласты производят вещества, обеспечивающие опору ткани, в том числе структурный белок коллаген. Активация может усиливать эту деятельность, а фиброз означает избыточное накопление материала, подобного рубцовой ткани. Поглощение коллагена клетками характеризует его удаление из окружающей среды. Для прямой оценки образования рубца нужны другие измерения.
Сенесцентные клетки и стареющие эритроциты
В поставленном вопросе о клеточной нише сенесцентными называются клетки, находящиеся в устойчивом состоянии прекращения деления. S7 касается стареющих эритроцитов, которые переносят кислород. Возможность считать их удаление показателем удаления сенесцентных клеток, подразумеваемых в описании пробела в знаниях, требует обоснования, которого в предоставленных материалах нет.
Эффероцитоз
Процесс, при котором клетки, в том числе макрофаги, поглощают и удаляют погибающие клетки. В источниках этот термин относится к результатам удаления клеток. Их следует отличать от результатов измерения выделяемых сигнальных белков.
Acomys
Род африканских иглистых мышей, названный в вопросе. Предполагаемый механизм у этих животных и утверждение о его отсутствии у человека служат исходными положениями, которые предстоит проверить. Представленные источники этих положений не подтверждают.
Фактор регуляции интерферона 4 (IRF4) и полусайт связывания
IRF4 представляет собой белок, который регулирует активность генов, участвуя в связывании с генетическим материалом. Полусайт составляет часть более протяжённого участка связывания. В исходном тексте предложен механизм с участием такого полусайта, однако доказательства этого механизма не приведены.
Метилирование CpG
CpG обозначает цитозин, за которым следует гуанин в дезоксирибонуклеиновой кислоте, носителе генетической информации. Буква p обозначает соединяющий их фосфат. Метилирование представляет собой добавление химической метки в таком участке. Здесь предполагается, что оно изменяет связь между разрешением воспаления и рубцеванием.
Совместное связывание
Связывание, в котором несколько участников взаимодействуют с одним участком или мишенью. В описании пробела в знаниях этот термин применяется к IRF4 и TGF-β1, однако роли участников и мишень связывания не указаны. Поэтому точный смысл термина здесь остаётся неопределённым.
Макрофаги, полученные из моноцитов человека
Макрофаги, развившиеся из моноцитов человека, одного из типов иммунных клеток крови. Чтобы установить, возникает ли такая же реакция у макрофагов в нише стволовых клеток, нужны дополнительные данные.
Фибробласты роговицы, ультрафиолетовое излучение диапазона B и физическое разделение
Фибробласты роговицы производят опорные компоненты ткани и происходят из прозрачной передней оболочки глаза. В S2 эти клетки повреждают ультрафиолетовым излучением диапазона B и исследуют в лабораторной системе, где они и макрофаги находятся в раздельных отсеках. Эти условия отличаются от условий ниши человека, указанной в вопросе.
Итаконат
Молекула, образующаяся в ходе клеточного обмена веществ. S4 связывает её выработку на позднем этапе с изменениями макрофагов, сопровождающими разрешение воспаления. Воздействие специализированных медиаторов разрешения воспаления, о котором поставлен вопрос, в S4 не проверяется.
Матриксная металлопротеиназа 8
Фермент, участвующий в расщеплении веществ, окружающих клетки. S4 сообщает о снижении её уровня наряду с другими изменениями. Данных, позволяющих установить изменение секреции TGF-β1, о котором поставлен вопрос, этот источник не предоставляет.
17R-резолвин D2
Конкретная сигнальная молекула, способствующая разрешению воспаления, которую изучали в S7. Описанные эффекты на состояние макрофагов и удаление клеток дают сведения о связанных процессах. Для ответа на поставленный вопрос требуется измерение выделения TGF-β1, которое здесь не представлено.
Метаболизм глутамина
Метаболизм глутамина представляет собой химические превращения молекулы, которую клетки используют как питательное вещество и строительный материал. S5 связывает эти превращения с поляризацией M2, однако влияние на секрецию белка, о котором идёт речь в вопросе, остаётся неустановленным.
Исходные допущения вопроса
В изученных источниках подтверждение предпосылки отсутствует
У Acomys метилирование CpG в полусайте связывания IRF4 позволяет разрешению воспаления протекать независимо от фиброза; у человека этот механизм отсутствует.

Предположение касается африканских иглистых мышей, предполагаемого короткого участка ДНК, с которым связывается белок, регулирующий активность генов, и химической метки на этом участке. Согласно этому предположению, метка позволяет воспалению у этих мышей затихать независимо от запуска рубцевания, тогда как у человека эти процессы остаются связанными. Подтверждение такого механизма дало бы конкретное межвидовое основание проверить, одинаково ли сигналы восстановления влияют на рубцевание у мышей и человека.

В предоставленных результатах поиска отсутствуют работы, которые подтверждали бы предложенный механизм у мышей или его отсутствие у человека. S2 и S4 сообщают об изменениях экспрессии генов в других условиях, S7 описывает влияние сигнала разрешения воспаления на процессы восстановления и удаления клеток, а S5 и S9 посвящены другим аспектам активности макрофагов. Утверждение о межвидовом различии остаётся неподтверждённым этими источниками; при этом ограниченный набор работ оставляет открытой возможность того, что исходная предпосылка верна.S2S4S5S7S9

Тот же вопрос после исключения части, которую прочитанные материалы не подтверждают:

  • Повышает или снижает воздействие специализированных медиаторов разрешения воспаления секрецию TGF-β1 при переходе макрофагов ниши стволовых клеток человека в состояние M2, связанное с восстановлением тканей?
  • Способствует ли воздействие специализированных медиаторов разрешения воспаления удалению клеточных остатков макрофагами ниши стволовых клеток человека при сохранении или снижении уровня секреции TGF-β1 и активации фибробластов?
Что зависит от ответа
  • Секреция TGF-β1 повышается Согласно предложенному в вопросе механизму, воздействие, усиливающее удаление клеточных остатков, одновременно усиливало бы сигнал, способный активировать фибробласты. Удаление клеточных остатков и активность, способствующая рубцеванию, могли бы возрастать одновременно. Поэтому для подтверждения желаемого разделения этих процессов потребовались бы дополнительные данные помимо перехода клеток в состояние, связанное с восстановлением тканей.
  • Секреция TGF-β1 снижается Если бы удаление клеточных остатков также усилилось, воздействие сочетало бы более эффективное удаление ненужного материала со снижением секреции сигнального белка, способствующего рубцеванию. По этим двум показателям результат соответствовал бы искомому разделению процессов. Для подтверждения уменьшения рубцевания тканей потребовались бы дополнительные данные.
  • Направление изменений непостоянно Если бы секреция сохранялась на прежнем уровне или менялась по-разному в зависимости от условий, обозначение M2 оставляло бы направление изменения этого сигнала неопределённым. Тогда даже при улучшении удаления клеточных остатков предполагаемое влияние на активацию фибробластов оставалось бы неустановленным.
Значение вопроса

Предполагаемая последовательность начинается с сигнала, меняющего активность иммунных клеток, которые очищают ткань. Эти клетки должны удалять клеточные остатки, сохраняя выделение сигналов, способствующих рубцеванию, ниже уровня, достаточного для активации фибробластов. Если то же воздействие повышает секрецию TGF-β1, то состояние клеток, связанное с восстановлением, можно ошибочно принять за свидетельство восстановления ткани без рубцевания. Если секреция снижается, ошибочным может оказаться и предположение о том, что активность, связанная с восстановлением, обязательно усиливает этот сигнал рубцевания. Каждое из этих направлений изменения секреции само по себе оставляет открытым вопрос о восстановлении среды, поддерживающей стволовые клетки.

Вопрос остаётся открытым

По изученным источникам направление изменения секреции TGF-β1 при указанном воздействии на макрофаги ниши стволовых клеток человека остаётся неопределённым. Наиболее близкие данные о воздействии приведены в S7: там описаны усиление дифференцировки в M2 и удаление стареющих эритроцитов, однако секрецию интересующего белка не измеряли. В S2 и S4 сообщается о повышении экспрессии гена TGF-β1 в других условиях. Чтобы по этим результатам судить о секреции при интересующем воздействии, потребовалось бы установить связь между изменением экспрессии в тех условиях и изменением секреции в рассматриваемой ситуации; предоставленные данные такой связи не подтверждают. S5 содержит сведения о метаболизме, а в приведённой цитате из S9 полученный результат не назван. Хотя в описании исследовательского процесса приведены противоположные прогнозы, предоставленные источники не содержат непосредственно противоречащих друг другу измерений интересующего эффекта. Этот вывод обозначает вопрос, который остаётся открытым в изученных материалах. Наличие ответа в более широком круге публикаций остаётся возможным.S7S2S4S5S9

Что установлено в литературе
  • S2 сообщает, что при удалении фибробластов роговицы человека, подвергнутых ультрафиолетовому излучению диапазона B, в физически отделённых макрофагах M1 снижалась экспрессия гена, связанного с воспалением, и повышалась экспрессия гена, кодирующего TGF-β1, по сравнению с поглощением клеток, которые такому облучению не подвергались. Этот результат относится к экспрессии генов; секрецию белка TGF-β1 не измеряли.S2
  • В S4 сообщается, что выработка итаконата на позднем этапе способствовала переходу макрофагов, полученных из моноцитов человека, в состояние, связанное с разрешением воспаления, подавляла поглощение коллагена, повышала экспрессию гена, кодирующего трансформирующий фактор роста бета 1 (TGF-β1), и снижала уровень матриксной металлопротеиназы 8. Сведения об исследуемом ответе на специализированные медиаторы разрешения воспаления в этом источнике отсутствуют.S4
  • В S7 сообщается, что медиатор 17R-резолвин D2 усиливал дифференцировку макрофагов в M2 и удаление стареющих эритроцитов. В предоставленном материале отсутствуют сведения о секреции TGF-β1 и подтверждение этих эффектов у макрофагов ниши стволовых клеток человека.S7
  • В S5 говорится, что метаболизм глутамина способствует поляризации в M2 через несколько механизмов. Приведённая цитата из этого источника не связывает этот процесс с секрецией TGF-β1.S5
  • В приведённой цитате из S9 говорится, что сходные результаты получены на макрофагах, полученных из моноцитов человека, однако сами результаты не указаны. Поэтому по этой цитате нельзя определить направление или величину исследуемого ответа.S9
Что остаётся невыясненным
  • Остаётся выяснить, повышают ли специализированные медиаторы разрешения воспаления секрецию белка TGF-β1 макрофагами ниши стволовых клеток человека, снижают её или оставляют неизменной при переходе в состояние, связанное с M2.S2S4S7S9
  • Остаётся выяснить, существует ли у африканских иглистых мышей предполагаемый механизм метилирования полусайта связывания IRF4, отсутствует ли он у человека и влияет ли это различие на ответ на сигналы разрешения воспаления.S2S4S5S7S9
  • Остаётся выяснить, соответствует ли удаление стареющих эритроцитов удалению остатков сенесцентных клеток в нише стволовых клеток человека. Предоставленные данные оставляют взаимозаменяемость этих результатов неподтверждённой.S7
  • Остаётся выяснить, достаточно ли велико и продолжительно изменение секреции TGF-β1, чтобы повлиять на активацию фибробластов, рубцевание ткани или поддержку стволовых клеток. Для интересующего эффекта остаются неопределёнными величина, временной масштаб и конкретная ниша стволовых клеток человека.
  • В описании пробела в знаниях упоминается совместное связывание IRF4 и TGF-β1, однако предоставленный материал оставляет неясным, что именно и с чем связывается, и не содержит измерений, которые позволили бы это уточнить.
Прочитано источников · 5

Проведено 4 поиска литературы, получено 10 полных текстов; применительно к этому вопросу полностью прочитано 10 источников. Ограниченный поиск позволяет судить только о найденных материалах и оставляет открытым вопрос о наличии других данных.

S2Частично отвечает

Efferocytosis by Macrophages Attenuates Inflammatory Responses Following Ultraviolet B-Induced Apoptosis in Corneal Stromal Cells. · Investigative ophthalmology & visual science · 2025

“Compared to the phagocytosis of non-UVB-irradiated HCFs, the efferocytosis of UVB-irradiated (150 mJ/cm²) HCFs led to decreased IL1B expression and increased the expression of the anti-inflammatory transforming growth factor beta 1 ( TGFB1 ) in the transwell-separated M1 macrophages”

Остаётся невыясненным: В источнике описана экспрессия TGFB1 в макрофагах M1, физически отделённых системой Transwell, в модели эффероцитоза in vitro с участием фибробластов роговицы человека, облучённых ультрафиолетовым излучением диапазона B (UVB). Поляризация в M2 под действием специализированных медиаторов разрешения воспаления (SPMs), макрофаги ниши стволовых клеток человека и секреция белка TGF-β1 в этом исследовании не изучались. Метилирование CpG в полусайте связывания IRF4 у Acomys и возможное влияние отсутствия такого метилирования у человека на эту связь также остаются за пределами исследования.

S4Общие сведения

Itaconate promotes a wound resolving phenotype in pro-inflammatory macrophages. · Redox biology · 2023

“In this study, we show that the late-phase production of itaconate contributes to a pro-resolution phenotype in hMDMs, because it inhibits collagen uptake and promotes expression of TGFB1 and reduces MMP8 .”

Остаётся невыясненным: За пределами этого исследования остаются специализированные медиаторы разрешения воспаления, поляризация в M2, макрофаги ниши стволовых клеток, секреция TGF-β1 и наличие у человека механизма метилирования CpG в полусайте связывания IRF4, предполагаемого у Acomys.

S5Общие сведения

The Metabolic Signature of Macrophage Responses. · Frontiers in immunology · 2019

“glutamine metabolism drives M2 polarization by acting at multiple levels:”

Остаётся невыясненным: За пределами этого исследования остаются поляризация под действием специализированных медиаторов разрешения воспаления (SPMs), макрофаги ниши стволовых клеток человека, секреция TGF-β1 и предполагаемая способность метилирования CpG в полусайте связывания IRF4 у Acomys обеспечивать независимое протекание разрешения воспаления и рубцевания.

S7Общие сведения

A potent proresolving mediator 17R-resolvin D2 from human macrophages, monocytes, and saliva. · Science advances · 2024

“In the present experiments, 17R-RvD2 exhibited potent proresolving functions, as it reduced neutrophil infiltration in a topical pharmacological model of inflammation induced by LTB 4 plus PGE 2 , increased M2 macrophage differentiation and enhanced senescent RBC efferocytosis.”

Остаётся невыясненным: В источнике отсутствуют сведения о секреции TGF-β1, макрофагах ниши стволовых клеток человека и способности метилирования CpG в полусайте связывания IRF4 обеспечивать независимое протекание разрешения воспаления и рубцевания у человека. Поэтому направление изменения секреции TGF-β1 при поляризации в M2 под действием специализированных медиаторов разрешения воспаления (SPMs) остаётся неопределённым.

S9Частично отвечает

Macrophages use apoptotic cell-derived methionine and DNMT3A during efferocytosis to promote tissue resolution. · Nature metabolism · 2022

“Similar results were found with macrophages pre-treated with bafilomycin A1, a lysosomal vacuolar ATPase inhibitor that blocks phagolysosomal AC degradation during efferocytosis ( , ), and with human monocyte-derived macrophages (HMDMs) ( , ).”

Остаётся невыясненным: За пределами этого исследования остаются поляризация в M2 под действием специализированных медиаторов разрешения воспаления (SPMs), макрофаги ниши стволовых клеток человека, секреция TGF-β1 этими клетками и предполагаемый механизм метилирования CpG в полусайте связывания IRF4 у Acomys.

Все открытые вопросы