New question · All questions and hypotheses

Hypotheses for the question

Question

Как возрастное снижение NAD+ в мышечных стволовых клетках влияет на их способность восстанавливать мышцу после повреждения?

Finished in 7 min
  1. 1Four models propose 40 hypothesesDone40 of 40 hypothesesGPT-6 Astra: 10 hypothesesGrok 4.5: 10 hypothesesClaude Opus 5.5: 10 hypothesesGemini 4 Argon: 10 hypotheses
  2. 2GPT-6 Astra discards hypothesesDone35 discarded, 5 kept
  3. 3Three models cross-check the restDone1 of 5 selected
  4. 4Every hypothesis is compared with the literatureDone1 of 40 checked

Selected hypotheses

All four forecasting models agree on these hypotheses: each forecasts that an experiment will confirm them. Each card shows what the literature search found about the claim.

H21Proposed by: Claude Opus 5.5

Macrophages infiltrating injured aged muscle act as an extracellular NAD+/NMN sink through surface CD38, locally starving satellite cells of precursors at exactly the time of activation. The aged satellite-cell NAD+ deficit is thus partly niche-imposed and reversible by blocking myeloid CD38 without altering satellite-cell biosynthesis.

Mechanism

Aged injury sites recruit CD38-high macrophages; CD38 ectoenzyme activity hydrolyses interstitial NAD+ and NMN in the immediate satellite-cell microenvironment, lowering NR/NMN available for NRK1-dependent uptake and salvage by the adjacent stem cell.

Prediction

Myeloid-specific Cd38 deletion (LysM-Cre) raises interstitial NMN/NAD+ measured by microdialysis in aged injured muscle, raises satellite-cell NAD+ in sorted cells, and improves regeneration, while Pax7-specific Cd38 deletion does not. Co-culture of aged satellite cells with CD38-high macrophages reproduces the NAD+ drop and is rescued by a CD38 inhibitor.

Forecasts

GPT-6 Astra: yesClaude Sonnet 5.5: yesGemini 4 Argon: yesGrok 4.5: yes

Literature

Parts are published, the hypothesis as a whole is not

The immune-cell CD38 study (2020) already reports that macrophage surface CD38 degrades extracellular NMN, limits its availability to neighboring cells, and that blocking this activity restores NMN-dependent NAD+ increases. The muscle-regeneration study (2022) reports that NRK1/2 loss impairs muscle stem-cell differentiation and delays repair. The human twin study (2023) reports increased myoblast differentiation following nicotinamide riboside supplementation. These are reported components, including the extracellular precursor-depletion mechanism itself, but none of the supplied articles identifies macrophage CD38 as the cause of satellite-cell NAD+ deficiency during regeneration of aged muscle.

What is new. The unreported relation is that macrophage CD38 imposes precursor deprivation specifically on satellite cells during activation in injured aged muscle, and that selectively blocking myeloid CD38 restores their NAD+ and regeneration while preserving their biosynthetic machinery. The predicted benefit of LysM-Cre-mediated Cd38 deletion, contrasted with Pax7-specific Cd38 deletion, and rescue in macrophage-satellite-cell co-culture are also absent as reported findings.

Thus, extracellular CD38 activity of M1 macrophages controls availability of NMN to other cells.CD38 ecto-enzyme in immune cells is induced during aging and regulates NAD+ and NMN levels, 2020
During regeneration, muscle stem cells (MuSCs) from NRKdKO animals hyper-proliferate but fail to differentiate.Nicotinamide riboside kinases regulate skeletal muscle fiber-type specification and are rate-limiting for metabolic adaptations during regeneration, 2022
Myoblasts derived from the NR-supplemented twins showed reduced stemness and increased differentiationNicotinamide riboside improves muscle mitochondrial biogenesis, satellite cell differentiation, and gut microbiota in a twin study, 2023
Articles read (4)

All hypotheses

Every proposed hypothesis with the forecast of each model. Click a column header to sort.

No.▲Hypothesis▲Author▲GPT‑6 Astra▲Claude Sonnet 5.5▲Gemini 4 Argon▲Grok 4.5▲Result▲Literature▲
H21Macrophages infiltrating injured aged muscle act as an extracellular NAD+/NMN sink through surface CD38, locally starving satellite cells of precursors at exactly the time of activation. The aged satellite-cell NAD+ deficit is thus partly niche-imposed and reversible by blocking myeloid CD38 without altering satellite-cell biosynthesis.
Mechanism and prediction

Mechanism. Aged injury sites recruit CD38-high macrophages; CD38 ectoenzyme activity hydrolyses interstitial NAD+ and NMN in the immediate satellite-cell microenvironment, lowering NR/NMN available for NRK1-dependent uptake and salvage by the adjacent stem cell.

Prediction. Myeloid-specific Cd38 deletion (LysM-Cre) raises interstitial NMN/NAD+ measured by microdialysis in aged injured muscle, raises satellite-cell NAD+ in sorted cells, and improves regeneration, while Pax7-specific Cd38 deletion does not. Co-culture of aged satellite cells with CD38-high macrophages reproduces the NAD+ drop and is rescued by a CD38 inhibitor.

Claude Opus 5.5yesyesyesyesSelectedParts are published, the hypothesis as a whole is not
H13Возрастное снижение NAD+ повышает частоту недореплицированных участков генома при первом делении мышечных стволовых клеток после повреждения. Наследование этих участков одной из дочерних клеток снижает вероятность её возвращения в покой и истощает резерв для повторной регенерации.
Mechanism and prediction

Mechanism. Недостаток субстрата ограничивает локальную активность поли-АДФ-рибозополимеразы PARP1 у остановившихся репликационных вилок. Предполагается, что возникающие повреждения распределяются между дочерними клетками неравномерно и связывают исход первого деления с последующей потерей самообновления.

Prediction. Восстановление ядерного NAD+ только во время первой фазы синтеза ДНК уменьшает число дочерних клеток с недореплицированными участками и повышает эффективность регенерации после повторного повреждения. Этот эффект ослабевает при подавлении каталитической активности PARP1 и сопровождается изменением судьбы повреждённой дочерней клетки при отслеживании пар потомков.

GPT-6 AstrayesnononoRejected in the cross-checkLiterature check in progress
H34Возрастное снижение NAD+ подавляет механочувствительную активацию мышечных стволовых клеток через стабилизацию ангиомотина. Этот механизм особенно ограничивает регенерацию в участках повреждённой мышцы с повышенной жёсткостью внеклеточного матрикса.
Mechanism and prediction

Mechanism. Недостаток NAD+ снижает активность танкираз TNKS1 и TNKS2, вследствие чего уменьшаются поли-АДФ-рибозилирование и последующая деградация ангиомотина. Накопление ангиомотина удерживает транскрипционный коактиватор YAP вне ядра и ограничивает пролиферацию.

Prediction. При одинаковой жёсткости матрикса старые клетки с низким NAD+ накапливают ангиомотин и демонстрируют меньшую ядерную локализацию YAP. Снижение ангиомотина восстанавливает пролиферацию и регенеративный вклад этих клеток при сохраняющемся дефиците NAD+, причём эффект усиливается на более жёстком матриксе.

GPT-6 AstrayesnononoRejected in the cross-checkLiterature check in progress
H39Снижение NAD+ в старых мышечных стволовых клетках нарушает возобновление синтеза рибосом после повреждения через накопление РНК-ДНК-гибридов в рибосомных генах. Это задерживает первое деление и уменьшает размер регенеративных клонов.
Mechanism and prediction

Mechanism. Снижение активности NAD+-зависимого сиртуина SIRT7 нарушает организацию хроматина рибосомных генов при выходе из покоя. Возникающие РНК-ДНК-гибриды затрудняют транскрипцию и репликацию этих участков, ограничивая образование рибосом.

Prediction. Направленная в ядрышко рибонуклеаза H1 уменьшает количество гибридов, восстанавливает синтез рибосомной РНК и сокращает задержку первого деления старых клеток при низком NAD+. Каталитически неактивный вариант фермента такого эффекта не даёт; одновременно увеличивается вклад клеток в восстановление мышцы.

GPT-6 AstrayesnononoRejected in the cross-checkLiterature check in progress
H40Low NAD+ in aged satellite cells prevents SIRT3-dependent mitophagic clearance of damaged mitochondria inherited from the quiescent state, and the resulting cytosolic mtDNA release activates cGAS-STING, imposing a senescence-like arrest at the first activation. The regenerative block is therefore an innate-immune signalling event downstream of an NAD+-dependent quality-control failure.
Mechanism and prediction

Mechanism. Quiescent satellite cells accumulate damaged mitochondria; activation requires an NAD+/SIRT3-dependent burst of mitophagy. Insufficient NAD+ leaves depolarised mitochondria that leak mtDNA through BAX/BAK-VDAC pores, triggering cGAS-STING, type-I interferon and p21/p16 induction that arrests the activating cell.

Prediction. Aged activating satellite cells show cytosolic mtDNA and an interferon signature that is abolished by NAD+ repletion; satellite-cell-specific Sting1 deletion or a STING inhibitor rescues aged regeneration to the same extent as NAD+ repletion, and the two interventions are non-additive, placing STING downstream of the NAD+ deficit.

Claude Opus 5.5yesnoyesyesRejected in the cross-checkLiterature check in progress
H1Возрастное снижение NAD+, сопровождаемое повышением отношения NADH/NAD+, нарушает периодичность экспрессии лиганда DLL1 в активированных мышечных стволовых клетках. Изменение временной структуры сигналов Notch между соседними клетками уменьшает согласованность пролиферации и самообновления после повреждения.
Mechanism and prediction

Mechanism. Восстановленная форма кофактора NADH усиливает действие транскрипционного корепрессора CtBP на регуляторных участках Dll1. Предполагается, что длительное связывание CtBP подавляет повторные импульсы экспрессии DLL1 и меняет распределение клеточных судеб.

Prediction. У старых клеток изменяется периодичность экспрессии DLL1 даже при сопоставимом среднем количестве лиганда. Воспроизведение нормальных импульсов DLL1 восстанавливает самообновление и регенерацию эффективнее, чем постоянная экспрессия с тем же суммарным количеством белка; эффект зависит от связывания CtBP с регуляторными участками Dll1.

GPT-6 AstranoDiscarded at stage 1Literature check in progress
H2Возрастное снижение NAD+ создаёт кратковременное окно чувствительности мышечных стволовых клеток к ферроптозу при первом переходе к активному митохондриальному обмену. Потеря клеток именно в этот период уменьшает число клонов, восстанавливающих мышцу.
Mechanism and prediction

Mechanism. Снижение активности сиртуина SIRT5 повышает сукцинилирование митохондриальной изоцитратдегидрогеназы IDH2 и ограничивает образование восстановленного никотинамидадениндинуклеотидфосфата (NADPH). Ослабление антиоксидантной защиты совпадает с ростом окисления мембранных липидов при активации клетки.

Prediction. Кратковременное подавление ферроптоза в период первого метаболического перехода сохраняет больше регенеративных клонов, чем такое же воздействие позднее. Вариант IDH2 с подтверждённой устойчивостью к ингибирующему сукцинилированию воспроизводит этот эффект при низком NAD+, а подавление апоптоза обеспечивает меньшую защиту.

GPT-6 AstranoDiscarded at stage 1Literature check in progress
H3Падение уровня NAD+ в старых МСК снижает активность десукцинилазы SIRT5, что ведет к гиперсукцинилированию и инактивации лизилгидроксилазы PLOD2. В результате активированные МСК секретируют недогидроксилированный, механически нестабильный коллаген VI, который не способен сформировать аутокринную регенеративную микронишу и активировать механотрансдукцию через интегрин α7β1 и YAP/TAZ.
Mechanism and prediction

Mechanism. Для выживания и направленной миграции после разрушения базальной мембраны активированные МСК должны самостоятельно секретировать и сшивать коллаген VI. Снижение уровня NAD+ подавляет активность SIRT5, вызывая накопление сукцинилированных остатков лизина в каталитическом домене фермента PLOD2, что нарушает гидроксилирование лизина в цепях коллагена VI, приводит к его внутриклеточной агрегации в ЭР и формированию рыхлого внеклеточного матрикса с низкой жесткостью, не способного удерживать ядерную локализацию механосенсора YAP.

Prediction. Культивирование старых NAD+-истощенных МСК на децеллюляризованном матриксе, предварительно наработанном молодыми МСК, либо экспрессия мутанта PLOD2, устойчивого к сукцинилированию, восстановит созревание фокальных контактов α7β1-интегрина, ядерную транслокацию YAP и пролиферацию старых МСК без коррекции внутриклеточного пула NAD+.

Gemini 4 ArgonnoDiscarded at stage 1Literature check in progress
H4Возрастной дефицит NAD+ на базальном теле первичной реснички покоящихся МСК подавляет активность SIRT2, вызывая гиперацетилирование аксонемального α-тубулина (K40) и блокируя разборку первичной реснички при активации после травмы. Сохранение первичной реснички поддерживает конститутивный ингибирующий сигналинг Hedgehog и задерживает переход МСК из фазы G0 в S-фазу.
Mechanism and prediction

Mechanism. Покоящиеся МСК несут первичную ресничку, которая удерживает клетку в G0 через сигналинг Gli2/3 и должна быть быстро резорбирована при участии киназы Aurora A и деацетилаз HDAC6/SIRT2 для формирования центросомы митотического веретена. Снижение уровня NAD+ в старых МСК инактивирует базально-цилиарный пул SIRT2, стабилизирует микротрубочки аксонемы за счет гиперацетилирования K40 α-тубулина и препятствует резорбции реснички в ответ на факторы роста поврежденной мышцы.

Prediction. Индуцированная генетическая абляция белка интрафлагеллярного транспорта IFT88 непосредственно в момент повреждения мышцы устранит задержку первого клеточного деления в старых или NAD+-истощенных МСК, а экспрессия неацетилируемого мутанта α-тубулина (K40R) ускорит декализацию и вход в S-фазу без изменения уровня NAD+.

Gemini 4 ArgonnoDiscarded at stage 1Literature check in progress
H5NAD+ is partitioned asymmetrically between daughter cells at the first satellite-cell division, and loss of this asymmetry in aged cells causes both daughters to adopt a committed fate, depleting the self-renewing pool after each injury. The regenerative deficit of aged muscle is therefore a fate-allocation defect driven by NAD+ distribution rather than a proliferation defect.
Mechanism and prediction

Mechanism. Asymmetric inheritance of mitochondria and of NMNAT-containing cytoplasm produces a high-NAD+ daughter in which SIRT1/SIRT2-dependent deacetylation sustains Pax7 and represses Myog, and a low-NAD+ daughter that commits. With global NAD+ already near a threshold in aged cells, both daughters fall below the SIRT1-permissive level and both commit.

Prediction. Live imaging of a genetically encoded NAD+ sensor in dividing satellite cells shows a reproducible >1.5-fold inter-daughter NAD+ asymmetry in young cells that collapses in aged cells; raising NAD+ in aged cells restores two-population asymmetry and Pax7-high daughter frequency, and serial injury shows preserved satellite-cell numbers only when asymmetry is restored.

Claude Opus 5.5noDiscarded at stage 1Literature check in progress
H6Возрастное снижение цитоплазматического пула NAD+ в активирующихся мышечных стволовых клетках (МСК) нарушает SIRT2-зависимое деацетилирование полярного белка NuMA во время первого митоза после повреждения. Это приводит к дезориентации митотического веретена относительно базальной мембраны и смещению баланса от асимметричного самообновления к симметричной миогенной дифференцировке, вызывая преждевременное истощение пула Pax7+ резервных клеток.
Mechanism and prediction

Mechanism. В молодых МСК при выходе из покоя цитоплазматическая деацетилаза SIRT2 использует NAD+ для деацетилирования кортикального регулятора NuMA, что необходимо для его взаимодействия с комплексом LGN/Par3 на апикальном полюсе клетки и перпендикулярной ориентации веретена деления. При старении дефицит NAD+ снижает активность SIRT2, вызывая гиперацетилирование NuMA, потерю апикально-базальной полярности, равномерное распределение p38α/β MAPK между дочерними клетками и утрату способности генерировать недифференцированную дочернюю стволовую клетку.

Prediction. Экспрессия мутантной формы NuMA, имитирующей конститутивное деацетилирование (замена лизина на аргинин в сайте мишени SIRT2), в старых или обработанных ингибитором NAMPT (FK866) МСК восстановит перпендикулярную ориентацию веретена деления и долю асимметричных делений (Pax7+/MyoD- и Pax7+/MyoD+) на изолированных миоволокнах без восстановления митохондриального дыхания или общего уровня NAD+.

Gemini 4 ArgonnoDiscarded at stage 1Literature check in progress
H7Circadian NAMPT oscillation in satellite cells loses amplitude with age, so the NAD+ peak no longer aligns with the injury-triggered activation window; consequently aged regeneration outcome depends on the circadian phase at which injury occurs, and timed precursor dosing is more effective than constant dosing.
Mechanism and prediction

Mechanism. BMAL1/CLOCK drive rhythmic Nampt transcription and a corresponding NAD+ rhythm that normally gates SIRT1-dependent activation competence. Aged satellite cells show dampened BMAL1 output, flattening the NAD+ rhythm so that activation frequently initiates during a trough, when SIRT1 activity is insufficient for timely G0 exit.

Prediction. Injuring aged mice at the predicted NAD+ peak versus trough produces a measurable difference in myofiber regeneration and EdU+ satellite-cell numbers, with a smaller phase dependence in young mice; chronotherapeutic NR dosing timed to the trough outperforms the same daily dose given at the peak or divided evenly.

Claude Opus 5.5noDiscarded at stage 1Literature check in progress
H8Age-related NAD+ decline in satellite cells is compartment-selective: the nuclear NMNAT1-generated pool falls earlier and further than the mitochondrial pool, and it is specifically nuclear NAD+ loss that blocks the chromatin opening required for quiescence exit. Restoring only nuclear NAD+ in aged satellite cells should be sufficient to restore regenerative output without correcting mitochondrial NAD+.
Mechanism and prediction

Mechanism. NMNAT1 expression/activity declines with age, lowering nuclear NAD+ available to SIRT1/SIRT6 at myogenic enhancers (Myod1, Myf5, Pax7-proximal elements). Persistent H3K9ac/H4K16ac hypoacetylation and failure to evict repressive marks delay transcriptional activation of the myogenic program, while mitochondrial sirtuin substrates remain comparatively buffered by MRP-independent NMNAT3/NAD+ import.

Prediction. Satellite-cell-specific expression of nucleus-targeted NMNAT1 (or a nucleus-restricted NAD+ biosensor-validated NMN/NAD module) in aged mice restores first-division timing, MyoD induction and myofiber cross-sectional area after cardiotoxin injury, whereas mitochondria-targeted NMNAT3 at matched total-NAD+ gain does not. Compartment-resolved NAD+ sensors show >50% nuclear decline with <20% mitochondrial decline in aged quiescent satellite cells.

Claude Opus 5.5noDiscarded at stage 1Literature check in progress
H9Падение NAD+ нарушает сборку NAD+-зависимого комплекса GAPDH–Siah1 в ядре активирующихся MuSC, из-за чего не происходит транскрипционной репрессии пролиферативных генов в нужный момент и клетки входят в преждевременный репликативный стресс перед слиянием.
Mechanism and prediction

Mechanism. При достаточном NAD+ GAPDH нитрозилируется и с Siah1 транспортируется в ядро, где подавляет c-Myc; при дефиците NAD+ этот шаг пропускается, клетки пролиферируют дольше и накапливают повреждения перед терминальной дифференцировкой.

Prediction. Ядерно-локализованный фосфомиметический GAPDH у старых MuSC сократит избыточные раунды деления и повысит долю слившихся миотрубок после повреждения независимо от уровня цитозольного NAD+.

Grok 4.5noDiscarded at stage 1Literature check in progress
H10Снижение митохондриального NAD+ в старых мышечных стволовых клетках ограничивает их миграцию к повреждённым волокнам через накопление реакционноспособных альдегидов. Основным следствием становится потеря деформируемости ядра при прохождении через узкие пространства ткани.
Mechanism and prediction

Mechanism. Недостаток NAD+ ограничивает окисление альдегидов митохондриальной альдегиддегидрогеназой ALDH2. Предполагается, что накопившиеся альдегиды образуют аддукты с белками ядерной ламины, повышая жёсткость ядра и вероятность его повреждения при миграции.

Prediction. При сопоставимой жизнеспособности старые клетки с низким митохондриальным NAD+ хуже проходят через узкие каналы, чем через широкие. Связывание реакционноспособных альдегидов уменьшает модификации белков ламины, восстанавливает прохождение через узкие каналы и распределение клеток в очаге повреждения при сохраняющемся дефиците NAD+.

GPT-6 AstranoDiscarded at stage 1Literature check in progress
H11Возрастное снижение окисленного никотинамидадениндинуклеотида (NAD+) уменьшает долю NAD-кэпированных транскриптов Myod1 в мышечных стволовых клетках. Если такая модификация задерживает трансляцию этих транскриптов, её утрата вызывает преждевременную дифференцировку и сокращает число клеток, участвующих в восстановлении мышцы.
Mechanism and prediction

Mechanism. Предполагается существование функционально значимой популяции транскриптов Myod1 с NAD+ на 5′-конце. Снижение доступности NAD+ при инициации транскрипции меняет соотношение вариантов кэпирования и ускоряет накопление белка MYOD1 до завершения необходимого числа делений.

Prediction. В старых клетках обнаруживается снижение NAD-кэпирования Myod1, предшествующее ускоренному накоплению MYOD1. Избирательное восстановление этого кэпирования при сопоставимом количестве транскриптов увеличивает число делений перед дифференцировкой и вклад клеток в регенерирующие волокна.

GPT-6 AstranoDiscarded at stage 1Literature check in progress
H12Возрастной дефицит NAD+ в MuSC нарушает NAD+-зависимую моно-ADP-рибозилирование STAT3 киназой ARTD10, ослабляя IL-6–опосредованную транзиторную экспансию пула стволовых клеток в ранней фазе регенерации.
Mechanism and prediction

Mechanism. ARTD10 использует NAD+ для mono-ADPr STAT3; при нехватке NAD+ фосфо-STAT3 не удерживается в ядре достаточно долго для индукции циклинов, нужных для первого раунда пролиферации.

Prediction. Экспрессия каталитически активного ARTD10 в старых MuSC восстановит ранний пик пролиферации после повреждения при условии достаточного локального NAD+, тогда как мутант ARTD10 без ADP-рибозилтрансферазной активности эффекта не даст.

Grok 4.5noDiscarded at stage 1Literature check in progress
H14Снижение цитозольного отношения NAD+/NADH в активирующихся старых МСК подавляет синтез дигидроксиацетонфосфата (DHAP) и пероксисомальный биосинтез эфирных фосфолипидов (плазмалогенов). Дефицит плазмалогенов нарушает биофизическую текучесть плазматической мембраны, необходимую для слияния миобластов, и делает клетки уязвимыми к ферроптозу в богатой свободным железом зоне некроза миоволокон.
Mechanism and prediction

Mechanism. При переходе МСК к гликолитической пролиферации падение пула свободного цитозольного NAD+ смещает равновесие глицерол-3-фосфатдегидрогеназы (GPD1) в сторону накопления глицерол-3-фосфата за счет истощения пула DHAP, поступающего в пероксисомы для синтеза предшественников плазмалогенов. Нехватка винил-эфирных связей плазмалогенов лишает мембрану эндогенной антиоксидантной защиты от перекисного окисления липидов и нарушает формирование полуслияния (hemifusion) липидного бислоя при образовании миотуб.

Prediction. Экспрессия цитозольной NADH-оксидазы LbNOX (повышающей отношение NAD+/NADH без увеличения общего пула NAD+ и без активации сиртуинов) или добавление алкилглицерола (обходящего DHAP-зависимый пероксисомальный этап) восстановит уровень плазмалогенов, предотвратит ферроптоз и вернет способность к слиянию старым МСК после травмы хлоридом бария.

Gemini 4 ArgonnoDiscarded at stage 1Literature check in progress
H15Возрастное снижение NAD+ переводит часть мышечных стволовых клеток в состояние чувствительности к самоподдерживающемуся истощению NAD+ через фермент SARM1. После повреждения этот механизм вызывает резкую потерю отдельных регенеративных клонов.
Mechanism and prediction

Mechanism. Предполагается, что в восприимчивых клетках повышение отношения никотинамидмононуклеотида к NAD+ активирует NAD+-гидролазу SARM1. Последующее расщепление NAD+ усиливает исходный дефицит и формирует пороговый переход к гибели клетки.

Prediction. Наблюдение за отдельными клетками выявляет резкие эпизоды падения NAD+, предшествующие гибели, преимущественно у старых животных. Удаление Sarm1 только в мышечных стволовых клетках устраняет эти эпизоды и увеличивает число регенеративных клонов, хотя исходный возрастной дефицит NAD+ сохраняется.

GPT-6 AstranoDiscarded at stage 1Literature check in progress
H16Снижение NAD+ с возрастом вызывает гиперпаузу PARP1 в покоящихся MuSC; избыточная PARилирование Pax7 удерживает фактор в неактивной конформации и блокирует асимметричное деление после травмы.
Mechanism and prediction

Mechanism. Низкий NAD+ смещает равновесие в сторону хронической активации PARP1 на базальном уровне повреждения ДНК; PARилированный Pax7 хуже связывается с промоторами генов асимметричного деления.

Prediction. Ингибирование PARP1 у старых MuSC восстановит долю асимметричных делений и регенерацию мышцы без существенного повышения общего NAD+, тогда как у молодых животных тот же ингибитор ухудшит репарацию ДНК.

Grok 4.5noDiscarded at stage 1Literature check in progress
H17Quiescent aged satellite cells carry accumulated single-strand DNA breaks that become lethal only at the first replication after injury, and NAD+ scarcity blocks their PARP1-dependent repair; regeneration failure is thus a replication-stress event confined to the first S phase. Neither NAD+ repletion nor repair-capacity restoration alone is sufficient — both are needed.
Mechanism and prediction

Mechanism. Long quiescence allows SSB accumulation; PARP1 detection and XRCC1 recruitment require NAD+ for poly-ADP-ribose synthesis. In low-NAD+ aged cells, unrepaired SSBs are converted to double-strand breaks and stalled forks on entry into S phase, triggering ATR-CHK1 signalling and p21-dependent arrest or apoptosis.

Prediction. Aged satellite cells show elevated alkaline-comet SSB load in quiescence, and γH2AX/53BP1 foci appear specifically at the first EdU+ S phase. Combined NAD+ repletion plus PARP1 or XRCC1 restoration reduces first-S-phase γH2AX and improves regeneration more than either intervention alone; p21 deletion rescues survival but yields genomically abnormal progeny.

Claude Opus 5.5noDiscarded at stage 1Literature check in progress
H18Возрастное снижение цитозольного NAD+ ограничивает слияние потомков мышечных стволовых клеток с регенерирующими волокнами через недостаточное образование NADPH у клеточной мембраны. В результате клетки проходят миогенную дифференцировку, но реже включаются в мышечные волокна.
Mechanism and prediction

Mechanism. Недостаток NAD+ ограничивает образование окисленного NADP+ NAD-киназой и последующее пополнение локального NADPH. Предполагается, что это ослабляет краткие импульсы образования активных форм кислорода NADPH-оксидазой NOX2, необходимые для перестройки актинового цитоскелета в месте слияния.

Prediction. У дифференцированных потомков старых клеток снижаются локальные импульсы окисления у мембраны при сохранённой экспрессии белков слияния. Восстановление локального образования NADPH повышает частоту слияния при низком общем NAD+, а подавление NOX2 устраняет этот эффект.

GPT-6 AstranoDiscarded at stage 1Literature check in progress
H19В старых МСК на стадии быстрой транзиторной амплификации миобластов конкуренция за истощенный ядерный пул NAD+ между репарационным ферментом PARP1 и ядрышковой деацетилазой SIRT7 вызывает накопление РНК-ДНК гибридов (R-петель) на повторах рДНК. Это приводит к коллапсу фазового разделения ядрышка и p53-зависимой остановке пролиферации миогенных предшественников на пике регенерации.
Mechanism and prediction

Mechanism. Быстрое клональное размножение активированных МСК требует резкого усиления транскрипции рДНК РНК-полимеразой I, где SIRT7 деацетилирует фибрилларин и субъединицу PAF53, предотвращая столкновение комплексов транскрипции и репликации. В старых МСК фоновые одноцепочечные разрывы ДНК гиперактивируют PARP1, который исчерпывает ядерный NAD+ (Km у PARP1 ниже, чем у SIRT7), что инактивирует SIRT7, вызывает накопление R-петель в ядрышке, транслокацию рибосомных белков RPL5/RPL11 в нуклеоплазму и стабилизацию p53 через ингибирование MDM2.

Prediction. Направленная в ядрышко экспрессия РНКазы H1 (разрушающей R-петли) в старых или дефицитных по NMNAT1 МСК предотвратит дезинтеграцию ядрышка, подавит стабилизацию p53 и восстановит клональную экспансию транзиторно-амплифицирующихся миобластов на 3–4 сутки после повреждения без восстановления уровня NAD+.

Gemini 4 ArgonnoDiscarded at stage 1Literature check in progress
H20Дефицит NAD+ нарушает NAD+-чувствительный комплекс CLOCK–BMAL1 в MuSC, сдвигая фазу транскрипции генов активации относительно пика провоспалительных цитокинов в нише и снижая эффективность рекрутирования клеток к месту повреждения.
Mechanism and prediction

Mechanism. NAD+ модулирует активность SIRT1/CLOCK; при хронически низком NAD+ пик экспрессии Cxcr4 и M-cadherin смещается на 4–6 ч относительно волны CCL2/TNF, ослабляя хемотаксис.

Prediction. Временная синхронизация введения NMN с субъективной ночью старых животных восстановит совпадение фазы активации MuSC с воспалительным пиком и улучшит закрытие дефекта мышцы сильнее, чем та же доза NMN днём.

Grok 4.5noDiscarded at stage 1Literature check in progress
H22Возрастное снижение NAD+ задерживает разборку первичной реснички мышечных стволовых клеток после повреждения через снижение активности SIRT2. Сохранение реснички удлиняет промежуток между получением сигнала активации и первым делением.
Mechanism and prediction

Mechanism. Недостаточная активность NAD+-зависимой деацетилазы SIRT2 поддерживает повышенное ацетилирование тубулина реснички. Предполагается, что это препятствует своевременной разборке аксонемы и освобождению базального тельца для последующих событий клеточного цикла.

Prediction. Кратковременное направление активной деацетилазы HDAC6 к ресничке сразу после повреждения нормализует время её разборки, ускоряет первое деление и увеличивает регенеративный вклад старых клеток при сохраняющемся низком NAD+. Каталитически неактивная HDAC6 и воздействие после первого деления дают меньший эффект.

GPT-6 AstranoDiscarded at stage 1Literature check in progress
H23Возрастной дефицит NAD+ в MuSC снижает NAD+-зависимую активность CD38 на поверхности клеток, изменяя локальный градиент cADPR и Ca2+-осцилляции, необходимые для быстрого выхода из G0 после повреждения сарколеммы соседних волокон.
Mechanism and prediction

Mechanism. CD38 потребляет NAD+ для синтеза cADPR; при низком субстрате амплитуда Ca2+-спайков через ryanodine-рецепторы падает, задерживая кальций-зависимую активацию кальциневрина–NFAT и старт Myf5.

Prediction. Прямая доставка мембранопроницаемого cADPR в старые MuSC восстановит ранние Ca2+-осцилляции и выход из покоя без повышения внутриклеточного NAD+, тогда как у молодых клеток избыток cADPR вызовет преждевременную активацию.

Grok 4.5noDiscarded at stage 1Literature check in progress
H24Aged satellite cells lose the capacity to import and phosphorylate NAD+ precursors because NRK1 and the NMN transporter SLC12A8 are downregulated cell-autonomously; systemic NR/NMN therefore improves aged regeneration indirectly through the niche rather than by raising stem-cell NAD+. Restoring precursor uptake machinery is required for cell-autonomous benefit.
Mechanism and prediction

Mechanism. Precursor salvage in satellite cells depends on NRK1 (NR→NMN) and NMN import; their age-related loss uncouples circulating precursor levels from intracellular NAD+. Observed benefits of supplementation then arise from fibroblasts, endothelium and macrophages, which retain uptake capacity and modify the niche.

Prediction. Sorted aged satellite cells from NR-treated mice show no rise in NAD+ despite elevated muscle-tissue NAD+; Pax7-specific Nmrk1 deletion does not abolish the regenerative benefit of NR in aged mice, whereas satellite-cell-restricted NRK1 overexpression plus NR produces an additional, cell-autonomous gain in satellite-cell expansion.

Claude Opus 5.5noDiscarded at stage 1Literature check in progress
H25Возрастное снижение NAD+ в MuSC уменьшает NAD+-зависимое ADP-рибозилирование регуляторов актинового цитоскелета (например, Argonaute/арп2/3-ассоциированных белков), ослабляя направленную миграцию клеток к зоне повреждения и их встраивание в регенерирующее волокно.
Mechanism and prediction

Mechanism. Mono- или poly-ADPr актин-связывающих белков модулирует скорость сборки ламеллоподий; при низком NAD+ MuSC медленнее хемотаксируют по градиенту HGF/SDF-1 и хуже занимают нишу на повреждённом волокне.

Prediction. Визуализация прижизненной миграции покажет, что повышение локального NAD+ в старых MuSC ускорит их перемещение к краю раны и увеличит число клеток, встроившихся в волокно в первые 72 ч, без изменения их пролиферативного индекса.

Grok 4.5noDiscarded at stage 1Literature check in progress
H26Смещение ядерного отношения свободного NAD+/NADH в сторону NADH в старых МСК стабилизирует димерную форму метаболического корепрессора CtBP1/2 на RBPJ-связанных энхансерах генов-мишеней Notch. Это препятствует вытеснению корепрессорного комплекса внутриклеточным доменом Notch (NICD) на завершающем этапе регенерации и блокирует возврат активированных предшественников в состояние покоя (self-renewal).
Mechanism and prediction

Mechanism. Транскрипционный корепрессор CtBP1/2 обладает на два порядка более высоким сродством к NADH, чем к NAD+, и при повышенном уровне ядерного NADH формирует стабильные димеры, рекрутирующие гистондеметилазу LSD1 и HDAC1/2 к транскрипционному фактору RBPJ. В старых миогенных прогениторах низкое отношение NAD+/NADH не позволяет приходящему сигналу Notch (NICD) диссоциировать димер CtBP с промоторов генов Hes1, Hey1 и Col5a1, лишая клетки способности остановить миогенную программу и заново заселить сателлитную нишу.

Prediction. Введение точечной мутации в NADH-связывающий домен CtBP1/2 (G183A), нарушающей его NADH-зависимую димеризацию, или экспрессия ядерно-локализованной NADH-оксидазы (NLS-LbNOX) в старых МСК восстановит индуцируемую лигандом Dll1 экспрессию Hey1/Col5a1 и численность покоящихся Pax7+ клеток на 14-е сутки после травмы независимо от активности сиртуинов.

Gemini 4 ArgonnoDiscarded at stage 1Literature check in progress
H27Снижение NAD+ нарушает SIRT3-зависимое деацетилирование субъединиц комплекса I в митохондриях MuSC, повышая ROS, которые окисляют цистеины внутриклеточного домена Notch и сдвигают баланс делений в сторону симметричной дифференцировки.
Mechanism and prediction

Mechanism. Ацетилированный комплекс I генерирует избыток супероксида; окисленный Notch-ICD хуже трансактивирует Hes/Hey, необходимые для сохранения одной дочерней клетки в стволовом состоянии.

Prediction. Митохондриально-таргетированный антиоксидант плюс активатор SIRT3 у старых MuSC вернут долю асимметричных делений Notch-зависимо, тогда как один лишь цитозольный антиоксидант этого не сделает.

Grok 4.5noDiscarded at stage 1Literature check in progress
H28Падение уровня ядерного NAD+ в старых МСК селективно нарушает SIRT6-зависимое моно-АДФ-рибозилирование субъединицы BAF60c (SMARCD3) хроматин-ремоделирующего комплекса SWI/SNF. Из-за этого пролиферирующие миобласты не способны рекрутировать комплекс SWI/SNF к закрытым суперэнхансерам генов слияния мембран (Myomaker и Myomerger), останавливаясь на стадии одноядерных предшественников.
Mechanism and prediction

Mechanism. Для терминальной дифференцировки и слияния миобластов необходим пионерский ремоделинг хроматина на локусах Mymk и Mymx, опосредованный взаимодействием MyoD с субъединицей BAF60c. При старении дефицит NAD+ лишает ядерный фермент SIRT6 косубстрата для моно-АДФ-рибозилирования BAF60c, что блокирует сборку функционального мышечно-специфического комплекса BAF на промоторах генов слияния даже при нормальной деацетилазной активности гистонов.

Prediction. Экспрессия мутанта SIRT6-G60A (сохраняющего деацетилазную активность, но лишенного моно-АДФ-рибозилтрансферазной активности) не сможет восстановить открытость хроматина (ATAC-seq) в локусе Myomaker и слияние миобластов в старых МСК с восполненным пулом NAD+, тогда как искусственная сшивка BAF60c с MyoD устранит дефект слияния на фоне дефицита NAD+.

Gemini 4 ArgonnoDiscarded at stage 1Literature check in progress
H29Дефицит ядерного пула NAD+ при старении МСК подавляет ко-транскрипционное 5'-NAD-кэпирование (NAD-capping) регуляторных мРНК миогенной коммитации и профибротических факторов в состоянии покоя. В результате транскрипты, которые в молодых клетках быстро деградируют через фермент декэпирования DXO, в старых МСК получают канонический m7G-кэп и стабилизируются, вызывая преждевременную потерю покоя и фиброгенную трансдифференцировку после травмы.
Mechanism and prediction

Mechanism. РНК-полимераза II использует свободный ядерный NAD+ в качестве неканонического инициаторного нуклеотида для формирования 5'-NAD-кэпа на базально экспрессируемых транскриптах (включая Myod1 и гены мишеней Wnt/TGF-β), что служит меткой для их быстрой деградации нуклеазой DXO (decapping exoribonuclease). Возрастное падение активности ядерного фермента NMNAT1 снижает отношение NAD+/ATP в ядре, переключая инициацию транскрипции на канонический m7G-кэп, что приводит к накоплению этих мРНК и нарушению координации раннего ответа на повреждение.

Prediction. Профилирование NAD-кэпированных РНК (ONE-seq/NAD-cap-seq) покажет избирательную потерю 5'-NAD-кэпов на мРНК Myod1 и профибротических генов в старых покоящихся МСК по сравнению с молодыми, а условный нокаут гена Dxo в молодых МСК воспроизведет фенотип преждевременной стабилизации этих транскриптов и дефектной регенерации при неизменном уровне внутриклеточного NAD+.

Gemini 4 ArgonnoDiscarded at stage 1Literature check in progress
H30Снижение митохондриального пула NAD+ в старых МСК ингибирует SIRT3-зависимое деацетилирование митофузина-2 (MFN2) и канала VDAC1 в зонах контакта эндоплазматического ретикулума и митохондрий (MAM). Это вызывает патологическое гиперсближение органелл, кальциевую перегрузку митохондриального матрикса при пуринергической стимуляции в очаге травмы и выброс мтДНК в цитозоль с запуском cGAS-STING-индуцированного старения.
Mechanism and prediction

Mechanism. Внеклеточный АТФ, высвобождаемый из разрушенных миоволокон, стимулирует выброс Ca2+ через IP3R в зонах MAM для метаболического запуска цикла Кребса в активирующихся МСК. При дефиците митохондриального NAD+ и падении активности SIRT3 гиперацетилированные MFN2 и VDAC1 формируют избыточно плотные и стабильные контакты ЭР-митохондрии, превращая физиологический кальциевый импульс в кальциевую перегрузку, открытие поры mPTP, выход фрагментов мтДНК через олигомеры VDAC1 и активацию провоспалительного каскада cGAS-STING.

Prediction. Фармакологическое ингибирование олигомеризации VDAC1 (VBIT-4) или экспрессия пептида-антагониста сближения ЭР и митохондрий в первые 24 часа после травмы предотвратит выход мтДНК в цитозоль, подавит фосфорилирование TBK1/IRF3 и восстановит регенеративный потенциал старых NAD+-дефицитных МСК.

Gemini 4 ArgonnoDiscarded at stage 1Literature check in progress
H31The functional lesion in aged satellite cells is a raised NADH/NAD+ redox ratio rather than a lowered total NAD+ pool, and it acts by limiting PHGDH-dependent serine synthesis, one-carbon flux and SAM supply for H3K4 methylation at myogenic genes. Selectively oxidising the cytosolic pool without adding NAD+ should restore regeneration.
Mechanism and prediction

Mechanism. PHGDH requires NAD+ as cofactor; an elevated NADH/NAD+ ratio in aged cells suppresses de novo serine synthesis, lowering glycine/formate entry into folate-mediated one-carbon metabolism and reducing SAM. Reduced SAM impairs MLL-complex H3K4me3 deposition at Myod1/Myog, delaying the activation transcriptional program.

Prediction. Satellite-cell expression of the water-forming NADH oxidase LbNOX (cytosolic) in aged mice restores serine/formate labelling from glucose, raises SAM and H3K4me3 at myogenic loci, and improves regeneration without increasing total NAD+. Serine/formate dietary supplementation partially phenocopies the rescue; mitochondria-targeted mitoLbNOX does not.

Claude Opus 5.5noDiscarded at stage 1Literature check in progress
H32NAD+ decline impairs regeneration partly by reducing mono-ADP-ribosylation of translation and ribosome-biogenesis factors by PARP10/PARP14, which normally restrains protein synthesis during the quiescence-to-activation transition. Loss of this brake causes a premature, unbuffered translational surge, proteotoxic stress and failed activation in aged cells.
Mechanism and prediction

Mechanism. PARP10/PARP14 use NAD+ to MARylate ribosomal proteins and eIF/RNA-helicase substrates, pacing the rise in translation so that ribosome biogenesis, chaperone capacity and nutrient supply stay matched. With low NAD+, MARylation falls, translation outruns chaperone capacity, activating the integrated stress response (ATF4/CHOP) and stalling the cell cycle.

Prediction. MAR-specific proteomics of activating satellite cells shows reduced MARylation of ribosomal and initiation-factor substrates in aged cells, restored by NAD+ repletion. Pharmacological or genetic reduction of translation initiation in early activation (low-dose ISRIB-independent eIF4E restraint, or rapamycin pulsed only in the first 24 h) improves aged regeneration, and PARP10 overexpression rescues at unchanged NAD+.

Claude Opus 5.5noDiscarded at stage 1Literature check in progress
H33Снижение уровня NAD+ и рост отношения NMN/NAD+ в старых МСК снимают аллостерическое аутоингибирование NAD+-гидролазы SARM1 при стрессе активации после повреждения мышцы. Активированный SARM1 синтезирует циклический АДФ-рибозу (cADPR), вызывая хроническую утечку Ca2+ через рианодиновые рецепторы (RYR1) и кальпаин-опосредованную протеолитическую деградацию фактора транскрипции Pax7.
Mechanism and prediction

Mechanism. Белок SARM1 в норме заблокирован связыванием NAD+ с его регуляторным ARM-доменом, но активируется при падении концентрации NAD+ и конкурентном связывании NMN. В старых МСК, где экспрессия NMNAT снижена сильнее, чем NAMPT, повреждение ткани провоцирует активацию TIR-домена SARM1, генерацию вторичного мессенджера cADPR, открытие каналов RYR1 в эндоплазматическом ретикулуме и активацию кальпаина-1, который избирательно расщепляет Pax7 и блокирует возврат прогениторов в нишу.

Prediction. Генетическая делеция Sarm1 или фармакологическая блокада cADPR (8-Br-cADPR) в старых МСК предотвратит деградацию белка Pax7 и восстановит пул самообновляющихся сателлитных клеток после инъекции кардиотоксина, тогда как введение высоких доз NMN на фоне сниженной активности NMNAT1 парадоксально усилит потерю Pax7 в старых МСК дикого типа, но не в МСК с нокаутом Sarm1.

Gemini 4 ArgonnoDiscarded at stage 1Literature check in progress
H35Снижение NAD+ ослабляет SIRT2-зависимое деацетилирование α-тубулина в MuSC, нарушая ориентацию митотического веретена относительно базальной мембраны и увеличивая долю симметричных дифференцировочных делений после травмы.
Mechanism and prediction

Mechanism. Гиперацетилированный тубулин стабилизирует астральные микротрубочки неправильной полярности; плоскость деления уходит от оси «базальная–апикальная», обе дочерние клетки получают дифференцировочные сигналы.

Prediction. Ингибирование HDAC6 (компенсаторно снижающее ацетил-тубулин) у старых MuSC восстановит правильную ориентацию веретена и долю асимметричных делений только при одновременном умеренном повышении NAD+, подтверждающем зависимость от SIRT2.

Grok 4.5noDiscarded at stage 1Literature check in progress
H36In aged satellite cells the NMN/NAD+ ratio rises rather than NAD+ simply falling, and this ratio shift activates SARM1's NAD+ hydrolase activity, converting a modest biosynthetic deficit into catabolic collapse during the energetically demanding first activation cycle. SARM1 deletion, not precursor supplementation, is the decisive intervention.
Mechanism and prediction

Mechanism. Reduced NMNAT1/2 throughput in aged cells causes NMN accumulation; NMN binding to the SARM1 ARM domain relieves autoinhibition, and activated SARM1 cleaves NAD+ catalytically. The resulting feed-forward depletion occurs precisely when activation raises NAD+ demand, producing ATP crisis, failed G0 exit and apoptosis of activating cells.

Prediction. Sarm1 deletion restricted to Pax7+ cells in aged mice improves regeneration and satellite-cell expansion after injury, and blunts the acute post-injury NAD+ drop measured in sorted cells; NMN supplementation alone worsens or fails to rescue aged regeneration in Sarm1-intact mice while rescuing it in Sarm1-null mice.

Claude Opus 5.5noDiscarded at stage 1Literature check in progress
H37Возрастное снижение NAD+ в мышечных стволовых клетках (MuSC) избирательно ослабляет SIRT1-зависимое деацетилирование H4K16 в локусе MyoD, из-за чего клетки медленнее выходят из покоя и хуже инициируют программу миогенной активации после повреждения.
Mechanism and prediction

Mechanism. Недостаток NAD+ снижает каталитическую активность ядерного SIRT1; накопление ацетил-H4K16 удерживает хроматин MyoD в полузакрытом состоянии и задерживает транскрипционный старт активации.

Prediction. Восстановление ядерного NAD+ (например, через ядерно-таргетированный NMN) нормализует уровень H4K16ac на энхансерах MyoD и ускоряет выход MuSC из покоя у старых мышей сильнее, чем системное повышение цитозольного NAD+ при равном общем уровне NAD+.

Grok 4.5noDiscarded at stage 1Literature check in progress
H38Возрастное падение NAD+ в MuSC замедляет NMNAT1-опосредованный ядерный ресайклинг никотинамида, из-за чего после повреждения накапливается никотинамид и ингибируется SIRT6, необходимый для репарации двунитевых разрывов во время S-фазы.
Mechanism and prediction

Mechanism. Низкая активность NMNAT1 оставляет высокий никотинамид в ядре; никотинамид конкурентно тормозит SIRT6, ослабляя резекцию концов ДНК и замедляя пролиферацию после травмы.

Prediction. Ядерная сверхэкспрессия NMNAT1 у старых MuSC снизит ядерный никотинамид, повысит активность SIRT6 и ускорит разрешение γH2AX-фокусов в S-фазе сильнее, чем эквивалентное повышение цитозольного NMNAT2.

Grok 4.5noDiscarded at stage 1Literature check in progress