| H21 | Macrophages infiltrating injured aged muscle act as an extracellular NAD+/NMN sink through surface CD38, locally starving satellite cells of precursors at exactly the time of activation. The aged satellite-cell NAD+ deficit is thus partly niche-imposed and reversible by blocking myeloid CD38 without altering satellite-cell biosynthesis.Mechanism and predictionMechanism. Aged injury sites recruit CD38-high macrophages; CD38 ectoenzyme activity hydrolyses interstitial NAD+ and NMN in the immediate satellite-cell microenvironment, lowering NR/NMN available for NRK1-dependent uptake and salvage by the adjacent stem cell. Prediction. Myeloid-specific Cd38 deletion (LysM-Cre) raises interstitial NMN/NAD+ measured by microdialysis in aged injured muscle, raises satellite-cell NAD+ in sorted cells, and improves regeneration, while Pax7-specific Cd38 deletion does not. Co-culture of aged satellite cells with CD38-high macrophages reproduces the NAD+ drop and is rescued by a CD38 inhibitor. | Claude Opus 5.5 | yes | yes | yes | yes | Selected | Parts are published, the hypothesis as a whole is not |
| H13 | Возрастное снижение NAD+ повышает частоту недореплицированных участков генома при первом делении мышечных стволовых клеток после повреждения. Наследование этих участков одной из дочерних клеток снижает вероятность её возвращения в покой и истощает резерв для повторной регенерации.Mechanism and predictionMechanism. Недостаток субстрата ограничивает локальную активность поли-АДФ-рибозополимеразы PARP1 у остановившихся репликационных вилок. Предполагается, что возникающие повреждения распределяются между дочерними клетками неравномерно и связывают исход первого деления с последующей потерей самообновления. Prediction. Восстановление ядерного NAD+ только во время первой фазы синтеза ДНК уменьшает число дочерних клеток с недореплицированными участками и повышает эффективность регенерации после повторного повреждения. Этот эффект ослабевает при подавлении каталитической активности PARP1 и сопровождается изменением судьбы повреждённой дочерней клетки при отслеживании пар потомков. | GPT-6 Astra | yes | no | no | no | Rejected in the cross-check | Literature check in progress |
| H34 | Возрастное снижение NAD+ подавляет механочувствительную активацию мышечных стволовых клеток через стабилизацию ангиомотина. Этот механизм особенно ограничивает регенерацию в участках повреждённой мышцы с повышенной жёсткостью внеклеточного матрикса.Mechanism and predictionMechanism. Недостаток NAD+ снижает активность танкираз TNKS1 и TNKS2, вследствие чего уменьшаются поли-АДФ-рибозилирование и последующая деградация ангиомотина. Накопление ангиомотина удерживает транскрипционный коактиватор YAP вне ядра и ограничивает пролиферацию. Prediction. При одинаковой жёсткости матрикса старые клетки с низким NAD+ накапливают ангиомотин и демонстрируют меньшую ядерную локализацию YAP. Снижение ангиомотина восстанавливает пролиферацию и регенеративный вклад этих клеток при сохраняющемся дефиците NAD+, причём эффект усиливается на более жёстком матриксе. | GPT-6 Astra | yes | no | no | no | Rejected in the cross-check | Literature check in progress |
| H39 | Снижение NAD+ в старых мышечных стволовых клетках нарушает возобновление синтеза рибосом после повреждения через накопление РНК-ДНК-гибридов в рибосомных генах. Это задерживает первое деление и уменьшает размер регенеративных клонов.Mechanism and predictionMechanism. Снижение активности NAD+-зависимого сиртуина SIRT7 нарушает организацию хроматина рибосомных генов при выходе из покоя. Возникающие РНК-ДНК-гибриды затрудняют транскрипцию и репликацию этих участков, ограничивая образование рибосом. Prediction. Направленная в ядрышко рибонуклеаза H1 уменьшает количество гибридов, восстанавливает синтез рибосомной РНК и сокращает задержку первого деления старых клеток при низком NAD+. Каталитически неактивный вариант фермента такого эффекта не даёт; одновременно увеличивается вклад клеток в восстановление мышцы. | GPT-6 Astra | yes | no | no | no | Rejected in the cross-check | Literature check in progress |
| H40 | Low NAD+ in aged satellite cells prevents SIRT3-dependent mitophagic clearance of damaged mitochondria inherited from the quiescent state, and the resulting cytosolic mtDNA release activates cGAS-STING, imposing a senescence-like arrest at the first activation. The regenerative block is therefore an innate-immune signalling event downstream of an NAD+-dependent quality-control failure.Mechanism and predictionMechanism. Quiescent satellite cells accumulate damaged mitochondria; activation requires an NAD+/SIRT3-dependent burst of mitophagy. Insufficient NAD+ leaves depolarised mitochondria that leak mtDNA through BAX/BAK-VDAC pores, triggering cGAS-STING, type-I interferon and p21/p16 induction that arrests the activating cell. Prediction. Aged activating satellite cells show cytosolic mtDNA and an interferon signature that is abolished by NAD+ repletion; satellite-cell-specific Sting1 deletion or a STING inhibitor rescues aged regeneration to the same extent as NAD+ repletion, and the two interventions are non-additive, placing STING downstream of the NAD+ deficit. | Claude Opus 5.5 | yes | no | yes | yes | Rejected in the cross-check | Literature check in progress |
| H1 | Возрастное снижение NAD+, сопровождаемое повышением отношения NADH/NAD+, нарушает периодичность экспрессии лиганда DLL1 в активированных мышечных стволовых клетках. Изменение временной структуры сигналов Notch между соседними клетками уменьшает согласованность пролиферации и самообновления после повреждения.Mechanism and predictionMechanism. Восстановленная форма кофактора NADH усиливает действие транскрипционного корепрессора CtBP на регуляторных участках Dll1. Предполагается, что длительное связывание CtBP подавляет повторные импульсы экспрессии DLL1 и меняет распределение клеточных судеб. Prediction. У старых клеток изменяется периодичность экспрессии DLL1 даже при сопоставимом среднем количестве лиганда. Воспроизведение нормальных импульсов DLL1 восстанавливает самообновление и регенерацию эффективнее, чем постоянная экспрессия с тем же суммарным количеством белка; эффект зависит от связывания CtBP с регуляторными участками Dll1. | GPT-6 Astra | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H2 | Возрастное снижение NAD+ создаёт кратковременное окно чувствительности мышечных стволовых клеток к ферроптозу при первом переходе к активному митохондриальному обмену. Потеря клеток именно в этот период уменьшает число клонов, восстанавливающих мышцу.Mechanism and predictionMechanism. Снижение активности сиртуина SIRT5 повышает сукцинилирование митохондриальной изоцитратдегидрогеназы IDH2 и ограничивает образование восстановленного никотинамидадениндинуклеотидфосфата (NADPH). Ослабление антиоксидантной защиты совпадает с ростом окисления мембранных липидов при активации клетки. Prediction. Кратковременное подавление ферроптоза в период первого метаболического перехода сохраняет больше регенеративных клонов, чем такое же воздействие позднее. Вариант IDH2 с подтверждённой устойчивостью к ингибирующему сукцинилированию воспроизводит этот эффект при низком NAD+, а подавление апоптоза обеспечивает меньшую защиту. | GPT-6 Astra | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H3 | Падение уровня NAD+ в старых МСК снижает активность десукцинилазы SIRT5, что ведет к гиперсукцинилированию и инактивации лизилгидроксилазы PLOD2. В результате активированные МСК секретируют недогидроксилированный, механически нестабильный коллаген VI, который не способен сформировать аутокринную регенеративную микронишу и активировать механотрансдукцию через интегрин α7β1 и YAP/TAZ.Mechanism and predictionMechanism. Для выживания и направленной миграции после разрушения базальной мембраны активированные МСК должны самостоятельно секретировать и сшивать коллаген VI. Снижение уровня NAD+ подавляет активность SIRT5, вызывая накопление сукцинилированных остатков лизина в каталитическом домене фермента PLOD2, что нарушает гидроксилирование лизина в цепях коллагена VI, приводит к его внутриклеточной агрегации в ЭР и формированию рыхлого внеклеточного матрикса с низкой жесткостью, не способного удерживать ядерную локализацию механосенсора YAP. Prediction. Культивирование старых NAD+-истощенных МСК на децеллюляризованном матриксе, предварительно наработанном молодыми МСК, либо экспрессия мутанта PLOD2, устойчивого к сукцинилированию, восстановит созревание фокальных контактов α7β1-интегрина, ядерную транслокацию YAP и пролиферацию старых МСК без коррекции внутриклеточного пула NAD+. | Gemini 4 Argon | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H4 | Возрастной дефицит NAD+ на базальном теле первичной реснички покоящихся МСК подавляет активность SIRT2, вызывая гиперацетилирование аксонемального α-тубулина (K40) и блокируя разборку первичной реснички при активации после травмы. Сохранение первичной реснички поддерживает конститутивный ингибирующий сигналинг Hedgehog и задерживает переход МСК из фазы G0 в S-фазу.Mechanism and predictionMechanism. Покоящиеся МСК несут первичную ресничку, которая удерживает клетку в G0 через сигналинг Gli2/3 и должна быть быстро резорбирована при участии киназы Aurora A и деацетилаз HDAC6/SIRT2 для формирования центросомы митотического веретена. Снижение уровня NAD+ в старых МСК инактивирует базально-цилиарный пул SIRT2, стабилизирует микротрубочки аксонемы за счет гиперацетилирования K40 α-тубулина и препятствует резорбции реснички в ответ на факторы роста поврежденной мышцы. Prediction. Индуцированная генетическая абляция белка интрафлагеллярного транспорта IFT88 непосредственно в момент повреждения мышцы устранит задержку первого клеточного деления в старых или NAD+-истощенных МСК, а экспрессия неацетилируемого мутанта α-тубулина (K40R) ускорит декализацию и вход в S-фазу без изменения уровня NAD+. | Gemini 4 Argon | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H5 | NAD+ is partitioned asymmetrically between daughter cells at the first satellite-cell division, and loss of this asymmetry in aged cells causes both daughters to adopt a committed fate, depleting the self-renewing pool after each injury. The regenerative deficit of aged muscle is therefore a fate-allocation defect driven by NAD+ distribution rather than a proliferation defect.Mechanism and predictionMechanism. Asymmetric inheritance of mitochondria and of NMNAT-containing cytoplasm produces a high-NAD+ daughter in which SIRT1/SIRT2-dependent deacetylation sustains Pax7 and represses Myog, and a low-NAD+ daughter that commits. With global NAD+ already near a threshold in aged cells, both daughters fall below the SIRT1-permissive level and both commit. Prediction. Live imaging of a genetically encoded NAD+ sensor in dividing satellite cells shows a reproducible >1.5-fold inter-daughter NAD+ asymmetry in young cells that collapses in aged cells; raising NAD+ in aged cells restores two-population asymmetry and Pax7-high daughter frequency, and serial injury shows preserved satellite-cell numbers only when asymmetry is restored. | Claude Opus 5.5 | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H6 | Возрастное снижение цитоплазматического пула NAD+ в активирующихся мышечных стволовых клетках (МСК) нарушает SIRT2-зависимое деацетилирование полярного белка NuMA во время первого митоза после повреждения. Это приводит к дезориентации митотического веретена относительно базальной мембраны и смещению баланса от асимметричного самообновления к симметричной миогенной дифференцировке, вызывая преждевременное истощение пула Pax7+ резервных клеток.Mechanism and predictionMechanism. В молодых МСК при выходе из покоя цитоплазматическая деацетилаза SIRT2 использует NAD+ для деацетилирования кортикального регулятора NuMA, что необходимо для его взаимодействия с комплексом LGN/Par3 на апикальном полюсе клетки и перпендикулярной ориентации веретена деления. При старении дефицит NAD+ снижает активность SIRT2, вызывая гиперацетилирование NuMA, потерю апикально-базальной полярности, равномерное распределение p38α/β MAPK между дочерними клетками и утрату способности генерировать недифференцированную дочернюю стволовую клетку. Prediction. Экспрессия мутантной формы NuMA, имитирующей конститутивное деацетилирование (замена лизина на аргинин в сайте мишени SIRT2), в старых или обработанных ингибитором NAMPT (FK866) МСК восстановит перпендикулярную ориентацию веретена деления и долю асимметричных делений (Pax7+/MyoD- и Pax7+/MyoD+) на изолированных миоволокнах без восстановления митохондриального дыхания или общего уровня NAD+. | Gemini 4 Argon | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H7 | Circadian NAMPT oscillation in satellite cells loses amplitude with age, so the NAD+ peak no longer aligns with the injury-triggered activation window; consequently aged regeneration outcome depends on the circadian phase at which injury occurs, and timed precursor dosing is more effective than constant dosing.Mechanism and predictionMechanism. BMAL1/CLOCK drive rhythmic Nampt transcription and a corresponding NAD+ rhythm that normally gates SIRT1-dependent activation competence. Aged satellite cells show dampened BMAL1 output, flattening the NAD+ rhythm so that activation frequently initiates during a trough, when SIRT1 activity is insufficient for timely G0 exit. Prediction. Injuring aged mice at the predicted NAD+ peak versus trough produces a measurable difference in myofiber regeneration and EdU+ satellite-cell numbers, with a smaller phase dependence in young mice; chronotherapeutic NR dosing timed to the trough outperforms the same daily dose given at the peak or divided evenly. | Claude Opus 5.5 | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H8 | Age-related NAD+ decline in satellite cells is compartment-selective: the nuclear NMNAT1-generated pool falls earlier and further than the mitochondrial pool, and it is specifically nuclear NAD+ loss that blocks the chromatin opening required for quiescence exit. Restoring only nuclear NAD+ in aged satellite cells should be sufficient to restore regenerative output without correcting mitochondrial NAD+.Mechanism and predictionMechanism. NMNAT1 expression/activity declines with age, lowering nuclear NAD+ available to SIRT1/SIRT6 at myogenic enhancers (Myod1, Myf5, Pax7-proximal elements). Persistent H3K9ac/H4K16ac hypoacetylation and failure to evict repressive marks delay transcriptional activation of the myogenic program, while mitochondrial sirtuin substrates remain comparatively buffered by MRP-independent NMNAT3/NAD+ import. Prediction. Satellite-cell-specific expression of nucleus-targeted NMNAT1 (or a nucleus-restricted NAD+ biosensor-validated NMN/NAD module) in aged mice restores first-division timing, MyoD induction and myofiber cross-sectional area after cardiotoxin injury, whereas mitochondria-targeted NMNAT3 at matched total-NAD+ gain does not. Compartment-resolved NAD+ sensors show >50% nuclear decline with <20% mitochondrial decline in aged quiescent satellite cells. | Claude Opus 5.5 | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H9 | Падение NAD+ нарушает сборку NAD+-зависимого комплекса GAPDH–Siah1 в ядре активирующихся MuSC, из-за чего не происходит транскрипционной репрессии пролиферативных генов в нужный момент и клетки входят в преждевременный репликативный стресс перед слиянием.Mechanism and predictionMechanism. При достаточном NAD+ GAPDH нитрозилируется и с Siah1 транспортируется в ядро, где подавляет c-Myc; при дефиците NAD+ этот шаг пропускается, клетки пролиферируют дольше и накапливают повреждения перед терминальной дифференцировкой. Prediction. Ядерно-локализованный фосфомиметический GAPDH у старых MuSC сократит избыточные раунды деления и повысит долю слившихся миотрубок после повреждения независимо от уровня цитозольного NAD+. | Grok 4.5 | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H10 | Снижение митохондриального NAD+ в старых мышечных стволовых клетках ограничивает их миграцию к повреждённым волокнам через накопление реакционноспособных альдегидов. Основным следствием становится потеря деформируемости ядра при прохождении через узкие пространства ткани.Mechanism and predictionMechanism. Недостаток NAD+ ограничивает окисление альдегидов митохондриальной альдегиддегидрогеназой ALDH2. Предполагается, что накопившиеся альдегиды образуют аддукты с белками ядерной ламины, повышая жёсткость ядра и вероятность его повреждения при миграции. Prediction. При сопоставимой жизнеспособности старые клетки с низким митохондриальным NAD+ хуже проходят через узкие каналы, чем через широкие. Связывание реакционноспособных альдегидов уменьшает модификации белков ламины, восстанавливает прохождение через узкие каналы и распределение клеток в очаге повреждения при сохраняющемся дефиците NAD+. | GPT-6 Astra | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H11 | Возрастное снижение окисленного никотинамидадениндинуклеотида (NAD+) уменьшает долю NAD-кэпированных транскриптов Myod1 в мышечных стволовых клетках. Если такая модификация задерживает трансляцию этих транскриптов, её утрата вызывает преждевременную дифференцировку и сокращает число клеток, участвующих в восстановлении мышцы.Mechanism and predictionMechanism. Предполагается существование функционально значимой популяции транскриптов Myod1 с NAD+ на 5′-конце. Снижение доступности NAD+ при инициации транскрипции меняет соотношение вариантов кэпирования и ускоряет накопление белка MYOD1 до завершения необходимого числа делений. Prediction. В старых клетках обнаруживается снижение NAD-кэпирования Myod1, предшествующее ускоренному накоплению MYOD1. Избирательное восстановление этого кэпирования при сопоставимом количестве транскриптов увеличивает число делений перед дифференцировкой и вклад клеток в регенерирующие волокна. | GPT-6 Astra | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H12 | Возрастной дефицит NAD+ в MuSC нарушает NAD+-зависимую моно-ADP-рибозилирование STAT3 киназой ARTD10, ослабляя IL-6–опосредованную транзиторную экспансию пула стволовых клеток в ранней фазе регенерации.Mechanism and predictionMechanism. ARTD10 использует NAD+ для mono-ADPr STAT3; при нехватке NAD+ фосфо-STAT3 не удерживается в ядре достаточно долго для индукции циклинов, нужных для первого раунда пролиферации. Prediction. Экспрессия каталитически активного ARTD10 в старых MuSC восстановит ранний пик пролиферации после повреждения при условии достаточного локального NAD+, тогда как мутант ARTD10 без ADP-рибозилтрансферазной активности эффекта не даст. | Grok 4.5 | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H14 | Снижение цитозольного отношения NAD+/NADH в активирующихся старых МСК подавляет синтез дигидроксиацетонфосфата (DHAP) и пероксисомальный биосинтез эфирных фосфолипидов (плазмалогенов). Дефицит плазмалогенов нарушает биофизическую текучесть плазматической мембраны, необходимую для слияния миобластов, и делает клетки уязвимыми к ферроптозу в богатой свободным железом зоне некроза миоволокон.Mechanism and predictionMechanism. При переходе МСК к гликолитической пролиферации падение пула свободного цитозольного NAD+ смещает равновесие глицерол-3-фосфатдегидрогеназы (GPD1) в сторону накопления глицерол-3-фосфата за счет истощения пула DHAP, поступающего в пероксисомы для синтеза предшественников плазмалогенов. Нехватка винил-эфирных связей плазмалогенов лишает мембрану эндогенной антиоксидантной защиты от перекисного окисления липидов и нарушает формирование полуслияния (hemifusion) липидного бислоя при образовании миотуб. Prediction. Экспрессия цитозольной NADH-оксидазы LbNOX (повышающей отношение NAD+/NADH без увеличения общего пула NAD+ и без активации сиртуинов) или добавление алкилглицерола (обходящего DHAP-зависимый пероксисомальный этап) восстановит уровень плазмалогенов, предотвратит ферроптоз и вернет способность к слиянию старым МСК после травмы хлоридом бария. | Gemini 4 Argon | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H15 | Возрастное снижение NAD+ переводит часть мышечных стволовых клеток в состояние чувствительности к самоподдерживающемуся истощению NAD+ через фермент SARM1. После повреждения этот механизм вызывает резкую потерю отдельных регенеративных клонов.Mechanism and predictionMechanism. Предполагается, что в восприимчивых клетках повышение отношения никотинамидмононуклеотида к NAD+ активирует NAD+-гидролазу SARM1. Последующее расщепление NAD+ усиливает исходный дефицит и формирует пороговый переход к гибели клетки. Prediction. Наблюдение за отдельными клетками выявляет резкие эпизоды падения NAD+, предшествующие гибели, преимущественно у старых животных. Удаление Sarm1 только в мышечных стволовых клетках устраняет эти эпизоды и увеличивает число регенеративных клонов, хотя исходный возрастной дефицит NAD+ сохраняется. | GPT-6 Astra | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H16 | Снижение NAD+ с возрастом вызывает гиперпаузу PARP1 в покоящихся MuSC; избыточная PARилирование Pax7 удерживает фактор в неактивной конформации и блокирует асимметричное деление после травмы.Mechanism and predictionMechanism. Низкий NAD+ смещает равновесие в сторону хронической активации PARP1 на базальном уровне повреждения ДНК; PARилированный Pax7 хуже связывается с промоторами генов асимметричного деления. Prediction. Ингибирование PARP1 у старых MuSC восстановит долю асимметричных делений и регенерацию мышцы без существенного повышения общего NAD+, тогда как у молодых животных тот же ингибитор ухудшит репарацию ДНК. | Grok 4.5 | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H17 | Quiescent aged satellite cells carry accumulated single-strand DNA breaks that become lethal only at the first replication after injury, and NAD+ scarcity blocks their PARP1-dependent repair; regeneration failure is thus a replication-stress event confined to the first S phase. Neither NAD+ repletion nor repair-capacity restoration alone is sufficient — both are needed.Mechanism and predictionMechanism. Long quiescence allows SSB accumulation; PARP1 detection and XRCC1 recruitment require NAD+ for poly-ADP-ribose synthesis. In low-NAD+ aged cells, unrepaired SSBs are converted to double-strand breaks and stalled forks on entry into S phase, triggering ATR-CHK1 signalling and p21-dependent arrest or apoptosis. Prediction. Aged satellite cells show elevated alkaline-comet SSB load in quiescence, and γH2AX/53BP1 foci appear specifically at the first EdU+ S phase. Combined NAD+ repletion plus PARP1 or XRCC1 restoration reduces first-S-phase γH2AX and improves regeneration more than either intervention alone; p21 deletion rescues survival but yields genomically abnormal progeny. | Claude Opus 5.5 | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H18 | Возрастное снижение цитозольного NAD+ ограничивает слияние потомков мышечных стволовых клеток с регенерирующими волокнами через недостаточное образование NADPH у клеточной мембраны. В результате клетки проходят миогенную дифференцировку, но реже включаются в мышечные волокна.Mechanism and predictionMechanism. Недостаток NAD+ ограничивает образование окисленного NADP+ NAD-киназой и последующее пополнение локального NADPH. Предполагается, что это ослабляет краткие импульсы образования активных форм кислорода NADPH-оксидазой NOX2, необходимые для перестройки актинового цитоскелета в месте слияния. Prediction. У дифференцированных потомков старых клеток снижаются локальные импульсы окисления у мембраны при сохранённой экспрессии белков слияния. Восстановление локального образования NADPH повышает частоту слияния при низком общем NAD+, а подавление NOX2 устраняет этот эффект. | GPT-6 Astra | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H19 | В старых МСК на стадии быстрой транзиторной амплификации миобластов конкуренция за истощенный ядерный пул NAD+ между репарационным ферментом PARP1 и ядрышковой деацетилазой SIRT7 вызывает накопление РНК-ДНК гибридов (R-петель) на повторах рДНК. Это приводит к коллапсу фазового разделения ядрышка и p53-зависимой остановке пролиферации миогенных предшественников на пике регенерации.Mechanism and predictionMechanism. Быстрое клональное размножение активированных МСК требует резкого усиления транскрипции рДНК РНК-полимеразой I, где SIRT7 деацетилирует фибрилларин и субъединицу PAF53, предотвращая столкновение комплексов транскрипции и репликации. В старых МСК фоновые одноцепочечные разрывы ДНК гиперактивируют PARP1, который исчерпывает ядерный NAD+ (Km у PARP1 ниже, чем у SIRT7), что инактивирует SIRT7, вызывает накопление R-петель в ядрышке, транслокацию рибосомных белков RPL5/RPL11 в нуклеоплазму и стабилизацию p53 через ингибирование MDM2. Prediction. Направленная в ядрышко экспрессия РНКазы H1 (разрушающей R-петли) в старых или дефицитных по NMNAT1 МСК предотвратит дезинтеграцию ядрышка, подавит стабилизацию p53 и восстановит клональную экспансию транзиторно-амплифицирующихся миобластов на 3–4 сутки после повреждения без восстановления уровня NAD+. | Gemini 4 Argon | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H20 | Дефицит NAD+ нарушает NAD+-чувствительный комплекс CLOCK–BMAL1 в MuSC, сдвигая фазу транскрипции генов активации относительно пика провоспалительных цитокинов в нише и снижая эффективность рекрутирования клеток к месту повреждения.Mechanism and predictionMechanism. NAD+ модулирует активность SIRT1/CLOCK; при хронически низком NAD+ пик экспрессии Cxcr4 и M-cadherin смещается на 4–6 ч относительно волны CCL2/TNF, ослабляя хемотаксис. Prediction. Временная синхронизация введения NMN с субъективной ночью старых животных восстановит совпадение фазы активации MuSC с воспалительным пиком и улучшит закрытие дефекта мышцы сильнее, чем та же доза NMN днём. | Grok 4.5 | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H22 | Возрастное снижение NAD+ задерживает разборку первичной реснички мышечных стволовых клеток после повреждения через снижение активности SIRT2. Сохранение реснички удлиняет промежуток между получением сигнала активации и первым делением.Mechanism and predictionMechanism. Недостаточная активность NAD+-зависимой деацетилазы SIRT2 поддерживает повышенное ацетилирование тубулина реснички. Предполагается, что это препятствует своевременной разборке аксонемы и освобождению базального тельца для последующих событий клеточного цикла. Prediction. Кратковременное направление активной деацетилазы HDAC6 к ресничке сразу после повреждения нормализует время её разборки, ускоряет первое деление и увеличивает регенеративный вклад старых клеток при сохраняющемся низком NAD+. Каталитически неактивная HDAC6 и воздействие после первого деления дают меньший эффект. | GPT-6 Astra | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H23 | Возрастной дефицит NAD+ в MuSC снижает NAD+-зависимую активность CD38 на поверхности клеток, изменяя локальный градиент cADPR и Ca2+-осцилляции, необходимые для быстрого выхода из G0 после повреждения сарколеммы соседних волокон.Mechanism and predictionMechanism. CD38 потребляет NAD+ для синтеза cADPR; при низком субстрате амплитуда Ca2+-спайков через ryanodine-рецепторы падает, задерживая кальций-зависимую активацию кальциневрина–NFAT и старт Myf5. Prediction. Прямая доставка мембранопроницаемого cADPR в старые MuSC восстановит ранние Ca2+-осцилляции и выход из покоя без повышения внутриклеточного NAD+, тогда как у молодых клеток избыток cADPR вызовет преждевременную активацию. | Grok 4.5 | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H24 | Aged satellite cells lose the capacity to import and phosphorylate NAD+ precursors because NRK1 and the NMN transporter SLC12A8 are downregulated cell-autonomously; systemic NR/NMN therefore improves aged regeneration indirectly through the niche rather than by raising stem-cell NAD+. Restoring precursor uptake machinery is required for cell-autonomous benefit.Mechanism and predictionMechanism. Precursor salvage in satellite cells depends on NRK1 (NR→NMN) and NMN import; their age-related loss uncouples circulating precursor levels from intracellular NAD+. Observed benefits of supplementation then arise from fibroblasts, endothelium and macrophages, which retain uptake capacity and modify the niche. Prediction. Sorted aged satellite cells from NR-treated mice show no rise in NAD+ despite elevated muscle-tissue NAD+; Pax7-specific Nmrk1 deletion does not abolish the regenerative benefit of NR in aged mice, whereas satellite-cell-restricted NRK1 overexpression plus NR produces an additional, cell-autonomous gain in satellite-cell expansion. | Claude Opus 5.5 | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H25 | Возрастное снижение NAD+ в MuSC уменьшает NAD+-зависимое ADP-рибозилирование регуляторов актинового цитоскелета (например, Argonaute/арп2/3-ассоциированных белков), ослабляя направленную миграцию клеток к зоне повреждения и их встраивание в регенерирующее волокно.Mechanism and predictionMechanism. Mono- или poly-ADPr актин-связывающих белков модулирует скорость сборки ламеллоподий; при низком NAD+ MuSC медленнее хемотаксируют по градиенту HGF/SDF-1 и хуже занимают нишу на повреждённом волокне. Prediction. Визуализация прижизненной миграции покажет, что повышение локального NAD+ в старых MuSC ускорит их перемещение к краю раны и увеличит число клеток, встроившихся в волокно в первые 72 ч, без изменения их пролиферативного индекса. | Grok 4.5 | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H26 | Смещение ядерного отношения свободного NAD+/NADH в сторону NADH в старых МСК стабилизирует димерную форму метаболического корепрессора CtBP1/2 на RBPJ-связанных энхансерах генов-мишеней Notch. Это препятствует вытеснению корепрессорного комплекса внутриклеточным доменом Notch (NICD) на завершающем этапе регенерации и блокирует возврат активированных предшественников в состояние покоя (self-renewal).Mechanism and predictionMechanism. Транскрипционный корепрессор CtBP1/2 обладает на два порядка более высоким сродством к NADH, чем к NAD+, и при повышенном уровне ядерного NADH формирует стабильные димеры, рекрутирующие гистондеметилазу LSD1 и HDAC1/2 к транскрипционному фактору RBPJ. В старых миогенных прогениторах низкое отношение NAD+/NADH не позволяет приходящему сигналу Notch (NICD) диссоциировать димер CtBP с промоторов генов Hes1, Hey1 и Col5a1, лишая клетки способности остановить миогенную программу и заново заселить сателлитную нишу. Prediction. Введение точечной мутации в NADH-связывающий домен CtBP1/2 (G183A), нарушающей его NADH-зависимую димеризацию, или экспрессия ядерно-локализованной NADH-оксидазы (NLS-LbNOX) в старых МСК восстановит индуцируемую лигандом Dll1 экспрессию Hey1/Col5a1 и численность покоящихся Pax7+ клеток на 14-е сутки после травмы независимо от активности сиртуинов. | Gemini 4 Argon | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H27 | Снижение NAD+ нарушает SIRT3-зависимое деацетилирование субъединиц комплекса I в митохондриях MuSC, повышая ROS, которые окисляют цистеины внутриклеточного домена Notch и сдвигают баланс делений в сторону симметричной дифференцировки.Mechanism and predictionMechanism. Ацетилированный комплекс I генерирует избыток супероксида; окисленный Notch-ICD хуже трансактивирует Hes/Hey, необходимые для сохранения одной дочерней клетки в стволовом состоянии. Prediction. Митохондриально-таргетированный антиоксидант плюс активатор SIRT3 у старых MuSC вернут долю асимметричных делений Notch-зависимо, тогда как один лишь цитозольный антиоксидант этого не сделает. | Grok 4.5 | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H28 | Падение уровня ядерного NAD+ в старых МСК селективно нарушает SIRT6-зависимое моно-АДФ-рибозилирование субъединицы BAF60c (SMARCD3) хроматин-ремоделирующего комплекса SWI/SNF. Из-за этого пролиферирующие миобласты не способны рекрутировать комплекс SWI/SNF к закрытым суперэнхансерам генов слияния мембран (Myomaker и Myomerger), останавливаясь на стадии одноядерных предшественников.Mechanism and predictionMechanism. Для терминальной дифференцировки и слияния миобластов необходим пионерский ремоделинг хроматина на локусах Mymk и Mymx, опосредованный взаимодействием MyoD с субъединицей BAF60c. При старении дефицит NAD+ лишает ядерный фермент SIRT6 косубстрата для моно-АДФ-рибозилирования BAF60c, что блокирует сборку функционального мышечно-специфического комплекса BAF на промоторах генов слияния даже при нормальной деацетилазной активности гистонов. Prediction. Экспрессия мутанта SIRT6-G60A (сохраняющего деацетилазную активность, но лишенного моно-АДФ-рибозилтрансферазной активности) не сможет восстановить открытость хроматина (ATAC-seq) в локусе Myomaker и слияние миобластов в старых МСК с восполненным пулом NAD+, тогда как искусственная сшивка BAF60c с MyoD устранит дефект слияния на фоне дефицита NAD+. | Gemini 4 Argon | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H29 | Дефицит ядерного пула NAD+ при старении МСК подавляет ко-транскрипционное 5'-NAD-кэпирование (NAD-capping) регуляторных мРНК миогенной коммитации и профибротических факторов в состоянии покоя. В результате транскрипты, которые в молодых клетках быстро деградируют через фермент декэпирования DXO, в старых МСК получают канонический m7G-кэп и стабилизируются, вызывая преждевременную потерю покоя и фиброгенную трансдифференцировку после травмы.Mechanism and predictionMechanism. РНК-полимераза II использует свободный ядерный NAD+ в качестве неканонического инициаторного нуклеотида для формирования 5'-NAD-кэпа на базально экспрессируемых транскриптах (включая Myod1 и гены мишеней Wnt/TGF-β), что служит меткой для их быстрой деградации нуклеазой DXO (decapping exoribonuclease). Возрастное падение активности ядерного фермента NMNAT1 снижает отношение NAD+/ATP в ядре, переключая инициацию транскрипции на канонический m7G-кэп, что приводит к накоплению этих мРНК и нарушению координации раннего ответа на повреждение. Prediction. Профилирование NAD-кэпированных РНК (ONE-seq/NAD-cap-seq) покажет избирательную потерю 5'-NAD-кэпов на мРНК Myod1 и профибротических генов в старых покоящихся МСК по сравнению с молодыми, а условный нокаут гена Dxo в молодых МСК воспроизведет фенотип преждевременной стабилизации этих транскриптов и дефектной регенерации при неизменном уровне внутриклеточного NAD+. | Gemini 4 Argon | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H30 | Снижение митохондриального пула NAD+ в старых МСК ингибирует SIRT3-зависимое деацетилирование митофузина-2 (MFN2) и канала VDAC1 в зонах контакта эндоплазматического ретикулума и митохондрий (MAM). Это вызывает патологическое гиперсближение органелл, кальциевую перегрузку митохондриального матрикса при пуринергической стимуляции в очаге травмы и выброс мтДНК в цитозоль с запуском cGAS-STING-индуцированного старения.Mechanism and predictionMechanism. Внеклеточный АТФ, высвобождаемый из разрушенных миоволокон, стимулирует выброс Ca2+ через IP3R в зонах MAM для метаболического запуска цикла Кребса в активирующихся МСК. При дефиците митохондриального NAD+ и падении активности SIRT3 гиперацетилированные MFN2 и VDAC1 формируют избыточно плотные и стабильные контакты ЭР-митохондрии, превращая физиологический кальциевый импульс в кальциевую перегрузку, открытие поры mPTP, выход фрагментов мтДНК через олигомеры VDAC1 и активацию провоспалительного каскада cGAS-STING. Prediction. Фармакологическое ингибирование олигомеризации VDAC1 (VBIT-4) или экспрессия пептида-антагониста сближения ЭР и митохондрий в первые 24 часа после травмы предотвратит выход мтДНК в цитозоль, подавит фосфорилирование TBK1/IRF3 и восстановит регенеративный потенциал старых NAD+-дефицитных МСК. | Gemini 4 Argon | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H31 | The functional lesion in aged satellite cells is a raised NADH/NAD+ redox ratio rather than a lowered total NAD+ pool, and it acts by limiting PHGDH-dependent serine synthesis, one-carbon flux and SAM supply for H3K4 methylation at myogenic genes. Selectively oxidising the cytosolic pool without adding NAD+ should restore regeneration.Mechanism and predictionMechanism. PHGDH requires NAD+ as cofactor; an elevated NADH/NAD+ ratio in aged cells suppresses de novo serine synthesis, lowering glycine/formate entry into folate-mediated one-carbon metabolism and reducing SAM. Reduced SAM impairs MLL-complex H3K4me3 deposition at Myod1/Myog, delaying the activation transcriptional program. Prediction. Satellite-cell expression of the water-forming NADH oxidase LbNOX (cytosolic) in aged mice restores serine/formate labelling from glucose, raises SAM and H3K4me3 at myogenic loci, and improves regeneration without increasing total NAD+. Serine/formate dietary supplementation partially phenocopies the rescue; mitochondria-targeted mitoLbNOX does not. | Claude Opus 5.5 | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H32 | NAD+ decline impairs regeneration partly by reducing mono-ADP-ribosylation of translation and ribosome-biogenesis factors by PARP10/PARP14, which normally restrains protein synthesis during the quiescence-to-activation transition. Loss of this brake causes a premature, unbuffered translational surge, proteotoxic stress and failed activation in aged cells.Mechanism and predictionMechanism. PARP10/PARP14 use NAD+ to MARylate ribosomal proteins and eIF/RNA-helicase substrates, pacing the rise in translation so that ribosome biogenesis, chaperone capacity and nutrient supply stay matched. With low NAD+, MARylation falls, translation outruns chaperone capacity, activating the integrated stress response (ATF4/CHOP) and stalling the cell cycle. Prediction. MAR-specific proteomics of activating satellite cells shows reduced MARylation of ribosomal and initiation-factor substrates in aged cells, restored by NAD+ repletion. Pharmacological or genetic reduction of translation initiation in early activation (low-dose ISRIB-independent eIF4E restraint, or rapamycin pulsed only in the first 24 h) improves aged regeneration, and PARP10 overexpression rescues at unchanged NAD+. | Claude Opus 5.5 | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H33 | Снижение уровня NAD+ и рост отношения NMN/NAD+ в старых МСК снимают аллостерическое аутоингибирование NAD+-гидролазы SARM1 при стрессе активации после повреждения мышцы. Активированный SARM1 синтезирует циклический АДФ-рибозу (cADPR), вызывая хроническую утечку Ca2+ через рианодиновые рецепторы (RYR1) и кальпаин-опосредованную протеолитическую деградацию фактора транскрипции Pax7.Mechanism and predictionMechanism. Белок SARM1 в норме заблокирован связыванием NAD+ с его регуляторным ARM-доменом, но активируется при падении концентрации NAD+ и конкурентном связывании NMN. В старых МСК, где экспрессия NMNAT снижена сильнее, чем NAMPT, повреждение ткани провоцирует активацию TIR-домена SARM1, генерацию вторичного мессенджера cADPR, открытие каналов RYR1 в эндоплазматическом ретикулуме и активацию кальпаина-1, который избирательно расщепляет Pax7 и блокирует возврат прогениторов в нишу. Prediction. Генетическая делеция Sarm1 или фармакологическая блокада cADPR (8-Br-cADPR) в старых МСК предотвратит деградацию белка Pax7 и восстановит пул самообновляющихся сателлитных клеток после инъекции кардиотоксина, тогда как введение высоких доз NMN на фоне сниженной активности NMNAT1 парадоксально усилит потерю Pax7 в старых МСК дикого типа, но не в МСК с нокаутом Sarm1. | Gemini 4 Argon | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H35 | Снижение NAD+ ослабляет SIRT2-зависимое деацетилирование α-тубулина в MuSC, нарушая ориентацию митотического веретена относительно базальной мембраны и увеличивая долю симметричных дифференцировочных делений после травмы.Mechanism and predictionMechanism. Гиперацетилированный тубулин стабилизирует астральные микротрубочки неправильной полярности; плоскость деления уходит от оси «базальная–апикальная», обе дочерние клетки получают дифференцировочные сигналы. Prediction. Ингибирование HDAC6 (компенсаторно снижающее ацетил-тубулин) у старых MuSC восстановит правильную ориентацию веретена и долю асимметричных делений только при одновременном умеренном повышении NAD+, подтверждающем зависимость от SIRT2. | Grok 4.5 | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H36 | In aged satellite cells the NMN/NAD+ ratio rises rather than NAD+ simply falling, and this ratio shift activates SARM1's NAD+ hydrolase activity, converting a modest biosynthetic deficit into catabolic collapse during the energetically demanding first activation cycle. SARM1 deletion, not precursor supplementation, is the decisive intervention.Mechanism and predictionMechanism. Reduced NMNAT1/2 throughput in aged cells causes NMN accumulation; NMN binding to the SARM1 ARM domain relieves autoinhibition, and activated SARM1 cleaves NAD+ catalytically. The resulting feed-forward depletion occurs precisely when activation raises NAD+ demand, producing ATP crisis, failed G0 exit and apoptosis of activating cells. Prediction. Sarm1 deletion restricted to Pax7+ cells in aged mice improves regeneration and satellite-cell expansion after injury, and blunts the acute post-injury NAD+ drop measured in sorted cells; NMN supplementation alone worsens or fails to rescue aged regeneration in Sarm1-intact mice while rescuing it in Sarm1-null mice. | Claude Opus 5.5 | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H37 | Возрастное снижение NAD+ в мышечных стволовых клетках (MuSC) избирательно ослабляет SIRT1-зависимое деацетилирование H4K16 в локусе MyoD, из-за чего клетки медленнее выходят из покоя и хуже инициируют программу миогенной активации после повреждения.Mechanism and predictionMechanism. Недостаток NAD+ снижает каталитическую активность ядерного SIRT1; накопление ацетил-H4K16 удерживает хроматин MyoD в полузакрытом состоянии и задерживает транскрипционный старт активации. Prediction. Восстановление ядерного NAD+ (например, через ядерно-таргетированный NMN) нормализует уровень H4K16ac на энхансерах MyoD и ускоряет выход MuSC из покоя у старых мышей сильнее, чем системное повышение цитозольного NAD+ при равном общем уровне NAD+. | Grok 4.5 | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |
| H38 | Возрастное падение NAD+ в MuSC замедляет NMNAT1-опосредованный ядерный ресайклинг никотинамида, из-за чего после повреждения накапливается никотинамид и ингибируется SIRT6, необходимый для репарации двунитевых разрывов во время S-фазы.Mechanism and predictionMechanism. Низкая активность NMNAT1 оставляет высокий никотинамид в ядре; никотинамид конкурентно тормозит SIRT6, ослабляя резекцию концов ДНК и замедляя пролиферацию после травмы. Prediction. Ядерная сверхэкспрессия NMNAT1 у старых MuSC снизит ядерный никотинамид, повысит активность SIRT6 и ускорит разрешение γH2AX-фокусов в S-фазе сильнее, чем эквивалентное повышение цитозольного NMNAT2. | Grok 4.5 | no | | | | Discarded at stage 1 | Literature check in progress |