Проверка набора гипотез

Эксперимент проводят на парных мышечных микротканях старших и молодых доноров; экспериментальной единицей служит донор.

Условия опыта отличаются. Исследование проводили на биоптатах мышц молодых мужчин после физических упражнений; парные микроткани старших и молодых доноров с донором в качестве экспериментальной единицы в работу не входили.

Induction and adaptation of chaperone-assisted selective autophagy CASA in response to resistance exercise in human skeletal muscle (Materials and Methods: Acute resistance exercise; Sustained resistance exercise)

Выбранный участок каждой мышечной микроткани подвергают одинаковой ограниченной деформации.

Условия опыта отличаются. Культивируемые гладкомышечные клетки крысы и фибробласты мыши подвергали циклическому растяжению подложки с амплитудой 20 % и частотой 300 мГц; ограниченная деформация выбранных участков микротканей в исследовании отсутствовала.

Strain-induced mechanoresponse depends on cell contractility and BAG3-mediated autophagy (Results: Stretch-induced autophagy is a time-dependent process; Materials and Methods: Cell straining)

Предполагается, что после ограниченной деформации старой мышцы ускорение удаления филамина восстановит передачу силы только при локальном включении неповреждённого филамина взамен удалённого в повреждённом участке, несущем нагрузку, после BAG3-зависимого удаления.

В статье не проверено. Высвобождение филамина C под действием BAG3 и восстановление силы при сердечной недостаточности подтверждают отдельные звенья обоснования; необходимость локального включения неповреждённого филамина после деформации старой скелетной мышцы остаётся непроверенной.

Cardiomyocyte contractile impairment in heart failure results from reduced BAG3-mediated sarcomeric protein turnover (Results: Eight sarcomere proteins identified as candidates for BAG3/CASA-mediated turnover; Figure 7)

Альтернативное объяснение состоит в том, что для восстановления передачи силы достаточно уменьшить общее число белковых агрегатов.

В статье не проверено. Авторы различали белковые агрегаты и убиквитинированные белки, сохраняющиеся в саркомерах, однако достаточность уменьшения числа агрегатов для восстановления силы в предложенной модели остаётся непроверенной.

Cardiomyocyte contractile impairment in heart failure results from reduced BAG3-mediated sarcomeric protein turnover (Results: Human DCM cardiomyocytes have reduced sarcomere contractile function and impaired myofilament protein turnover; Figure 1f)

Биологическое обоснование состоит в том, что в клеточных и тканевых моделях BAG3 связывал механическую нагрузку с аутофагическим удалением повреждённого филамина и регуляцией его синтеза, при этом роль возврата нового филамина в прежнее место нагрузки остаётся неустановленной.

В статье не проверено. Статья описывает деградацию и замену филамина при нагрузке, причём перекрывающиеся циклы синтеза рассматриваются как интерпретация. Полный текст цитируемого первичного исследования 2013 года отсутствует, поэтому экспериментальное подтверждение всей связи деградации с регуляцией синтеза по представленным материалам ограничено.

Induction and adaptation of chaperone-assisted selective autophagy CASA in response to resistance exercise in human skeletal muscle (Introduction and Figure 1; Results accompanying Figure 2; References 4 and 5)

Указанное исследование ответа шаперон-опосредованной селективной аутофагии (CASA) на нагрузку с сопротивлением в человеческой мышце не устанавливает, что механический выигрыш обусловлен локальной заменой.

Совпадает с исследованием. Ответ человеческой мышцы на нагрузку с сопротивлением исследовали по содержанию белков, уровню транскриптов, локализации белков и повреждению ткани; эти измерения характеризуют ответ аутофагии, сохраняя вопрос о механической пользе локальной замены открытым.

Induction and adaptation of chaperone-assisted selective autophagy CASA in response to resistance exercise in human skeletal muscle (Figures 2-7; Materials and Methods)

BAG3-зависимое удаление и локальное закрепление замещающего филамина изменяют независимо друг от друга.

В статье не проверено. Авторы сравнивали обычный BAG3 и его доминантно-негативный вариант, тогда как независимое изменение закрепления замещающего филамина в схему опыта не входило.

Strain-induced mechanoresponse depends on cell contractility and BAG3-mediated autophagy (Results: Actin reorientation in A7r5 cells is dependent on BAG3-mediated autophagy; Figure 7)

В эксперимент включают контроль с нелокальной заменой, при котором вне зоны повреждения размещают ту же массу нового белка, что и при локальной замене.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует контроль с размещением той же массы нового филамина вне повреждённого участка.

Измеряют исчезновение старой меченой фракции и включение новой меченой фракции.

Условия опыта отличаются. Измеряли общее содержание белков и уровни транскриптов; раздельное отслеживание исчезновения старой меченой фракции филамина и включения новой в исследовании отсутствовало.

Induction and adaptation of chaperone-assisted selective autophagy CASA in response to resistance exercise in human skeletal muscle (Figure 2C-E; Materials and Methods: Immunoblotting; Transcript quantification)

Главный исход представляет собой долю восстановленной передаваемой силы через 48 часов после прекращения нагрузки.

Условия опыта отличаются. Максимальную силу оценивали после четырёх недель генной терапии BAG3 у мышей с сердечной недостаточностью; долю восстановленной передаваемой силы через 48 часов после прекращения нагрузки не определяли.

Cardiomyocyte contractile impairment in heart failure results from reduced BAG3-mediated sarcomeric protein turnover (Figure 7a-c; Methods: AAV9-BAG3 overexpression mouse model; Skinned myocyte Force-Ca 2+ experiments)

Локальную и нелокальную замену сравнивают при одинаковой общей очистке.

В статье не проверено. В представленных опытах отсутствует сравнение локальной и нелокальной замены при одинаковой общей очистке.

Ожидается, что локальная замена обеспечит восстановление большей доли передаваемой силы, чем нелокальная; эквивалентная сила опровергнет предполагаемое пространственное ограничение.

В статье не проверено. Преимущество локальной замены перед нелокальной и эквивалентность восстановления силы между этими условиями остаются непроверенными в представленных исследованиях.

При сравнении экспериментальных условий контролируют исходную травму.

В статье не проверено. Активность креатинкиназы и структурное повреждение оценивали, однако сопоставимость исходной травмы между условиями локальной и нелокальной замены в этих опытах не проверяли.

Induction and adaptation of chaperone-assisted selective autophagy CASA in response to resistance exercise in human skeletal muscle (Figures 2F, 4 and 7)

При сравнении экспериментальных условий контролируют жизнеспособность.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует контроль жизнеспособности при независимом изменении удаления филамина и закрепления его замены.

При сравнении экспериментальных условий контролируют общую сократительную активацию.

Условия опыта отличаются. Заданная концентрация кальция и кривые зависимости силы от кальция характеризуют функцию миофиламентов в пермеабилизированных кардиомиоцитах; контроль общей активации интактных мышечных микротканей представляет другое экспериментальное условие.

Cardiomyocyte contractile impairment in heart failure results from reduced BAG3-mediated sarcomeric protein turnover (Methods: Skinned myocyte Force-Ca 2+ experiments; Figure 7a-c)

Если сама манипуляция меняет силу до повреждения, эксперимент не позволит отделить восстановление от её прямого влияния на силу.

В статье не проверено. Представленные исследования не устанавливают, сохраняется ли исходная сила до повреждения при предложенных манипуляциях с удалением филамина и закреплением его замены.

Предложенный опыт проверяет роль внутриклеточного белка в месте приложения силы; приведённая для сравнения гипотеза рассматривает сохраняющуюся жёсткость мышцы как признак запаздывающего восстановления внеклеточного матрикса, при этом средняя жёсткость ткани представляет собой отдельное свойство.

В статье не проверено. Представленные исследования касаются внутриклеточных белков, несущих нагрузку, однако научные данные для указанного сравнения с гипотезой восстановления внеклеточного матрикса в материалах отсутствуют.

Результаты предложенного опыта ещё не получены, поэтому ожидаемые эффекты остаются непроверенными в этом эксперименте.

В статье не проверено. В предложении прямо указано, что результаты опыта ещё не получены; представленная литература также не содержит результатов эксперимента со всей указанной совокупностью условий.

В эксперименте используют препараты молодых и старых мышей для изучения возрастных особенностей восстановления прикрепления периодонтальной связки.

Условия опыта отличаются. В клиническом исследовании изучали внутрикостные дефекты пародонта у людей, тогда как предложенный опыт предусматривает препараты молодых и старых мышей и оценку возрастных особенностей восстановления прикрепления связки.

Treatment of periodontal intrabony defects using autologous periodontal ligament stem cells: a randomized clinical trial (Methods: Patients, enrollment and randomization; Results: Enrollment and teeth; Table 1)

Сравнивают два источника клеток: остаточную периодонтальную связку на корне и костный край.

Условия опыта отличаются. Сравнивали применение пластов аутологичных стволовых клеток периодонтальной связки с Bio-Oss и применение одного Bio-Oss при направленной регенерации тканей; сравнение клеток прикорневого остатка и костного края в этой схеме отсутствовало.

Treatment of periodontal intrabony defects using autologous periodontal ligament stem cells: a randomized clinical trial (Methods: Study products and interventions; Figure 2)

Согласно гипотезе, при старении происхождение клеток со стороны корня влияет на восстановление механического прикрепления к цементу наряду с общим числом клеток-предшественников.

В статье не проверено. В представленных материалах отсутствует проверка того, влияет ли корневое происхождение клеток на восстановление механического прикрепления к цементу при старении независимо от числа клеток-предшественников.

При одинаковой общей дозе клеток сохранение прикорневой популяции должно давать преимущество именно в механической связи с цементом.

В статье не проверено. В представленных материалах отсутствует опыт, в котором при одинаковой общей дозе клеток оценивали бы преимущество сохранения прикорневой популяции по механической связи с цементом.

В качестве исходного наблюдения указано, что клетки периодонтальной связки, чувствительные к сигнальному пути Wnt, вносили вклад в заживление лунки в модели удаления зуба у мыши.

В статье не проверено. Вклад клеток периодонтальной связки, чувствительных к сигнальному пути Wnt, в заживление лунки у мыши указан в гипотезе, однако представленные научные тексты не позволяют проверить соответствующий первичный эксперимент.

Образование новой кости в лунке после удаления зуба и восстановление работающей связки вокруг зуба являются разными исходами, поэтому сама по себе модель удаления зуба не позволяет определить, какой источник клеток обеспечивает восстановление прикрепления.

В статье не проверено. В представленных текстах отсутствует прямое рассмотрение различий между заживлением кости в лунке и восстановлением работающей связки применительно к выбору между двумя указанными источниками клеток.

В препаратах молодых и старых мышей следует маркировать клетки корневой и костной сторон.

В статье не проверено. В представленных материалах отсутствует эксперимент с маркировкой клеток корневой и костной сторон в препаратах обеих возрастных групп мышей.

Решающий эксперимент включает отдельные условия с сохранением или удалением прикорневого остатка и последующим возвращением равного числа клеток корневого либо костного происхождения.

Условия опыта отличаются. Клиническое вмешательство предусматривало внесение клеточных пластов с материалом-носителем в костные дефекты; сохранение или удаление прикорневого остатка с последующим возвращением равного числа клеток двух источников в эту схему не входило.

Treatment of periodontal intrabony defects using autologous periodontal ligament stem cells: a randomized clinical trial (Methods: Study products and interventions; Figure 2)

При сравнении источников клеток необходимо учитывать приживление и фактическое число живых клеток.

В статье не проверено. Характеристика клеточных культур и оценка безопасности не подтверждают выравнивание приживления и фактического числа живых клеток при сравнении прикорневой популяции с клетками костного края.

Первичным исходом является усилие отрыва восстановленного прикрепления связки к корню при одинаковой площади восстановления.

Условия опыта отличаются. Первичным показателем эффективности служило увеличение высоты альвеолярной кости, вторичными показателями были клинические параметры пародонта; измерение усилия отрыва при одинаковой площади восстановления отсутствовало.

Treatment of periodontal intrabony defects using autologous periodontal ligament stem cells: a randomized clinical trial (Methods: Efficacy assessment; Results: Evaluation of efficacy; Figure 4; Tables 2 and 3)

Если после выравнивания приживления оба источника клеток обеспечивают одинаковое усилие отрыва и одинаковое восстановление волокон, преимущество корневого происхождения не подтверждается.

В статье не проверено. В представленных материалах отсутствует проверка равенства усилия отрыва и восстановления волокон после выравнивания приживления клеток двух источников; статистически незначимые различия в клиническом исследовании этому критерию не соответствуют.

Практическая цель состоит в выборе источника клеток для восстановления прикрепления периодонтальной связки.

Совпадает с исследованием. Авторы прямо указывают восстановление функционального прикрепления пародонта и выбор подходящих донорских тканей как цели терапии, что соответствует практической направленности гипотезы; выбор между клетками корня и костного края остаётся за пределами опыта.

Treatment of periodontal intrabony defects using autologous periodontal ligament stem cells: a randomized clinical trial (Background; Discussion: identification of appropriate donor sources)

Независимой экспериментальной единицей является животное или донор периодонтальной связки.

Условия опыта отличаются. Распределение по группам и представление исходов проводили по зубам, причём некоторые пациенты предоставляли несколько зубов; описанный анализ не устанавливает животное или донора связки как независимую экспериментальную единицу.

Treatment of periodontal intrabony defects using autologous periodontal ligament stem cells: a randomized clinical trial (Methods: Statistics; Results: Enrollment and teeth; Tables 1 and 2)

Образцы следует случайным образом распределять между экспериментальными условиями.

Совпадает с исследованием. В исследовании применяли централизованное случайное распределение зубов между условиями лечения, что соответствует требованию рандомизации как отдельному методическому компоненту, выполненному в другой экспериментальной системе.

Treatment of periodontal intrabony defects using autologous periodontal ligament stem cells: a randomized clinical trial (Results: Enrollment and teeth; Discussion: central randomization)

Исход следует оценивать вслепую.

Совпадает с исследованием. Исследователь, проводивший последующие обследования, оставался ослеплённым относительно назначенного лечения до завершения работы, что соответствует требованию слепой оценки, хотя оценивали клинические показатели вместо механического исхода.

Treatment of periodontal intrabony defects using autologous periodontal ligament stem cells: a randomized clinical trial (Methods: Study design; Study products and interventions; Figure 1)

Вывод остаётся неопределённым, если воздействие не достигло мишени или интервал допускает оба объяснения.

В статье не проверено. В представленных материалах отсутствует предложенное правило, согласно которому вывод остаётся неопределённым при недостижении мишени воздействия или при интервале, совместимом с обоими объяснениями.

После нормализации глюкозы восстановленная секреция инсулина может исходить либо от существовавших ранее бета-клеток, утративших зрелые признаки и повторно дифференцировавшихся, либо от отбора и размножения немногих устойчивых клонов.

В статье не проверено. Прослеживание дедифференцированных клеток подтверждает возможность восстановления их зрелости и функции после ограничения питания. Сопоставление этого процесса с отбором и размножением немногих устойчивых клонов в предложенных условиях остаётся непроверенным.

Genetic and pharmacologic inhibition of ALDH1A3 as a treatment of β-cell failure (Results, Lineage-tracing ALDH1A3-positive β-cells; Figure 1; Supplementary Figure 1D)

Предполагается, что краткая нормализация глюкозы позволяет восстановиться бета-клеткам, утратившим зрелые признаки, лишь в пределах временного окна до необратимой утраты клеточной идентичности.

Условия опыта отличаются. Снижение гликемии обеспечивало восстановление после более короткой гипергликемии, тогда как после семи месяцев восстановления не наблюдали. Исследовали функцию и массу бета-клеток после их абляции, поэтому временное окно повторной дифференцировки отдельных идентифицированных клеток остаётся непроверенным.

Glycemic control releases regenerative potential of pancreatic beta cells blocked by severe hyperglycemia (Results, Prolonged severe hyperglycemia results in failure of beta cell recovery; Supplementary Figure S2)

Эксперимент должен включать молодую и старую мышиные модели, чтобы проверить возможность повторной дифференцировки бета-клеток при естественном старении.

Условия опыта отличаются. Животные, получавшие позднее лечение, были старше вследствие более длительного периода гипергликемии. Авторы прямо признают смешение влияния возраста и длительности воздействия, поэтому отдельная проверка повторной дифференцировки при естественном старении остаётся необходимой.

Glycemic control releases regenerative potential of pancreatic beta cells blocked by severe hyperglycemia (Results, Prolonged severe hyperglycemia results in failure of beta cell recovery; Supplementary Figure S2)

Исходной биологической предпосылкой служит наблюдение, что нормализация гликемии инсулином в мышиной модели диабета сопровождалась повторной дифференцировкой части бета-клеток; применимость этого механизма к естественному старению требует отдельной проверки.

В статье не проверено. Работа Wang с соавторами о повторной дифференцировке после инсулинотерапии приведена в списке литературы, однако её полный текст среди предоставленных статей отсутствует. Brereton с соавторами исследовали предотвращение изменений инсулином и их обращение глибенкламидом, поэтому исходная предпосылка подтверждена здесь лишь косвенно.

Reversible changes in pancreatic islet structure and function produced by elevated blood glucose (Discussion, comparison with Wang et al.; reference 37; Results, Figures 1-4)

Зрелые бета-клетки необходимо пометить до создания обратимого метаболического стресса.

Совпадает с исследованием. Метка клеточной линии, связанная с экспрессией инсулина, и репортёр зрелости присутствовали до обратимого метаболического стресса, вызванного S961. Предварительное мечение выполнено, хотя использовалась конститутивная система прослеживания, а не импульсное мечение во взрослом возрасте.

Reversal of β cell de-differentiation by a small molecule inhibitor of the TGFβ pathway (Results, Using Ucn3 as a marker for the mature β cell state; Figure 3A-B)

При прослеживании необходимо выявлять помеченные клетки, которые действительно утрачивают программу зрелости при метаболическом стрессе.

Совпадает с исследованием. Совместное использование метки клеточной линии и репортёра урокортина 3 позволяет выявлять помеченные бета-клетки, утратившие маркер зрелости при воздействии S961; этот процесс сопровождается снижением экспрессии транскрипционных факторов зрелых бета-клеток.

Reversal of β cell de-differentiation by a small molecule inhibitor of the TGFβ pathway (Figure 3A-B; Figure 2 and Figure 2 supplement 1)

Раннюю и позднюю разгрузку от метаболического стресса необходимо сравнивать при одинаковой последующей гликемии.

Совпадает с исследованием. Глибенкламид, назначенный после 24 часов или четырёх недель гипергликемии, обеспечивал одинаковую среднюю гликемию через два дня и стабильный контроль во время лечения. Временное сравнение выполнено, однако раннее вмешательство преимущественно проверяло предотвращение изменений, а восстановление документированно дедифференцированных клеток требует отдельной оценки.

Reversible changes in pancreatic islet structure and function produced by elevated blood glucose (Results, Expression of Kir6.2-V59M in β-cells rapidly induces diabetes; Figure 1C-D; Figures 2-4)

При анализе необходимо учитывать как размножение, так и выпадение клонов.

В статье не проверено. Рост клонов измеряли при обычном поддержании островков, однако совместный количественный учёт выпадения клонов отсутствует. В обсуждении прямо указано, что расчётные оценки размножения предполагают отсутствие гибели бета-клеток.

All β Cells Contribute Equally to Islet Growth and Maintenance (Results, Clonal Analysis Demonstrates that β Cells Contribute Equally to Pancreas Expansion; Discussion)

Первичный исход представляет собой долю исходных прослеженных клеток, которые временно утратили признаки зрелости и затем восстановили ответ на глюкозу, с учётом погибших клеток.

Условия опыта отличаются. Исследовали переход помеченной дедифференцированной популяции к зрелому состоянию, маркеры зрелости и секрецию инсулина. Доля исходно зрелых прослеженных клеток, прошедших утрату и восстановление ответа на глюкозу, с учётом погибших клеток остаётся неизмеренной.

Genetic and pharmacologic inhibition of ALDH1A3 as a treatment of β-cell failure (Figure 1D-I; Supplementary Figure 1D; Methods, Glucose-stimulated insulin secretion)

Если секреция восстанавливается только за счёт размножения клеток, сохранявших зрелые признаки, окно повторной дифференцировки остаётся неподтверждённым.

В статье не проверено. Прослеживание клеточной линии связывает основную часть регенерации с размножением существовавших ранее бета-клеток. Непрерывное сохранение зрелости этих клеток и применение указанного критерия к проверке окна повторной дифференцировки остаются неподтверждёнными.

Glycemic control releases regenerative potential of pancreatic beta cells blocked by severe hyperglycemia (Results, Reduction of glycemic load facilitates beta cell regeneration through replication of pre-existing beta cells; Figure 3; Limitations)

Практическая интерпретация должна разграничивать сохранение существующих бета-клеток и стимуляцию их замещения.

Совпадает с исследованием. Авторы прямо разграничивают восстановление дедифференцированных клеток и их гибель с последующим замещением, а в обсуждении отдельно рассматривают восстановление функции и увеличение числа клеток.

Genetic and pharmacologic inhibition of ALDH1A3 as a treatment of β-cell failure (Introduction; Results, Lineage-tracing ALDH1A3-positive β-cells; Discussion)

Перенос результатов на человека требует независимого подтверждения.

Совпадает с исследованием. Авторы указывают на межвидовые различия механизмов и ограниченную способность бета-клеток человека к размножению, поэтому значение обнаруженного механизма для клинического диабета требует дальнейшей проверки.

Glycemic control releases regenerative potential of pancreatic beta cells blocked by severe hyperglycemia (Discussion, Potential relevance to human diabetes; Limitations of the study)

Независимой экспериментальной единицей является донор островков.

В статье не проверено. В предоставленных исследованиях указаны животные, биологические образцы, островки или технические повторы, однако независимость на уровне донора для предложенного исхода последовательного прослеживания клеток остаётся неподтверждённой.

Образцы необходимо случайным образом распределять между экспериментальными условиями.

Совпадает с исследованием. Для опыта с ожирением, вызванным диетой, прямо описано случайное распределение мышей между контрольной диетой и диетами с розиглитазоном или KOTX1. Это подтверждает отдельный методический компонент, тогда как предложенное сравнение возраста и сроков вмешательства остаётся невыполненным.

Genetic and pharmacologic inhibition of ALDH1A3 as a treatment of β-cell failure (Results, Pharmacological inhibition of ALDH1A3 improves diabetes; Figure 4)

Исход необходимо оценивать вслепую.

В статье не проверено. В предоставленных текстах отсутствует описание слепой оценки указанного исхода восстановления клеток.

Вывод остаётся неопределённым, если воздействие не достигло мишени или интервал допускает оба объяснения: повторную дифференцировку и размножение устойчивых клонов.

В статье не проверено. В предоставленных исследованиях отсутствует совместное правило, по которому недостижение мишени воздействием или интервал, совместимый с обоими механизмами, оставляет результат этой проверки неопределённым.

Биологическая система включает культуры лимбальных клеток независимых молодых и пожилых доноров, регенеративный резерв которых оценивают в связи со способностью к длительному обновлению роговицы.

Условия опыта отличаются. Исследованы культуры лимбальных клеток человека из разных возрастных групп, однако регенеративный потенциал оценивали по разрастанию культур, маркерам и однократному образованию колоний; длительное обновление роговицы в этом опыте не оценивали.

Limbal epithelial stem cell sheets from young donors have better regenerative potential (Materials and methods: Tissue procurement, Clonal proliferation; Results, Figures 1-5.)

При старении устойчивость лимбальных клеток к хранению может снижаться раньше их немедленной жизнеспособности.

В статье не проверено. При хранении при 4 °C оценивали возрастные различия свойств стволовых клеток и клеток-предшественников. Последовательность, при которой устойчивость к хранению снижается раньше непосредственной жизнеспособности, в исследовании не проверяли.

Limbal epithelial stem cell sheets from young donors have better regenerative potential (Results: Effects of donor’s age on the activation of limbal stem/progenitor cells during the storage period; Figure 5.)

Хранение и размораживание могут приводить к потере серийно самоподдерживающихся клонов при сохранении немедленной жизнеспособности клеток, поэтому равное число жизнеспособных клеток может скрывать потерю регенеративного резерва и способности к длительному обновлению роговицы.

Условия опыта отличаются. Целостность мембран, метаболизм и образование колоний оценивали после воздействия криопротекторов при 4 °C, тогда как после замораживания и размораживания исследовали выведение красителя и целостность мембран. Потерю серийно самообновляющихся клонов при сохранении жизнеспособности и снижении длительного обновления не показали.

Defining the optimal cryoprotectant and concentration for cryopreservation of limbal stem cells (Main article: cryoprotectant-tolerance methods; Figures 2-3.)

Предполагается, что после размораживания культуры пожилых доноров будут терять больше серийно самоподдерживающихся клонов и хуже переносить вторую травму, чем культуры молодых доноров.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение культур молодых и пожилых доноров, которое одновременно оценивает потерю серийно самообновляющихся клонов после размораживания и ухудшение восстановления после второй травмы.

Предполагается, что отбор по серийному образованию колоний улучшит результат; процедура отбора и конкретный улучшаемый результат не уточнены.

В статье не проверено. Образование колоний использовали для характеристики культур, однако вмешательство с отбором культур или клеток по серийному образованию колоний и последующей оценкой улучшения результата в представленных работах отсутствует.

Парные культуры следует разделить на свежую и размороженную.

Условия опыта отличаются. Свежие ткани и ткани после хранения в органной культуре получали из разных банков глазных тканей и от разных групп доноров. Такое сравнение отличается от разделения парных культур на свежую и размороженную.

Yield and Viability of Human Limbal Stem Cells From Fresh and Stored Tissue (Methods: Limbal Tissue; Results: donor characteristics.)

На независимых эксплантах при одинаковом числе живых клеток следует сопоставить прогнозы обычного теста жизнеспособности и серийного клоногенного анализа.

Условия опыта отличаются. Проводили тест жизнеспособности с трипановым синим и оценку образования колоний при заданном числе высеваемых живых клеток. Анализ ограничивался первым пассажем; сравнение точности прогнозов жизнеспособности и серийного клоногенного анализа на независимых эксплантах отсутствует.

Yield and Viability of Human Limbal Stem Cells From Fresh and Stored Tissue (Methods: Digestion of Limbal Tissue and Viability Assay; CFE Assays.)

Независимых молодых и пожилых доноров следует сравнить при одинаковом исходном повреждении.

В статье не проверено. В представленных сравнениях возрастных групп отсутствует опыт с независимыми молодыми и пожилыми донорами, которым наносили одинаковое исходное повреждение.

Следует заранее проверить взаимодействие возраста с исследуемым фактором и оценить доверительный интервал эффекта; исследуемый фактор дополнительно не уточнен.

В статье не проверено. Представленные исследования содержат анализ возрастных связей и межгрупповые сравнения, однако предварительная проверка взаимодействия возраста с исследуемым фактором вместе с оценкой доверительного интервала эффекта в них отсутствует.

Основным исходом является ошибка прогноза повторного закрытия эпителия на независимых донорах после двух циклов повреждения.

Условия опыта отличаются. У мышей исследовали два цикла повреждения и замедленное закрытие второго дефекта. Исходом служила измеренная площадь раны; ошибку прогноза на независимых донорах, возрастные различия и влияние размораживания культур в этом опыте не оценивали.

Differentiation Trajectory of Limbal Stem and Progenitor Cells under Normal Homeostasis and upon Corneal Wounding (Methods 2.2; Results 3.2; Figure 4.)

Предполагается, что серийный клоногенный анализ повысит точность прогноза по сравнению с учетом жизнеспособности и риска исходного дефекта; отсутствие дополнительной точности опровергнет этот прогноз.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка дополнительной прогностической точности серийного клоногенного анализа сверх учета жизнеспособности и риска исходного дефекта, при которой отсутствие улучшения служило бы заданным критерием опровержения.

Заявленное научное основание включает наблюдения после трансплантации аутологичных культур, в том числе связь состава культуры с результатом.

Совпадает с исследованием. В обсуждении прямо изложена связь доли p63-положительных клеток в культуре с результатом трансплантации со ссылками на клинические исследования аутологичных культур. Это соответствует заявленному научному основанию; собственный эксперимент статьи посвящен донорским клеточным культурам.

Limbal Stem Cells from Aged Donors Are a Suitable Source for Clinical Application (Discussion; references 26 and 50.)

Заявленное научное основание также включает консенсус о стадиях лечения и состоянии глазной поверхности, необходимом для восстановления; конкретные стадии и условия не указаны.

В статье не проверено. Текст указанного международного консенсуса по лечению отсутствует среди представленных источников. Общие обсуждения лечения в статьях позволяют описать клинический контекст, однако положения консенсуса об этапах лечения и состоянии глазной поверхности требуют отдельной проверки.

Время отмены блокады Hedgehog должно определяться остаточным резервом компетентных предшественников, а не числом утраченных вкусовых почек.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка выбора срока отмены по измеренному резерву компетентных предшественников и сравнение его прогностической ценности с числом утраченных вкусовых почек.

В старом вкусовом эпителии одинаковая потеря зрелых вкусовых почек может сопровождаться разным резервом компетентных предшественников.

Условия опыта отличаются. В работе сопоставлены естественное старение и возрастные различия дифференцировки органоидов, тогда как группы старого эпителия с одинаковой потерей зрелых почек после блокады и разным измеренным резервом предшественников отсутствуют.

Molecular Mechanisms of Age-Related Taste Dysfunction Deciphered by Spatiotemporal Transcriptomics (Results 2.2-2.3; Figures 2K-P and 3G-J; Methods 4.21)

Предполагается, что сохранённый резерв компетентных предшественников обеспечивает восстановление вкусовой функции даже после поздней отмены подавления пути, тогда как при исчерпанном резерве восстановление отсутствует.

В статье не проверено. Авторы наблюдали структурное восстановление и сохранение части повреждённых сосочков, однако выживание или утрату предшественников предполагали по этим результатам. Прямое измерение резерва, устанавливающее его связь с функциональным восстановлением после поздней отмены, отсутствует.

Maintenance of Taste Organs Is Strictly Dependent on Epithelial Hedgehog/GLI Signaling (Results, Loss of taste papillae and taste buds after HH/GLI blockade is reversible; Figure 9; Discussion, Recovery from HH signaling suppression)

В качестве экспериментальной предпосылки указано, что у мышей изучены утрата вкусовых органов при подавлении Hedgehog/Smoothened и неоднородное восстановление вкусовой функции после отмены воздействия.

В статье не проверено. Собственные эксперименты показывают утрату вкусовых органов и неоднородное структурное восстановление у мышей. Функциональное восстановление после лекарственной блокады обсуждается со ссылкой на тезисы конференции, поэтому вся указанная предпосылка собственными результатами статьи не подтверждена.

Maintenance of Taste Organs Is Strictly Dependent on Epithelial Hedgehog/GLI Signaling (Results, Figure 9; Discussion, Pharmacologic blockade of HH signaling and epithelial HH suppression; references 31 and 60)

В решающем эксперименте у молодых и старых мышей следует пометить предшественники до обратимой блокады Smoothened.

Условия опыта отличаются. Восстановление изучали после обратимого подавления транскрипционных факторов семейства GLI в эпителии. Предварительное мечение предшественников с последующей обратимой блокадой Smoothened у молодых и старых мышей отсутствует; метку пролиферирующих клеток вводили незадолго до умерщвления.

Maintenance of Taste Organs Is Strictly Dependent on Epithelial Hedgehog/GLI Signaling (Methods, Mouse strains and transgene induction; Immunostaining and imaging; Figure 9)

В эксперименте следует сопоставить группы с одинаковой потерей зрелых вкусовых почек, но разным заранее измеренным резервом предшественников.

В статье не проверено. В обеих работах отсутствует сопоставление групп с одинаковой потерей зрелых вкусовых почек и разным резервом предшественников, измеренным до сравнения.

После отмены блокады следует подтвердить возобновление активности сигнального пути и сохранность иннервации.

В статье не проверено. После отмены воздействия показано возвращение активности пути в эпителии, а сохранность иннервации установлена во время подавления GLI. Совместная проверка обоих условий после отмены блокады Smoothened при сравнении молодых и старых мышей отсутствует.

Maintenance of Taste Organs Is Strictly Dependent on Epithelial Hedgehog/GLI Signaling (Figure 5; supplementary Figures S4, S6, S9 and S10; Methods, Innervation)

Первичным исходом служит ответ вкусового нерва на стандартное вещество спустя один предварительно измеренный цикл обновления после отмены блокады.

Условия опыта отличаются. Восстановление оценивали по морфологии сосочков, профилям вкусовых почек и вкусовым порам через заданные сроки после отмены. Эти структурные показатели отличаются от ответа вкусового нерва, измеренного через предварительно установленный цикл обновления.

Maintenance of Taste Organs Is Strictly Dependent on Epithelial Hedgehog/GLI Signaling (Figure 9; supplementary Figure S8; Methods, Quantification)

Предиктор резерва предшественников отклоняется, если исходный резерв не улучшает прогноз сверх числа вкусовых почек и нервных волокон в независимой выборке.

В статье не проверено. Проверка дополнительной прогностической ценности исходного резерва сверх числа почек и нервных волокон в независимой выборке отсутствует. В исследовании старения отдельную тестовую выборку использовали для определения возраста по транскриптомам, что соответствует другой задаче.

Предлагаемое практическое применение состоит в выборе между реактивацией сигнального пути и пополнением клеток.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка выбора между реактивацией пути и пополнением клеток на основании измеренного резерва предшественников.

Прогноз ограничен повреждением, вызванным подавлением Hedgehog/Smoothened.

Совпадает с исследованием. Эксперимент по восстановлению относится к повреждению вследствие подавления пути Hedgehog через эпителиальные факторы GLI, что соответствует указанной категории повреждения. Прогностическая роль резерва предшественников в этом эксперименте остаётся непроверенной.

Maintenance of Taste Organs Is Strictly Dependent on Epithelial Hedgehog/GLI Signaling (Results, Figure 9; Methods, Mouse strains and transgene induction)

Независимой экспериментальной единицей служит животное или донор органоидов.

Совпадает с исследованием. В основных измерениях восстановления биологическими повторностями служат животные, а показатели сосочков обобщаются для каждого языка. Отдельные клеточные анализы используют число сосочков и сами по себе не подтверждают независимость повторностей в предлагаемом исследовании резерва.

Maintenance of Taste Organs Is Strictly Dependent on Epithelial Hedgehog/GLI Signaling (Methods, Mouse strains and transgene induction; Quantification; Statistics; Figure 9)

Образцы следует случайным образом распределять между экспериментальными условиями.

В статье не проверено. Случайное распределение между экспериментальными условиями в представленных текстах не описано. Случайное разделение транскриптомных данных на обучающую и тестовую выборки относится к другой процедуре.

Оценку исхода следует проводить вслепую.

В статье не проверено. В представленных разделах методов отсутствует описание слепой оценки исхода, которое подтверждало бы выполнение этого условия в исследовании восстановления.

Вывод остаётся неопределённым, если воздействие не достигло мишени или интервал допускает оба объяснения.

В статье не проверено. Подавление пути проверяли экспериментально, однако правило сохранения неопределённого вывода при недостижении мишени или интервале, допускающем оба объяснения, в представленных исследованиях отсутствует.

Предлагаемый эксперимент касается регенерации альвеол после повреждения у молодых и старых животных; основная гипотеза относится к восстановлению альвеолярного барьера в старой ткани.

Условия опыта отличаются. Исследование посвящено регенерации альвеол после введения блеомицина преимущественно у мышей возрастом 6-10 недель; сравнение молодых и старых животных и восстановление барьера в старой ткани в нём отсутствуют.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (STAR Methods, Mouse Models and Bleomycin Administration)

Указанная биологическая основа получена в мышиной модели, в которой интерлейкин-1β (IL-1β) способствовал появлению переходных потомков альвеолярных эпителиальных клеток 2-го типа (AT2), а его продолжительное воздействие препятствовало их созреванию до альвеолярных эпителиальных клеток 1-го типа (AT1).

Совпадает с исследованием. Прослеживание клеточных линий, удаление рецептора и опыты с мышиными органоидами показывают, что IL-1β способствует образованию переходных потомков AT2, тогда как продолжительное воздействие препятствует окончательному созреванию AT1.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (Results, Figures 2, 4 and 7A-H)

Сигнал IL-1β следует снять после появления переходных клеток посредством поздней блокады рецептора.

Условия опыта отличаются. После 14 дней воздействия IL-1β органоиды ещё семь дней культивировали после его удаления; в рецепторном эксперименте Il1r1 удаляли в AT2 до повреждения, поэтому поздняя блокада рецептора после появления переходных клеток остаётся отдельным условием.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (Results, Figure 7D-E; Figure 4A-E)

Основная гипотеза состоит в том, что снятие сигнала IL-1β позволяет ранее образовавшимся переходным потомкам AT2 созреть до AT1 и обеспечить преимущественную часть восстановления альвеолярного барьера в старой ткани.

Условия опыта отличаются. В отдельных опытах показаны потомки переходных клеток с признаками AT1 и восстановление экспрессии маркеров зрелых AT1 после удаления IL-1β из органоидов; преимущественный функциональный вклад ранее сформированной когорты у старых животных остаётся непроверенным.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (Results, Figure 3E-L and Figure 7D-E)

Альтернативное объяснение состоит в том, что существующие переходные клетки остаются непродуктивными, а ткань замещает новая волна потомков ещё не активированных клеток AT2.

В статье не проверено. Анализ клеточных траекторий предполагает существование стареющей переходной субпопуляции с иной судьбой и возможность обхода переходного состояния; замещение ткани новой волной потомков AT2 после позднего снятия сигнала IL-1β у старых животных остаётся непроверенным.

Regulation of epithelial transitional states in murine and human pulmonary fibrosis (Results, Figure 7B; Discussion, Figure 8)

У молодых и старых животных следует отдельно пометить переходные клетки до снятия сигнала IL-1β и последующих потомков AT2.

Условия опыта отличаются. Репортёры Ndrg1 и Krt8 позволяют прослеживать переходные клетки, а отдельные опыты прослеживают потомков AT2; раздельного мечения ранней переходной когорты и последующих потомков AT2 относительно момента снятия сигнала в обеих возрастных группах нет.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (Results, Figure 3 and Figure S4; STAR Methods, Primary 3D Lung organoid co-culture)

Позднюю блокаду рецептора следует сравнить с контролем на одном и том же этапе повреждения.

Условия опыта отличаются. В работе сравнивают режимы воздействия на органоиды и генетические группы с удалением рецептора; сравнение поздней рецепторной блокады с контролем на одинаковом этапе повреждения у молодых и старых животных отсутствует.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (Results, Figure 7D-E; Figure 4A-E)

После сравнения блокады с контролем в независимых экспериментальных группах следует выборочно ограничить дифференцировку ранее помеченной когорты переходных клеток, чтобы проверить её необходимость для восстановления барьера.

Условия опыта отличаются. Удаление Il1r1 или Hif1α в AT2 нарушает образование переходных предшественников и последующую дифференцировку AT1; выборочное ограничение дифференцировки уже помеченной переходной когорты после сравнения блокады с контролем представляет собой иной эксперимент.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (Results, Figure 4 and Figure S6D-H)

Следует проверить чистоту клеточных меток.

Совпадает с исследованием. Специфичность меток проверяли по маркерам клеток дыхательных путей, AT2, AT1 и переходных клеток, с использованием интактных контролей и проточной цитометрии. Авторы также обсуждают остаточное действие тамоксифена; предложенная схема мечения двух последовательных когорт требует собственной проверки.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (Results, Figure 3F-I and Figure S4B-K; Limitations of Study)

Следует проверить исходный размер альвеолярного дефекта.

Условия опыта отличаются. На четвёртый день после введения блеомицина сравнивали воспаление и проницаемость у мышей с дефицитом Krt8 и в контроле; эти показатели повреждения отличаются от проверки исходного размера альвеолярного дефекта перед поздней блокадой и воздействием на когорту.

Regulation of epithelial transitional states in murine and human pulmonary fibrosis (Results, Figure 2E-F)

Первичный исход представляет собой восстановление барьерной функции альвеол, оцениваемое по альвеолярной утечке трассера через неделю.

Условия опыта отличаются. Утечку флуоресцентно меченного альбумина в альвеолы измеряли после острого удаления AT1 или инфекционного повреждения; этот функциональный метод применён в иных условиях, чем оценка через неделю после поздней блокады рецептора IL-1β у старых животных.

Evidence for lung barrier regeneration by differentiation prior to binucleated and stem cell division (Results, Figure 3B-E; Materials and methods, Bronchoalveolar lavage and pulse oximetry)

Морфологию AT1 следует оценить как показатель механизма регенерации.

Совпадает с исследованием. При регенерации у меченых потомков переходных клеток оценивали морфологию AT1 и экспрессию соответствующих маркеров, что соответствует морфологической части предложения; опыт с поздней блокадой у старых животных в работе отсутствует.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (Results, Figure 3J-K)

Экспериментальной единицей является животное.

Совпадает с исследованием. Авторы прямо указывают, что биологические повторности представлены разными животными, и приводят измерения барьерной функции на уровне животных, что соответствует требованию к экспериментальной единице.

Evidence for lung barrier regeneration by differentiation prior to binucleated and stem cell division (Materials and methods, Statistical analysis; Figure 3C-E)

Восстановление барьера при выключении ранее помеченной когорты опровергнет необходимость этой когорты для восстановления.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка сохранения восстановления барьера при выключении дифференцировки ранее помеченной переходной когорты в условиях предложенной поздней блокады.

Большая доля помеченных клеток достаточна для подтверждения предполагаемого функционального вклада только при сопутствующем улучшении барьерной функции.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует совместная проверка доли меченых клеток ранней когорты и улучшения барьерной функции по утечке индикаторного вещества после поздней блокады в старой ткани.

Вторичное воспаление, вызванное экспериментальной манипуляцией, делает интерпретацию опыта неоднозначной.

В статье не проверено. В связанных опытах измеряли воспаление, однако вторичное воспаление вследствие выборочного ограничения ранней переходной когорты как фактор, затрудняющий оценку её необходимости, в представленных исследованиях не проверяли.

При сравнении с близкой гипотезой описано снятие воспалительных и механических ограничений незавершённой регенерации альвеол; автор указывает, что вмешательство одинаково, а расходящиеся предсказания касаются происхождения клеток, обеспечивающих функциональный выигрыш.

Условия опыта отличаются. В опытах накопление переходных клеток связано с привлечением макрофагов, сохранением фибробластов и жёсткостью субстрата; одинаковое вмешательство, снимающее воспалительные и механические ограничения, с различением клеточных источников функционального восстановления в работе отсутствует.

Regulation of epithelial transitional states in murine and human pulmonary fibrosis (Results, Figure 5A-E; Discussion, Figure 8)

Клеточный источник функционального улучшения после позднего снятия воспаления в старой ткани остаётся неустановленным; результаты предложенного эксперимента пока не получены.

В статье не проверено. Представленные публикации оставляют открытым вопрос о клеточном источнике функционального улучшения в предложенном опыте со старой тканью; сообщение автора об отсутствии результатов этого опыта относится к описанию предложения.

В эксперименте используют донорские роговицы в качестве реципиентных тканей и сравнивают независимых молодых и пожилых доноров, чтобы проверить сохранение регенеративного резерва возрастной ткани.

В статье не проверено. Донорские роговицы человека использовали как принимающую подложку, однако сравнение независимых групп молодых и пожилых реципиентных тканей для оценки регенеративного резерва в статье отсутствует.

Assessment of corneal substrate biomechanics and its effect on epithelial stem cell maintenance and differentiation (Methods: Corneal tissue sourcing; Organ culture of human corneas.)

Вмешательства проводят после истощения лимбальных клеток.

Совпадает с исследованием. В опытах с органной культурой эпителиальные клетки удаляли, полноту удаления проверяли и затем высевали лимбальные эпителиальные стволовые клетки; отдельная серия включала обработку повреждённого щёлочью лимба.

Assessment of corneal substrate biomechanics and its effect on epithelial stem cell maintenance and differentiation (Methods: Organ culture of human corneas; Figure 6.)

Состояние принимающей поверхности роговицы и базальной мембраны ограничивает прикрепление клеток и устойчивое эпителиальное покрытие, а возрастные изменения этой ниши могут снижать эффект дополнительной дозы клеток.

В статье не проверено. Механические свойства подложки влияли на фенотип эпителия и его восстановление, однако причинная связь старения принимающей ткани с ухудшением прикрепления и снижением эффекта дополнительной дозы клеток остаётся непроверенной.

Assessment of corneal substrate biomechanics and its effect on epithelial stem cell maintenance and differentiation (Results: Collagenase treatment restores limbus capacity to support LESCs after alkali burn; Figures 6-7.)

Восстановление поверхности включает выравнивание базальной мембраны для подготовки принимающего основания.

Условия опыта отличаются. Коллагеназа размягчала ткань и частично разрушала компоненты базальной мембраны. Выравнивание базальной мембраны в протокол входило бы как другое вмешательство; авторы сообщали об отсутствии заметных изменений рельефа лимба.

Assessment of corneal substrate biomechanics and its effect on epithelial stem cell maintenance and differentiation (Figures 4 and 6; Discussion; Methods: Collagenase treatments.)

Восстановление поверхности и дозу клеток варьируют независимо в четырёх группах, сочетая повреждённую или восстановленную поверхность с исходной или удвоенной дозой клеток.

Условия опыта отличаются. Сравнивали контрольную ткань, ткань после щелочного ожога и обожжённую ткань после обработки коллагеназой, высевая по 5 × 10^5 клеток на роговицу. Четыре сочетания состояния поверхности и двух доз клеток отсутствовали.

Assessment of corneal substrate biomechanics and its effect on epithelial stem cell maintenance and differentiation (Figure 6; Methods: Organ culture of human corneas.)

Возраст и источник пересаживаемых донорских клеток сохраняют одинаковыми во всех сравнениях.

В статье не проверено. Клетки отдельных доноров культивировали раздельно, а независимые опыты проводили с материалом разных доноров. Постоянство возраста и источника пересаживаемых клеток при сравнении возраста реципиентных тканей и доз в статье не установлено.

Assessment of corneal substrate biomechanics and its effect on epithelial stem cell maintenance and differentiation (Methods: Isolation and culture of corneal limbal epithelial cells; Organ culture of human corneas.)

Степень исходного повреждения должна быть одинаковой в четырёх экспериментальных группах и при сравнении молодых и пожилых реципиентных роговиц.

В статье не проверено. Заданная экспозиция щёлочи стандартизовала процедуру повреждения, однако одинаковая степень исходной травмы в предложенных четырёх группах и между молодыми и пожилыми реципиентными роговицами остаётся неподтверждённой.

Assessment of corneal substrate biomechanics and its effect on epithelial stem cell maintenance and differentiation (Methods: Organ culture of human corneas.)

Предполагается, что восстановление принимающей ниши вернёт дозовый ответ преимущественно у пожилых реципиентных тканей.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка того, возвращает ли восстановление ниши дозовый ответ на пересаживаемые клетки преимущественно в пожилых реципиентных тканях.

Предполагается, что выравнивание базальной мембраны даст больший прирост устойчивого эпителиального покрытия, чем удвоение числа клеток на повреждённом основании.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует прямое сравнение выравнивания базальной мембраны и удвоения числа клеток на повреждённом основании по приросту устойчивого эпителиального покрытия.

В анализе необходимо заранее предусмотреть проверку взаимодействия возраста с исследуемым фактором и оценить доверительный интервал эффекта.

В статье не проверено. В статистических методах указаны дисперсионный анализ и 95 % доверительный интервал, однако заранее предусмотренная проверка взаимодействия возраста реципиентной ткани с вмешательством и интервал соответствующего эффекта отсутствуют.

Assessment of corneal substrate biomechanics and its effect on epithelial stem cell maintenance and differentiation (Methods: Statistical analysis.)

Основной исход представляет собой долю поверхности с устойчивым роговичным эпителием после стандартизованного испытания адгезии на 14-е сутки.

Условия опыта отличаются. На 14-е сутки у мышей оценивали нарушение барьерной функции по окрашиванию флуоресцеином. Этот показатель отличается от доли поверхности донорской роговицы, сохраняющей эпителий после стандартизованного испытания адгезии.

Age-Related Differences in the Mouse Corneal Epithelial Transcriptome and Their Impact on Corneal Wound Healing (Methods: Evaluation of Corneal Barrier Function and Residual Haze 14 Days After Debridement; Figure 4C.)

Прогноз опровергается, если удвоение дозы клеток устойчиво превосходит подготовку основания либо подготовка не меняет прикрепление клеток и эпителиальное покрытие.

В статье не проверено. Представленные исследования не выполняли заданное сравнение удвоения дозы и подготовки основания с оценкой прикрепления и покрытия, которое позволило бы проверить указанные условия опровержения прогноза.

Заявленное научное основание включает консенсус о стадиях лечения и состоянии глазной поверхности, необходимом для восстановления, а также исследования влияния механики роговичной подложки на поддержание и дифференцировку лимбальных эпителиальных стволовых клеток.

В статье не проверено. Исследование Gouveia с соавторами непосредственно подтверждает основание, связанное с механикой подложки. Текст указанного консенсуса Deng с соавторами среди представленных публикаций отсутствует, поэтому оба положения научного основания здесь проверить невозможно.

Assessment of corneal substrate biomechanics and its effect on epithelial stem cell maintenance and differentiation (Introduction; Results; Figures 3-7.)

В эксперименте сравнивают молодых и старых мышей и исследуют менингеальный лимфоотток к глубоким шейным лимфатическим узлам.

Совпадает с исследованием. У молодых и старых мышей сравнивали строение менингеальных лимфатических сосудов и доставку трассера из спинномозговой жидкости в глубокие шейные лимфатические узлы.

Functional aspects of meningeal lymphatics in aging and Alzheimer's disease (Meningeal lymphatics in aging; Extended Data Figures 6a-f and 7a-g.)

Предполагается, что после восстановления менингеального лимфооттока у старых мышей улучшение выведения крупного растворимого груза будет сильнее зависеть от проходимости пути к глубоким шейным лимфатическим узлам, чем выведение малого растворимого груза.

В статье не проверено. У старых мышей усиление дренажа после VEGF-C зависело от сохранения пути оттока, однако более выраженная зависимость крупного растворимого груза по сравнению с малым оставалась за пределами выполненного сравнения.

Functional aspects of meningeal lymphatics in aging and Alzheimer's disease (Figure 2m-t; Extended Data Figure 4.)

Согласно альтернативному объяснению, изменения транспорта целиком обусловлены изменениями перфузии мозга.

В статье не проверено. Авторы измеряли поступление трассера со спинномозговой жидкостью и сосудистую гемодинамику, однако объяснение размерной зависимости транспорта целиком через перфузию в парном сравнении трассеров отсутствует. После VEGF-C кровоток и оксигенация сохранялись на сопоставимом уровне.

Functional aspects of meningeal lymphatics in aging and Alzheimer's disease (Meningeal lymphatics in aging; Extended Data Figure 6n-r.)

Основанием для гипотезы служат наблюдения, согласно которым воздействие на менингеальную лимфатическую сеть у старых мышей улучшало отток макромолекул и сопровождалось изменениями перфузии и поведения; эти наблюдения допускают как избирательность маршрута, так и общее изменение транспорта жидкости.

Совпадает с исследованием. У старых мышей описаны изменения дренажа, поступления трассера в мозг и поведения, которые послужили основанием для гипотезы, при этом размерная селективность оставалась неустановленной. Улучшение перфузии в статье обозначает усиление поступления спинномозговой жидкости; увеличение кровотока показано не было.

Functional aspects of meningeal lymphatics in aging and Alzheimer's disease (Figure 2e-t; Extended Data Figures 6n-r and 7a-u.)

У молодых и старых мышей проводят локальное усиление сигнала фактора роста эндотелия сосудов C (VEGF-C) или контрольное воздействие.

Совпадает с исследованием. Молодым и старым мышам локально наносили гидрогель с VEGF-C или контрольный гидрогель, после чего в обеих возрастных группах оценивали дренаж.

Functional aspects of meningeal lymphatics in aging and Alzheimer's disease (Extended Data Figure 7a-g; Methods, Transcranial recombinant VEGF-C delivery.)

Обратимое ограничение транспортного пути к лимфатическим узлам или имитация процедуры служит независимым экспериментальным фактором, который в каждой возрастной группе сочетают с усилением сигнала VEGF-C или соответствующим контрольным воздействием.

Условия опыта отличаются. У старых мышей VEGF-C или контроль сочетали с перевязкой сосудов или имитацией операции, однако использовали нерассасывающиеся нити, а восстановление проходимости отсутствует в описании опыта. Полная факторная схема для обеих возрастных групп также отсутствует.

Functional aspects of meningeal lymphatics in aging and Alzheimer's disease (Figure 2m-t; Methods, Lymphatic vessel ligation.)

Одному животному одновременно вводят два инертных трассера разных гидродинамических размеров с согласованными химическими свойствами.

Условия опыта отличаются. В опытах с разрушением лимфатических сосудов раздельно вводили овальбумин, бета-амилоид и липопротеины низкой плотности. Их химические свойства различаются, поэтому эти опыты оставляют непроверенным одновременное сравнение двух инертных трассеров согласованной химии у одного животного.

Functional aspects of meningeal lymphatics in aging and Alzheimer's disease (Extended Data Figure 4; Methods, Brain parenchymal injections.)

Измеряют давление спинномозговой жидкости, перфузию мозга и утечку.

В статье не проверено. Давление, целостность гематоэнцефалического барьера и показатели перфузии оценивали в отдельных опытах. Совместное измерение давления, перфузии и утечки при всех сочетаниях возраста, лечения и обратимого ограничения пути остаётся неподтверждённым.

Functional aspects of meningeal lymphatics in aging and Alzheimer's disease (Extended Data Figures 1i-j, 2a-b and 6n-r; Methods, Intracranial pressure measurement.)

Первичный тест оценивает взаимодействие вмешательства и проходимости пути по отношению восстановления доставки большого и малого трассеров в лимфатические узлы.

Условия опыта отличаются. В опыте, сочетающем лечение и перевязку, количественно оценивали сигнал овальбумина в лимфатических узлах. Отношение восстановления доставки большого и малого трассеров как показатель взаимодействия в статье отсутствует.

Functional aspects of meningeal lymphatics in aging and Alzheimer's disease (Figure 2s-t.)

Доставку трассеров оценивают за фиксированное временное окно, установленное в пилотном эксперименте.

В статье не проверено. Дренаж трассера оценивали через два часа после введения, однако выбор временного окна для предлагаемого сравнения на основании пилотного эксперимента в статье не описан.

Functional aspects of meningeal lymphatics in aging and Alzheimer's disease (Extended Data Figure 7a; Methods, Statistical analysis and reproducibility.)

Экспериментальной единицей служит животное.

Совпадает с исследованием. При сравнении дренажа и поведения независимыми единицами служили мыши, а измерения на нескольких срезах усредняли внутри образца. Такое соответствие относится к этим опытам; для секвенирования эндотелиальных клеток использовали объединённые образцы.

Functional aspects of meningeal lymphatics in aging and Alzheimer's disease (Figure 2m-t; Methods, Immunohistochemistry, imaging and quantifications.)

Путь выведения должен быть подтверждён, чтобы сравнение двух размеров груза в одном животном характеризовало функцию маршрута с учётом различия между этой функцией и простым увеличением числа или размера лимфатических сосудов.

Условия опыта отличаются. Перевязка и измерение трассера в узлах позволяли оценить функциональную зависимость от пути оттока дополнительно к морфологии сосудов. Подтверждение пути в сочетании со сравнением двух размеров груза у одного животного остаётся непроверенным.

Functional aspects of meningeal lymphatics in aging and Alzheimer's disease (Figure 2m-t; Extended Data Figure 3a-d.)

Одинаковые изменения обоих трассеров, определяемые перфузией, будут основанием для отвержения гипотезы размерной селективности.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка заданного критерия отвержения гипотезы, при котором после восстановления лимфооттока оба трассера изменяются одинаково и эти изменения объясняются перфузией.

Если само ограничение пути изменяет давление спинномозговой жидкости, эксперимент теряет способность различить предложенные объяснения.

Условия опыта отличаются. В близком исследовании после перевязки лимфатических сосудов проверяли давление и за выбранный период значимого повышения не обнаружили. Однако исследовали молодых мышей и гипотензивные препараты, поэтому условие для опыта со старением, VEGF-C и обратимым ограничением остаётся непроверенным.

Blood pressure lowering enhances cerebrospinal fluid efflux to the systemic circulation primarily via the lymphatic vasculature (Figure 6; Additional file 5, Figure S5; Methods, Animals and housing.)

Вывод относится к дренажу; восстановление памяти остаётся недоказанным.

В статье не проверено. Этот пункт определяет границу вывода из предлагаемого опыта. Опубликованные поведенческие результаты оставляют восстановление памяти по результатам сравнения дренажа двух трассеров недоказанным.

В качестве сравнения приведено предположение, что для восстановления старой кожи при росте лимфатических капилляров необходимы работающие лимфатические коллекторы; это подчёркивает зависимость восстановления от функционирующего дальнейшего пути оттока.

В статье не проверено. Представленные статьи обсуждают старение периферических лимфатических сосудов и функцию коллекторов, однако прямой опыт, связывающий восстановление старой кожи при росте капилляров с обязательной работой коллекторов, среди них отсутствует.

Результаты предложенного эксперимента пока не получены.

В статье не проверено. В описании гипотезы указано, что результаты предлагаемого опыта пока не получены. Представленная литература содержит результаты других экспериментов и позволяет оценить совпадение условий, тогда как текущий статус выполнения предложения остаётся сведением его авторов.

Предлагаемое исследование реабилитации касается возрастных сухожилий у людей, у которых уже восстановлена способность развивать усилие медленно.

Условия опыта отличаются. Habets с соавторами включали спортсменов-любителей в возрасте 18-65 лет с симптомами хронической тендинопатии ахиллова сухожилия; отбор пожилых участников после восстановления способности развивать усилие медленно в этом исследовании отсутствовал.

No Difference in Clinical Effects When Comparing Alfredson Eccentric and Silbernagel Combined Concentric-Eccentric Loading in Achilles Tendinopathy: A Randomized Controlled Trial (Methods: Participants; Results: Table 1)

Восстановленная максимальная сила сухожилия может скрывать сохраняющуюся неспособность переносить быстрый рост усилия.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка того, сохраняется ли у пожилых людей непереносимость быстрого роста нагрузки после восстановления максимальной силы сухожилия.

В исследовании проверяется способность возрастной ткани адаптироваться к повторной нагрузке, причём постепенная тренировка скорости набора усилия должна преимущественно улучшать функцию при быстром движении.

Условия опыта отличаются. Tsai с соавторами показали адаптацию ахиллова сухожилия к повторной нагрузке у здоровых молодых мужчин. Частоту занятий и объём нагрузки изменяли при постоянной скорости нагружения, поэтому преимущественное улучшение быстрых движений вследствие тренировки скорости в возрастной ткани осталось за пределами опыта.

Effect of the temporal coordination and volume of cyclic mechanical loading on human Achilles tendon adaptation in men (Materials and methods: Participants and experimental design; Intervention protocols; Results: Figure 3)

В реабилитацию добавляют позднюю фазу быстрого, контролируемого набора усилия, чтобы улучшить способность возрастного сухожилия переносить внезапную нагрузку.

Условия опыта отличаются. В заключительной фазе программы Silbernagel увеличивали скорость упражнений и вводили плиометрическую нагрузку. Этот этап входил в полную программу лечения симптомной тендинопатии ахиллова сухожилия; его отдельный эффект после восстановления медленной силы у пожилых людей остался непроверенным.

No Difference in Clinical Effects When Comparing Alfredson Eccentric and Silbernagel Combined Concentric-Eccentric Loading in Achilles Tendinopathy: A Randomized Controlled Trial (Methods: Interventions)

Все участники проходят единую начальную программу до распределения по сравниваемым группам.

Условия опыта отличаются. Участников распределяли по группам после исходного обследования, после чего они начинали назначенные программы. Общий начальный курс реабилитации до распределения по группам в схеме исследования отсутствовал.

No Difference in Clinical Effects When Comparing Alfredson Eccentric and Silbernagel Combined Concentric-Eccentric Loading in Achilles Tendinopathy: A Randomized Controlled Trial (Methods: Recruitment and Randomization; Interventions)

Участников распределяют между группой медленной нагрузки и группой постепенной тренировки скорости, после чего сравнивают результаты этих групп.

Условия опыта отличаются. Сравнивали изолированную эксцентрическую нагрузку с сочетанием концентрических и эксцентрических упражнений, переходящим к плиометрическим упражнениям. Программы различались также составом и частотой упражнений, что ограничивает оценку отдельного эффекта постепенного увеличения скорости.

No Difference in Clinical Effects When Comparing Alfredson Eccentric and Silbernagel Combined Concentric-Eccentric Loading in Achilles Tendinopathy: A Randomized Controlled Trial (Methods: Interventions)

В группах медленной нагрузки и постепенной тренировки скорости уравнивают пиковое усилие и суммарную работу.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует подтверждение одновременного выравнивания пикового усилия и суммарной работы между группами медленной нагрузки и постепенной тренировки скорости.

Предполагается, что постепенная тренировка скорости увеличит силу, безопасно достигаемую в первые 200 мс стандартной задачи, по сравнению с медленной нагрузкой.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение силы, безопасно достигаемой в первые 200 мс стандартизованной задачи, между группами при заданных условиях реабилитации.

Предполагается, что постепенная тренировка скорости улучшит переносимость спуска по лестнице по сравнению с медленной нагрузкой.

В статье не проверено. Представленные работы оценивают общие симптомы и функцию, однако отдельный результат сравнения переносимости спуска по лестнице после тренировки скорости и медленной нагрузки в них отсутствует.

Прирост, ограниченный тренировочным упражнением и не переносящийся на стандартизованную задачу, опровергнет прогноз.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует заданный критерий опровержения, при котором улучшение в тренировочном упражнении сопровождается отсутствием переноса на стандартизованную задачу быстрого набора усилия.

Ухудшение симптомов опровергнет прогноз.

В статье не проверено. В клинических испытаниях отслеживали боль и нежелательные явления, однако ухудшение симптомов как критерий опровержения именно поздней тренировки скорости у пожилых людей с восстановленной медленной силой осталось непроверенным.

Указанное научное основание включает клиническое испытание лечебных упражнений с постепенным увеличением нагрузки на сухожилие при тендинопатии связки надколенника, в котором основной исход отражал симптомы и функцию.

Совпадает с исследованием. Breda с соавторами провели указанное рандомизированное испытание лечебных упражнений с постепенным увеличением нагрузки при тендинопатии связки надколенника, в котором основной исход отражал боль, функцию и возможность заниматься спортом.

Effectiveness of progressive tendon-loading exercise therapy in patients with patellar tendinopathy: a randomised clinical trial (Methods: Outcomes; Results: Primary outcome; Figure 4; Table 2)

Указанное научное основание также включает исследование влияния характеристик циклической деформации на адаптацию ахиллова сухожилия у людей.

Совпадает с исследованием. Влияние характеристик циклической нагрузки на адаптацию ахиллова сухожилия у людей непосредственно исследовали, изменяя частоту и объём нагрузки. В статье также приведена работа Bohm с соавторами о скорости и длительности деформации, собственный текст которой в предоставленном материале заменён уведомлением об ограничении доступа.

Effect of the temporal coordination and volume of cyclic mechanical loading on human Achilles tendon adaptation in men (Materials and methods: Intervention protocols; Results: Figures 3-4; References: 26)

Старение мышечно-сухожильной единицы может избирательно снижать переносимость нагрузки в удлинённом положении, формируя возрастной дефицит момента силы на крайних углах.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует прямая проверка того, вызывает ли старение избирательное снижение переносимости нагрузки при большей длине мышечно-сухожильной единицы и дефицит момента силы на крайних углах.

Предполагается, что возрастная ткань адаптируется к повторной нагрузке в удлинённом положении, восстанавливая переносимость нагрузки и рабочий диапазон.

Условия опыта отличаются. Eriksen с соавторами показали зависимость адаптации сухожилия от нагрузки у людей 62-70 лет, сравнив высокую и умеренную нагрузку в течение 12 месяцев. Критерии исключения охватывали недавнюю тендинопатию связки надколенника, а восстановление рабочего диапазона при большей длине мышечно-сухожильной единицы оставалось за пределами исследования.

Load magnitude affects patellar tendon mechanical properties but not collagen or collagen cross-linking after long-term strength training in older adults. (Methods: Participants and Interventions; Results: Patellar tendon mechanical properties; Figure 4.)

При сопоставимой работе постепенная тренировка в удлинённом положении должна преимущественно сокращать возрастной дефицит момента силы на крайних углах.

Условия опыта отличаются. Guex с соавторами выявили прирост момента силы на отдельных углах после трёх недель тренировок у здоровых молодых взрослых, при этом взаимодействие группы со временем было статистически незначимым на всех исследованных углах. Возрастной дефицит момента силы оставался за пределами исследования; авторы также допускали большую тренировочную нагрузку в группе с удлинённым положением мышц.

Hamstring Architectural and Functional Adaptations Following Long vs. Short Muscle Length Eccentric Training. (Methods: Subjects and Eccentric resistance training; Results: Functional adaptations; Figure 3; Discussion.)

Тренировку при большей длине мышечно-сухожильной единицы следует вводить постепенно при одинаковом мышечном усилии; ожидается улучшение функции на соответствующих углах.

Условия опыта отличаются. Обе группы выполняли максимальные эксцентрические сокращения с постепенным увеличением числа подходов, однако угол сгибания бедра с начала программы составлял 0° или 80°. Постепенное введение большей длины мышц и подтверждённое равенство мышечного усилия в этой работе отсутствовали.

Hamstring Architectural and Functional Adaptations Following Long vs. Short Muscle Length Eccentric Training. (Methods: Eccentric resistance training; Figure 1; Discussion.)

Предлагаемый эксперимент касается людей старшего возраста со стабильной тендинопатией.

Условия опыта отличаются. В клиническое испытание включали мужчин 20-55 лет с тендинопатией ахиллова сухожилия длительностью более трёх месяцев. Такая выборка отличается от специально выделенной группы пожилых пациентов со стабильной тендинопатией, поскольку длительность заболевания сама по себе сохраняет неопределённость относительно клинической стабильности.

Evidence-Based High-Loading Tendon Exercise for 12 Weeks Leads to Increased Tendon Stiffness and Cross-Sectional Area in Achilles Tendinopathy: A Controlled Clinical Trial. (Materials and Methods: Design and eligibility criteria; Table 1.)

В эксперименте следует сравнить тренировки со стандартной и расширенной амплитудой движений при одинаковой суммарной работе и безопасной прогрессии нагрузки.

Условия опыта отличаются. Colard с соавторами постепенно корректировали тренировочную нагрузку, сравнивая два отдельных диапазона движений голеностопного сустава по 30° при меньшей и большей длине мышц. Сравнение стандартной амплитуды с её расширением и выравнивание суммарной механической работы в исследовании отсутствовали.

Eccentric training at long muscle lengths induces greater corticospinal and spinal reflex plasticity than eccentric training at short muscle lengths. (Methods 2.4.1-2.4.2; Table 1.)

Следует отслеживать усилие по углам и сопутствующие нагрузки.

В статье не проверено. В дневниках регистрировали нагрузку, её прогрессию и другие физические занятия, тогда как силу оценивали при фиксированном нейтральном положении голеностопного сустава. Поэтому совместное отслеживание усилия по углам и сопутствующих нагрузок было представлено лишь частично.

Evidence-Based High-Loading Tendon Exercise for 12 Weeks Leads to Increased Tendon Stiffness and Cross-Sectional Area in Achilles Tendinopathy: A Controlled Clinical Trial. (Materials and Methods: Intervention; Primary Outcomes: Mechanical and Material Properties.)

Следует предусмотреть более молодую группу сравнения с тем же клиническим состоянием и сопоставимым воздействием.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует требуемое сравнение старшей и младшей возрастных групп с одинаковой тендинопатией и сопоставимым воздействием.

Взаимодействие возраста с вмешательством следует задать заранее.

В статье не проверено. Представленные анализы оценивают эффекты тренировочной группы и времени, тогда как заранее заданное взаимодействие возраста с вмешательством в описаниях методов отсутствует.

При анализе следует учитывать выраженность исходного повреждения.

В статье не проверено. Исходную клиническую тяжесть регистрировали и сравнивали между группами, однако описанный анализ оставлял эффекты лечения без поправки на выраженность исходного повреждения. Проверка сопоставимости исходных показателей выполняет другую статистическую задачу.

Evidence-Based High-Loading Tendon Exercise for 12 Weeks Leads to Increased Tendon Stiffness and Cross-Sectional Area in Achilles Tendinopathy: A Controlled Clinical Trial. (Materials and Methods: Statistical Analysis; Table 1.)

Основным исходом должен быть переносимый момент силы в заранее заданном крайнем функциональном диапазоне через 16 недель.

Условия опыта отличаются. В клиническом испытании через 12 недель измеряли максимальную изометрическую силу подошвенных сгибателей при нейтральном положении голеностопного сустава вместе с характеристиками сухожилия и клиническими показателями. Переносимый момент силы в заранее заданном крайнем функциональном диапазоне через 16 недель в число исходов этого испытания не входил.

Evidence-Based High-Loading Tendon Exercise for 12 Weeks Leads to Increased Tendon Stiffness and Cross-Sectional Area in Achilles Tendinopathy: A Controlled Clinical Trial. (Materials and Methods: Primary Outcomes and Mechanical and Material Properties; Figure 4.)

Одинаковые изменения момента силы опровергнут прогноз; в представленном тексте не уточняется, в каком сравнении определяется это равенство.

В статье не проверено. Статистически незначимое взаимодействие группы со временем у молодых взрослых сохраняет неопределённость относительно равенства изменений момента силы и относится к другому эксперименту. В самой представленной гипотезе сравнение, определяющее равенство, также остаётся неуточнённым.

Hamstring Architectural and Functional Adaptations Following Long vs. Short Muscle Length Eccentric Training. (Results: Functional adaptations; Figure 3.)

Улучшение на новых углах, сопровождающееся устойчивой потерей общей функции, также опровергнет прогноз.

В статье не проверено. Высота прыжка с предварительным подседанием снижалась на фоне улучшения клинических оценок, однако сочетание прироста функции на новых углах с устойчивой потерей общей функции в работе отсутствовало. Эти результаты оставляют предложенный критерий опровержения непроверенным.

Evidence-Based High-Loading Tendon Exercise for 12 Weeks Leads to Increased Tendon Stiffness and Cross-Sectional Area in Achilles Tendinopathy: A Controlled Clinical Trial. (Results: Jump Performance and VISA-A Score; Discussion.)

Указанное научное основание включает клиническое испытание программ нагрузки, в котором основной исход отражал симптомы и функцию.

Совпадает с исследованием. Статья содержит ссылку на рандомизированное испытание Breda с соавторами и описывает его клинический исход по шкале оценки симптомов и функции при тендинопатии связки надколенника. Собственное испытание авторов также включает клинические основные исходы; сведения о работе Breda подтверждают указанное научное основание, при этом её полный текст среди представленных материалов отсутствует.

Evidence-Based High-Loading Tendon Exercise for 12 Weeks Leads to Increased Tendon Stiffness and Cross-Sectional Area in Achilles Tendinopathy: A Controlled Clinical Trial. (Introduction, discussion of progressive tendon-loading exercise; Reference 38; Primary Outcomes: Clinical Outcomes.)

Указанное научное основание также включает метаанализ тренировочных исследований у здоровых взрослых; эти данные не устанавливают оптимальную нагрузку для пожилых пациентов с травмой.

Совпадает с исследованием. Библиографическая ссылка прямо указывает на систематический обзор и метаанализ Bohm с соавторами, посвящённый тренировочным вмешательствам у здоровых взрослых. Это подтверждает указанную популяцию научного основания, однако выбор оптимальной нагрузки у пожилых пациентов с травмой требует отдельной проверки; полный текст метаанализа среди представленных материалов отсутствует.

Load magnitude affects patellar tendon mechanical properties but not collagen or collagen cross-linking after long-term strength training in older adults. (Background; Reference 12.)

В эксперименте проверяют сохранение регенеративного резерва возрастных мышечных клеток-предшественников при пересадке в мышечные микроткани.

Условия опыта отличаются. Cosgrove с соавторами исследовали регенеративный резерв и пересадку стволовых клеток мышц старых мышей в мышцы мышей-реципиентов, тогда как предложенный эксперимент предусматривает пересадку в мышечные микроткани.

Rejuvenation of the aged muscle stem cell population restores strength to injured aged muscles (Results: Expanded aged MuSC population has enhanced long-term function; Figures 5 and 6; Online Methods: MuSC transplantation.)

Ранний выход из покоя во время подготовки трансплантата может приводить к преждевременному истощению возрастных мышечных клеток-предшественников и уменьшать их регенеративный резерв на второе повреждение.

Условия опыта отличаются. Chakkalakal с соавторами связали выход клеток из покоя в старой мышце с истощением клеточного пула и нарушением регенерации под действием фактора роста фибробластов 2 (FGF2). Исследование касалось длительных изменений естественной ниши; активация при подготовке трансплантата с последующей оценкой второго повреждения остаётся непроверенной.

The aged niche disrupts muscle stem cell quiescence (Results: Aged satellite cells cycle more frequently during homeostasis; Longer-term changes in FGF signalling levels mediate satellite cell number and function; Figures 1, 4 and 5.)

После размножения и перед пересадкой культуры возрастных мышечных клеток-предшественников кратковременно и обратимо возвращают в состояние покоя, описанное как низкая митотическая активность, что должно сохранить их резерв и усилить повторный регенеративный ответ.

Условия опыта отличаются. Онкостатин M вызывал обратимый выход из клеточного цикла и сохранял способность к приживлению после пересадки у клеток мышей в возрасте 8-12 недель. Обратимость проверяли сменой условий культивирования; краткий этап покоя после размножения клеток пожилых доноров в опытах с пересадкой остаётся непроверенным.

Induction of muscle stem cell quiescence by the secreted niche factor Oncostatin M (Results: Regulation of muscle stem cell quiescence by OSM; OSM treatment maintains stemness in vitro; Figures 1e, 2e and 3; Methods: Mice.)

Культуры с кратким периодом обратимого покоя сравнивают с культурами без такого периода на одинаковой упругой подложке.

Условия опыта отличаются. Опыты с онкостатином M проводили на пластике без покрытия, включая длительное культивирование, тогда как предложенное сравнение предусматривает краткий период обратимого покоя и контрольную культуру на одинаковой упругой подложке.

Induction of muscle stem cell quiescence by the secreted niche factor Oncostatin M (Methods: Stem cell purification and culture; Figures 1-3.)

Жизнеспособность клеток перед пересадкой должна быть одинаковой в сравниваемых условиях; равное число живых меченых клеток вносят в мышечные микроткани одного донора.

Условия опыта отличаются. При пересадке в мышцы мышей использовали равное подсчитанное число клеток и донорские метки. Однако равенство жизнеспособности между условиями перед пересадкой остаётся неподтверждённым, а мышечные микроткани одного донора в этой работе отсутствуют.

Induction of muscle stem cell quiescence by the secreted niche factor Oncostatin M (Results: A secretomic screen for muscle stem cell regulators; OSM treatment maintains stemness in vitro; Figures 1e and 3; Methods: Muscle stem cell transplantation and muscle injury.)

Эксперимент предусматривает первое и второе повреждения, чтобы оценить регенеративный резерв при повторном регенеративном ответе.

Условия опыта отличаются. После удаления рецептора онкостатина M у молодых взрослых мышей проводили два последовательных повреждения кардиотоксином. Повторное повреждение представлено экспериментально, однако возраст животных, вмешательство и тканевая модель отличаются от предложенного опыта с пересадкой клеток пожилых доноров.

Induction of muscle stem cell quiescence by the secreted niche factor Oncostatin M (Results: Functions of OSM signaling in vivo; Figure 4c-e; Methods: Mice.)

Ожидается, что краткий период покоя увеличит вклад донорских клеток в новые мышечные волокна после второго повреждения по сравнению с условием без такого периода.

Условия опыта отличаются. Обработанные онкостатином M клетки участвовали в образовании донорских волокон и сохраняли регенеративную активность после пересадки и повреждения кардиотоксином. Сравнение новых донорских волокон после второго повреждения между заданными условиями покоя и контроля для клеток пожилых доноров отсутствует.

Induction of muscle stem cell quiescence by the secreted niche factor Oncostatin M (Results: A secretomic screen for muscle stem cell regulators; OSM treatment maintains stemness in vitro; Figures 1e and 3b; Supplementary Figure 2a described in Results.)

Сила сокращения ткани служит одним из основных исходов и должна увеличиться при кратком возвращении клеток в покой.

Условия опыта отличаются. Сила сокращения увеличивалась после пересадки клеток старых мышей, размноженных на мягком гидрогеле при ингибировании киназ p38α/β. Вмешательство стимулировало размножение клеток, а силу измеряли в повреждённой мышце мыши; краткий последующий покой и мышечные микроткани в этот опыт не входили.

Rejuvenation of the aged muscle stem cell population restores strength to injured aged muscles (Results: Rejuvenated aged MuSC population restores strength to aged muscles; Figure 6f-h; Online Methods: In vivo force measurements.)

Эффект, который объясняется только более высокой исходной выживаемостью, опровергнет прогноз.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка того, сохраняется ли преимущество заданного краткого покоя клеток пожилых доноров после учёта исходной выживаемости. Равное число клеток и наблюдения за жизнеспособностью в других сравнениях этот контроль не воспроизводят.

Эффект, который исчезает ко второму повреждению, опровергнет прогноз.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка сохранения эффекта заданного краткого покоя ко второму повреждению после пересадки клеток пожилых доноров в микроткани. Последовательные пересадки и повторные повреждения при других вмешательствах этот критерий не проверяют.

Указанным научным основанием служат экспериментальные данные о том, что упругость подложки регулирует самообновление стволовых клеток скелетных мышц в культуре.

Совпадает с исследованием. Cosgrove с соавторами экспериментально показали, что механические свойства мягкой подложки совместно с ингибированием киназ p38α/β регулируют сохранение стволовых свойств и регенеративной функции клеток старых мышей. Работа также ссылается на исследование упругости подложки Gilbert с соавторами, полный текст которого отсутствует среди представленных материалов.

Rejuvenation of the aged muscle stem cell population restores strength to injured aged muscles (Results: p38α/β inhibition and hydrogel synergistically affect aged MuSC fates; Regenerative potential of aged MuSC populations is restored; Figures 3g-j and 4a-c; reference 30.)

В предлагаемом эксперименте сравнивают молодых и старых животных с повреждением улитки после шумового воздействия.

Условия опыта отличаются. Сравнивали молодых мышей и мышей среднего возраста, а стареющих животных наблюдали до 95 недель, однако исследование касалось возрастных изменений при отсутствии экспериментальной шумовой травмы. В исследовании лечения шумовой травмы использовали молодых мышей.

Cochlear Neurotrophin-3 overexpression at mid-life prevents age-related inner hair cell synaptopathy and slows age-related hearing loss (Results, Figures 1 and 3; Experimental procedures 4.1-4.2.)

В старой улитке нейротрофин 3 (NT-3), введённый после повреждения, может восстановить число слуховых синаптических контактов раньше, чем восстановится точность передачи сигнала.

В статье не проверено. Введение NT-3 после травмы увеличивало число синапсов одновременно с восстановлением первой волны слуховых вызванных потенциалов ствола мозга у молодых мышей. Опережающее восстановление контактов относительно точности кодирования в старой улитке в этой работе не проверяли.

Round-window delivery of neurotrophin 3 regenerates cochlear synapses after acoustic overexposure (Results, Synaptic regeneration and functional recovery of suprathreshold responses; Figures 3, 5 and 6.)

Согласно гипотезе, полноценная передача сигнала в шуме требует восстановления ответов слуховых волокон с разными динамическими диапазонами, поскольку точность кодирования зависит от состава функциональных входов.

В статье не проверено. После переноса гена NT-3 улучшались суммарные ответы на амплитудно-модулированные тоны, что авторы связывают с волокнами с низкой частотой спонтанных разрядов. Необходимость восстановления состава ответов с разными динамическими диапазонами для кодирования в маскирующем шуме остаётся непроверенной.

AAV-mediated NT-3 overexpression protects cochleae against noise-induced synaptopathy (Results, Figures 3-4; Discussion, interpretation of amplitude-modulated responses and low-spontaneous-rate fibers.)

Альтернативное объяснение состоит в том, что общее число морфологических синаптических контактов служит достаточным предиктором кодирования звука в шуме.

В статье не проверено. Число синапсов коррелировало с амплитудой первой волны слуховых вызванных потенциалов ствола мозга, однако достаточность этого показателя для предсказания точности кодирования в маскирующем шуме независимо от состава ответов волокон остаётся непроверенной.

Round-window delivery of neurotrophin 3 regenerates cochlear synapses after acoustic overexposure (Figure 6; Methods, Statistical analysis.)

До распределения по группам лечения животные должны получить одинаковую дозу звукового воздействия.

Условия опыта отличаются. Группы получали одинаковое шумовое воздействие в диапазоне 8-16 кГц при 98 дБ в течение 2 часов, однако случайное распределение выполняли до воздействия. В предлагаемом опыте распределение по группам лечения следует после травмы.

Round-window delivery of neurotrophin 3 regenerates cochlear synapses after acoustic overexposure (Methods, Animals and experimental design; Noise exposure.)

После травмы молодых и старых животных необходимо рандомизировать на введение NT-3 или носителя, сформировав в каждой возрастной категории группу NT-3 и группу носителя.

Условия опыта отличаются. Молодым самцам мышей вводили NT-3 или носитель на основе полоксамера через 24 часа после травмы, однако распределение выполняли до травмы, а соответствующие группы старых животных в схему опыта не входили.

Round-window delivery of neurotrophin 3 regenerates cochlear synapses after acoustic overexposure (Methods, Animals and experimental design; Round-window administration of NT-3.)

В контрольной когорте необходимо установить исходную потерю после травмы.

Совпадает с исследованием. Контрольную когорту и когорту с повышенной экспрессией NT-3 исследовали через 2 часа после шума для определения исходной потери синапсов и сопоставляли с когортами через 14 дней. Этот контроль выполнен в отдельном трансгенном эксперименте.

Neurotrophin-3 regulates ribbon synapse density in the cochlea and induces synapse regeneration after acoustic trauma (Results, Figure 7 and Table 2; Materials and methods, Immunostaining, hair cell and synaptic counts.)

В эксперименте необходимо проверить дозу и сохранность волосковых клеток; в исходном предложении не уточняется, какую именно дозу следует проверить.

Совпадает с исследованием. Уровень звука проверяли перед каждым воздействием, состав препарата и объём введения указывали, сохранность волосковых клеток оценивали подсчётом. Проверка дозы подтверждена для звукового воздействия, тогда как фактическая экспозиция NT-3 внутри улитки оставалась неопределённой.

Round-window delivery of neurotrophin 3 regenerates cochlear synapses after acoustic overexposure (Methods, Noise exposure, NT-3 Formulation, Synapse and hair cell counts; Figure 1F-G.)

Первичным исходом служит точность кодирования заданного сигнала в маскирующем шуме, измеренная по одиночным слуховым волокнам через 4 недели, с анализом на уровне животного.

Условия опыта отличаются. Функцию оценивали по суммарным ответам слухового нерва на щелчки, тональные посылки и амплитудно-модулированные тоны через 2 недели после травмы. Измерение точности кодирования в маскирующем шуме по одиночным волокнам через 4 недели с анализом по животному отсутствует.

AAV-mediated NT-3 overexpression protects cochleae against noise-induced synaptopathy (Results, Figures 3-4; Materials and methods, Subjects and general procedures; Physiological tests.)

Плотность пар синаптических меток и порог слышимости необходимо оценивать как независимые сопоставления.

Совпадает с исследованием. Пороги слуховых ответов оценивали отдельно от числа пар пресинаптических и постсинаптических меток на внутреннюю волосковую клетку. Эти показатели соответствуют дополнительным сопоставлениям, тогда как предложенный первичный исход точности кодирования в работе отсутствует.

Round-window delivery of neurotrophin 3 regenerates cochlear synapses after acoustic overexposure (Figures 1-4; Methods, Cochlear function testing; Synapse and hair cell counts.)

Решающее сравнение касается уже возникших контактов: если при одинаковом их числе точность кодирования в шуме различается в зависимости от состава ответов волокон, простого подсчёта контактов недостаточно.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение точности кодирования в маскирующем шуме при разном составе ответов волокон и одинаковом числе уже сформированных синаптических контактов.

Дополнительная гипотеза отвергается, если число контактов предсказывает кодирование с заданной точностью независимо от состава ответов.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка критерия отклонения гипотезы, согласно которому число контактов предсказывает кодирование с заданной точностью независимо от состава ответов.

Широкий интервал при малом числе животных не является опровержением гипотезы.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует применение предложенного правила, которое сохраняет неопределённость вывода при широком интервале и малом числе животных. Проведённые проверки статистической значимости сами по себе этому условию не соответствуют.

В качестве экспериментальной основы указано, что локальное введение NT-3 после шумовой травмы в животных моделях увеличивало число синаптических контактов и улучшало первую волну слухового ответа, при этом восстановление состава функциональных входов, необходимых для кодирования в шуме, остаётся открытым вопросом.

Совпадает с исследованием. Локальное введение NT-3 после шумовой травмы увеличивало число синапсов и улучшало первую волну слуховых вызванных потенциалов ствола мозга. Восстановление состава функциональных входов, обеспечивающих кодирование в шуме, в этой работе остаётся открытым вопросом.

Round-window delivery of neurotrophin 3 regenerates cochlear synapses after acoustic overexposure (Results, Figures 3 and 5-6; Discussion, Application to Human Hearing Impairment.)

Смежная гипотеза, приведённая для сравнения, предполагает, что NT-3 восстанавливает слуховой синапс, пока отросток остаётся рядом с волосковой клеткой, и предсказывает образование контакта по расстоянию до этого отростка.

В статье не проверено. Авторы обсуждают регенерацию периферических окончаний и сохранение волосковых клеток, однако предсказание образования контактов под действием NT-3 по расстоянию между отростком и волосковой клеткой в исследовании отсутствует.

Round-window delivery of neurotrophin 3 regenerates cochlear synapses after acoustic overexposure (Discussion, Regeneration vs. Repair of Hair Cells and Synapses.)

Указанное первичное исследование посвящено введению нейротрофина 3 через круглое окно для регенерации синапсов улитки после чрезмерного звукового воздействия.

Совпадает с исследованием. Библиографическое название соответствует представленному первичному исследованию, в котором изучали введение NT-3 через круглое окно после чрезмерного звукового воздействия и показали регенерацию синапсов с восстановлением слухового ответа.

Round-window delivery of neurotrophin 3 regenerates cochlear synapses after acoustic overexposure (Article title; Methods, Round-window administration of NT-3; Figures 3 and 5.)

Результаты предложенного эксперимента ещё не получены.

В статье не проверено. В предложении указано, что результаты этого эксперимента ещё не получены. Представленная литература также не содержит результатов полного предложенного опыта; само указание на его статус научную новизну не устанавливает.

Гипотеза касается зависимости функциональной пользы повторно собранных островков от их размера при старении и требует отдельной проверки на островках взрослых доноров старшего возраста.

Условия опыта отличаются. Зависимость функции от размера исследовали на повторно собранных островках самцов крыс Lewis в возрасте 9-12 недель; отдельная проверка на островках взрослых доноров старшего возраста в этой работе отсутствует.

Size effect of engineered islets prepared using microfabricated wells on islet cell function and arrangement (Methods 2.1; Results 3.1-3.4)

Исходной предпосылкой служит наблюдение, что сборка эндокринных клеток, полученных из человеческих стволовых клеток, в кластеры улучшала функциональное созревание и ответ на глюкозу.

В статье не проверено. В представленных статьях отсутствует непосредственная проверка улучшения созревания и ответа на глюкозу при объединении эндокринных клеток, полученных из человеческих стволовых клеток, в кластеры; ссылки на такие исследования служат общим обоснованием.

Увеличение числа контактов между бета-клетками может улучшать функцию до тех пор, пока кислородный градиент не приводит к недостатку кислорода в центре агрегата, ограничивая пользу дальнейшего увеличения размера повторно собранного островка.

В статье не проверено. В крупных повторно собранных островках крыс выявили более выраженную центральную гипоксию, а малые агрегаты лучше отвечали секрецией инсулина на глюкозу на 7-й день. Причинная связь между увеличением числа контактов и кислородным ограничением функциональной пользы остаётся непроверенной.

Size effect of engineered islets prepared using microfabricated wells on islet cell function and arrangement (Results 3.2-3.4; Figures 3-5; Discussion)

Клетки одного донора необходимо распределить по кластерам двух размеров.

В статье не проверено. Диспергированные клетки островков крыс собирали в агрегаты трёх размеров, однако описание методов оставляет неподтверждённым распределение клеток каждого отдельного донора между сравниваемыми условиями.

Size effect of engineered islets prepared using microfabricated wells on islet cell function and arrangement (Methods 2.1-2.3; Figure 2)

Условия с двумя размерами кластеров должны иметь одинаковую суммарную клеточную массу и одинаковый состав типов клеток.

В статье не проверено. Авторы высевали одинаковое число клеток и на 7-й день получили сопоставимые доли альфа- и бета-клеток по результатам проверки статистических различий. Равенство суммарной клеточной массы и выравнивание полного состава типов клеток остаются неподтверждёнными.

Size effect of engineered islets prepared using microfabricated wells on islet cell function and arrangement (Methods 2.3 and 2.7; Results 3.3; Figure 4G)

При обоих размерах кластеров необходимо сравнить обычную и усиленную доставку кислорода, улучшая снабжение кислородом независимо от увеличения числа контактов между бета-клетками.

Условия опыта отличаются. Концентрацию кислорода независимо изменяли при культивировании целых человеческих островков разных естественных размеров. Такая схема отличается от сравнения доставки кислорода к повторно собранным кластерам двух размеров, полученным от каждого донора.

Oxygen environment and islet size are the primary limiting factors of isolated pancreatic islet survival (Methods, Human islet culture under different oxygen concentrations; Figures 2C-D and 3D-E)

Необходимо измерить внутритканевый кислород, чтобы подтвердить действие вмешательства, направленного на усиление его доставки.

Условия опыта отличаются. Кислород измеряли в культуральной среде, тогда как его распределение внутри островков рассчитывали с помощью модели. Такие измерения оставляют неподтверждённым выравнивание внутритканевого кислорода после предлагаемого вмешательства.

Oxygen environment and islet size are the primary limiting factors of isolated pancreatic islet survival (Methods, Absolute oxygen tension in media under various oxygen settings; Computational simulation; Figures 1D and 2C)

Эксперимент необходимо повторить с клетками молодых доноров и доноров старшего возраста.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует повторение предложенного эксперимента с повторной сборкой островков и изменением доставки кислорода в отдельных группах молодых доноров и доноров старшего возраста.

Первичный исход представляет собой глюкозостимулированный выброс инсулина в расчёте на исходную массу жизнеспособных бета-клеток.

Условия опыта отличаются. Глюкозостимулированную секрецию инсулина нормировали на содержание дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК) или метаболическую активность в тесте WST-8, что отличается от нормирования на исходную массу жизнеспособных бета-клеток.

Size effect of engineered islets prepared using microfabricated wells on islet cell function and arrangement (Methods 2.8; Results 3.4; Figure 5)

Первичный исход необходимо оценить после одинакового периода созревания во всех экспериментальных условиях.

Совпадает с исследованием. Группы агрегатов разных размеров сравнивали после одинаковой продолжительности культивирования, отдельно на 7-й и 14-й день. Совпадает условие времени оценки, тогда как предусмотренные сравнения доставки кислорода и возраста доноров отсутствуют.

Size effect of engineered islets prepared using microfabricated wells on islet cell function and arrangement (Results 3.4; Figure 5A-D)

Предполагается, что усиленная доставка кислорода изменит зависимость первичного исхода от размера кластеров и тем самым сместит оптимальный размер повторно собранного островка.

Условия опыта отличаются. Повышение доставки кислорода изменяло связанную с размером жизнеспособность целых человеческих островков и расчётную вероятность их выживания. Смещение оптимального размера повторно собранного островка по секреции на исходную массу жизнеспособных бета-клеток остаётся непроверенным.

Oxygen environment and islet size are the primary limiting factors of isolated pancreatic islet survival (Results, Islet viability as a function of islet diameter and medium oxygen tension; Figure 3D-E)

Если подтверждённое выравнивание кислорода не меняет зависимость от размера, кислородное ограничение не объясняет форму кривой восстановления.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка того, сохраняется ли зависимость функции от размера после экспериментально подтверждённого выравнивания внутритканевого кислорода.

Независимой экспериментальной единицей должен быть донор островков.

Условия опыта отличаются. В анализе выживания использовали отдельные островки, а принадлежность донору учитывали при расчёте индивидуальных прогнозов. Такая схема отличается от анализа парного функционального сравнения, в котором независимой экспериментальной единицей служит донор.

Oxygen environment and islet size are the primary limiting factors of isolated pancreatic islet survival (Methods, Islet viability assay and Data analysis; Figure 3D-E)

Образцы необходимо случайным образом распределить между экспериментальными условиями.

В статье не проверено. Случайное распределение образцов между предложенными экспериментальными условиями остаётся неподтверждённым. Описанный в исследовании крыс случайный выбор полей микроскопии относится к получению изображений и отличается от распределения образцов между воздействиями.

Исход необходимо оценивать вслепую относительно экспериментального условия.

В статье не проверено. В представленных описаниях методов отсутствуют сведения о том, что оценку исхода проводили вслепую относительно экспериментального условия.

Вывод должен оставаться неопределённым, если воздействие не достигло мишени или интервал допускает оба объяснения.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует предусмотренное правило неопределённого вывода при недостаточном изменении кислорода или интервале, совместимом с обоими объяснениями механизма.

Эксперимент должен определить, следует ли при сборке островков оптимизировать транспорт кислорода или геометрию межклеточных контактов; прогноз ограничен исследуемой моделью.

В статье не проверено. В исследовании устройства доставку кислорода связывали с плотностью размещения инкапсулированных островков и конструкцией устройства. Экспериментальное разграничение роли транспорта кислорода и геометрии контактов бета-клеток при повторной сборке остаётся непроверенным.

Long-term viability and function of transplanted islets macroencapsulated at high density are achieved by enhanced oxygen supply (Results, Minimum required gas chamber pO2; Discussion; Figure 3)

Ориентация волокон старой периодонтальной связки может быть важнее для восстановления механической функции, чем количество нового цемента, поскольку после повреждения зуб может приобрести минерализованное покрытие корня и при этом плохо гасить жевательную нагрузку.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка того, насколько ориентация волокон старой периодонтальной связки определяет восстановление механической функции по сравнению с количеством нового цемента.

Если ориентация волокон периодонтальной связки ограничивает её функцию, направляющий каркас должен улучшить ориентацию волокон и упругую отдачу при одинаковом количестве нового цемента.

В статье не проверено. Ориентированные каркасы улучшали ориентацию связки и повышали экспрессию периостина, однако улучшение упругой отдачи при одинаковом количестве цемента в этой работе осталось за пределами проверки.

Gelatin-assisted conglutination of aligned polycaprolactone nanofilms into a multilayered fibre-guiding scaffold for periodontal ligament regeneration (Results 3.6.1-3.6.2; Figures 7-9)

В качестве доклинической предпосылки указано, что уже испытаны микроструктурированные каркасы, направляющие формирование кости и периодонтоподобной ткани.

Совпадает с исследованием. Микроструктурированные каркасы с ориентированным отделом для связки и отделом с минеральным покрытием для кости имплантировали в дефекты периодонта крыс, где они способствовали регенерации кости и периодонтальной связки.

Tissue-specific melt electrowritten polymeric scaffolds for coordinated regeneration of soft and hard periodontal tissues (Methods 2.11-2.13; Results and discussion 3.5; Figures 8-10)

Эксперимент должен проводиться на парных дефектах периодонта молодых и старых животных.

Условия опыта отличаются. Двусторонние дефекты создавали у крыс в возрасте 8 недель; группа старых животных отсутствовала, а парное сравнение двух ориентаций каркаса внутри одного животного в описании опыта не установлено.

Gelatin-assisted conglutination of aligned polycaprolactone nanofilms into a multilayered fibre-guiding scaffold for periodontal ligament regeneration (Methods 2.6.1)

В эксперименте необходимо сравнить ориентированный каркас с каркасом со случайной ориентацией.

Совпадает с исследованием. В опыте на животных непосредственно сравнивали трёхмерные ориентированные каркасы и каркасы со случайной ориентацией, а дополнительным контролем служили дефекты, оставленные пустыми.

Gelatin-assisted conglutination of aligned polycaprolactone nanofilms into a multilayered fibre-guiding scaffold for periodontal ligament regeneration (Methods 2.1.2 and 2.6.1; Results 3.6.1; Figure 7)

Сравниваемые каркасы должны иметь одинаковые химический состав, жёсткость и число клеток.

В статье не проверено. Оба типа каркасов содержали поликапролактон и желатин, а для опытов в культуре задавали одинаковую плотность посева клеток; равенство жёсткости каркасов и числа имплантированных клеток осталось неподтверждённым.

Gelatin-assisted conglutination of aligned polycaprolactone nanofilms into a multilayered fibre-guiding scaffold for periodontal ligament regeneration (Methods 2.1.1-2.1.3, 2.3-2.4 and 2.6.1)

Для оценки ориентации волокон периодонтальной связки необходимо измерить их угол.

Совпадает с исследованием. Угол регенерированной связки относительно поверхности корня количественно оценивали на гистологических срезах, используя расположение ядер и форму клеток для определения ориентации ткани.

Gelatin-assisted conglutination of aligned polycaprolactone nanofilms into a multilayered fibre-guiding scaffold for periodontal ligament regeneration (Results 3.6.1; Figure 7; Table 1)

Необходимо измерить объём цемента.

Условия опыта отличаются. Микрокомпьютерная томография позволяла измерять объём альвеолярной кости, заполнение дефекта костью и минеральную плотность ткани; эти показатели характеризуют кость, тогда как гипотеза требует измерения объёма цемента.

Tissue-specific melt electrowritten polymeric scaffolds for coordinated regeneration of soft and hard periodontal tissues (Methods 2.12; Results and discussion 3.5; Figure 9)

Необходимо измерить зоны контакта кости с корнем зуба.

В статье не проверено. Гистологическое описание пространства периодонтальной связки и границ тканей представлено в статьях, однако количественная оценка зон непосредственного контакта кости с корнем в них отсутствует.

Необходимо измерить исходную жевательную нагрузку.

В статье не проверено. В представленных полных статьях отсутствуют сведения об измерении исходной жевательной нагрузки у экспериментальных животных.

Первичный исход представляет собой долю обратимого смещения зуба после стандартного цикла нагрузки на фиксированном этапе созревания; предполагается, что ориентированный каркас увеличит эту долю.

Условия опыта отличаются. Функцию через 4 недели оценивали косвенно по окрашиванию на периостин и декорин, тогда как прямую биомеханическую оценку авторы отнесли к последующим исследованиям; долю обратимого смещения зуба после цикла нагрузки они не определяли.

Spatial Platform for Periodontal Ligament Angulation and Regeneration: In Vivo Pilot Study (Methods 2.5; Results 3.3; Discussion 4; Figure 5)

Если ориентация волокон улучшилась, но упругая отдача осталась прежней при совпадающем объёме минерала и отсутствии анкилоза, это будет означать, что направленная сборка не устранила функциональное ограничение.

В статье не проверено. В представленных опытах отсутствует совместная проверка улучшения ориентации, упругой отдачи, совпадения объёма минерала и исключения анкилоза, которая необходима для предложенного критерия опровержения.

Независимой экспериментальной единицей должно быть животное или донор периодонтальной связки.

Условия опыта отличаются. В анализе углов число наблюдений определено как число участков при двусторонних дефектах и четырёх крысах на группу в каждый срок; независимость на уровне животного либо учёт зависимости участков одного животного остаются неподтверждёнными.

Gelatin-assisted conglutination of aligned polycaprolactone nanofilms into a multilayered fibre-guiding scaffold for periodontal ligament regeneration (Methods 2.6.1 and 2.7; Table 1)

Образцы необходимо случайным образом распределить между экспериментальными условиями.

В статье не проверено. Случайное распределение между экспериментальными условиями в статьях не описано; случайная ориентация каркаса и случайный выбор полей микроскопии или элементов каркаса характеризуют другие процедуры.

Исход необходимо оценивать вслепую относительно экспериментального условия.

В статье не проверено. В представленных полных статьях отсутствует описание оценки исходов вслепую относительно экспериментального условия.

Вывод должен оставаться неопределённым, если воздействие не достигло мишени или интервал допускает оба объяснения.

В статье не проверено. В статьях отсутствует правило неопределённого вывода при недостаточном воздействии на ориентацию волокон или при интервале, который допускает оба объяснения механизма.

Эксперимент должен помочь решить, стоит ли усложнять геометрию каркаса; срок сохранения зуба у пациента остаётся за пределами его прогностических возможностей.

В статье не проверено. Статьи посвящены регенерации с помощью направляющих каркасов, однако предложенный механический критерий целесообразности усложнения геометрии в них отсутствует; прогноз срока сохранения зуба у пациента также остаётся за пределами этих работ.