Проверка набора гипотез

Гипотеза касается накопления мутаций при старении кишечного эпителия.

Совпадает с исследованием. В исследовании непосредственно изучали возрастное накопление соматических мутаций и структурных перестроек в кишечных стволовых клетках дрозофилы. Ткань и процесс старения соответствуют этому условию, тогда как экспериментальная система отличается от предлагаемого опыта на органоидах.

Frequent Somatic Mutation in Adult Intestinal Stem Cells Drives Neoplasia and Genetic Mosaicism during Aging (Results; Figures 1, 2, 5 and 6.)

Небольшая группа редких долгоживущих стволовых клонов с неточным ремонтом может непропорционально влиять на мутационный итог стареющей ткани.

В статье не проверено. Авторы выявили перестройки в разросшихся неопластических клонах и предположили механизмы репарации или репликации по последовательностям границ перестроек. Существование редкой группы долгоживущих клонов с устойчиво неточной репарацией и непропорциональным вкладом в возрастное накопление мутаций остаётся непроверенным.

Frequent Somatic Mutation in Adult Intestinal Stem Cells Drives Neoplasia and Genetic Mosaicism during Aging (Results, Molecular Mechanisms of Somatic X-Linked Notch Deletions; Discussion.)

Предполагается, что однократный средний показатель скорости закрытия разрывов будет предсказывать будущие перестройки менее точно, чем доля клонов с неточным ремонтом.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение средней скорости закрытия разрывов и доли клонов с неточной репарацией по точности предсказания будущих структурных перестроек.

В эксперименте должны использоваться органоиды разных доноров.

Совпадает с исследованием. Для анализа клонального состава органоидов использовали крипты шести молодых и пяти старых мышей, что соответствует условию получения органоидов от разных доноров как отдельному компоненту опыта.

Reduced adhesion of aged intestinal stem cells contributes to an accelerated clonal drift (Results, Organoids from aged crypts show a clonal complexity similar to young organoids; Figure 3B.)

Исходные клоны в органоидах необходимо пометить.

Совпадает с исследованием. Свежевыделенные крипты трансдуцировали лентивирусной библиотекой генетических меток перед выращиванием органоидов, что обеспечивало исходное мечение клонов. По этим меткам определяли представленность клонов в культуре.

Reduced adhesion of aged intestinal stem cells contributes to an accelerated clonal drift (Figure 3A; Materials and Methods, Crypt transduction with the barcode virus library and DNA harvest and amplification.)

Органоиды необходимо подвергнуть одинаковому короткому импульсу разрывов.

Условия опыта отличаются. В опытах с органоидами применяли ультрафиолетовое облучение либо двухчасовую обработку цисплатином и иллудином S, оценивая удаление фотопродуктов и выживаемость. Такие воздействия отличаются от заданного одинакового короткого импульса разрывов в помеченных клонах.

Different responses to DNA damage determine ageing differences between organs (Figure 6; Methods 4.7, Genotoxic sensitivity assay; Methods 4.8, Assessment of DNA lesion resolution in SCs.)

После импульса разрывов необходимо измерить точность раннего стыка.

Условия опыта отличаются. Последовательности соединений на границах перестроек исследовали ретроспективно в спонтанных неоплазиях, тогда как предложенный опыт предусматривает измерение точности раннего соединения концов после контролируемого импульса разрывов.

Frequent Somatic Mutation in Adult Intestinal Stem Cells Drives Neoplasia and Genetic Mosaicism during Aging (Results; Figures 5E and 6D, 6F; Molecular Mechanisms of Somatic X-Linked Notch Deletions.)

Потомков помеченных клонов необходимо секвенировать после одинакового числа делений.

Условия опыта отличаются. Встроенные генетические метки секвенировали после семи дней культивирования органоидов. Исследование определяло представленность меток через заданное время, тогда как предложенный опыт требует секвенирования геномов потомков после одинакового числа делений.

Reduced adhesion of aged intestinal stem cells contributes to an accelerated clonal drift (Figure 3A; Materials and Methods, Crypt transduction with the barcode virus library and DNA harvest and amplification.)

Основным исходом должна быть вероятность новой структурной перестройки на клон и деление.

Условия опыта отличаются. Исходами служили частоты кишечников с мутационными событиями и неоплазиями, а также структура выявленных перестроек. Вероятность новой структурной перестройки в расчёте на клон и деление остаётся неопределённой.

Frequent Somatic Mutation in Adult Intestinal Stem Cells Drives Neoplasia and Genetic Mosaicism during Aging (Results; Figures 1C, 1G, 2E, 3 and 6.)

На независимых донорах необходимо сравнить предсказательные ошибки двух моделей для основного исхода, используя среднюю скорость закрытия разрывов в одной модели и долю клонов с неточными стыками в другой.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует сравнение ошибок двух заданных моделей на независимых донорах при прогнозировании новых структурных перестроек в расчёте на клон и деление.

В анализе необходимо учитывать клоны, выбывшие в ходе эксперимента.

Условия опыта отличаются. Повторная прижизненная визуализация позволяла учитывать исчезнувшие и сохранившиеся помеченные клоны в течение двенадцати недель при ограничении калорийности и контрольном питании. Учёт выбывания в предлагаемом анализе прогнозирования перестроек в органоидах остаётся непроверенным.

Calorie Restriction Increases the Number of Competing Stem Cells and Decreases Mutation Retention in the Intestine (Results, CR Results in Lower Mutation Retention Due to Stronger Stem Cell Competition; Figure 3A-D.)

Гипотеза не подтверждается, если на независимой выборке средняя скорость закрытия разрывов предсказывает перестройки не хуже распределения точности.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка того, предсказывает ли средняя скорость закрытия разрывов перестройки столь же точно или точнее, чем распределение точности репарации, на независимой выборке.

Гипотеза также не подтверждается, если отбор клонов целиком объясняет различие в точности предсказаний.

В статье не проверено. Представленные исследования рассматривают конкуренцию клонов и сохранение мутаций, однако проверка полного объяснения различия в точности двух заданных прогнозов за счёт отбора клонов отсутствует.

При старении медленно репарируемый остаток разрывов может определяться локальной упаковкой ДНК.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка того, определяет ли локальная упаковка ДНК медленно репарируемый остаток разрывов при старении.

Плотная локальная упаковка хроматина ограничивает репарацию, а временная локальная релаксация должна снимать это ограничение; предполагается, что раскрытие гетерохроматина полезно только вблизи расположенного в нём разрыва.

В статье не проверено. Эксперименты подтверждают зависимость репарации от состояния хроматина и значение временной релаксации с последующим восстановлением гетерохроматина. Исключительная польза раскрытия вблизи внутреннего разрыва остаётся непроверенной, причём длительная релаксация может способствовать ошибочному соединению концов.

ATM Release at Resected Double-Strand Breaks Provides Heterochromatin Reconstitution to Facilitate Homologous Recombination (Results, Figures 3-6; Discussion, KAP-1-dependent heterochromatin facilitates HR)

Эксперимент следует проводить на фибробластах, разместив сопоставимые сайты разрыва в плотном и открытом хроматине.

Условия опыта отличаются. Сопоставимые сайты I-SceI и репортёрные конструкции репарации размещали в участках с высокой и низкой плотностью генов, однако репарацию исследовали в клетках карциномы H1299.

Pre-existing H4K16ac levels in euchromatin drive DNA repair by homologous recombination in S-phase (Results, Figures 1-2; Methods, Cell lines and DSB repair by NHEJ and HR assay)

До привлечения фактора ремоделирования начальное разрезание должно быть равным.

В статье не проверено. Авторы показали сопоставимое разрезание в разных участках хроматина и сохранение его эффективности при адресном ацетилировании. Последовательность, при которой фактор привлекают после равного начального разрезания, в работе отсутствует.

Pre-existing H4K16ac levels in euchromatin drive DNA repair by homologous recombination in S-phase (Results, Figure 2 and H4K16ac levels impact DSB repair by HR in gene-rich regions; Supplementary Figure 9)

Фактор ремоделирования следует временно привлечь локально вблизи разрыва, чтобы вызвать кратковременную релаксацию плотного хроматина.

Условия опыта отличаются. Адресное привлечение конструкции dCas9-hMOF повышало локальное ацетилирование гистонов рядом с репортёрами репарации. Такое вмешательство отличается от кратковременного привлечения фактора после разрезания с подтверждённой релаксацией плотного хроматина.

Pre-existing H4K16ac levels in euchromatin drive DNA repair by homologous recombination in S-phase (Results, Figure 4; Supplementary Figures 7-9)

При локальной релаксации общая упаковка хроматина должна сохраняться.

В статье не проверено. Сохранение общей упаковки хроматина во время предложенного вмешательства, вызывающего локальную релаксацию, в представленных работах остаётся непроверенным.

В эксперимент следует включить неактивный вариант фактора ремоделирования в качестве контроля.

В статье не проверено. В опыте с адресным ацетилированием использовали конструкцию с другой ацетилтрансферазой, dCas9-p300(Core). Контроль с неактивным вариантом того же фактора ремоделирования в описании опыта отсутствует.

Pre-existing H4K16ac levels in euchromatin drive DNA repair by homologous recombination in S-phase (Results, Figure 4c; Supplementary Figure 8)

В эксперимент следует включить тот же фактор ремоделирования без адресации в качестве контроля.

В статье не проверено. Представленные тексты не подтверждают контрольное сравнение репарации при использовании одного и того же фактора ремоделирования с адресацией и без неё.

Основными исходами должны быть доля точно восстановленных аллелей в плотном участке и число крупных перестроек.

Условия опыта отличаются. В клетках K562 оценивали крупные делеции, инверсии и транслокации вместе с признаками мутагенной репарации. Метод объединяет точно восстановленную и исходно неразрезанную ДНК, поэтому требуемая доля точно восстановленных аллелей остаётся неопределённой.

Impact of chromatin context on Cas9-induced DNA double-strand break repair pathway balance (Results, Detection of large genomic rearrangements and Supplementary Figure S2J-M; Limitations of study)

Исходы репарации следует оценивать при равной сохранности клеток.

Условия опыта отличаются. При исследовании препаратов измеряли число жизнеспособных клеток и исключали образцы по пороговым значениям. Такой отбор отличается от сравнения предложенных исходов репарации при равной выживаемости клеток.

Chromatin context-dependent effects of epigenetic drugs on CRISPR-Cas9 editing (Materials and methods, Viable cell count assay and Analysis of high-throughput sequencing data of the screens)

Временная локальная релаксация должна повысить точность репарации в участке плотного хроматина.

Условия опыта отличаются. Утрата деметилазы dUtx снижала гомологичную рекомбинацию при разрывах факультативного гетерохроматина дрозофилы. Этот опыт проверяет необходимость эндогенного фермента, тогда как повышение точности репарации после его кратковременного локального привлечения в фибробластах остаётся непроверенным.

Double-strand breaks in facultative heterochromatin require specific movements and chromatin changes for efficient repair (Results, Figures 3-5; Supplementary Figure 7)

Изменение только частоты исходного разрезания опровергло бы гипотезу о локальном ограничении репарации.

В статье не проверено. В работе раздельно оценивали эффективность разрезания и изменения рекомбинации, что позволяет учитывать соответствующее смешение эффектов. Предложенный опыт на фибробластах с вмешательством после разрезания и заданным критерием опровержения отсутствует.

Pre-existing H4K16ac levels in euchromatin drive DNA repair by homologous recombination in S-phase (Results, Figure 2; Supplementary Figure 9)

Повышение точности репарации следует сравнить в плотном и открытом хроматине; такое же повышение точности в открытом участке опровергло бы гипотезу о локальном ограничении репарации.

Условия опыта отличаются. Адресное ацетилирование сравнивали в участках с высокой и низкой плотностью генов; повышение рекомбинации выявили только в эухроматине. Этот результат расходится с ожидаемой избирательностью эффекта, однако вмешательство, клеточная модель и измеренный исход отличаются от предложенного сравнения точности репарации.

Pre-existing H4K16ac levels in euchromatin drive DNA repair by homologous recombination in S-phase (Results, Figure 4b-c)

В эксперименте используют регенерирующий бронхиальный эпителий молодых и пожилых доноров; независимой экспериментальной единицей служит донор.

Условия опыта отличаются. В исследовании сравнивали культуры назального эпителия детей и пожилых людей, причём биологическими повторностями служили образцы отдельных доноров. Использованная модель дифференцировки назального эпителия отличается от предложенной модели регенерирующего бронхиального эпителия.

Age-Related Differences in Structure and Function of Nasal Epithelial Cultures From Healthy Children and Elderly People (Materials and Methods: Study Population; Culture of Primary Human Nasal Epithelial Cells; Preparation of Cell Lysates; Figure 2.)

При старении отдельные вновь образовавшиеся клетки могут сохранять нормальную частоту биения ресничек, тогда как частицы застревают на границах участков, где направления движения соседних групп не совпадают.

В статье не проверено. Авторы наблюдали участки с противоположными направлениями переноса, на границе которых формировался вихрь. Связь этого явления со старением, нормальной частотой биения вновь образовавшихся клеток и задержкой частиц на границах остаётся непроверенной.

Induction of ciliary orientation by matrix patterning and characterization of mucociliary transport (Discussion: opposing transport directions and a circular hurricane at their junction.)

Многореснитчатая дифференцировка в эпителии дыхательных путей связана с формированием планарной полярности, которая согласует ориентацию ресничек соседних клеток.

В статье не проверено. В обсуждении описана связь дифференцировки с планарной полярностью со ссылками на предыдущие работы. Собственные эксперименты показывают согласование ориентации при изменении структуры матрикса, тогда как предложенная механистическая связь опирается на литературные сведения.

Induction of ciliary orientation by matrix patterning and characterization of mucociliary transport (Discussion: planar cell polarity, differentiation, and cited studies of ciliary orientation.)

Предполагается, что непрерывность ориентированной ресничной дорожки определяет восстановление переноса частиц в старом эпителии дыхательных путей.

Условия опыта отличаются. Рельеф коллагенового покрытия способствовал согласованию ориентации ресничек и непрерывному круговому переносу в культурах эпителия дыхательных путей. Перенос через восстановленную зону старого эпителия выходит за пределы выполненного эксперимента.

Induction of ciliary orientation by matrix patterning and characterization of mucociliary transport (Results: Collagen ridges induce ciliated cell alignment; Figures 1-2; Video S1.)

Ожидается, что согласование ориентации ресничек улучшит перенос частиц даже при сохранении их числа.

В статье не проверено. Исследование показывает улучшение согласованности ориентации и формирование непрерывного переноса, однако сохранение числа ресничек при таком улучшении остаётся неподтверждённым условием.

Induction of ciliary orientation by matrix patterning and characterization of mucociliary transport (Results: Collagen ridges induce ciliated cell alignment; Figure 2.)

В регенерирующем эпителии молодых и пожилых доноров сравнивают направленное механическое кондиционирование и поток той же энергии с чередованием направления.

Условия опыта отличаются. Авторы сравнивали рельефное коллагеновое покрытие со стандартным покрытием. Предложенное сравнение направленного и чередующего направление потоков одинаковой энергии в обеих возрастных группах в этой работе отсутствует.

Induction of ciliary orientation by matrix patterning and characterization of mucociliary transport (Materials and Methods: Preparation of collagen coated inserts; Discussion: attempts to use fluid flow.)

Ориентацию базальных телец, частоту биения ресничек и скорость переноса частиц измеряют после отключения внешнего потока.

В статье не проверено. Авторы измеряли ориентацию комплексов базальных телец и базальных ножек, а также скорость переноса. Совместная оценка этих показателей и частоты биения после отключения кондиционирующего потока в работе отсутствует.

Induction of ciliary orientation by matrix patterning and characterization of mucociliary transport (Materials and Methods: Analysis of ciliary orientation; Measurement of MCT rate; Figure 2.)

В ходе эксперимента контролируют влажность и вязкость слизи.

В статье не проверено. В модели трахеи овцы задавали температуру и влажность поступающего воздуха, тогда как физические свойства слизи оставались вне измерений. Совместный контроль влажности и вязкости слизи в предложенном эксперименте остаётся неподтверждённым.

Rapid changes in mucociliary transport in the tracheal epithelium caused by unconditioned room air or nebulized hypertonic saline and mannitol are not determined by frequency of beating cilia (Methods: Temperature and humidity settings; Discussion: limitations and mucus physical properties.)

Первичным исходом служит доля частиц, самостоятельно пересекающих всю восстановленную зону за фиксированное время после отключения внешнего потока.

Условия опыта отличаются. Авторы оценивали наличие непрерывного кругового переноса в культурах и среднюю скорость частиц в выбранных полях наблюдения. Предложенная доля частиц, пересекающих всю восстановленную зону за заданное время после отключения потока, отличается от этих исходов.

Induction of ciliary orientation by matrix patterning and characterization of mucociliary transport (Results: Measurement of MCT; Figure 3; Videos S1-S3.)

Ожидается, что улучшение ориентации ресничек увеличит долю частиц, соответствующих первичному исходу, при сопоставимой частоте биения ресничек.

В статье не проверено. Результаты измерений ориентации и переноса поддерживают отдельные положения гипотезы, однако увеличение заданной доли пересекающих зону частиц при сопоставимой частоте биения остаётся непроверенным.

Induction of ciliary orientation by matrix patterning and characterization of mucociliary transport (Results: Collagen ridges induce ciliated cell alignment; Measurement of MCT.)

Если при подтверждённом изменении ориентации и сопоставимой частоте биения ресничек перенос частиц не улучшается, предложенное геометрическое объяснение потери клиренса опровергается.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка критерия опровержения при подтверждённом изменении ориентации и сопоставимой частоте биения. Описанные неудачные попытки согласовать ориентацию потоком сами по себе этим условиям не соответствуют.

Образцы случайным образом распределяют между экспериментальными условиями.

В статье не проверено. Случайное распределение образцов между предложенными экспериментальными условиями в представленных исследованиях не описано.

Исход оценивают вслепую относительно экспериментального условия.

В статье не проверено. Слепая оценка предложенного исхода в представленных работах не описана; автоматическое отслеживание частиц само по себе не подтверждает ослепление оценки.

Вывод остаётся неопределённым, если воздействие не достигло мишени или интервал допускает оба объяснения.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует заданное правило неопределённого вывода при недостижении мишени воздействия или при интервале, допускающем оба объяснения.

Эксперимент должен определить, имеет ли смысл тренировать направление биения ресничек при формировании реснитчатого пласта.

Условия опыта отличаются. В работе проверяли влияние направляющего рельефа подложки во время дифференцировки. Целесообразность тренировки направления биения потоком при регенерации эпителия молодых и пожилых доноров остаётся непроверенной.

Induction of ciliary orientation by matrix patterning and characterization of mucociliary transport (Results: Collagen ridges induce ciliated cell alignment; Discussion.)

В эксперименте проверяют транспорт частиц; снижение частоты инфекций выходит за пределы вывода.

Совпадает с исследованием. Эксперименты оценивали перенос слизи с добавленными частицами в культуре, поэтому полученные результаты характеризуют транспорт; снижение частоты инфекций выходит за пределы экспериментального вывода.

Induction of ciliary orientation by matrix patterning and characterization of mucociliary transport (Materials and Methods: Measurement of MCT rate; Results: Measurement of MCT; Figures 3-5.)

Предлагаемый опыт касается нейрональной ткани старых животных и проводится на парных экстрактах молодых и старых мышей.

Условия опыта отличаются. В исследовании нервных клеток использовали первичные корковые астроциты мышей на 3-4-й день после рождения и генетические нокауты; парное сравнение нейрональных экстрактов молодых и старых мышей отсутствует.

Synergistic decrease of DNA single-strand break repair rates in mouse neural cells lacking both Tdp1 and aprataxin (Materials and methods 4.2.2; Results; Figures 1-3)

Предполагается, что увеличение доступности FEN1 уменьшит дефицит завершённого ремонта преимущественно для 5′-AMP-dRP в условиях, допускающих вытеснение цепи.

В статье не проверено. FEN1 обрабатывала оба типа аденилированных концов, а при изменении концентрации фермента измеряли вырезание фрагментов. Преимущественное восстановление завершённой репарации 5′-AMP-dRP в стареющей нейрональной ткани в этой работе не проверяли.

Complementation of aprataxin deficiency by base excision repair enzymes (Results; Figures 1, 2 and 6)

Предлагаемый обход дефицита апратаксина (APTX) основан на обработке аденилированного остатка дезоксирибозофосфата полимеразой β и FEN1, описанной в экстрактах клеток с дефицитом APTX.

Совпадает с исследованием. В экстрактах клеток человека и курицы с дефицитом апратаксина блокирующий аденилированный остаток дезоксирибозофосфата удалялся благодаря лиазной активности полимеразы β и вырезанию фрагментов посредством FEN1.

Complementation of aprataxin deficiency by base excision repair enzymes (Results, processing of the 5′-adenylated-dRP-containing intermediate; Figures 2 and 4)

Обходной путь зависит от химии конца и структуры субстрата, допускающей вытеснение цепи и образование лоскута; одинаковая эффективность обхода на любом 5′-аденилированном разрыве остаётся неподтверждённой.

В статье не проверено. Активность полимеразы β зависела от химии конца, а продукты FEN1 при добавлении нуклеотидов согласовывались с вытеснением цепи. Обязательность образования лоскута для завершения репарации по предложенному обходному пути остаётся непроверенной.

Complementation of aprataxin deficiency by base excision repair enzymes (Results; Figures 1, 2 and 5; Supplementary Figure S3)

Альтернативное объяснение состоит в том, что для обоих типов концов лучшим предиктором ремонта остаётся только количество APTX.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение количества апратаксина с химией конца и доступностью FEN1 как предикторов завершённой репарации обоих субстратов.

Следует сопоставить репортеры с 5′-AMP-dRP и репортеры с 5′-AMP без остатка сахара на одной и той же последовательности.

Условия опыта отличаются. В работе сравнивали субстрат с одноцепочечным разрывом и 5′-AMP с субстратом, содержащим однонуклеотидную брешь и 5′-AMP-dRP. При этом менялась структура субстрата; требуемое сравнение химии концов на одинаковой последовательности остаётся неподтверждённым.

Complementation of aprataxin deficiency by base excision repair enzymes (Materials and methods, preparation of DNA substrates; Scheme 1A-B; Figures 1-2)

Сравнения следует проводить при равных уровнях APTX и полимеразы.

В статье не проверено. Уровни полимеразы β проверяли, в том числе после удаления FEN1, однако сравнивали клетки с сохранённой функцией апратаксина и его дефицитом. Выравнивание обоих ферментов при сравнении возрастных групп отсутствует.

Complementation of aprataxin deficiency by base excision repair enzymes (Cell lines and growth conditions; Results; Supplementary Figure S2)

Следует сравнить удаление FEN1, возврат активного FEN1 и добавление неактивного варианта FEN1.

В статье не проверено. Авторы проводили иммунное удаление FEN1 и использовали контроль с доиммунной сывороткой, однако полное сравнение с возвратом активного фермента и добавлением его неактивного варианта отсутствует.

Complementation of aprataxin deficiency by base excision repair enzymes (Materials and methods, immunodepletion of FEN1; Figure 4; Supplementary Figure S4)

Первичным исходом служит доля точно восстановленных полноразмерных молекул через 60 минут с секвенированием места ремонта.

Условия опыта отличаются. Измерения проводили до 60 минут, однако электрофорезом определяли продукты удаления блокирующей группы и вырезания фрагментов. Долю точно восстановленных полноразмерных молекул с секвенированием участка репарации не определяли.

Complementation of aprataxin deficiency by base excision repair enzymes in mitochondrial extracts (Enzymatic assays in mitochondrial extracts; Figures 7-8)

Для проверки пути вытеснения цепи следует включить дополнительный контроль, в котором образование лоскута невозможно.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует указанный контроль, исключающий образование лоскута. Субстрат с тетрагидрофураном, устойчивый к лиазной активности полимеразы β, проверяет другое свойство.

Специфическое восстановление ремонта одного из субстратов поддержит предложенный обходной механизм.

В статье не проверено. Обработка субстратов в митохондриальных экстрактах различалась: активность FEN1 выявляли на 5′-AMP-dRP, тогда как на субстрате с разрывом и 5′-AMP она оставалась ниже порога обнаружения. Специфическое восстановление завершённой репарации после возврата FEN1 не измеряли.

Complementation of aprataxin deficiency by base excision repair enzymes in mitochondrial extracts (Results; Figures 4 and 8)

Одинаковое улучшение ремонта обоих субстратов оставит предложенный механизм неподтверждённым.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка предложенного критерия, согласно которому одинаковое улучшение завершённой репарации обоих репортёров оставляет механизм неподтверждённым.

Удаление только блокирующей группы без правильного лигирования оставит предложенный механизм неподтверждённым.

В статье не проверено. В наиболее близком исследовании измеряли удаление блокирующих групп и соседних нуклеотидов, однако эти измерения не сочетали с проверкой правильного лигирования, необходимой для оценки предложенного критерия.

Complementation of aprataxin deficiency by base excision repair enzymes (Enzymatic assays in cell extracts; Figures 1-4)

При неэффективном удалении FEN1 результат его удаления будет неинформативным.

В статье не проверено. Удаление фермента оценивали иммуноблоттингом и анализом активности, однако явный критерий, исключающий интерпретацию результатов при недостаточном удалении FEN1, в статье отсутствует.

Complementation of aprataxin deficiency by base excision repair enzymes (Immunodepletion of FEN1; Figure 4; Supplementary Figure S2D)

Результат ремонта в экстрактах сам по себе не подтверждает восстановление нервной функции.

В статье не проверено. Авторы рассматривали влияние на неврологические проявления заболевания как гипотезу, требующую дальнейшего изучения. Связь репарации в экстрактах с восстановлением нервной функции экспериментально не проверяли.

Complementation of aprataxin deficiency by base excision repair enzymes (Discussion, final paragraph)

Гипотеза, с которой проводится сравнение, касается зависимости ремонта абортивного лигирования от APTX при повторных нагрузках и интервала между травмами.

В статье не проверено. Сопоставление с гипотезой о повторных нагрузках и интервалах между повреждениями приведено в самом предложении; полного экспериментального исследования этой зависимости среди представленных работ нет.

В предлагаемом опыте интервалы сохраняют одинаковыми, а возможность ферментного обхода меняется в зависимости от химии конца и строения репортера.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует предложенное сравнение парных нейрональных экстрактов молодых и старых мышей, при котором интервалы одинаковы, а химия конца и строение репортёра меняются.

Эксперимент предложен к проведению, и его результаты пока не получены.

В статье не проверено. В представленном предложении прямо указано, что результаты опыта пока не получены. Это заявленный статус эксперимента, который самостоятельно не подтверждается представленными первичными исследованиями.

При одинаковой суммарной площади выступов десцеметовой мембраны замкнутое кольцо может пропускать к дефекту меньше эндотелиальных клеток пожилых доноров, чем отдельные препятствия, поскольку связность выступов создаёт топологический барьер для миграции.

Условия опыта отличаются. На разрезанных по радиусу кольцевых фрагментах роговицы наблюдали миграцию, связанную с нарушением физических барьеров и контактного торможения; сравнение замкнутых и разомкнутых выступов одинаковой площади в работе отсутствует.

Early and late-onset cell migration from peripheral corneal endothelium (Materials and methods, Outer graft rim preparation; Discussion; Conclusion)

Конкурирующее объяснение связывает эффект только с суммарной площадью поверхности, непригодной для клеток.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка того, объясняет ли суммарная площадь непригодной поверхности весь предполагаемый эффект связности препятствий.

В качестве научной опоры приведена модель удаления центрального эндотелия человеческой роговицы, в которой рипасудил усиливал миграцию клеток на строму; также изучались пролиферация и изменение клеточного фенотипа.

Совпадает с исследованием. В модели на человеческой ткани рипасудил усиливал миграцию с десцеметовой мембраны на строму; также оценивали пролиферацию и фенотип. Удаление мембраны моделировали её размещением на стромальных лентикулах, поэтому геометрия центрального круглого дефекта воспроизведена частично.

Enhanced Migration of Fuchs Corneal Endothelial Cells by Rho Kinase Inhibition: A Novel Ex Vivo Descemet’s Stripping Only Model (Methods 2.6-2.10; Results 3.7-3.8; Figures 7-9)

В качестве научной опоры также приведена связь размера выступов десцеметовой мембраны с поведением соседних эндотелиальных клеток в роговице при дистрофии Фукса; площадь отдельного выступа и связность ряда выступов можно разделить.

В статье не проверено. Исследование Kocaba с соавторами о микроокружении гутт приведено в списке литературы, однако его методы и результаты в представленных материалах отсутствуют, поэтому раздельная оценка площади отдельной гутты и связности выступов остаётся неподтверждённой.

Enhanced Migration of Fuchs Corneal Endothelial Cells by Rho Kinase Inhibition: A Novel Ex Vivo Descemet’s Stripping Only Model (Discussion; Reference 64)

В решающем опыте используют реплики человеческой десцеметовой мембраны, на периферию которых добавляют эндотелиальные клетки пожилых доноров.

Условия опыта отличаются. Использовали роговицы доноров в возрасте 68-84 лет, однако эндотелиальные клетки сохранялись на периферических фрагментах ткани в гидрогеле; посев клеток на периферию реплик мембраны в работе отсутствует.

Early and late-onset cell migration from peripheral corneal endothelium (Materials and methods, Corneas and Outer graft rim preparation; Table 1)

На репликах создают кольцевые и разомкнутые препятствия, уравнивая две конфигурации по высоте, химическим свойствам и суммарной площади препятствий.

Условия опыта отличаются. Кольцевые фрагменты ткани разрезали по радиусу, чтобы расправить их на поверхности; такая подготовка отличается от изготовления замкнутых и разомкнутых препятствий, уравненных по высоте, химическим свойствам и суммарной площади.

Early and late-onset cell migration from peripheral corneal endothelium (Materials and methods, Outer graft rim preparation; Figure 1)

Обе конфигурации препятствий испытывают с рипасудилом и без него.

Условия опыта отличаются. Группы с рипасудилом и без него сравнивали на стромальных субстратах с фибронектин-коллагеновым покрытием и без покрытия; предусмотренные гипотезой конфигурации препятствий в этих опытах отсутствовали.

Enhanced Migration of Fuchs Corneal Endothelial Cells by Rho Kinase Inhibition: A Novel Ex Vivo Descemet’s Stripping Only Model (Table 2; Methods 2.6; Results 3.8; Figure 9)

Равномерно плоскую реплику используют в качестве контроля.

Условия опыта отличаются. Контролем миграции служил выделенный центральный трансплантат диаметром 4 мм, что отличается от равномерно плоской реплики, сопоставимой с репликами, несущими препятствия.

Early and late-onset cell migration from peripheral corneal endothelium (Materials and methods, Outer graft rim preparation; Figure 1)

С помощью отслеживания клеток проверяют прохождение кольца.

В статье не проверено. В представленных опытах отсутствует отслеживание клеток, которое проверяло бы прохождение искусственно сформированного кольца выступов.

Миграцию отделяют от деления с помощью отслеживания клеток.

Условия опыта отличаются. Миграцию измеряли с помощью TrackMate, а пролиферацию оценивали отдельно по окрашиванию на Ki-67; разделение вклада деления и миграции в покрытие поверхности по траекториям клеток в работе отсутствует.

Enhanced Migration of Fuchs Corneal Endothelial Cells by Rho Kinase Inhibition: A Novel Ex Vivo Descemet’s Stripping Only Model (Methods 2.7 and 2.10; Results 3.7-3.8)

Подтверждают, что наблюдаемое пограничное различие не сводится к диаметру или высоте единичной гутты.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует экспериментальное отделение эффекта связности границы от влияния диаметра или высоты отдельных гутт.

Первичный исход представляет собой долю исходно оголённого центрального диска, покрытую поляризованными живыми клетками за семь суток.

Условия опыта отличаются. Оценивали закрытие царапины за 24 часа, скорость и перемещение клеток, а также окрашивание монослоя на 60-е сутки; доля центрального диска, покрытая поляризованными живыми клетками за семь суток, среди исходов отсутствовала.

Enhanced Migration of Fuchs Corneal Endothelial Cells by Rho Kinase Inhibition: A Novel Ex Vivo Descemet’s Stripping Only Model (Methods 2.4 and 2.7; Results 3.3 and 3.8; Figures 3 and 9)

Предполагается, что разомкнутая траектория миграции обеспечит большее покрытие центрального диска, чем замкнутое кольцо, при одинаковой суммарной площади препятствий.

В статье не проверено. Представленные исследования не устанавливают преимущество разомкнутой траектории перед замкнутым кольцом по покрытию центрального диска при одинаковой площади препятствий.

Точное равенство покрытия при пригодной миграции исключит топологический барьер в выбранном диапазоне.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует применение предложенного критерия равенства при подтверждённой достаточной миграции; само по себе статистически незначимое различие точного равенства не устанавливает.

Опыт повторяют на независимых донорских линиях, принимая донора эндотелиальных клеток за независимую экспериментальную единицу.

Условия опыта отличаются. Использовали ткани разных доноров и несколько клеточных линий, при этом повторные пассажи также учитывали как биологические повторы; предложенный опыт на репликах с независимостью на уровне доноров отсутствует.

Enhanced Migration of Fuchs Corneal Endothelial Cells by Rho Kinase Inhibition: A Novel Ex Vivo Descemet’s Stripping Only Model (Methods 2.1, 2.4, 2.7 and 2.11; Tables 1-2)

Реплика моделирует геометрию, при этом полный состав ткани при дистрофии Фукса остаётся за пределами модели.

Условия опыта отличаются. Препарат сохранял нативную десцеметову мембрану и прикреплённую трабекулярную сеть, поэтому его состав отличается от реплики, предназначенной для изолированного изучения геометрии.

Early and late-onset cell migration from peripheral corneal endothelium (Materials and methods, Outer graft rim preparation)

Положительный результат даст основание проверять наличие проходов между выступами при подборе субстрата.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует положительный результат опыта на репликах, который обосновывал бы подбор субстрата по наличию проходов между выступами.

При опровержении гипотезы дальнейшее продвижение этого способа прекращают.

В статье не проверено. Представленные исследования не содержат правила, согласно которому опровержение гипотезы о топологическом барьере прекращает дальнейшее продвижение предложенного способа.

Распределение экспериментальных условий рандомизируют.

В статье не проверено. В представленных методах рандомизация распределения экспериментальных условий не описана; случайная миграция клеток характеризует их движение и относится к другому понятию.

При измерении скрывают коды групп.

В статье не проверено. Сведения о сокрытии кодов экспериментальных групп во время измерений в представленных методах отсутствуют.

До основного опыта на независимом пилоте определяют воспроизводимость, рабочий срок и минимальный различимый и биологически значимый эффект.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует независимый пилот, который для предлагаемого опыта определял бы воспроизводимость, рабочий срок и минимальный различимый и биологически значимый эффект.

Контраст и его доверительный интервал оценивают на уровне независимых экспериментальных единиц.

В статье не проверено. В методах упомянуты 95 % доверительные интервалы и биологические повторы, однако оценка контраста конфигураций препятствий с доверительным интервалом на уровне независимых доноров эндотелия отсутствует.

Enhanced Migration of Fuchs Corneal Endothelial Cells by Rho Kinase Inhibition: A Novel Ex Vivo Descemet’s Stripping Only Model (Methods 2.11, Statistical Analysis)

Опыт не различает объяснения, если воздействие не разделило группы или доверительный интервал допускает существенные эффекты обоих знаков.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует правило признания результата неопределённым, если воздействие не разделило группы или доверительный интервал допускает существенные эффекты обоих знаков.

Гипотеза касается восстановившегося бронхиального эпителия в пожилом возрасте и функционального взаимодействия секреторных и реснитчатых клеток.

Условия опыта отличаются. В работе исследованы нативные дыхательные пути человека и дифференцированные культуры эпителия, причём многие доноры тканей были старше 60 лет. Восстановившийся бронхиальный эпителий пожилых доноров как заданная экспериментальная модель в работе не представлен.

Structure and function relationships of mucociliary clearance in human and rat airways (Results: Tracheo-bronchial ciliation is higher in human airways compared to rat; Discussion; Methods: Cell and tissue sourcing.)

При одинаковых числах клеток и равных долях двух клеточных линий сосредоточение секреторных клеток в крупных участках вдали от реснитчатых может ухудшать удаление вязкого груза, поскольку пространственное разделение ограничивает согласованный транспорт.

Условия опыта отличаются. В работе связаны покрытие эпителия ресничками, расстояния между реснитчатыми участками и параметры биения с транспортом частиц, а клеточный состав сопоставлен с направленностью транспорта. Влияние размера секреторных участков при равных числах и долях клеток под вязкой нагрузкой отдельно не проверено.

Structure and function relationships of mucociliary clearance in human and rat airways (Results: Figures 3, 5 and 6; Methods: Physics-based model.)

В решающем эксперименте собирают мозаичные эпителиальные пласты из клеток одного пожилого донора, сохраняют равные доли секреторных и реснитчатых клеток и сравнивают разные размеры участков, чтобы проверить, улучшает ли уменьшение расстояния между этими типами клеток транспорт.

Условия опыта отличаются. Клетки одного донора дифференцировали в разных средах, получая различный клеточный состав. Такое сравнение отличается от сборки крупной и мелкой мозаики из клеток пожилого донора при фиксированных долях клеточных линий.

Structure and function relationships of mucociliary clearance in human and rat airways (Results: In vitro airway cultures rarely match human mucociliary properties; Figure 4.)

В эксперименте с мозаичными эпителиальными пластами необходимо контролировать полярность эпителия, суммарную секрецию, ориентацию биения ресничек и проницаемость.

В статье не проверено. В исследовании с удалением генов муцинов измеряли трансэпителиальное электрическое сопротивление, частоту биения ресничек и площадь реснитчатых участков. Полный набор контролей полярности, суммарной секреции, ориентации биения и проницаемости в мозаичных пластах здесь не представлен.

MUC5B mobilizes and MUC5AC spatially aligns mucociliary transport on human airway epithelium (Results: Generation of MUC5B/AC-KO BCi-NS1.1 cultures; Figures 1B and 3H-J.)

Эксперимент необходимо повторить с клетками молодых доноров.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует повторение заданного эксперимента с мозаичными пластами из клеток молодых доноров.

Первичный исход представляет собой долю стандартизированного слизистого груза, покинувшего эпителиальный пласт за заданный интервал после стимуляции секреции; предполагается, что при более мелкой мозаике эта доля увеличится.

Условия опыта отличаются. В работе измеряли скорость перемещения частиц, расстояние за цикл биения и направленность транспорта, в том числе при наличии слизи и после добавления аденозинтрифосфата. Эти исходы отличаются от доли стандартизированного слизистого груза, покинувшего мозаичный пласт после стимуляции секреции.

Structure and function relationships of mucociliary clearance in human and rat airways (Methods: Live ciliary beat and particle clearance recordings; Particle clearance output metrics; Supplementary Figure 14 discussion.)

Если мелкая мозаика не даёт преимущества при одинаковой суммарной секреции и моторике, предложенная пространственная причина остаётся недоказанной.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка преимущества мелкой мозаики при одинаковой суммарной секреции и моторике, которая позволила бы оценить предложенную пространственную причину.

Если эффект исчезает после выравнивания барьерной целостности, предложенная пространственная причина остаётся недоказанной.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует выравнивание барьерной целостности между мозаичными пластами с последующей проверкой исчезновения пространственного эффекта. Измерение электрического сопротивления культур с дефицитом муцинов представляет собой другой контроль.

Структуру эпителиального трансплантата следует выбирать только после подтверждения результата в нативном эксплантате дыхательных путей.

В статье не проверено. Нативные эксплантаты дыхательных путей человека использованы для получения эталонных функциональных показателей. Подтверждение эффекта мозаики в эксплантате перед выбором структуры эпителиального трансплантата в работе отсутствует.

Structure and function relationships of mucociliary clearance in human and rat airways (Results: Figures 1-5; Discussion.)

Независимой экспериментальной единицей является донор бронхиального эпителия.

Совпадает с исследованием. Измерения по полям зрения и образцам усредняли до одного значения для каждого донора и условия, что соответствует использованию донора как независимой единицы. Этот методический компонент применён в другом эксперименте.

Structure and function relationships of mucociliary clearance in human and rat airways (Methods: Statistical analysis; Figures 4 and 5.)

Образцы необходимо случайным образом распределять между экспериментальными условиями.

В статье не проверено. Случайное распределение образцов между заданными экспериментальными условиями в представленных текстах не описано. Случайный выбор участков для съёмки в исследовании муцинов относится к другой процедуре.

Оценку исхода необходимо проводить вслепую.

В статье не проверено. Слепая оценка заданного исхода, отражающего удаление слизистого груза, в представленных исследованиях не описана.

Вывод остаётся неопределённым, если воздействие не достигло мишени или интервал допускает оба объяснения; мишень, тип интервала и два объяснения дополнительно не уточнены.

В статье не проверено. Предложенное правило неопределённого вывода в работах отсутствует. Мишень, тип интервала и конкурирующие объяснения остаются неуточнёнными, поэтому более подробное сопоставление потребовало бы дополнительных предположений.

В качестве исходного наблюдения указано, что в опытах с базальными клетками дыхательных путей длительная активация Notch направляла дифференцировку преимущественно в секреторную линию.

Совпадает с исследованием. Длительная экспрессия внутриклеточных доменов NOTCH1 или NOTCH3 в первичных базальных клетках дыхательных путей человека усиливала секреторную дифференцировку и снижала реснитчатую дифференцировку. Это подтверждает исходное наблюдение с уточнением участвующих рецепторов.

Activation of NOTCH1 or NOTCH3 Signaling Skews Human Airway Basal Cell Differentiation toward a Secretory Pathway (Results: Effects on Differentiation into Secretory and Ciliated Cells; Figures 6-8.)

Возрастное окно воздействия на Notch в упомянутой исходной работе не установлено.

В статье не проверено. Исследование Notch в клетках человека не устанавливает возрастное окно и пересказывает результаты исходно цитируемой работы Rock с соавторами. Методы исходной работы среди представленных текстов отсутствуют, поэтому её ограничение относительно возрастного окна здесь самостоятельно проверить невозможно.

Activation of NOTCH1 or NOTCH3 Signaling Skews Human Airway Basal Cell Differentiation toward a Secretory Pathway (Methods: Culture of Primary Human Airway Basal Cells; Discussion: Rock et al.; Reference 13.)

Целевой группой служат стареющая ткань или пожилые люди с риском повторного повреждения.

Совпадает с исследованием. В исследование включали людей в возрасте 65 лет и старше с риском разрывов кожи, проживающих в учреждениях ухода или самостоятельно; среди зарегистрированных повреждений были повторные.

Pilot parallel randomised controlled trial of protective socks against usual care to reduce skin tears in high risk people: ‘STOPCUTS’ (Methods: Study setting, Inclusion criteria; Results: Table 1 and Primary clinical outcome.)

Предлагаемую защиту применяют при перемещении пациента между кроватью и креслом.

Условия опыта отличаются. Защитные изделия предписывали носить в течение всего времени бодрствования при повседневной активности. Повреждения при перемещении из кресла в кровать регистрировали, однако вмешательство охватывало значительно более широкий круг ситуаций.

Pilot parallel randomised controlled trial of protective socks against usual care to reduce skin tears in high risk people: ‘STOPCUTS’ (Methods: Interventions; Results: Table 3 and causes of skin tears.)

Перед перемещением на пациента надевают гладкий защитный рукав, сохраняющий свободу движений.

Условия опыта отличаются. Участники получали гольфы с волокнами Kevlar, устойчивой к истиранию наружной поверхностью и амортизирующим внутренним слоем, которые носили ежедневно в течение 16 недель. Такое вмешательство отличается от гладкого рукава для предплечья, надеваемого перед перемещением и сохраняющего свободу движений.

Pilot parallel randomised controlled trial of protective socks against usual care to reduce skin tears in high risk people: ‘STOPCUTS’ (Background: protective sock construction; Methods: Interventions.)

Предполагается, что возрастная хрупкость кожи снижает ее переносимость сдвига при перемещении пациента.

В статье не проверено. Возрастные изменения кожи и повреждения под действием сдвига рассматриваются в обосновании исследования. Экспериментальная проверка того, как возрастная хрупкость кожи влияет на переносимость сдвига при перемещении пациента, в статье отсутствует.

Pilot parallel randomised controlled trial of protective socks against usual care to reduce skin tears in high risk people: ‘STOPCUTS’ (Background: skin aging and skin-tear mechanisms; Discussion: Risk factors.)

Предполагается, что гладкий рукав уменьшает число разрывов кожи предплечья благодаря снижению силы зацепления кожи за ткань при перемещении.

В статье не проверено. В представленных материалах отсутствует эксперимент, связывающий снижение силы зацепления кожи за ткань под действием гладкого рукава с уменьшением числа разрывов кожи предплечья при перемещении.

Кластеры учреждений, применяющих обычную технику перемещения, сравнивают с кластерами учреждений, применяющих ту же технику с защитным рукавом.

Условия опыта отличаются. Рандомизировали отдельных участников, которые получали защитные гольфы или обычный уход. Сравнение кластеров учреждений с одинаковой техникой перемещения отсутствует; кластерную рандомизацию обсуждали лишь применительно к будущему исследованию.

Pilot parallel randomised controlled trial of protective socks against usual care to reduce skin tears in high risk people: ‘STOPCUTS’ (Methods: Study design and Randomisation/allocation; Discussion: cluster randomisation.)

Оценщик повреждений кожи должен быть ослеплен относительно принадлежности к группе вмешательства.

Совпадает с исследованием. Независимый специалист вслепую оценивал тяжесть повреждений по обезличенным фотографиям, что соответствует условию ослепления при оценке тяжести. При этом медицинские сёстры, регистрировавшие повреждения и проводившие первичную оценку, знали распределение участников по группам.

Pilot parallel randomised controlled trial of protective socks against usual care to reduce skin tears in high risk people: ‘STOPCUTS’ (Methods: Outcome measures; Skin tear severity rating scales; Results: Table 5.)

Регистрируют число перемещений для учета количества воздействий.

В статье не проверено. Число перемещений в представленных материалах отсутствует. Дневники отражали ношение гольфов, а описания повреждений содержали сведения об их причинах, которые позволяют установить обстоятельства травмы, но не общее число перемещений.

Основным исходом служит число новых разрывов кожи предплечья на тысячу перемещений со стратификацией по исходной хрупкости кожи; при использовании рукава ожидается снижение этой частоты.

Условия опыта отличаются. В исследовании учитывали разрывы кожи голени, число пострадавших участников, дни без повреждений и частоту повреждений на 100 человеко-дней. Исход с разрывами кожи предплечья на тысячу перемещений и стратификацией по исходной хрупкости кожи отсутствует.

Pilot parallel randomised controlled trial of protective socks against usual care to reduce skin tears in high risk people: ‘STOPCUTS’ (Methods: Outcome measures; Results: Table 4 and Economic evaluation.)

Особенно выраженное снижение числа новых разрывов кожи ожидается у людей с низкой упругостью кожи при одинаковой потребности в помощи.

В статье не проверено. В представленных материалах отсутствует анализ, проверяющий, сильнее ли защитное действие у людей с низкой исходной упругостью кожи при одинаковой потребности в помощи.

Подтвержденное стендовыми испытаниями уменьшение зацепления при эквивалентной частоте повреждений на одно перемещение в сравниваемых группах опровергнет прогноз.

В статье не проверено. В представленных материалах отсутствует исследование, в котором стендовое подтверждение уменьшения зацепления сочеталось бы с клинической проверкой эквивалентности частоты повреждений на одно перемещение.

Предлагаемый опыт проводят на изолированных старых мышечных волокнах и прилежащих клонах сателлитных клеток; опорное биологическое наблюдение относится к покоящейся мышце старых мышей.

В статье не проверено. В работе исследовали покоящуюся мышцу старых мышей и изолированные старые мышечные волокна, однако прослеживание идентифицированных прилежащих клонов в предложенной экспериментальной системе отсутствует.

The aged niche disrupts muscle stem cell quiescence (Results; Figure 3a-d; Materials and Methods, Animals and Single muscle fibre and myogenic cell preparation.)

Предполагается, что при одинаковой средней концентрации фактора роста фибробластов 2 (FGF2) несколько очагов его высокой секреции из старых мышечных волокон истощают прилежащие клоны стволовых клеток непропорционально их размеру.

В статье не проверено. Авторы выявили ограниченные участки экспрессии FGF2 и близость сателлитных клеток к ним, однако истощение клонов непропорционально их размеру при одинаковой средней концентрации фактора в работе не проверяли.

The aged niche disrupts muscle stem cell quiescence (Results, FGF2 is an aged niche-derived factor that induces satellite cells into cycle; Figure 3b-d.)

Предполагается, что локальный избыток FGF2 из старых мышечных волокон выводит часть прилежащих сателлитных клеток из покоя и снижает их способность сохранять стволовой пул.

Совпадает с исследованием. FGF2 из мышечных волокон вызывал вступление сателлитных клеток в клеточный цикл, а изменение активности этого сигнального пути связывало выход из покоя с последующим истощением стволового пула. Самостоятельный эффект пространственных пиков остается отдельным предположением.

The aged niche disrupts muscle stem cell quiescence (Results; Figures 3-5.)

Альтернативное объяснение предсказывает одинаковую потерю резерва стволовых клеток при равной суммарной дозе FGF2.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение одинаковых суммарных доз FGF2 при различном пространственном распределении, которое проверяло бы равенство потери клеточного резерва.

В решающем сравнении микрочастицы с FGF2 размещают локально на изолированных старых мышечных волокнах либо равномерно распределяют те же частицы.

Условия опыта отличаются. Частицы использовали для внутрибрюшинного введения ингибитора SU5402, что отличается от локального и равномерного размещения микрочастиц с FGF2 на изолированных старых мышечных волокнах.

The aged niche disrupts muscle stem cell quiescence (Materials and Methods, In-vivo pharmacological inhibition; Figure 3h-j.)

В качестве контроля используют пустые микрочастицы.

Условия опыта отличаются. Контрольные частицы обрабатывали растворителем для сравнения с системным введением ингибитора; контроль пустыми микрочастицами при локальной доставке FGF2 на изолированные волокна в работе отсутствует.

The aged niche disrupts muscle stem cell quiescence (Materials and Methods, In-vivo pharmacological inhibition.)

Концентрацию FGF2 и фосфорилированную киназу, регулируемую внеклеточными сигналами (pERK), картируют в зависимости от расстояния до источника.

Условия опыта отличаются. В работе измеряли ответ pERK на FGF2 и фибронектин методом иммуноблоттинга, тогда как совместное картирование концентрации FGF2 и pERK в зависимости от расстояния до источника отсутствует.

Targeting β1-Integrin Signaling Enhances Regeneration in Aged and Dystrophic Muscle in Mice (Results, β1-integrin crosstalks with FGF signaling in SCs; Figure 3c-d; Online Methods, SC isolation and myoblast culture.)

Клетки со штрихкодами прослеживают, чтобы установить исходы для первоначальных клонов.

Условия опыта отличаются. Удержание флуоресцентной метки, связанной с гистоном, и трансплантация клеточных популяций позволяли оценить историю делений и вклад донорских клеток, однако уникальные штрихкоды исходных клонов в работе отсутствуют.

The aged niche disrupts muscle stem cell quiescence (Figures 1-2; Materials and Methods, In-vivo cell division analysis and Satellite cell transplantation.)

После общего периода отмывки равное число клеток из сравниваемых групп переносят в одинаковые условия среды без FGF2.

Условия опыта отличаются. Равные популяции по 2 000 клеток трансплантировали взрослым реципиентам после повреждения мышцы; этому переносу не предшествовала общая отмывка после пространственного воздействия FGF2, а среда реципиента не была определена как свободная от FGF2.

The aged niche disrupts muscle stem cell quiescence (Figure 2a-e,o-r; Materials and Methods, Satellite cell transplantation.)

Первичный исход представляет собой долю исходных клонов, которые за один цикл регенерации в тестовой культуре дали и новое мышечное волокно, и резервную Pax7-положительную клетку.

Условия опыта отличаются. Донорские мышечные ядра и Pax7-положительные клетки учитывали на уровне популяций; долю исходных клонов, образовавших одновременно новое волокно и резервную клетку за один цикл регенерации в культуре, не определяли.

The aged niche disrupts muscle stem cell quiescence (Figure 2d,e,l,m,q,r; Materials and Methods, Satellite cell transplantation and Analysis of satellite cells and their progeny.)

Предсказывается, что в очаговой группе доля клонов, сохранивших обе судьбы, будет ниже, чем в группе равномерного распределения, причем наиболее выраженный эффект ожидается непосредственно у источника.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствуют данные о доле клонов с обеими судьбами при очаговом и равномерном воздействии и о зависимости этого исхода от близости к источнику.

Равенство первичного исхода при подтвержденных градиентах исключит роль пространственных пиков FGF2.

В статье не проверено. Среди представленных опытов отсутствует проверка, которая сочетала бы подтвержденные градиенты FGF2 с эквивалентными первичными исходами на уровне клонов и позволяла применить предложенный критерий опровержения.

Независимой экспериментальной единицей является животное-донор.

В статье не проверено. В работе указаны число животных и количество волокон, исследованных у каждого животного, однако анализ предложенного сравнения пространственных воздействий и клональных исходов на уровне животных-доноров отсутствует.

The aged niche disrupts muscle stem cell quiescence (Materials and Methods, Purified muscle fibre extract and Analysis of satellite cells and their progeny; Figures 3-5.)

Ответ отдельного клона нельзя восстановить по общему числу клеток.

В статье не проверено. В культурах с низкой плотностью посева оценивали рост и экспрессию маркеров, однако двойной исход отдельного клона и предложенное ограничение его интерпретации по общему числу клеток в работе отсутствуют.

The aged niche disrupts muscle stem cell quiescence (Materials and Methods, Analysis of satellite cells and their progeny; Figure 2k-n.)

Клоны с пропущенным исходным учетом исключают интерпретацию.

В статье не проверено. Из оценки роста исключали лунки, в которых через четыре дня отсутствовали клетки; такая процедура отличается от исходного учета идентифицированных клонов, а предложенное правило интерпретации в статье не описано.

The aged niche disrupts muscle stem cell quiescence (Materials and Methods, Analysis of satellite cells and their progeny.)

Распределение экспериментальных условий рандомизируют.

Совпадает с исследованием. Для опытов с животными и полученными от них клетками прямо указана рандомизация с учетом принадлежности к помету, хотя ее применяли к другому биологическому сравнению.

Targeting β1-Integrin Signaling Enhances Regeneration in Aged and Dystrophic Muscle in Mice (Online Methods, Statistical Analyses.)

При измерении код групп скрывают.

В статье не проверено. Обработка и оценка изображений описаны как слепые, однако в статистическом разделе указано, что исследователи знали группы при оценке исходов; поэтому сокрытие кода групп на всем этапе измерения остается неподтвержденным.

Targeting β1-Integrin Signaling Enhances Regeneration in Aged and Dystrophic Muscle in Mice (Online Methods, Microscopy and image processing; Statistical Analyses.)

До основного опыта в независимом пилотном исследовании определяют воспроизводимость, рабочий срок и минимальный различимый и биологически значимый эффект.

В статье не проверено. Размер выборки определяли по вариабельности прежних опытов и предварительным данным, однако независимый пилот с оценкой воспроизводимости, рабочего срока, различимого и биологически значимого эффекта в статье не описан.

Targeting β1-Integrin Signaling Enhances Regeneration in Aged and Dystrophic Muscle in Mice (Online Methods, Statistical Analyses.)

Контраст между условиями и его доверительный интервал оценивают на уровне независимых экспериментальных единиц.

Условия опыта отличаются. Анализ включал средние значения, стандартные ошибки, t-критерий и дисперсионный анализ; оценка разности между пространственными воздействиями с доверительным интервалом на уровне животных-доноров отсутствует.

The aged niche disrupts muscle stem cell quiescence (Materials and Methods, Statistics; Figures 2-5.)

Опыт не позволяет различить объяснения, если воздействие не разделило группы или доверительный интервал допускает существенные эффекты обоих знаков.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует правило, по которому недостаточное разделение воздействий или доверительный интервал, допускающий существенные эффекты обоих знаков, делает опыт неразличающим.

Положительный результат даст основание испытать селективное ограничение локальных пиков FGF2; при опровержении гипотезы этот способ не переходит к следующей стадии.

В статье не проверено. Авторы предложили уменьшать хроническую продукцию FGF2 в нише или передачу его сигнала в сателлитных клетках, однако селективное ограничение пространственных пиков с переходом к испытаниям по результату предложенного опыта в работе отсутствует.

The aged niche disrupts muscle stem cell quiescence (Discussion, final paragraph.)

В эксперименте используют первичные миотрубки в парных культурах молодых и пожилых доноров; основная гипотеза касается восстановления клеток пожилых доноров.

Условия опыта отличаются. Возрастные изменения изучали в первичных миобластах мышей в возрасте от 1 до 6 месяцев, объединяя материал животных. Парные культуры первичных миотрубок молодых и пожилых доноров в этих опытах отсутствуют.

Reactive oxygen species stress increases accumulation of tyrosyl-DNA phsosphodiesterase 1 within mitochondria (Results, Figure 5a-c; Materials and Methods, Animal subjects.)

В культурах необходимо создать одинаковую начальную нагрузку ковалентных комплексов митохондриальной топоизомеразы I (TOP1MT), после чего прекратить воздействие источника повреждения.

В статье не проверено. После удаления препарата оценивали восстановление митохондриальной ДНК, однако одинаковая начальная нагрузка комплексов TOP1MT в группах не установлена. Количество комплексов различалось в зависимости от варианта TDP1.

SCAN1-TDP1 trapping on mitochondrial DNA promotes mitochondrial dysfunction and mitophagy (Results, Figures 1C-D and 2D-E; Materials and Methods, Quantification of mtDNA damage.)

Предлагаемое вмешательство предусматривает кратковременное восстановление тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 (TDP1) в митохондриях сразу после удаления источника повреждения.

Условия опыта отличаются. Авторы использовали индуцируемое снижение содержания TDP1 и восстановление его экспрессии устойчивой к РНК-интерференции конструкцией в течение 24-48 часов. Кратковременное восстановление митохондриального фермента сразу после удаления источника повреждения в эту схему не входило.

Mitochondrial protein-linked DNA breaks perturb mitochondrial gene transcription and trigger free radical-induced DNA damage (Results, Figure 1A,E; Materials and Methods, Cell lines and plasmids.)

В рандомизированных экспериментальных группах сравнивают митохондриально направленный активный TDP1, каталитически неактивный вариант и позднее введение равной активности.

Условия опыта отличаются. Сравнивали нормальный TDP1, его дефицит и вариант H493R, который сохраняет частичную активность и образует токсичные комплексы с ДНК. Такой вариант отличается от каталитически неактивного контроля; рандомизированное сравнение немедленного и позднего введения равной активности отсутствует.

SCAN1-TDP1 trapping on mitochondrial DNA promotes mitochondrial dysfunction and mitophagy (Introduction; Results, Figure 1; Materials and Methods, Cell culture, plasmids, and generation of stable cell lines.)

Необходимо подтвердить митохондриальную локализацию введённого TDP1.

Совпадает с исследованием. Клеточное фракционирование и иммуноблоттинг подтвердили митохондриальную локализацию введённых вариантов TDP1 с меткой FLAG. Это соответствует требованию проверки локализации, хотя исследование выполнено на фибробластах мыши.

SCAN1-TDP1 trapping on mitochondrial DNA promotes mitochondrial dysfunction and mitophagy (Results, Mitochondria harboring SCAN1 mutant TDP1 (H493R) are hypersensitive to mitochondria-targeted Top1 poison; Figure 1A.)

TDP1 устраняет белок-связанные разрывы митохондриальной ДНК, накопление которых в клеточных моделях сопровождалось нарушением митохондриальной транскрипции и дыхания.

Совпадает с исследованием. Снижение содержания TDP1 увеличивало количество митохондриальных разрывов, связанных с TOP1MT, уменьшало содержание митохондриальных транскриптов и нарушало дыхание. Восстановление экспрессии частично возвращало уровень транскриптов, хотя при избыточном накоплении комплексов изменения транскрипции и дыхания различались.

Mitochondrial protein-linked DNA breaks perturb mitochondrial gene transcription and trigger free radical-induced DNA damage (Results, Figures 1B-I, 2 and 3; Discussion, Figure 6.)

Предполагается, что репарация существующих матриц митохондриальной ДНК восстанавливает транскрипцию до отбора органелл и замены повреждённых митохондрий.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка того, что репарация исходных матриц ДНК возвращает транскрипцию раньше, чем происходят отбор и замена органелл.

Альтернативное объяснение состоит в том, что общий положительный эффект обусловлен избирательным удалением органелл с дефектными геномами.

Условия опыта отличаются. В моделях с вариантом TDP1 H493R показаны митофагия и защитная роль аутофагии. Избирательное удаление органелл как объяснение восстановления транскрипции после кратковременного введения TDP1 в миотрубки пожилых доноров остаётся отдельным вопросом.

SCAN1-TDP1 trapping on mitochondrial DNA promotes mitochondrial dysfunction and mitophagy (Results, Figures 5E-H and 6; Discussion.)

Необходимо измерить динамику ковалентных комплексов TOP1MT, число копий митохондриальной ДНК и поток митофагии.

В статье не проверено. Авторы измеряли комплексы TOP1MT, показатели митохондриальной ДНК и поток митофагии с помощью флуоресцентного репортера в отдельных опытах. Совместная оценка их динамики после прекращения воздействия при немедленном и позднем восстановлении TDP1 отсутствует.

SCAN1-TDP1 trapping on mitochondrial DNA promotes mitochondrial dysfunction and mitophagy (Results, Figures 1C-D, 2C-E and 6A-C.)

Первичный исход представляет собой синтез новых митохондриальных РНК на копию ДНК через 6 часов.

Условия опыта отличаются. Исходом служило общее содержание митохондриальных транскриптов, нормированное на РНК глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы (GAPDH). Синтез новых митохондриальных РНК на копию ДНК через 6 часов таким способом не определяли.

Mitochondrial protein-linked DNA breaks perturb mitochondrial gene transcription and trigger free radical-induced DNA damage (Figure 1D-F,I; Materials and Methods, Mitochondrial gene transcription; Statistical analyses.)

Единицей анализа является донор.

Условия опыта отличаются. В опытах с мышечной тканью объединяли материал восьми мышей и анализировали экспериментальные повторы. Отдельный донор как единица анализа в такой схеме отсутствует.

Reactive oxygen species stress increases accumulation of tyrosyl-DNA phsosphodiesterase 1 within mitochondria (Figure 5a-c; Materials and Methods, Statistical analysis.)

Уменьшение количества ковалентных комплексов с ранним восстановлением транскрипции до смены популяции органелл поддержит предложенный механизм репарации.

В статье не проверено. Эксперименты связывают устранение комплексов с зависимым от TDP1 уровнем транскриптов, однако восстановление транскрипции до смены популяции органелл в них не установлено.

Mitochondrial protein-linked DNA breaks perturb mitochondrial gene transcription and trigger free radical-induced DNA damage (Results, Figure 1B-I; Discussion.)

Предполагается, что поздний импульс равной активности TDP1 обеспечит более слабое восстановление транскрипции, чем немедленное восстановление активности.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует сравнение немедленного и позднего введения равной активности TDP1, которое позволило бы установить более слабое восстановление транскрипции при задержке.

Если комплексы исчезли, но существенное улучшение транскрипции исключено, предложенный механизм недостаточен.

В статье не проверено. Предложенный критерий опровержения, сочетающий исчезновение комплексов с исключением существенного улучшения транскрипции, в представленных экспериментальных работах не проверен.

Разная исходная степень повреждения или потеря органелл делает эксперимент неинформативным.

В статье не проверено. Сопоставимое число копий митохондриальной ДНК учитывали при интерпретации количества комплексов. Этот контроль сохраняет неопределённость относительно равенства исходного повреждения, потери органелл и их замены в период восстановления.

Mitochondrial protein-linked DNA breaks perturb mitochondrial gene transcription and trigger free radical-induced DNA damage (Results, Figure 1C and description of Figure S2C.)

Вывод ограничен восстановлением транскрипции.

Условия опыта отличаются. Выводы опубликованной работы охватывают сборку дыхательной цепи, потребление кислорода, радикальное повреждение и выживание клеток. Предложенный опыт предусматривает более узкий вывод о раннем восстановлении транскрипции.

Mitochondrial protein-linked DNA breaks perturb mitochondrial gene transcription and trigger free radical-induced DNA damage (Results, Figures 1-5; Discussion.)

В сравнении с митохондриальной ДНК-лигазой III (LIG3) указано, что LIG3 полезна, пока исходная кольцевая молекула ДНК сохраняет способность к репарации.

В статье не проверено. Показано взаимодействие митохондриального TDP1 с ДНК-лигазой III. Условие, связывающее пользу LIG3 с сохранением способности исходной кольцевой молекулы к репарации, в этой работе не проверено.

Reactive oxygen species stress increases accumulation of tyrosyl-DNA phsosphodiesterase 1 within mitochondria (Results, Mitochondrial Tdp1 interacts with BER constituents and maintains mtDNA integrity; Figure 2a,g.)

Момент, когда восстановление отдельных молекул ещё может вернуть функцию старой клетке, остаётся неустановленным; результаты предложенного эксперимента пока не получены.

В статье не проверено. Представленные исследования оставляют открытым вопрос о времени эффективной репарации в миотрубках пожилых доноров и не содержат результатов полного предложенного эксперимента. Такая оценка относится к предоставленной литературе.

В эксперименте проверяется предполагаемый механизм возрастной инволюции тимуса на органотипических срезах старого и молодого тимуса.

Условия опыта отличаются. Тимус молодых и старых мышей сравнивали в исходном состоянии и после облучения животных. Срезы ткани использовали для визуализации, тогда как предложенный опыт предусматривает живые органотипические срезы.

Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration (Results, Figures 1-6; Methods, Tissue collection and Thymic tissue clearing and immunofluorescence.)

Механистическое обоснование состоит в том, что после экспериментального повреждения тимуса эндотелиальный BMP4 поддерживает эпителий тимуса через FOXN1 и связанные сигналы.

В статье не проверено. Авторы ссылаются на исследование эндотелиального BMP4 и регенерации, а в собственных опытах оценивают изменения Bmp4 и эпителиального Foxn1 после повреждения. Полный текст цитируемого первичного исследования среди представленных статей отсутствует, поэтому проверить по его экспериментам всю причинную связь между эндотелиальным BMP4 и FOXN1 невозможно.

Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration (Results, aaTECs co-opt growth signals at baseline and during repair, Figure 6; reference 31.)

Предполагается, что локальный импульс BMP4 в старом тимусе увеличит выход новых Т-клеток, если вслед за ним лимфоидные предшественники войдут в орган, пока эпителий сохраняет повышенный DLL4.

В статье не проверено. В представленных экспериментах отсутствует проверка связи между локальным импульсом BMP4 в старом тимусе, приходом предшественников при повышенном эпителиальном DLL4 и последующим увеличением выхода новых Т-клеток.

Предсказывается, что выигрыш от такого совпадения по времени будет больше в старой строме с коротким интервалом высокого DLL4, чем в молодой строме.

В статье не проверено. У старых мышей выявлены нарушение регенерации и отсутствие повышения Dll4 после повреждения. Эти результаты оставляют непроверенными продолжительность периода высокого DLL4 и преимущество согласованного с ним входа предшественников.

Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration (Results, Figures 5-6, especially Figure 6b.)

Органотипические срезы старого и молодого тимуса должны получить одинаковый импульс BMP4.

В статье не проверено. Среди представленных экспериментов отсутствует сравнение органотипических срезов старого и молодого тимуса, получивших одинаковые импульсы BMP4.

Меченые лимфоидные предшественники должны быть внесены после импульса BMP4 на пике эпителиального DLL4 или после его спада.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует внесение меченых лимфоидных предшественников на установленном пике эпителиального DLL4 и после его спада вслед за воздействием BMP4.

При сравнении молодой и старой стромы возраст донорских предшественников должен быть одинаковым, а меченые предшественники должны происходить из одной донорской партии.

Условия опыта отличаются. Предшественники одного донора пуповинной крови сравнивали в искусственных органоидах и монослойных культурах OP9-DL1. Такое сравнение культур отличается от внесения меченых предшественников одной партии в старую и молодую строму тимуса.

Generation of mature T cells from human hematopoietic stem/progenitor cells in artificial thymic organoids (Figure 2 legend; Online Methods, Artificial Thymic Organoid cultures and T cell monolayer co-cultures.)

Воздействие BMP4 необходимо сравнить с контролем с носителем при обоих сроках внесения предшественников в срезах старого и молодого тимуса.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствуют контроли с носителем для обоих сроков внесения предшественников, определяемых уровнем DLL4, в срезах старого и молодого тимуса при воздействии BMP4.

В сравниваемых экспериментальных группах необходимо выровнять число предшественников, фактически вошедших в срезы.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует выравнивание числа предшественников, фактически вошедших в срезы тимуса. Заданное число клеток при формировании искусственных органоидов характеризует внесение клеток, но оставляет контроль их входа непроверенным.

Для проверки предполагаемого механизма необходимо подавить FOXN1 в эпителии.

Условия опыта отличаются. Модель мышей с гипоморфным аллелем Foxn1 и вычислительные воздействия использовали для изучения возрастных изменений дифференцировки эпителия. Подавление FOXN1 в опыте со срезами, импульсом BMP4 и разными сроками внесения предшественников остаётся непроверенным.

Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration (Results, Reduction in FOXN1 activity favors aaTEC differentiation, Figure 7g-h.)

Первичным исходом должно быть число зрелых клеток донорского происхождения с высокой экспрессией TCRβ, одиночно-положительных по CD4 или CD8 и выходящих из среза, измеренное через одинаковый интервал после внесения предшественников; предсказывается, что при входе на пике эпителиального DLL4 таких клеток будет больше, чем при входе после его спада.

Условия опыта отличаются. Авторы подсчитывали зрелые одиночно-положительные по CD4 или CD8 клетки CD3+TCRαβ+, полученные при разрушении органоидов, и прямо указали на отсутствие выхода Т-клеток. Подсчёт донорских TCRβ-высоких клеток, выходящих из срезов через одинаковый интервал после входа при разных уровнях DLL4, отсутствует.

Generation of mature T cells from human hematopoietic stem/progenitor cells in artificial thymic organoids (Results, Figures 1-4; Discussion; Online Methods, Artificial Thymic Organoid cultures.)

Само по себе увеличение массы тимуса ещё не гарантирует увеличения выхода новых зрелых Т-клеток.

Совпадает с исследованием. Авторы различают увеличение тимуса и восстановление его функции, отдельно оценивая недавно вышедшие из тимуса клетки и эксцизионные кольца Т-клеточного рецептора. Такой подход соответствует требованию подтверждать выход новых клеток дополнительными функциональными показателями.

Regeneration of the aged thymus by a single transcription factor (Results, FOXN1-mediated thymus regeneration impacts the peripheral immune system by increasing naive T cell numbers, Figure 5; Discussion.)

Одинаковый выигрыш при двух сроках внесения предшественников при разных уровнях эпителиального DLL4 опровергнет гипотезу о совпадении по времени.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение эффекта воздействия при двух заданных сроках внесения с подтверждённым различием эпителиального DLL4, поэтому предложенный критерий опровержения остаётся непроверенным.

Предлагаемая проверка касается ранее повреждённых протеасом 26S в старых гепатоцитах.

Условия опыта отличаются. В опытах с голоданием использовали фибробласты лёгких и другие модели клеток млекопитающих, тогда как предложенная проверка касается старых гепатоцитов с ранее повреждёнными протеасомами 26S.

Starvation-induced proteasome assemblies in the nucleus link amino acid supply to apoptosis (Results, Figures 1-4; Methods, Cell culture.)

Предполагается, что усиление удаления ранее повреждённых протеасом 26S после дефицита питания ускорит протеолиз только при одновременной доступности сборки новых комплексов, обеспечивающих замену.

В статье не проверено. В представленных экспериментах отсутствует проверка того, ускоряет ли усиленное удаление повреждённых протеасом после дефицита питания протеолиз именно при доступной сборке комплексов, обеспечивающих замену.

Предполагается, что при ограниченной сборке новых комплексов усиление удаления ранее повреждённых протеасом 26S продлит дефицит функции.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует оценка того, продлевает ли усиленное удаление дефицит функции при ограниченной сборке новых комплексов, обеспечивающих замену.

Экспериментальное обоснование связывает аутофагию протеасом при голодании с восстановлением протеасом через NFE2L1, при этом их совместный вклад в замену старых комплексов после повреждения остаётся неустановленным.

В статье не проверено. Работа подтверждает активацию NFE2L1 и компенсаторное повышение экспрессии генов протеасом после ингибирования. Аутофагия протеасом при голодании описана в представленной литературе со ссылкой на другую работу; совместный вклад этих процессов в замену после повреждения остаётся непроверенным.

The aspartyl protease DDI2 activates Nrf1 to compensate for proteasome dysfunction (Introduction; Results and discussion, Figure 3D-E.)

Старые субъединицы протеасом необходимо пометить отдельно от новых субъединиц.

Условия опыта отличаются. Флуоресцентные метки субъединиц использовали для наблюдения за локализацией и обменом протеасом, тогда как раздельное мечение старых и вновь синтезированных субъединиц в этих опытах отсутствует.

Starvation-induced proteasome assemblies in the nucleus link amino acid supply to apoptosis (Results, Figures 1f and 6e; Methods, Plasmids.)

Повреждение старой меченой фракции необходимо подтвердить функциональной пробой.

В статье не проверено. Накопление субстратов после ингибирования и применение зонда активности указывали на сохранение активности протеасом при голодании, однако функциональная проверка повреждения отдельно меченной старой фракции отсутствует.

Starvation-induced proteasome assemblies in the nucleus link amino acid supply to apoptosis (Results, Figure 10a-b.)

В факторном эксперименте необходимо изменять адресную доставку меченых протеасомных комплексов в лизосомы и активность NFE2L1, сочетая варианты обоих воздействий.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует факторный эксперимент, в котором изменение адресной доставки меченых протеасомных комплексов в лизосомы сочетают с изменением активности NFE2L1.

В эксперименте необходимо контролировать общий поток аутофагии.

В статье не проверено. Хлорохин и 3-метиладенин использовали для ингибирования аутофагии при изучении конденсатов и выживаемости клеток, однако контроль общего потока аутофагии в предлагаемом опыте по замене протеасом отсутствует.

Starvation-induced proteasome assemblies in the nucleus link amino acid supply to apoptosis (Results, Figure 9d-f and Supplementary Figure 9e-f.)

В эксперименте необходимо контролировать распад свободных субъединиц протеасом.

В статье не проверено. Распределение вновь синтезированных субъединиц между распадом и сборкой прямо обозначено как предположение. Повторно представленные данные другой работы о распаде субъединиц оставляют требуемый контроль деградации свободных субъединиц непроверенным.

Early recovery of proteasome activity in cells pulse-treated with proteasome inhibitors is independent of DDI2 (Ideas and speculations, Figure 4; Author response.)

Главным исходом должен быть период полураспада независимого протеасомного субстрата после возврата питания.

Условия опыта отличаются. Исходом служило восстановление каталитической активности β5 после удаления ингибиторов протеасом, тогда как в предлагаемом опыте измеряют период полураспада независимого протеасомного субстрата после восстановления питания.

Early recovery of proteasome activity in cells pulse-treated with proteasome inhibitors is independent of DDI2 (Results, Figures 1-3; Methods, Proteasome activity assays.)

Решающее сравнение должно оценивать связь усиления удаления с клиренсом субстрата в условиях резко различающейся и экспериментально подтверждённой сборки новых протеасом 26S.

В статье не проверено. Опыты с циклогексимидом установили зависимость восстановления активности от синтеза белка, однако резко различающиеся уровни сборки новых протеасом 26S и их связь с усиленным удалением протеасом и распадом субстрата остаются непроверенными.

Early recovery of proteasome activity in cells pulse-treated with proteasome inhibitors is independent of DDI2 (Results, Figure 3; Ideas and speculations, Figure 4.)

Заявленную зависимость следует отвергнуть, если связь усиления удаления с клиренсом субстрата сохраняет одинаковое направление при резко различающейся подтверждённой сборке новых протеасом 26S.

В статье не проверено. В представленных экспериментах отсутствует проверка критерия опровержения, при которой направление влияния усиленного удаления на распад субстрата сравнивают между условиями с подтверждённым различием сборки новых протеасом.

Гипотеза касается остановки репликационной вилки в участке, богатом гуанином, при старении эпителия и должна быть проверена в органоидах.

Условия опыта отличаются. Репликационные барьеры в определённых последовательностях, богатых гуанином, исследовали на плазмидах в экстрактах яиц Xenopus laevis, что представляет собой другую экспериментальную модель по сравнению с органоидами стареющего эпителия.

FANCJ promotes DNA synthesis through G-quadruplex structures (Results, Figures 3-5; Materials and Methods, Xenopus egg extract and replication of ssDNA plasmids.)

Геликазу FANCJ следует временно восстанавливать после подтверждённой остановки репликационной вилки.

Условия опыта отличаются. Рекомбинантную FANCJ добавляли через 60 минут, когда присутствие остановившихся продуктов репликации было подтверждено, и оценивали восстановление через следующие 30 минут. Следовательно, восстановление после остановки исследовали посредством добавления белка в обеднённый экстракт; временное восстановление в органоидах остаётся отдельным условием.

FANCJ promotes DNA synthesis through G-quadruplex structures (Results, Depletion of FANCJ causes persistent replication stalling at G-quadruplex structures; Figure 5C.)

Предполагается, что геликазная активность FANCJ после остановки репликационной вилки уменьшает число делеций при возобновлении репликации, причём эффект ожидается только для последовательностей, способных формировать G-квадруплекс.

В статье не проверено. Добавление FANCJ устраняло установленную остановку репликации у G-квадруплекса, однако снижение числа делеций вследствие такого вмешательства остаётся неподтверждённым. В секвенированных продуктах мутации и делеции отсутствовали даже после удаления FANCJ из экстракта.

FANCJ promotes DNA synthesis through G-quadruplex structures (Results, Figure 5C and sequencing results associated with Supplementary Figure S5; Discussion.)

В эксперименте необходимо сравнить парные репортёры с последовательностью, формирующей G-квадруплекс, и последовательностью, нарушающей его образование.

Условия опыта отличаются. В работе сравнивали субстраты с последовательностью GGGAGGGTGGGAGGG, способной формировать G-квадруплекс, и контрольной последовательностью GGGACCCTGGGAGGG. Исследовали репликацию этих субстратов в экстрактах яиц; парные клеточные репортёры в органоидах представляют собой другую постановку опыта.

Multistep mechanism of G-quadruplex resolution during DNA replication (Results, Figures 1-2 and Supplementary Figure S1; Materials and Methods, Preparation of plasmid substrates.)

Исходные уровни транскрипции парных репортёров должны быть уравнены.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка одинакового исходного уровня транскрипции парных репортёров с сохранённой и нарушенной способностью формировать G-квадруплекс.

FANCJ необходимо сравнить с вариантом FANCJ, лишённым геликазной активности.

Совпадает с исследованием. В клетки HeLa с выключенным геном FANCJ вводили FANCJ дикого типа либо геликазно-неактивный вариант K52R. Восстановление показателей репликации наблюдалось при экспрессии белка дикого типа, что соответствует предложенному контролю геликазной активности.

MutSβ-MutLβ-FANCJ axis mediates the restart of DNA replication after fork stalling at cotranscriptional G4/R-loops (Results, Replication restart at R-loop-stalled forks requires the helicase activity of FANCJ; Figure 8A-C.)

Основной исход представляет собой долю молекул, полностью и точно скопированных после остановки репликационной вилки.

Условия опыта отличаются. Авторы оценивали остановившиеся и прошедшие барьер продукты, выявляли полностью реплицированные плазмиды и отдельно проверяли точность секвенированием выделенных продуктов. Доля молекул, одновременно полностью и точно скопированных после временного восстановления FANCJ вслед за остановкой, остаётся отдельным исходом.

FANCJ promotes DNA synthesis through G-quadruplex structures (Results, Figures 3 and 5; G4 sequences are not mutated after replication in Xenopus egg extract; Supplementary Figure S5.)

Дополнительными исходами служат делеции и потери репортёра.

Условия опыта отличаются. В работе измеряли потерю экспрессии Bu1a и проверяли соответствующие локусы на делеции, причём результаты указывали на эпигенетическое подавление экспрессии. Эти показатели отличаются от делеций и физической потери репортёра после предложенного вмешательства вслед за остановкой.

FANCJ coordinates two pathways that maintain epigenetic stability at G-quadruplex DNA (Results, Figure 5A-B; Epigenetic instability in fancj mutants; Supplementary Figures S4-S5.)

Изменение только частоты первичных остановок репликационной вилки не подтверждает предложенный специфический механизм восстановления.

В статье не проверено. Сходная начальная кинетика остановки при наличии и дефиците FANCJ, сохранение остановки после удаления белка и восстановление после его позднего добавления позволяют различать первичную остановку и последующее восстановление. Применение предложенного критерия к точности копирования и снижению числа делеций в органоидах остаётся непроверенным.

FANCJ promotes DNA synthesis through G-quadruplex structures (Results, Depletion of FANCJ causes persistent replication stalling at G-quadruplex structures; Figure 5B-C.)

Одинаковый результат при сохранённой и нарушенной способности последовательности формировать G-квадруплекс не подтверждает предложенный специфический механизм восстановления.

В статье не проверено. Контрольные субстраты показали избирательное нарушение репликации G-квадруплексов при удалении геликаз. Проверка того, устраняет ли нарушение образования G-квадруплекса снижение числа делеций после временного восстановления FANCJ вслед за подтверждённой остановкой, в работе отсутствует.

Multistep mechanism of G-quadruplex resolution during DNA replication (Results, FANCJ and DHX36 are required for efficient G4 structure unwinding; Supplementary Figure S1G-H; Figure 2.)

Предлагаемый эксперимент проводят на доклинической модели у старых и молодых животных, причём обе возрастные группы получают одни и те же режимы повреждения почек.

Совпадает с исследованием. Молодые и старые мыши C57BL/6 получали одинаковое воздействие в виде двусторонней ишемии почек продолжительностью 25 минут, что соответствует сравнению возрастных групп при общем режиме повреждения, хотя воздействие было однократным.

Impact of aging on transition of acute kidney injury to chronic kidney disease (Materials and Methods: Experimental animals and renal ischemia-reperfusion injury; Figures 1 and 7.)

В стареющей почке восстановление общей фильтрации может скрывать остаточный дефект проксимального канальцевого транспорта, даже когда креатинин вернулся к исходному уровню.

В статье не проверено. У молодых мышей креатинин возвращался к исходному уровню при сохраняющихся изменениях канальцев и фиброзе, однако остаточный дефект проксимального транспорта после подтверждённого экзогенным маркером восстановления фильтрации в стареющей почке в работе не оценивали.

NLRP3 associated with chronic kidney disease progression after ischemia/reperfusion-induced acute kidney injury (Results: Severe ischemic AKI caused renal maladaptive repair with fibrosis; Figure 1; Methods: Renal function and NLRP3 measurement.)

Остаточное нарушение проксимального транспорта после восстановления фильтрации отмечает сохраняющуюся уязвимость канальцев, при которой повторное повреждение повышает риск устойчивого повреждения канальцев и фиброза.

В статье не проверено. Повторная ишемия усиливала повреждение канальцев и фиброз, однако связь этой уязвимости с измеренным остаточным дефектом транспорта после восстановления фильтрации в работе не установлена.

Ischemic Duration and Frequency Determines AKI-to-CKD Progression Monitored by Dynamic Changes of Tubular Biomarkers in IRI Mice (Results: Repeated Episodes of Moderate IRI Accelerated Kidney Injury in Mice; Figures 6 and 7.)

Гипотеза предполагает проверку того, отмечает ли восстановление проксимального транспорта конец периода уязвимости лучше, чем одно лишь истечение времени.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение восстановления транспорта и истекшего времени как показателей окончания периода уязвимости к повторному повреждению.

Фильтрацию необходимо измерять с помощью экзогенного маркера, а транспорт оценивать с поправкой на профильтрованную нагрузку.

В статье не проверено. Фильтрацию измеряли с помощью экзогенного синистрина, меченного флуоресцеинизотиоцианатом, однако оценка проксимального транспорта с поправкой на профильтрованную нагрузку отсутствует, поэтому совокупное требование к измерениям выполнено частично.

Impact of aging on transition of acute kidney injury to chronic kidney disease (Materials and Methods: Transdermal glomerular filtration rate measurement.)

После первого эпизода повреждения одна экспериментальная группа получает повторное повреждение при восстановившейся фильтрации.

Условия опыта отличаются. Второй эпизод ишемии продолжительностью 30 минут проводили через фиксированные семь дней, а срок воздействия определял календарный интервал. В соответствующей модели однократного повреждения креатинин в этот срок оставался повышенным.

Ischemic Duration and Frequency Determines AKI-to-CKD Progression Monitored by Dynamic Changes of Tubular Biomarkers in IRI Mice (Results: Repeated Episodes of Moderate IRI Accelerated Kidney Injury in Mice; Figure 6; Supplementary Figure S1B description.)

После первого эпизода повреждения другая экспериментальная группа получает повторное повреждение после восстановления проксимального транспорта у конкретного животного.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует группа, в которой повторное повреждение проводили после подтверждения восстановления проксимального транспорта у конкретного животного.

Группы повторного повреждения необходимо сравнить с контрольной группой, в которой другим животным назначают календарные интервалы с тем же распределением, что и индивидуальные сроки восстановления транспорта, без учёта состояния животного, которому назначают интервал.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует контроль с назначением другим животным интервалов, распределение которых совпадает с индивидуальными сроками восстановления транспорта, независимо от состояния животного, которому назначают интервал.

Дополнительные контрольные группы должны получать однократные повреждения в соответствующие сроки.

В статье не проверено. В работе была группа однократного повреждения, однако однократные воздействия во все сроки, соответствующие предлагаемым индивидуальным и календарным режимам, в представленном описании отсутствуют.

Ischemic Duration and Frequency Determines AKI-to-CKD Progression Monitored by Dynamic Changes of Tubular Biomarkers in IRI Mice (Results: Repeated Episodes of Moderate IRI Accelerated Kidney Injury in Mice; Figure 6.)

При сравнении необходимо сопоставить заданную дозу и кровоснабжение, сохраняя различия биологического ответа без его ретроспективного уравнивания.

В статье не проверено. Продолжительность ишемии была задана, а восстановление кровотока подтверждали визуально. Эти процедуры лишь частично соответствуют предлагаемому сопоставлению дозы воздействия и кровоснабжения при разных состояниях восстановления с сохранением различий биологического ответа.

Ischemic Duration and Frequency Determines AKI-to-CKD Progression Monitored by Dynamic Changes of Tubular Biomarkers in IRI Mice (Materials and Methods: Animal Models; Results: Repeated Episodes of Moderate IRI Accelerated Kidney Injury in Mice.)

Главным исходом служит доля интерстициального фиброза через четыре недели после последнего воздействия.

Условия опыта отличаются. В опыте с повторным повреждением фиброз оценивали по порядковой шкале на 14-й день после первого воздействия, через семь дней после второго, что отличается от оценки доли фиброза через четыре недели после последнего воздействия.

Ischemic Duration and Frequency Determines AKI-to-CKD Progression Monitored by Dynamic Changes of Tubular Biomarkers in IRI Mice (Methods: Histology and Quantitative Assessment of Tubular Injury and Fibrosis; Figure 6A-B.)

Ожидается, что ожидание индивидуального восстановления транспорта уменьшит интерстициальный фиброз сильнее, чем ожидание сопоставимых календарных интервалов без учёта состояния конкретного животного.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение фиброза после ожидания индивидуального восстановления транспорта и после ожидания сопоставимых календарных интервалов.

Критическая проверка роли старения состоит в сравнении влияния индивидуально выбранного интервала на фиброз у старых и молодых животных.

В статье не проверено. В работе сравнивали фиброз у молодых и старых мышей после однократного повреждения, однако влияние индивидуально выбранных интервалов до повторного воздействия в разных возрастных группах не оценивали.

Impact of aging on transition of acute kidney injury to chronic kidney disease (Results: Persistent M1-predominant inflammation is associated with progressive fibrosis after ischemia-reperfusion injury; Figure 7.)

Дополнительный анализ предусматривает повторную оценку фильтрации после периода восстановления.

Совпадает с исследованием. Фильтрацию измеряли у тех же животных до повреждения и на 28-й день после него, что соответствует дополнительной оценке фильтрации после периода восстановления.

Impact of aging on transition of acute kidney injury to chronic kidney disease (Figure 7A and legend; Discussion; Methods: Transdermal glomerular filtration rate measurement.)

Если ожидание восстановления транспорта не даёт преимущества перед ожиданием той же длительности без учёта состояния конкретного животного, дополнительная роль восстановления транспорта как маркера отвергается.

В статье не проверено. Предлагаемый критерий опровержения остаётся непроверенным, поскольку в представленных работах отсутствует сравнение индивидуального ожидания восстановления транспорта с ожиданием той же длительности независимо от состояния животного.

Различия, выявленные только по креатинину, недостаточны для вывода о долгосрочном повреждении канальцев.

Совпадает с исследованием. Сохраняющееся повреждение канальцев и фиброз подтверждали гистологически при нормализовавшемся креатинине, что показывает ограниченность одного креатинина для оценки долгосрочного повреждения канальцев.

NLRP3 associated with chronic kidney disease progression after ischemia/reperfusion-induced acute kidney injury (Results: Severe ischemic AKI caused renal maladaptive repair with fibrosis; Figures 1 and 3; Discussion.)

Эксперимент предложен к проведению, его результаты ещё не получены.

В статье не проверено. Представленное предложение описывает эксперимент, результаты которого ещё предстоит получить. Публикация с выполнением именно этого опыта среди представленных материалов отсутствует; статус предложения сам по себе научную новизну не устанавливает.

Возрастную зависимость ответа на T4N5 проверяют в парных сериях клеток молодых и пожилых доноров.

Условия опыта отличаются. Hu с соавторами использовали иммортализованную линию фибробластов новорождённого и мутантные линии фибробластов; парные серии клеток молодых и пожилых доноров с применением T4N5 в работе отсутствуют.

Genome-wide analysis of human global and transcription-coupled excision repair of UV damage at single-nucleotide resolution (Materials and methods: Cell lines.)

Предполагается, что у пожилых доноров ответ на T4N5 зависит от того, ограничена ли репарация распознаванием повреждения или завершением лигирования.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение ответа на T4N5 при ограничении распознавания и лигирования в клетках пожилых доноров.

Наибольший эффект обходного фермента T4N5 в возрастной коже прогнозируется при частичной утрате распознавания циклобутановых пиримидиновых димеров (CPD) и сохранной способности завершить репарацию после разреза.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка преимущественного эффекта в коже пожилых доноров при частичной утрате распознавания CPD и сохранном завершении репарации после разреза.

Если репарация ограничена распознаванием повреждения, прогнозируется, что T4N5 восстановит барьерный резерв.

В статье не проверено. Клиническое исследование оценивает новые поражения кожи; восстановление барьерного резерва при ограничении распознавания остаётся отдельным предположением, проверка которого в представленных материалах отсутствует.

Если репарация ограничена лигированием, прогнозируется, что после действия T4N5 сохранятся остаточные разрывы, а функциональный ответ будет слабым.

В статье не проверено. Работа о лигазах посвящена их привлечению к участкам повреждения; сохранение разрывов и слабый функциональный ответ после T4N5 при ограничении лигирования в представленных исследованиях не проверены.

В изогенных культурах отдельно снижают XPC или лигирующую активность, чтобы создать два варианта ограничения репарации.

Условия опыта отличаются. В работе сравниваются нормальные фибробласты и линии с дефектами XPC и CSB для разделения путей репарации; отдельное снижение XPC и лигирующей активности в изогенных культурах отсутствует.

Genome-wide analysis of human global and transcription-coupled excision repair of UV damage at single-nucleotide resolution (Results: Genetic separation of transcription-coupled and global excision repair reveals distinct genome-wide patterns; Materials and methods: Cell lines.)

При каждом варианте ограничения репарации проверяют действие T4N5 и неактивного контроля.

Условия опыта отличаются. Пациенты получали липосомальный лосьон T4N5 или липосомальный лосьон-плацебо; два экспериментально созданных ограничения репарации в этом сравнении отсутствуют, а применение инактивированного фермента в контроле не указано.

Effect of topically applied T4 endonuclease V in liposomes on skin cancer in xeroderma pigmentosum: a randomised study (Abstract: Methods.)

После вымывания фермента измеряют как CPD, так и незакрытые одноцепочечные разрывы.

Условия опыта отличаются. В работе измеряют вырезанные олигонуклеотиды, содержащие CPD, после облучения; совместное определение оставшихся CPD и незакрытых одноцепочечных разрывов после вымывания T4N5 отсутствует.

Genome-wide analysis of human global and transcription-coupled excision repair of UV damage at single-nucleotide resolution (Results: The XR-seq procedure; Figure 1; Materials and methods: Purification and detection of excision products.)

Функциональные исходы сравнивают при одинаковой начальной дозе ультрафиолетового облучения.

В статье не проверено. Для анализа вырезания повреждений клетки облучали одинаковой дозой 20 Дж/м², однако сравнение функциональных исходов при двух ограничениях репарации и одинаковой дозе в работе отсутствует.

Genome-wide analysis of human global and transcription-coupled excision repair of UV damage at single-nucleotide resolution (Materials and methods: UV irradiation; Results: Characterization of nucleotide excision repair kinetics in wild-type and mutant cells.)

Основным исходом служит способность образовывать жизнеспособные эпителиальные колонии; при ограничении распознавания прогнозируется большее улучшение, чем при ограничении лигирования.

Условия опыта отличаются. Клиническими исходами служат новые очаги актинического кератоза и базальноклеточного рака; образование жизнеспособных эпителиальных колоний и различие эффекта между ограничениями распознавания и лигирования в этом исследовании не оценены.

Effect of topically applied T4 endonuclease V in liposomes on skin cancer in xeroderma pigmentosum: a randomised study (Abstract: Methods and Findings.)

Одинаковый эффект добавления T4N5 при обоих ограничениях репарации опровергнет прогноз.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка того, даёт ли T4N5 одинаковый функциональный эффект при двух ограничениях репарации.

Увеличение только числа промежуточных разрывов после добавления фермента опровергнет прогноз.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует оценка изолированного увеличения промежуточных разрывов после добавления T4N5 как предусмотренного критерия опровержения прогноза.

Указанное научное основание включает небольшое рандомизированное исследование T4N5 при пигментной ксеродерме, описанной как наследственный дефект, в котором оценивали новые поражения кожи.

Совпадает с исследованием. Представленная аннотация описывает рандомизированное исследование 30 пациентов с наследственным дефектом репарации, в котором T4N5 сравнивали с плацебо и оценивали новые очаги актинического кератоза и базальноклеточного рака. Полный текст этой статьи среди материалов отсутствует.

Effect of topically applied T4 endonuclease V in liposomes on skin cancer in xeroderma pigmentosum: a randomised study (Abstract: Background, Methods and Findings.)

Указанное научное основание также включает измерение вырезания ультрафиолетовых повреждений на разных участках генома в человеческих клетках; в названии приведённой работы указаны глобальная эксцизионная репарация и эксцизионная репарация, сопряжённая с транскрипцией.

Совпадает с исследованием. Hu с соавторами картировали вырезание ультрафиолетовых фотопродуктов по геному человека и разделили глобальную и сопряжённую с транскрипцией репарацию с использованием нормальных фибробластов и линий с дефектами XPC и CSB.

Genome-wide analysis of human global and transcription-coupled excision repair of UV damage at single-nucleotide resolution (Results: Figures 2 and 3; Materials and methods: XR-seq assay.)

Эксперимент следует проводить на гепатоцитах старых мышей.

Условия опыта отличаются. В исследовании изучали печень мышей в возрасте 22 месяцев, однако первичные гепатоциты выделяли из мышей в возрасте 8-10 недель, поэтому клеточные эксперименты выполнены на другой возрастной группе.

Chaperone-mediated autophagy dysregulation during aging impairs hepatic fatty acid oxidation via accumulation of NCoR1 (Methods 2.1 and 2.4; Figures 1-3.)

В гепатоцитах, подвергнутых жировой нагрузке, следует индуцировать LAMP2A для усиления шаперон-опосредованной аутофагии, осуществляемой при участии LAMP2A.

Условия опыта отличаются. Повторную экспрессию LAMP2A и фармакологическую активацию шаперон-опосредованной аутофагии исследовали в фибробластах NIH3T3 после нагрузки олеатом, что соответствует близкому вмешательству, выполненному на другом типе клеток.

Degradation of lipid droplet-associated proteins by chaperone-mediated autophagy facilitates lipolysis (Results, Modifications of CMA-targeted PLINs; Figures 1g and 4a-b; Online Methods, Cell Culture and Treatments.)

Деградация перилипинов обеспечивает липазам доступ к жировой капле, однако предполагаемое улучшение восстановления функции требует достаточной способности митохондрий окислять высвобождённые жирные кислоты; само по себе уменьшение жировой капли при ограниченном окислении липидов ещё не свидетельствует об улучшении функции.

В статье не проверено. Эксперименты показывают, что удаление перилипинов облегчает связывание липаз с каплями и мобилизацию липидов; также измерено последующее окисление. Зависимость восстановления функции после индукции LAMP2A от достаточной окислительной способности митохондрий в этих опытах не проверена.

Degradation of lipid droplet-associated proteins by chaperone-mediated autophagy facilitates lipolysis (Results, Defective CMA of PLINs blocks lipolysis; Figures 1c-d, 6 and 7.)

Жирные кислоты следует пометить до их включения в триглицериды.

Совпадает с исследованием. Клеткам вводили олеат, меченный углеродом-14, после чего измеряли включение метки в триглицериды с помощью экстракции липидов и тонкослойной хроматографии. Это соответствует мечению жирных кислот до включения в триглицериды, хотя весь предложенный эксперимент с меткой отсутствует.

Degradation of lipid droplet-associated proteins by chaperone-mediated autophagy facilitates lipolysis (Online Methods, TG Synthesis; Figure 1b.)

Следует сравнить индукцию LAMP2A при нормальном и частично сниженном CPT1A.

Условия опыта отличаются. Этомоксир применяли для подавления поступления жирных кислот в митохондрии при сравнении контрольных фибробластов с клетками, дефицитными по LAMP2A. Такое сравнение отличается от индукции LAMP2A в гепатоцитах при нормальном и частично сниженном CPT1A.

Degradation of lipid droplet-associated proteins by chaperone-mediated autophagy facilitates lipolysis (Results, LAMP-2A-deficient cells accumulate LD; Figure 1d; Online Methods, Beta-oxidation.)

В эксперимент следует включить вариант PLIN2, устойчивый к деградации посредством исследуемого пути и сохраняющий свою локализацию.

Совпадает с исследованием. Мотив адресации PLIN2 изменили с 414 SLKVQ на 414 SLKAA, после чего мутантный белок проявлял устойчивость к лизосомальной деградации и сохранялся на липидных каплях. Таким образом, устойчивый вариант с сохранённой локализацией уже исследован как отдельный компонент.

Degradation of lipid droplet-associated proteins by chaperone-mediated autophagy facilitates lipolysis (Results, CMA-resistant PLIN2 causes steatosis; Figures 5b-h, 6j and 7i.)

Следует измерить метку в окисленных продуктах и токсичных липидных фракциях.

В статье не проверено. Измеряли образование меченого углекислого газа и включение метки в триглицериды, однако распределение метки между продуктами окисления и токсичными липидными фракциями в предложенном эксперименте остаётся непроверенным.

Degradation of lipid droplet-associated proteins by chaperone-mediated autophagy facilitates lipolysis (Online Methods, Beta-oxidation and TG Synthesis; Figures 1b-c and 6a.)

Основным исходом должно быть восстановление секреции альбумина после отмывки.

В статье не проверено. В представленных исследованиях основным исходом не служило восстановление секреции альбумина после отмывки липидов; в близких опытах после удаления воздействия оценивали липидные капли или жизнеспособность клеток.

Предполагаемую причинную последовательность следует отвергнуть, если восстановление секреции альбумина одинаково при различном окислении или не зависит от оборота PLIN2.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка предложенного критерия опровержения, согласно которому одинаковое восстановление секреции альбумина при различном окислении или его независимость от оборота PLIN2 отвергает причинную последовательность.

Гипотеза касается митохондриальной ДНК (мтДНК) при старении постмитотических клеток, а эксперимент проводят на клетках молодых и пожилых доноров.

Условия опыта отличаются. Ближайшие по содержанию опыты проведены на пролиферирующих клетках HEK 293, включая клоны с инактивацией LIG3, тогда как сравнение стареющих постмитотических клеток молодых и пожилых доноров в работе отсутствует.

Ligase 3 prevents oxidative strand break-induced mitochondrial DNA loss but is not essential for replicative circularization (Materials and methods, Cell growth conditions; Results, Figures 1-4.)

Старые молекулы мтДНК необходимо пометить до экспериментальных нагрузок, чтобы различать исходные и вновь образованные молекулы.

Совпадает с исследованием. Клетки метили бромдезоксиуридином в течение 24 часов, переносили в среду без метки и подвергали воздействию перекиси водорода, что позволяло отслеживать предварительно меченную ДНК отдельно от последующего синтеза немеченой ДНК.

Ligase 3 prevents oxidative strand break-induced mitochondrial DNA loss but is not essential for replicative circularization (Materials and methods, BrdU incorporation and decay experiments; Results, Figure 4A-B.)

После экспериментальных нагрузок необходимо сравнить действие активной и неактивной ДНК-лигазы III (LIG3), адресованных в митохондрии.

Условия опыта отличаются. Активную Lig3 и неактивную Lig3 с заменой K508V, адресованные в митохондрии, сравнивали по выживанию после удаления эндогенного гена Lig3. Неактивная форма не обеспечивала получения жизнеспособных клонов, поэтому в опыте по репарации окислительных повреждений такой контроль отсутствовал.

Crucial roles for DNA ligase III in mitochondria but not in XRCC1-dependent repair (Results, Figure 1b-c and Figure 2d; Full Methods, DNA constructs and qPCR mtDNA repair assay.)

Эксперимент должен включать нагрузки, вызывающие преимущественно одноцепочечные разрывы мтДНК, и нагрузки, вызывающие преимущественно двуцепочечные разрывы мтДНК.

Условия опыта отличаются. Перекись водорода вызывала как одноцепочечные, так и двуцепочечные разрывы, тогда как отдельные нагрузки с преобладанием каждого типа разрывов в предлагаемом опыте по восстановлению LIG3 в работе не сравнивали.

Ligase 3 prevents oxidative strand break-induced mitochondrial DNA loss but is not essential for replicative circularization (Results, Figure 1A and Figure 2A; mtDNA in LIG3 knockout cells contains clusters of single-strand breaks.)

Предполагается, что митохондриальная LIG3 полезна, пока исходная кольцевая молекула мтДНК сохраняет способность к репарации, поскольку позволяет исходным молекулам с одноцепочечными разрывами возвращаться в непрерывную кольцевую форму.

Совпадает с исследованием. Работа связывает LIG3 с лигированием окислительных одноцепочечных разрывов и показывает восстановление сигнала предварительно меченной суперспирализованной мтДНК в клетках дикого типа при его утрате в клетках с дефицитом LIG3, что поддерживает предложенный механизм как отдельное звено гипотезы.

Ligase 3 prevents oxidative strand break-induced mitochondrial DNA loss but is not essential for replicative circularization (Results, Figures 1A, 2 and 4A-B; Discussion, first paragraph.)

Предполагается, что восстановление митохондриальной LIG3 эффективнее сохраняет исходные молекулы мтДНК с одноцепочечными разрывами, тогда как для уже линейной мтДНК ожидается малый выигрыш.

В статье не проверено. Показана быстрая деградация линеаризованной мтДНК, однако преимущественное сохранение исходных колец с разрывами по сравнению с исходными линейными молекулами после восстановления LIG3 не проверяли. Снижение содержания конкатемеров при подавлении LIG3 указывает на соединение фрагментов, которое само по себе не устанавливает восстановление исходного генома.

Linear mitochondrial DNA is rapidly degraded by components of the replication machinery (Results, Figures 1-2 and Figure 5c; Discussion.)

Необходимо отдельно измерять линейные, кольцевые и вновь образованные молекулы мтДНК.

Совпадает с исследованием. При анализе нативной ДНК различали открытые кольцевые, полноразмерные линейные и суперспирализованные формы мтДНК, а отдельные опыты с включением и последующим удалением бромдезоксиуридина позволяли оценивать вновь синтезированную и предварительно меченную ДНК.

Ligase 3 prevents oxidative strand break-induced mitochondrial DNA loss but is not essential for replicative circularization (Results, Figure 1A and 1C-E; Figure 4A-B.)

Основным исходом должна быть доля исходных меченых молекул мтДНК, вернувшихся в непрерывную кольцевую форму.

Условия опыта отличаются. Авторы наблюдали повторное появление суперспирализованной формы предварительно меченной мтДНК, однако количественно оценивали убывание митохондриальной метки; доля исходных молекул, восстановленных до непрерывных колец, в качестве основного исхода не представлена.

Ligase 3 prevents oxidative strand break-induced mitochondrial DNA loss but is not essential for replicative circularization (Results, Figure 4A-C and accompanying text.)

При оценке восстановления исходных меченых молекул необходимо независимо учитывать деградацию исходных копий мтДНК.

Совпадает с исследованием. В работе отдельно оценивали утрату предварительно меченной мтДНК, концы молекул, характерные для деградации, и снижение копийности при подавлении репликации. Такой учёт деградации представлен, однако его не включали в расчёт предлагаемого основного исхода; различие в убывании метки в исходных условиях было статистически незначимым.

Ligase 3 prevents oxidative strand break-induced mitochondrial DNA loss but is not essential for replicative circularization (Results, Figures 3 and 4A-D; Materials and methods, BrdU incorporation and decay experiments.)

Образование новых молекул мтДНК может скрывать различие в сохранности исходных молекул при оценке только общей копийности мтДНК.

Совпадает с исследованием. Клетки с дефицитом LIG3 сохраняли значительную копийность и синтезировали кольцевую мтДНК при наличии признаков усиленной деградации. Авторы связывают поддержание копийности с компенсаторной репликацией, что поддерживает предположение о сокрытии утраты исходных молекул при оценке их общего количества.

Ligase 3 prevents oxidative strand break-induced mitochondrial DNA loss but is not essential for replicative circularization (Results, Figures 1B-D and 4D; Discussion, Figure 6.)

Повышение только числа новых копий мтДНК или выживаемости при отсутствии восстановления исходной кольцевой ДНК не доказывает увеличения эффективности репарации.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует полная проверка по предложенному критерию, согласно которому вывод об улучшении репарации требует восстановления исходных меченых кольцевых геномов, даже если число новых копий или выживаемость увеличиваются.

В эксперименте сопоставляют нейроны, полученные путём прямой конверсии, из двух возрастных групп.

Условия опыта отличаются. В исследовании описаны культивируемые корковые нейроны мыши и удаление гена в возбуждающих нейронах переднего мозга in vivo. Эта модель отличается от нейронов прямой конверсии двух возрастных групп, сопоставление которых в представленной аннотации отсутствует.

TDP2-mediated DNA repair regulates the dynamics of neuronal early response gene transcription and cortical neuron connectivity. (Abstract)

При старении нейронов сохранение белковых остатков TOP2 на концах разрыва ДНК может ограничивать точное соединение.

В статье не проверено. Снижение содержания TDP2 замедляет репарацию разрывов, вызванных TOP2B, в нейронах мыши, однако связь старения нейронов с сохранением остатков TOP2 и снижением точности соединения в представленном тексте остаётся непроверенной.

TDP2-mediated DNA repair regulates the dynamics of neuronal early response gene transcription and cortical neuron connectivity. (Abstract)

TDP2 удаляет блокирующий белковый остаток TOP2 с концов разрыва ДНК, что, согласно гипотезе, способствует точному соединению.

Совпадает с исследованием. Биохимические опыты по удалению тирозильного остатка, восстановленная система соединения концов и секвенирование клеточных продуктов показывают, что каталитическое удаление блока посредством TDP2 способствует эффективному и более точному соединению. Этот механизм исследован в другой клеточной модели.

Reversal of DNA damage induced Topoisomerase 2 DNA–protein crosslinks by Tdp2 (Results, “Tdp2 facilitates NHEJ repair of 5′-phosphotyrosine adducted DSBs”; Figures 6C-D and 7A-D)

Предполагается, что восстановление TDP2 снижает специфические перестройки после активности TOP2.

Совпадает с исследованием. Восстановление TDP2 дикого типа снижает частоту вызванных этопозидом хромосомных транслокаций в клетках RPE-1 с дефицитом TDP2, тогда как каталитический мутант D262A такого эффекта не даёт. Вместе с тем исследование указывает на возможное участие TDP2 в редких транслокациях с гомологией стыка длиной 4 пары оснований.

TDP2 suppresses chromosomal translocations induced by DNA topoisomerase II during gene transcription (Results, “TDP2 suppresses TOP2-induced chromosome translocations”; Figure 4a-d)

Ожидается, что восстановление TDP2 даст более выраженный эффект после захвата TOP2 на ДНК, чем после чистого разреза в сопоставимом локусе.

Условия опыта отличаются. Добавление рекомбинантной TDP2 восстанавливает соединение фосфотирозильных концов плазмиды, тогда как чистые фосфорилированные концы эффективно соединяются исходно. Это близкое биохимическое сравнение выполнено на искусственных субстратах в экстрактах, что отличается от захвата TOP2 и чистого разреза в сопоставимом локусе нейрона.

TDP2–Dependent Non-Homologous End-Joining Protects against Topoisomerase II–Induced DNA Breaks and Genome Instability in Cells and In Vivo (Results, “TDP2 creates ligatable DSBs and functions in NHEJ”; Figure 2D-E)

В эксперименте сравнивают активный и неактивный TDP2 как на субстратах с 5′-фосфотирозильным концом, так и на субстратах с чистым концом.

В статье не проверено. Исследование включает чистые и тирозилированные субстраты, а также проверку каталитически неактивной TDP2 при соединении блокированных концов. Полное сравнение активной и неактивной TDP2 на обоих типах субстратов по представленному тексту установить невозможно.

Reversal of DNA damage induced Topoisomerase 2 DNA–protein crosslinks by Tdp2 (Methods, “In vitro NHEJ reactions” and “Cellular NHEJ assays”; Figure 7A-D; Results describing Supplementary Figure S7A)

В эксперименте проверяют исходные комплексы TOP2.

Совпадает с исследованием. Авторы измеряют комплексы TOP2 с ДНК до удаления препарата и оценивают исходное количество и распределение повреждений. Такой контроль выполнен при ингибировании протеасомы в B-лимфоцитах мыши, поэтому его наличие подтверждает лишь отдельный элемент предлагаемого опыта.

Suppressing proteasome mediated processing of topoisomerase II DNA-protein complexes preserves genome integrity (Figures 1D and 2B-C, F; Methods, “In vitro of complex (ICE) Assay” and “Classification of TOP2-mediated DSBs”)

В эксперименте проверяют отбор выживших клеток.

В статье не проверено. Авторы оценивают клоногенную выживаемость и проверяют апоптоз, однако эти измерения оставляют открытым влияние избирательного выживания на конечные показатели стыков и перестроек. Предлагаемый контроль такого отбора по представленным данным остаётся неподтверждённым.

TDP2 suppresses chromosomal translocations induced by DNA topoisomerase II during gene transcription (Figure 2a, d; Results, “TDP2 protects MLL from TOP2-induced breakage”; Methods, “Clonogenic survival assays”)

Основными исходами служат удаление блокирующего белкового остатка и доля точных конечных стыков, при этом потери аллелей учитывают отдельно.

В статье не проверено. В работе измеряют каталитическое удаление блока, эффективность клеточного соединения и частоту ошибок в стыках внехромосомных субстратов. Отдельный учёт потерь геномных аллелей, предусмотренный вместе с оценкой точных конечных стыков, в представленных методах и результатах отсутствует.

Reversal of DNA damage induced Topoisomerase 2 DNA–protein crosslinks by Tdp2 (Figures 6C-D and 7C-D; Methods, “Cellular NHEJ assays”)

Если активный TDP2 удаляет белковый остаток, но выход точных стыков остаётся прежним или снижается, выигрыш в полноценной репарации не подтверждён.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка заданного критерия в предложенном опыте, при котором активная TDP2 удаляет белковый остаток, а выход точных конечных стыков сохраняется на прежнем уровне или снижается.

После алкилирования транспортной РНК (тРНК) кратковременно воздействовать ALKBH3, чтобы проверить, восстанавливается ли функция части ранее существовавших молекул в старых клетках до синтеза молекул взамен повреждённых.

Условия опыта отличаются. В работе применяли двухчасовую обработку выделенной бычьей тРНК и подавление экспрессии ALKBH3 в опухолевых клетках; кратковременное воздействие после алкилирования в старых клетках с оценкой восстановления до синтеза замены отсутствует.

AlkB homolog 3-mediated tRNA demethylation promotes protein synthesis in cancer cells. (Figure 4A-E; Materials and Methods, ALKBH3-mediated RNA demethylation)

Предполагаемый механизм состоит в том, что ALKBH3 удаляет химическое повреждение ранее существовавшей алкилированной тРНК, благодаря чему функция тех же молекул восстанавливается.

Условия опыта отличаются. Деметилирование бычьей тРНК с естественными модификациями повышало эффективность трансляции, однако восстановление функции тех же повреждённых молекул после удаления химического повреждения непосредственно не проверяли.

AlkB homolog 3-mediated tRNA demethylation promotes protein synthesis in cancer cells. (Results, ALKBH3-demethylated tRNA enhances in vitro protein translation efficiency; Figure 4A-B)

Следует различить восстановление ранее существовавшей повреждённой тРНК и альтернативное объяснение, согласно которому рост трансляции обусловлен исключительно вновь синтезированной тРНК или деметилированием нормальных регуляторных меток.

В статье не проверено. Опыт с выделенной тРНК подтверждает эффект обработки существующих молекул, однако разграничение репарации повреждений и деметилирования нормальных меток, а также отслеживание синтеза замены в старых клетках отсутствуют.

AlkB homolog 3-mediated tRNA demethylation promotes protein synthesis in cancer cells. (Figure 4A-E; Discussion)

Указанная биохимическая основа заключается в том, что AlkB и человеческий ABH3 возвращали химически метилированной тРНК способность заряжаться аминокислотой и участвовать в трансляции; перенос этого эффекта на старые клетки требует отдельного доказательства.

В статье не проверено. В обсуждении приведена ссылка на восстановление функции бактериальной тРНК после воздействия метилирующих агентов под действием ALKBH3. Предоставленная страница работы 2004 года содержит только уведомление о cookie, поэтому конкретные опыты с AlkB и ABH3 по аминоацилированию и трансляции остаются непроверенными.

AlkB homolog 3-mediated tRNA demethylation promotes protein synthesis in cancer cells. (Discussion, paragraph citing Ougland et al.; References, Ougland et al. (2004))

Предложенный опыт следует провести на первичных клетках молодых и пожилых доноров.

Условия опыта отличаются. Использовали бычью тРНК, лизат ретикулоцитов кролика и линию клеток рака поджелудочной железы человека PANC-1; сравнение первичных клеток молодых и пожилых доноров отсутствует.

AlkB homolog 3-mediated tRNA demethylation promotes protein synthesis in cancer cells. (Materials and Methods, Reagents and cell culture; In vitro translation reaction and luciferase assay)

В клетки следует ввести различимо меченную тРНК с проверенным единичным химическим повреждением и парную неповреждённую тРНК.

Условия опыта отличаются. Использовали коммерческую бычью тРНК с эндогенными модификациями; введение в клетки различимо меченной тРНК с единичным повреждением и парной неповреждённой тРНК отсутствует.

AlkB homolog 3-mediated tRNA demethylation promotes protein synthesis in cancer cells. (Figures 2 and 4A-B; Materials and Methods, Reagents and cell culture)

Следует сравнить активный ALKBH3, неактивный вариант ALKBH3 и пустой контроль.

Условия опыта отличаются. В опытах по деметилированию использовали контрольную обработку и термически денатурированный фермент, однако сравнение активного фермента, неактивного варианта и пустого контроля в первичных клетках отсутствует.

AlkB homolog 3-mediated tRNA demethylation promotes protein synthesis in cancer cells. (Figure 1; Figure 4A-B)

Следует нормализовать доставку и сохранность именно введённых молекул тРНК.

В статье не проверено. В предоставленной литературе отсутствует описание нормализации доставки и сохранности введённых меченых молекул тРНК.

Первичный исход представляет собой долю ранее существовавшей меченой тРНК, заряженной аминокислотой, через 2 часа.

Условия опыта отличаются. Двухчасовые интервалы относятся к деметилированию выделенной рибонуклеиновой кислоты или мечению вновь синтезируемого белка. Измеряли активность люциферазы и синтез белка, тогда как доля аминоацилированной ранее существовавшей меченой тРНК через 2 часа отсутствует среди исходов.

AlkB homolog 3-mediated tRNA demethylation promotes protein synthesis in cancer cells. (Figure 4A-B and 4E; Materials and Methods, Quantification of nascent protein synthesis)

Следует независимо подтвердить удаление химической модификации из введённой повреждённой тРНК.

Условия опыта отличаются. Жидкостная хроматография с тандемной масс-спектрометрией независимо подтверждала деметилирование выделенной бычьей тРНК, однако удаление проверенного повреждения из введённой в клетки меченой тРНК этим опытом не установлено.

AlkB homolog 3-mediated tRNA demethylation promotes protein synthesis in cancer cells. (Figure 4A; Materials and Methods, LC-ESI-MS/MS analysis of nucleosides from RNA)

Следует проверить отсутствие общего сдвига аминоацилирования.

В статье не проверено. В предоставленных опытах отсутствует проверка сохранения общего уровня аминоацилирования.

Восстановление способности тех же ранее повреждённых молекул тРНК заряжаться аминокислотой поддержало бы гипотезу.

В статье не проверено. В работе измеряли повышение эффективности трансляции, тогда как влияние на аминоацилирование предполагали на основании прежней литературы. Измерение восстановленного аминоацилирования тех же ранее повреждённых молекул отсутствует.

AlkB homolog 3-mediated tRNA demethylation promotes protein synthesis in cancer cells. (Figure 4A-B; Discussion, paragraph addressing aminoacylation)

Удаление метки повреждения при отсутствии восстановления функции той же тРНК, установленном с достаточной точностью, опровергло бы функциональный прогноз.

В статье не проверено. В предоставленной литературе отсутствует проверка указанного критерия опровержения: подтверждённого удаления повреждения при точно установленном отсутствии восстановления функции тех же молекул тРНК.

Искусственный репортёр не устанавливает, что этот путь лимитирует восстановление всего организма.

В статье не проверено. Указанная граница вывода о восстановлении целого организма относится к предложенному опыту; предоставленное исследование непосредственно этот вывод по искусственному репортёру не оценивает.

Научное сопоставление относится к возможности восстановления точности трансляции при очистке рибосом после окисления; предложенный опыт проверяет восстановление функции одной ранее существовавшей молекулы тРНК, в отличие от удаления повреждённых рибосом или их замены.

В статье не проверено. В предоставленной литературе отсутствует сопоставление восстановления существующей тРНК с удалением или заменой рибосом, повреждённых при окислении.

Результаты предложенного опыта пока не получены.

В статье не проверено. В предложении указано, что результаты опыта пока не получены; предоставленная литература независимо этот статус работы не устанавливает.

В исследовании проверяют механизм возрастного снижения слуха, сопоставляя старых и молодых взрослых мышей при одинаковом исходном числе сохранных волосковых клеток.

Условия опыта отличаются. Cassinotti с соавторами сравнивали острый ответ у молодых мышей и мышей среднего возраста, которых после начала лечения наблюдали до старости. Такой дизайн отличается от сравнения старых и молодых взрослых мышей, подобранных по исходному числу сохранных волосковых клеток; гистологию оценивали после завершения наблюдения.

Cochlear Neurotrophin-3 overexpression at mid-life prevents age-related inner hair cell synaptopathy and slows age-related hearing loss (Results, Figures 1, 3, 5 and 6; Experimental procedures 4.1 and 4.4.)

Основанием служит наблюдение, что локальное применение нейротрофина-3 (NT-3) после шумовой травмы способствовало восстановлению кохлеарных синапсов у мышей; возможность восстановления в старом ухе при разной степени отведения нервных окончаний остаётся открытой.

Совпадает с исследованием. Локальное введение NT-3 к круглому окну через 24 часа после шумового воздействия способствовало восстановлению синапсов у мышей, что соответствует указанному экспериментальному основанию. Работа проведена на молодых мышах, поэтому восстановление в старом ухе при разной степени отведения окончаний остаётся открытым вопросом.

Round-window delivery of neurotrophin 3 regenerates cochlear synapses after acoustic overexposure (Results, Synaptic loss and regeneration in the inner hair cell area, Figure 3; Methods, Animals and experimental design.)

Предполагается, что NT-3 восстанавливает слуховой синапс, пока нервный отросток остаётся рядом с волосковой клеткой.

В статье не проверено. Hashimoto с соавторами предположили, что отведение окончаний удаляет рецепторы Trk от источника NT-3 во внутренних волосковых клетках. Это близкое объяснение роли пространственного расположения, однако зависимость восстановления от близости окончания представлена как интерпретация, которая требует экспериментальной проверки.

Protection from noise-induced cochlear synaptopathy by virally mediated overexpression of NT3 (Discussion, Presence vs. absence of therapeutic effects.)

Предполагается, что выигрыш от NT-3 определяется исходным расстоянием между сохранившимся нервным окончанием и внутренней волосковой клеткой.

В статье не проверено. В работе исследовали морфологию окончаний после лечения и обсуждали пространственную доступность NT-3. Сопоставление пользы лечения с исходным расстоянием от каждого сохранившегося окончания до внутренней волосковой клетки в представленных результатах отсутствует.

Protection from noise-induced cochlear synaptopathy by virally mediated overexpression of NT3 (Results, Effects of NT3 overexpression on noise-induced synaptopathy and hair cell loss, Figure 5; Discussion, Presence vs. absence of therapeutic effects.)

Исходное расстояние между нервным окончанием и внутренней волосковой клеткой должно предсказывать восстановление лучше одного только времени после травмы.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение прогноза восстановления по исходному расстоянию между окончанием и клеткой с прогнозом по одному только времени после травмы.

Следует проверить, объясняет ли расстояние до нервного окончания возрастную разницу ответа на NT-3.

В статье не проверено. Острый ответ на NT-3 различался у молодых мышей и мышей среднего возраста, причём авторы связывали это наблюдение со снижением собственной экспрессии Ntf3. Проверка того, объясняет ли исходное расстояние до окончания возрастную разницу ответа, в работе отсутствует.

Cochlear Neurotrophin-3 overexpression at mid-life prevents age-related inner hair cell synaptopathy and slows age-related hearing loss (Results, Figure 3; Discussion.)

После одинакового акустического воздействия старых мышей следует распределить между группами применения NT-3 и носителя.

Условия опыта отличаются. Молодые мыши CBA/CaJ получали одинаковое шумовое воздействие, после которого применяли локальный NT-3 или полоксамерный носитель. Сравнение лечения с носителем выполнено, однако возраст животных отличается от предусмотренного опыта на старых мышах.

Round-window delivery of neurotrophin 3 regenerates cochlear synapses after acoustic overexposure (Methods, Animals and experimental design; Noise exposure.)

Эксперимент с культурой следует проводить в парной кохлеарной культуре.

В статье не проверено. В представленных первичных исследованиях отсутствует опыт в предложенной парной кохлеарной культуре. Ссылки на более ранние эксперименты с эксплантатами подтверждают наличие соответствующих работ, однако сведения о требуемом парном дизайне отсутствуют.

В кохлеарной культуре до воздействия NT-3 следует картировать нервные окончания и затем прослеживать их индивидуально.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствуют картирование окончаний до воздействия NT-3 и последующее наблюдение за каждым из них в кохлеарной культуре. Пространственный анализ фиксированных тканей разных животных позволяет оценить расположение структур только в момент забора материала.

Первичным исходом в культуре должна быть доля исходно разобщённых окончаний, у которых через 14 дней восстановился вызванный постсинаптический ток.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует измерение доли исходно разобщённых окончаний в культуре, у которых через 14 дней восстановился вызванный постсинаптический ток. Подсчёт синапсов через 14 дней и регистрация слуховых ответов у животных характеризуют другие исходы.

В живой модели следует сравнивать участки одной частотной зоны, контролируя наружные волосковые клетки и пороги слуха.

Совпадает с исследованием. В работе сопоставляли соответствующие частотные участки улитки, включая область повреждения 32 кГц, оценивали пороги слуха, сохранность наружных волосковых клеток и отоакустическую эмиссию на частоте продукта искажения. Эти измерения соответствуют предусмотренному контролю частотной области, наружных волосковых клеток и слуховых порогов.

Round-window delivery of neurotrophin 3 regenerates cochlear synapses after acoustic overexposure (Results, Figures 1, 3, 5 and 6; Methods, Cochlear function testing; Synapse and hair cell counts.)

В животной модели следует оценивать амплитуду волны I.

Совпадает с исследованием. Авторы измеряли надпороговую амплитуду волны I слуховых вызванных потенциалов ствола мозга и сопоставляли её с восстановлением синапсов в каждом исследованном ухе.

Round-window delivery of neurotrophin 3 regenerates cochlear synapses after acoustic overexposure (Results, Synaptic regeneration and functional recovery of suprathreshold responses, Figures 5 and 6; Methods, Cochlear function testing.)

Одинаковый выигрыш от NT-3 во всех исходных диапазонах расстояния при сопоставимой жизнеспособности служит основанием для отклонения предсказания.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует сравнение пользы NT-3 между исходными диапазонами расстояния при сопоставимой жизнеспособности, поэтому предложенный критерий отклонения предсказания остаётся непроверенным.

После облучения кислотонейтрализующая способность слюны может восстанавливаться медленнее её объёма, поскольку старый проток может сохранять нарушение изменения ионного состава слюны даже при восстановленной секреции ацинусов.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка замедленного восстановления буферной ёмкости вследствие сохраняющегося протокового дефекта у старых мышей после восстановления секреции ацинусов.

Конкурирующее объяснение связывает слабое буферирование со скоростью потока, тогда как предполагаемый отдельный протоковый дефект должен сохранять дефицит буферной ёмкости при фиксированной скорости потока.

Условия опыта отличаются. Измерения у здоровых людей свидетельствуют о раздельной регуляции изменений потока и ионного состава при стимуляции. Проверка дефицита буферной ёмкости в облучённых протоках мышей при экспериментально фиксированном расходе отсутствует.

Physiological regulation of oral saliva ion composition and flow rate are not coupled in healthy humans—Partial revision of our current knowledge required (Results, Stimulation of flow rate and changes in ion composition are not coupled; Fig. 5; Discussion)

В качестве научной опоры приведено наблюдение, что в облучённых слюнных железах взрослых мышей длительная локальная доставка цевимелина в геле поддерживала регенерацию ацинусов и восстановление секреции по сравнению с контрольным повреждением.

Совпадает с исследованием. Локальный цевимелин в альгинате поддерживал восполнение ацинарных клеток и секрецию по сравнению с облучённым контролем. Для длительного восстановления первоначальное введение гидрогеля дополняли повторными локальными инъекциями цевимелина.

Long-term functional regeneration of radiation-damaged salivary glands through delivery of a neurogenic hydrogel (Results, Figs. 2-4; Materials and Methods, Periglandular application)

В качестве научной опоры приведён эксперимент на протоковом эпителии слюнной железы крысы, в котором обнаружена активная секреция бикарбоната, что обосновывает проверку протоковой функции при фиксированной подаче первичной жидкости.

В статье не проверено. Представленный текст содержит только уведомление об ограничении доступа, поэтому проверка опыта на протоковом эпителии крысы и его методов по одному названию невозможна.

Evidence for Na+ independent active secretion of K+ and HCO3- by rat salivary duct epithelium (Supplied page, access notice)

В решающем опыте необходимо использовать старых и молодых мышей, подвергнутых облучению.

Условия опыта отличаются. Во всех опытах использовали самок мышей C57BL/6 в возрасте 6-7 недель; облучённые группы получали однократную дозу 10 Гр. Сравнение старых и молодых мышей отсутствует.

Long-term functional regeneration of radiation-damaged salivary glands through delivery of a neurogenic hydrogel (Materials and Methods, Animal studies; γ-Radiation of salivary glands)

После облучения в группах старых и молодых мышей необходимо сравнить слюнные железы, получавшие локальный цевимелин, с железами, получавшими носитель.

Условия опыта отличаются. После облучения локальный цевимелин и цевимелин в альгинате сравнивали с физиологическим раствором или альгинатом, однако исследование охватывало только одну возрастную группу молодых взрослых мышей.

Long-term functional regeneration of radiation-damaged salivary glands through delivery of a neurogenic hydrogel (Results, Figs. 2-4; Materials and Methods, Periglandular application)

Перед исследованием изолированных протоков необходимо провести отмывку препарата.

Условия опыта отличаются. Слюну собирали через четыре дня после инъекции, чтобы исключить остаточную стимуляцию цевимелином. Такое временное разделение у целого животного отличается от отмывки препарата перед исследованием изолированного протока.

Long-term functional regeneration of radiation-damaged salivary glands through delivery of a neurogenic hydrogel (Materials and Methods, Physiological saliva collection; Discussion)

Через изолированные протоки необходимо подавать одинаковый модельный первичный секрет при фиксированном расходе.

В статье не проверено. В представленных описаниях опытов отсутствует подача одинакового модельного первичного секрета через изолированные протоки при фиксированном расходе.

В ходе опыта необходимо контролировать углекислый газ (CO₂), температуру, объём и исходную кислотность.

В статье не проверено. Для предлагаемого измерения буферной ёмкости протокового секрета отсутствует описание одновременного контроля углекислого газа, температуры, объёма и исходной кислотности.

В конечную пробу необходимо отдельно добавить бикарбонат в качестве контроля измеряемого химического ограничения.

В статье не проверено. В доступных полных исследованиях отсутствует добавление бикарбоната в конечную пробу для проверки восстановления буферной ёмкости при химическом дефиците.

При нормальном исходном потоке повреждённый старый проток, согласно предсказанию, сохранит меньшую буферную ёмкость, которую восстановит добавление бикарбоната в конечную пробу.

В статье не проверено. Сохранение сниженной буферной ёмкости повреждённых протоков старых мышей при нормальном входном потоке с последующим восстановлением бикарбонатом в представленных работах не показано.

Первичным исходом на четвёртой неделе должно быть количество кислоты, нейтрализуемое единицей объёма выходной жидкости до заданного pH.

Условия опыта отличаются. В опытах на мышах измеряли массу слюны после стимуляции и оценивали восстановление ткани. Измерение количества нейтрализованной кислоты на единицу объёма до заданного pH на четвёртой неделе отсутствует.

Long-term functional regeneration of radiation-damaged salivary glands through delivery of a neurogenic hydrogel (Materials and Methods, Physiological saliva collection; Maximum saliva collection; Figs. 3-4)

Точное исчезновение различия в буферной ёмкости при заданном расходе отвергнет отдельный протоковый дефект.

В статье не проверено. В представленных исследованиях точное исчезновение различия в буферной ёмкости при фиксированном расходе не использовали как критерий опровержения отдельного протокового дефекта.

Необходим необлучённый контроль с той же процедурой канюляции, поскольку ручная канюляция повреждает мелкие протоки.

В статье не проверено. Исследование на мышах включает необлучённые контрольные группы, однако сопоставимая канюляция протоков отсутствует. Поэтому предусмотренный контроль повреждения при канюляции остаётся неподтверждённым.

Восстановление буферной ёмкости после добавления бикарбоната в пробу подтверждает химический дефицит, при этом его молекулярная причина остаётся неопределённой.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует опыт с восстановлением буферной ёмкости бикарбонатом, который подтверждал бы химический дефицит при неопределённой молекулярной причине.

Положительный результат даст основание включить протоковую обработку секрета в критерии восстановления слюнной железы.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует предложенный положительный результат, на основании которого протоковую обработку секрета включали бы в критерии восстановления после облучения.

При опровержении гипотезы дальнейшее продвижение этого способа к следующей стадии прекращается.

В статье не проверено. Правило прекращения дальнейшего продвижения способа после опровержения гипотезы об отдельном протоковом дефекте в представленных работах отсутствует.

Независимой экспериментальной единицей должно быть животное.

Совпадает с исследованием. Биологическими повторностями в опытах служат отдельные мыши, тогда как несколько срезов ткани и участков изображения получают от каждого животного.

Long-term functional regeneration of radiation-damaged salivary glands through delivery of a neurogenic hydrogel (Fig. 1 legend; Materials and Methods, Periglandular application; Quantification of immunofluorescent images)

Распределение экспериментальных условий необходимо рандомизировать.

В статье не проверено. В представленных методах отсутствует прямое указание на случайное распределение экспериментальных условий.

При измерении необходимо скрыть код групп.

В статье не проверено. Авторы описали уникальные идентификаторы животных и ослепление исследователя при анализе, однако сокрытие кода групп непосредственно во время измерения остаётся неподтверждённым.

Long-term functional regeneration of radiation-damaged salivary glands through delivery of a neurogenic hydrogel (Materials and Methods, Animal studies)

До основного опыта на независимом пилоте необходимо определить воспроизводимость, рабочий срок и минимальный различимый и биологически значимый эффект.

В статье не проверено. В работах описан расчёт размера выборки, однако отсутствует независимый предварительный опыт, определяющий одновременно воспроизводимость, рабочий срок и минимальный различимый и биологически значимый эффект.

Контраст и его доверительный интервал необходимо оценивать на уровне независимых экспериментальных единиц.

В статье не проверено. Результаты опытов на животных представлены средними значениями, стандартными отклонениями и проверками значимости. Оценка требуемого контраста буферной ёмкости и его доверительного интервала на уровне животных отсутствует.

Long-term functional regeneration of radiation-damaged salivary glands through delivery of a neurogenic hydrogel (Materials and Methods, Statistical analyses; Figs. 1-4)

Результат опыта остаётся неопределённым в отношении сравниваемых объяснений, если воздействие не разделило группы или доверительный интервал допускает существенные эффекты обоих знаков.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует правило неопределённого результата при недостаточном разделении групп или доверительном интервале, допускающем существенные эффекты обоих знаков.

Предлагаемое испытание проводится у пожилых людей с остаточными эрозиями при контролируемом дерматите.

Условия опыта отличаются. В исследовании перчатки алгоритм обучали на здоровых взрослых, а клиническую проверку проводили у детей с умеренным или тяжёлым атопическим дерматитом; предложенная группа пожилых людей с остаточными эрозиями при контролируемом дерматите отсутствовала.

A Sensorised Glove to Detect Scratching for Patients with Atopic Dermatitis (Methods 2.3 and 2.6; Results 3.4.)

Согласно гипотезе, повторное механическое повреждение при расчёсах поддерживает остаточные эрозии, поэтому снижение касательного усилия на одно движение должно уменьшить повреждение и число новых эрозий даже при сопоставимой частоте расчёсов.

Условия опыта отличаются. Снятие клейкой ленты усиливало дерматит и повреждение барьера у мышей, а гидрогелевая терапия уменьшала повреждение при контролируемой стимуляции. Исследовали лекарственное воздействие и имитацию расчёсов; снижение касательного усилия естественного расчёса у пожилых пациентов оставалось за пределами опыта.

Hydrogel dressing integrating FAK inhibition and ROS scavenging for mechano-chemical treatment of atopic dermatitis (Results and discussion, FAK phosphorylation is increased in AD skins and enhanced by scratching; Figures 2 and 5-7; Methods, Animal experiment.)

В испытании у людей необходимо раздельно измерять поведение при расчёсах, контактное усилие и повреждение кожи.

В статье не проверено. Перчатка регистрировала движения пальцев и кисти, которые сопоставляли с видеозаписью; раздельные измерения контактного усилия и возникающего повреждения кожи в этом исследовании отсутствовали.

A Sensorised Glove to Detect Scratching for Patients with Atopic Dermatitis (Methods 2.1-2.6; Results 3.4; Table 1.)

До клинического сравнения необходимо подобрать два допустимых покрытия пальцев с измеренно различным касательным усилием.

Условия опыта отличаются. Велосипедную перчатку с датчиками оценивали как средство регистрации расчёсов; сравнение двух допустимых покрытий пальцев с экспериментально установленными различиями касательного усилия отсутствовало.

A Sensorised Glove to Detect Scratching for Patients with Atopic Dermatitis (Methods 2.1 and 2.6.)

Температура и влажность при использовании двух покрытий пальцев должны быть сходными.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка сходства температуры и влажности при использовании двух покрытий пальцев, различающихся по касательному усилию.

Участников необходимо рандомизировать в две параллельные группы для сравнения покрытий пальцев при стабильной терапии.

Условия опыта отличаются. Мышей рандомизировали по группам гидрогелевой терапии при продолжающемся химическом воздействии и снятии клейкой ленты, что отличается от параллельного сравнения двух покрытий пальцев у пациентов при стабильной терапии.

Hydrogel dressing integrating FAK inhibition and ROS scavenging for mechano-chemical treatment of atopic dermatitis (Methods, Animal experiment; Figure 6.)

Необходимо регистрировать движения при ночных расчёсах и получать фотографии участков кожи, которые были неповреждёнными до начала наблюдения.

Условия опыта отличаются. Движения регистрировали и сверяли с видеозаписью во время короткого наблюдения при бодрствовании; сочетание ночной регистрации с фотографированием исходно неповреждённых участков кожи отсутствовало.

A Sensorised Glove to Detect Scratching for Patients with Atopic Dermatitis (Methods 2.6; Results 3.4; Discussion.)

Основной исход представляет собой частоту новых линейных эрозий на единицу заранее очерченной площади исходно неповреждённой кожи за 14 ночей.

Условия опыта отличаются. После 10 дней лечения мышей оценивали тяжесть дерматита, гистологические изменения, воспалительные маркеры и белки барьера; частоту новых линейных эрозий на единицу заранее очерченной неповреждённой площади за 14 ночей не измеряли.

Hydrogel dressing integrating FAK inhibition and ROS scavenging for mechano-chemical treatment of atopic dermatitis (Figures 6-7; Methods, Animal experiment.)

Частоту движений необходимо оценивать для проверки механизма; ретроспективный отбор только участников с одинаковым поведением недопустим.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка механизма действия покрытий по частоте движений с заранее установленным исключением ретроспективного отбора участников по сходству поведения.

Меньшее число новых эрозий при использовании покрытия с меньшим касательным усилием и сопоставимой частоте движений будет свидетельствовать в пользу предложенного механизма.

В статье не проверено. В представленной литературе отсутствует результат, показывающий уменьшение числа новых эрозий при использовании покрытия с меньшим касательным усилием и сопоставимой частоте движений.

Сопоставимые движения при отсутствии существенного снижения эрозий на фоне меньшего касательного усилия опровергнут предложенный механизм.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка указанного критерия опровержения при подтверждённом снижении касательного усилия и сопоставимых движениях.

Если повреждение кожи уменьшается только одновременно со снижением числа движений или изменением сна, результат характеризует эффект вмешательства в целом, а отдельный эффект усилия на одно движение остаётся неустановленным.

В статье не проверено. Авторы учитывали, что уменьшение частоты расчёсов может влиять на оценку лечения, и контролировали механическую стимуляцию у мышей; раздельную роль усилия, уменьшения числа движений и изменения сна у людей не проверяли.

Hydrogel dressing integrating FAK inhibition and ROS scavenging for mechano-chemical treatment of atopic dermatitis (Discussion, controlled mechanical scratching; Methods, Animal experiment.)

Исследовательский прогноз, связанный со старением, состоит в том, что при равном числе расчёсов снижение касательного усилия принесёт большую пользу участникам с более медленным исходным восстановлением кожного барьера.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка прогноза о большей пользе снижения усилия при равном числе расчёсов у участников с более медленным исходным восстановлением кожного барьера.

Исходное восстановление кожного барьера после клинически необходимого снятия повязки следует измерить независимо и до начала периода наблюдения.

В статье не проверено. Представленные исследования не описывают независимое измерение исходного восстановления кожного барьера после клинически необходимого снятия повязки до начала наблюдения.

Эксперимент находится на стадии предложения; его результаты ещё не получены.

В статье не проверено. В предложении указано, что результаты опыта ещё не получены; это характеристика стадии предложенной работы, которая отдельно не подтверждается представленной литературой.

Предлагаемую проверку проводят на гепатоцитах пожилых доноров как на зрелых секреторных клетках.

Условия опыта отличаются. Опыты проводили на клеточной линии печени крысы BRL-3A, тогда как предложенная проверка предусматривает гепатоциты пожилых доноров человека.

Family with sequence similarity 134 member B-mediated reticulophagy ameliorates hepatocyte apoptosis induced by dithiothreitol (Materials and Methods: Cell culture and experiment protocol.)

FAM134B-зависимая утилизация эндоплазматического ретикулума обеспечивает удаление агрегатов, однако более сильный режим утилизации сокращает резерв функционального эндоплазматического ретикулума.

В статье не проверено. В работе установлена избирательная утилизация неправильно свёрнутого проколлагена с участием кальнексина и FAM134B. Совместное удаление агрегатов и сокращение резерва функционального ретикулума при усилении утилизации в представленных результатах не показано.

A selective ER-phagy exerts procollagen quality control via a Calnexin-FAM134B complex (Results: FAM134B is required for autophagy of procollagen; Figures 3, 4 and 7; Figure EV3.)

Предполагается, что чрезмерно длительная утилизация эндоплазматического ретикулума снижает выход зрелой секреторной клетки.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует экспериментальная проверка снижения продукции зрелой секреторной клетки вследствие чрезмерно длительной утилизации ретикулума.

Указанной экспериментальной основой служит избирательная деградация дефектного проколлагена, установленная в исследованиях FAM134B.

Совпадает с исследованием. Неправильно свёрнутый проколлаген преимущественно направлялся на лизосомную деградацию, а утрата FAM134B нарушала его доставку. Доставку восстанавливало введение FAM134B дикого типа, тогда как вариант с нарушенным связыванием с лёгкой цепью 3 микротрубочко-ассоциированного белка 1 (LC3) такого эффекта не давал.

A selective ER-phagy exerts procollagen quality control via a Calnexin-FAM134B complex (Results: FAM134B is required for autophagy of procollagen; Figures 3, 4 and 7; Figure EV3B-C.)

Предполагается, что восстановление секреции достигает максимума при промежуточной интенсивности FAM134B-зависимой утилизации эндоплазматического ретикулума, а избыток рецептора обусловливает нелинейный ответ секреции.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует зависимость секреции от уровня FAM134B, которая показывала бы промежуточный максимум восстановления и снижение секреции при избытке рецептора.

Перед сравнением все экспериментальные группы подвергают одинаковому обратимому стрессу.

Условия опыта отличаются. Клетки BRL-3A подвергали воздействию дитиотреитола разной продолжительности, а эффект подавления FAM134B оценивали при 24-часовой обработке. Такая схема отличается от сравнения всех групп после одинакового обратимого стресса и прекращения его действия.

Family with sequence similarity 134 member B-mediated reticulophagy ameliorates hepatocyte apoptosis induced by dithiothreitol (Materials and Methods: Cell culture and experiment protocol; SiRNA transfections; Figures 1-5.)

В эксперименте сравнивают четыре измеренных уровня FAM134B в гепатоцитах.

Условия опыта отличаются. Три малые интерферирующие РНК сравнивали для выбора эффективного средства подавления FAM134B. Этот опыт отличается от сравнения четырёх измеренных уровней FAM134B в гепатоцитах.

Family with sequence similarity 134 member B-mediated reticulophagy ameliorates hepatocyte apoptosis induced by dithiothreitol (Materials and Methods: SiRNA transfections; Figure 5A-D.)

В сравнение включают ATG8-дефектный вариант при самом высоком уровне FAM134B.

Условия опыта отличаются. В эмбриональных фибробластах мыши с удалённым геном Fam134b исследовали вариант FAM134B с нарушенным связыванием с LC3. Его применение отличается от контроля при самом высоком из четырёх уровней FAM134B в гепатоцитах.

A selective ER-phagy exerts procollagen quality control via a Calnexin-FAM134B complex (Results: FAM134B is required for autophagy of procollagen; Figure 4C.)

В эксперименте определяют динамику потери меченых мембран, количество агрегатов в просвете ретикулума, импорт и раннюю гибель клеток.

В статье не проверено. Авторы оценивали совместную локализацию ретикулума и лизосом, а также ранний и поздний апоптоз. Полный набор измерений динамики потери меченых мембран, количества люминальных агрегатов, импорта и ранней гибели клеток в работе отсутствует.

Family with sequence similarity 134 member B-mediated reticulophagy ameliorates hepatocyte apoptosis induced by dithiothreitol (Materials and Methods: Live imaging of ER and lysosome; Apoptosis assessment; Figures 2, 4 and 5.)

Главным исходом служит секреция вновь синтезированного альбумина через 24 часа, включая уровень секреции без вмешательства.

В статье не проверено. Альбумин упоминается среди белков, выявленных при протеомном анализе микросом печени. Измерение секреции вновь синтезированного альбумина через 24 часа с включением уровня без вмешательства в работе отсутствует.

An N-terminal–truncated isoform of FAM134B (FAM134B-2) regulates starvation-induced hepatic selective ER-phagy (Results: FAM134B-2 regulates selective degradation of ER-retained secretary proteins but not bulk ER; Figure 6; Discussion.)

Монотонное увеличение пользы в диапазоне, в котором поток эндоплазматического ретикулума действительно увеличивается и клетки остаются живыми, опровергнет предполагаемый внутренний максимум в этом диапазоне.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка монотонного улучшения секреции при подтверждённом усилении потока утилизации ретикулума и сохранённой жизнеспособности как критерия опровержения внутреннего максимума.

Эксперимент проводят на старых мышах с меченой стромой для изучения избыточных фиброадипогенных стромальных клеток-предшественников при восстановлении мышц.

Условия опыта отличаются. В исследовании удаляли клетки у трёхмесячных мышей с повреждением вращательной манжеты плеча или объёмной потерей мышечной ткани; эксперимент на старых мышах с меченой стромой в этой работе отсутствует.

Phenotypic divergence in rotator cuff tear and volumetric muscle loss mouse models following fibroadipogenic progenitor depletion (Methods: FAP depletion mouse model; Surgical procedures.)

Удаление избыточных стромальных клеток-предшественников, зависимое от фактора некроза опухоли (TNF), участвует в восстановлении мышц.

Совпадает с исследованием. В аннотации прямо сообщается об апоптозе клеток-предшественников под действием TNF макрофагов при восстановлении мышц, а заголовки рисунков описывают удаление избыточных клеток и накопление коллагена при блокаде TNF. Представленный фрагмент статьи содержит аннотацию и заголовки рисунков, поэтому подробности методов остаются недоступными.

Nilotinib reduces muscle fibrosis in chronic muscle injury by promoting TNF-mediated apoptosis of fibro/adipogenic progenitors (Abstract; figure headings 1, 3 and 4.)

Предполагается, что частичное сокращение числа избыточных фиброадипогенных клеток у старых животных после начала слияния миобластов уменьшит фиброз при сохранении мышечной силы.

Условия опыта отличаются. Частичное удаление клеток до повреждения уменьшало фиброз и улучшало показатели походки после повреждения вращательной манжеты; при объёмной потере мышечной ткани значимого улучшения походки не выявили. Эти опыты отличаются от удаления клеток после начала слияния миобластов у старых животных с проверкой сохранения мышечной силы.

Phenotypic divergence in rotator cuff tear and volumetric muscle loss mouse models following fibroadipogenic progenitor depletion (Methods: FAP depletion mouse model; Results; Figures 3-6.)

Предполагается, что такое же сокращение числа клеток на раннем этапе восстановления лишит миобласты стромальной поддержки.

Условия опыта отличаются. Удаление генов киназ MST1/2 ухудшало способность стромальных клеток поддерживать пролиферацию и дифференцировку миобластов в совместной культуре. В этом опыте изменяли функцию стромальных клеток; раннее удаление числа клеток, равного удалённому при позднем вмешательстве, остаётся отдельным условием предлагаемой проверки.

MST1/2 regulates fibro/adipogenic progenitor fate decisions in skeletal muscle regeneration (Results: Inhibition of MST1/2 reduces IL-6 secretion by FAPs; Figure 5 and Figure S2.)

Для частичного сокращения числа стромальных клеток-предшественников активируют дозируемый механизм апоптоза в клеточной линии PDGFRα.

Условия опыта отличаются. Индуцированная тамоксифеном экспрессия фрагмента A дифтерийного токсина в линии PDGFRα приводила к частичному удалению клеток. Дозируемый механизм апоптоза в работе не продемонстрирован, а изменение режима индукции обсуждалось как направление дальнейших исследований.

Phenotypic divergence in rotator cuff tear and volumetric muscle loss mouse models following fibroadipogenic progenitor depletion (Methods: FAP depletion mouse model; Results: Tamoxifen induces reduction of FAP populations; Figure 2.)

В экспериментальных группах апоптоз активируют до или после появления первых новых многоядерных мышечных волокон.

Условия опыта отличаются. Удаление клеток индуцировали в течение двух недель до операции, тогда как предлагаемое сравнение требует отдельных групп с активацией апоптоза до и после появления первых новых многоядерных волокон.

Phenotypic divergence in rotator cuff tear and volumetric muscle loss mouse models following fibroadipogenic progenitor depletion (Methods: FAP depletion mouse model; Figure 1.)

Число удалённых клеток должно быть одинаковым в группах раннего и позднего вмешательства.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение раннего и позднего вмешательств, при котором между группами уравнивали число удалённых клеток.

Вмешательства сравнивают с контролем с носителем и с интактной клеточной линией.

Совпадает с исследованием. В опытах использовали контроль с кукурузным маслом как носителем и мышей с конструкцией фрагмента A дифтерийного токсина, лишённых рекомбиназы Cre, у которых клеточная линия сохранялась интактной. Эти контроли применяли при других повреждениях и сроках вмешательства.

Phenotypic divergence in rotator cuff tear and volumetric muscle loss mouse models following fibroadipogenic progenitor depletion (Methods: FAP depletion mouse model; Surgical procedures; Figure 1b-c.)

Раннюю стромальную поддержку миобластов функционально оценивают в совместной культуре.

Совпадает с исследованием. Клетки-предшественники, выделенные на третьи сутки после повреждения, совместно культивировали с миобластами C2C12 и оценивали пролиферацию, дифференцировку и слияние. Функциональная проверка стромальной поддержки выполнена, однако её сочетание с предлагаемым удалением клеток у старых мышей остаётся непроверенным.

MST1/2 regulates fibro/adipogenic progenitor fate decisions in skeletal muscle regeneration (Results: Inhibition of MST1/2 reduces IL-6 secretion by FAPs; Figure 5E-K; Experimental procedures: FAPs isolation and Cell culture.)

Первичный исход представляет собой удельную мышечную силу на 35-е сутки.

Условия опыта отличаются. Функцию оценивали по параметрам походки через шесть недель после операции, что отличается от измерения удельной мышечной силы на 35-е сутки.

Phenotypic divergence in rotator cuff tear and volumetric muscle loss mouse models following fibroadipogenic progenitor depletion (Methods: Gait analysis; Figures 4 and 6.)

Вторичные исходы включают площадь фиброза и размер новых мышечных волокон.

Совпадает с исследованием. В исследовании определяли площадь фиброзной соединительной ткани и размер регенерировавших мышечных волокон. Измеренные показатели соответствуют указанным вторичным исходам, хотя их оценивали в другом эксперименте.

AMP-activated protein kinase inhibition in fibro-adipogenic progenitors impairs muscle regeneration and increases fibrosis (Methods: Muscle histological examination; Figures 1C and 2D-E.)

Предсказание о значении времени вмешательства отвергают, если удаление одинакового числа клеток в раннюю и позднюю фазы приводит к одинаковой мышечной силе.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка критерия отклонения временного предсказания по одинаковой мышечной силе после удаления равного числа клеток на раннем и позднем этапах восстановления.

Предсказание о значении времени вмешательства также отвергают, если позднее вмешательство уменьшает количество коллагена ценой снижения мышечной силы.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует совместная оценка уменьшения количества коллагена и снижения мышечной силы после указанного позднего вмешательства как критерия отклонения предсказания.

Эксперимент должен проводиться на клетках разных возрастных групп для изучения репарации при клеточном старении.

Условия опыта отличаются. В наиболее близкой работе пептидные остатки исследовали в клеточных линиях HeLa и U2OS после химического повреждения и восстановления; сравнение клеток разных возрастных групп при старении в этот опыт не входило.

SPRTN-dependent DPC degradation precedes repair of damaged DNA: a proof of concept revealed by the STAR assay (Materials and Methods: Cell culture, treatments, and cell counting; Results, Figures 3-7.)

Ускоренное удаление белковой части ДНК-белковой сшивки при клеточном старении может приводить к сохранению пептидного остатка после протеолиза, который создаёт второй барьер репарации.

Условия опыта отличаются. После SPRTN-зависимого протеолиза обнаруживали связанные с ДНК пептиды, удаление которых отставало от разрушения полноразмерного белка. Разрывы ДНК и замедление пролиферации согласуются с сохранением повреждения, однако ускоренный протеолиз при клеточном старении в работе не проверяли.

SPRTN-dependent DPC degradation precedes repair of damaged DNA: a proof of concept revealed by the STAR assay (Results, Figures 3, 4, 6 and 7; Discussion.)

Повышение активности SPRTN должно быть полезным лишь при сохранной последующей обработке повреждённой цепи ДНК, поскольку нарушение этой обработки ограничивает пользу от повышения активности SPRTN.

Условия опыта отличаются. Опыты с раздельным и совместным снижением активности факторов поддерживают согласованное участие SPRTN и тирозил-ДНК-фосфодиэстеразы 1 (TDP1) в репарации эндогенных сшивок гистона H3. Зависимость пользы повышения активности SPRTN от сохранности последующей обработки по выходу полностью восстановленных молекул не проверяли; для эндогенных сшивок топоизомеразы 1 взаимодействие путей отличалось.

Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 (TDP1) and SPRTN protease repair histone 3 and topoisomerase 1 DNA–protein crosslinks in vivo (Results, sections 3.4-3.5, Figures 2-3; Discussion and Figure 7.)

В эксперименте необходимо сравнить субстраты с полным сшитым белком и субстраты с заранее укороченным пептидом одного типа.

Совпадает с исследованием. В работе сравнили плазмиду с полноразмерной сшитой метилтрансферазой M.HpaII и соответствующий субстрат после обработки протеиназой K, оставляющей пептид из четырёх аминокислот. Такое контрольное сравнение выполнено в экстрактах яиц Xenopus, тогда как предложенный опыт относится к стареющим клеткам.

Replication-Coupled DNA-Protein Crosslink Repair by SPRTN and the Proteasome in Xenopus Egg Extracts (Results: SPRTN-Mediated DPC Proteolysis Ensures Efficient TLS, Figures S4L-S4N; STAR Methods: Preparation of DNA constructs.)

Белковый и пептидный остатки необходимо измерять независимо друг от друга.

Совпадает с исследованием. Раздельный масс-спектрометрический анализ фракций геля позволял различать полноразмерные белки и продукты их распада, а электрофорез и иммуноблоттинг позволяли отдельно отслеживать белковые и пептидные формы при восстановлении.

SPRTN-dependent DPC degradation precedes repair of damaged DNA: a proof of concept revealed by the STAR assay (Materials and Methods: Mass spectrometry; Results, Figures 3B-C, 4B-E and 6E.)

SPRTN необходимо сравнить с неактивным вариантом при одинаковой фазе репликации.

Совпадает с исследованием. SPRTN дикого типа сравнивали с каталитически неактивным вариантом E112Q в клетках HeLa после одинаковой синхронизации двойным тимидиновым блоком и выхода в раннюю или среднюю часть S-фазы. Измеряли расщепление сшитой ДНК-метилтрансферазы 1 (DNMT1); возрастные группы клеток не сравнивали.

SPRTN patient variants cause global-genome DNA-protein crosslink repair defects (Results: SPRTN cleaves DNMT1-DPCs, Figure 3b; Figure 2a; Methods: siRNA transfection and Purification of x-linked proteins.)

Основным исходом должен быть выход молекул с восстановленной последовательностью без ковалентного остатка.

Условия опыта отличаются. Авторы определяли количество сверхспирализованных продуктов репликации и удлинение новосинтезированной цепи через участок повреждения. Эти показатели характеризуют завершение репликации или обход повреждения, но не устанавливают выход молекул с одновременно подтверждёнными восстановленной последовательностью и полным удалением ковалентного пептидного остатка.

Replication-Coupled DNA-Protein Crosslink Repair by SPRTN and the Proteasome in Xenopus Egg Extracts (Results, Figures 3B-F and 4F-G; STAR Methods: Xenopus Egg Extracts and DNA Replication.)

Исчезновение крупного белка необходимо регистрировать отдельно от конечного выхода восстановленных молекул.

Условия опыта отличаются. Разрушение сшитого белка измеряли отдельно от образования продуктов репликации ДНК. При этом конечный показатель отражал репликацию и обход повреждения, а выход полностью восстановленных молекул с удалённым ковалентным остатком оставался за пределами измерений.

Replication-Coupled DNA-Protein Crosslink Repair by SPRTN and the Proteasome in Xenopus Egg Extracts (Results, Figure 3B-C and 3E-F; Figure 4B and 4F-G.)

Если SPRTN одинаково улучшает конечный выход при любой скорости обработки пептида, предполагаемый второй барьер репарации не обнаружен; это условие является заявленным критерием опровержения.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка того, одинаково ли повышение активности SPRTN улучшает заданный конечный выход восстановленных молекул при различных скоростях обработки пептида.

Предполагается, что одинаковое протирание сильнее нарушает кожный барьер во влажную фазу, чем в сухую.

В статье не проверено. В статье анализируются трение и механика контакта при увлажнении и высыхании кожи, однако нарушение барьера при одинаковом протирании во влажную и сухую фазы не измеряется.

Surface topography and contact mechanics of dry and wet human skin (Results and Discussion: Contact mechanics of dry and wet skin; Figure 7; Conclusion.)

Возрастная кожа может повреждаться преимущественно при совпадении увлажнения и касательного усилия.

В статье не проверено. Представленные исследования не устанавливают преимущественное повреждение кожи пожилых доноров при совпадении увлажнения и касательного усилия.

Предполагается, что повышенное трение поверхности объясняет часть повреждения при протирании во влажную фазу.

В статье не проверено. В доступной аннотации сообщается о повышении коэффициента трения увлажнённых образцов кожи вне организма, однако причинный вклад этого трения в повреждение барьера при протирании остаётся непроверенным.

On the role of adhesive forces in the tribo-mechanical performance of ex vivo human skin (Abstract; Introduction.)

Изменения самого рогового слоя могут обусловливать дополнительную уязвимость при протирании во влажную фазу, которая сохраняется при равной механической работе.

В статье не проверено. Авторы предполагают, что изменения физико-химических свойств рогового слоя под действием воды влияют на трение, однако дополнительное повреждение ткани при равной механической работе в представленном тексте не проверяется.

On the role of adhesive forces in the tribo-mechanical performance of ex vivo human skin (Abstract.)

В эксперименте используют парные эксплантаты кожи от старших и молодых доноров.

Условия опыта отличаются. В исследовании использованы три образца кожи живота одного донора, что отличается от предложенного сравнения парных эксплантатов от пожилых и молодых доноров.

On the role of adhesive forces in the tribo-mechanical performance of ex vivo human skin (Introduction, final paragraph; Ex vivo human skin samples.)

Парные эксплантаты случайным образом распределяют на протирание во влажную или сухую фазу.

В статье не проверено. В представленных материалах отсутствует описание случайного распределения парных эксплантатов на протирание во влажную или сухую фазу.

В основном сравнении протирания во влажную и сухую фазы с помощью датчика уравнивают интеграл касательного усилия по пути движения.

В статье не проверено. В представленных экспериментах отсутствует сравнение фаз протирания с уравниванием интеграла касательного усилия по пути движения, измеренного датчиком.

В дополнительном сравнении протирания во влажную и сухую фазы устанавливают одинаковые силу прижатия и число движений.

В статье не проверено. В статье воспроизведены измерения скольжения стеклянного шарика при силе прижатия 0,5 Н во время увлажнения и высыхания кожи. Дополнительное сравнение протирания с одинаковыми силой прижатия и числом движений не описано.

Surface topography and contact mechanics of dry and wet human skin (Figure 7; Results and Discussion: Capillary adhesion.)

Общую влажностную экспозицию уравнивают между экспериментальными группами.

В статье не проверено. В представленных материалах отсутствует описание уравнивания общей влажностной экспозиции между группами протирания во влажную и сухую фазы.

В эксперимент включают группы без протирания.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует описание групп без протирания, которые служили бы контролем при предложенном сравнении повреждения кожного барьера.

Первичным исходом служит проницаемость кожи, измеренная через сутки после общей фазы высушивания.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствуют результаты измерения проницаемости кожи через сутки после общей фазы высушивания.

Количество снятых корнеоцитов и жизнеспособность ткани измеряют независимо.

В статье не проверено. В представленных материалах отсутствует описание независимых измерений количества снятых корнеоцитов и жизнеспособности ткани.

Эффект протирания во влажную фазу, который возникает только при одинаковой силе прижатия и исчезает при одинаковой касательной работе, поддерживает объяснение через трение поверхности и опровергает дополнительную уязвимость влажной ткани при равной работе.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение повреждения барьера при равной силе прижатия и равной касательной работе, которое позволило бы разграничить вклад поверхностного трения и дополнительную уязвимость влажной ткани.

Возрастную специфичность проверяют с помощью прямого статистического взаимодействия между возрастной группой доноров и фазой протирания, влажной или сухой.

В статье не проверено. В представленных материалах отсутствует проверка прямого статистического взаимодействия между возрастной группой доноров и протиранием во влажную или сухую фазу.

Гипотеза касается стареющих делящихся клеток.

Условия опыта отличаются. В исследовании регуляции клеточного цикла использовали клетки 293T и BHK-21, фибробласты плода свиньи и эмбрионы свиньи; стареющие делящиеся клетки как отдельную экспериментальную модель не исследовали.

Modulation of cell cycle increases CRISPR-mediated homology-directed DNA repair (Materials and methods: Cell lines; Embryo injection.)

Вмешательство представляет собой небольшое обратимое продление G2, задерживающее вход в митоз.

Условия опыта отличаются. Доцетаксел, иринотекан, нокодазол и митомицин C вызывали накопление клеток в фазе синтеза дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК) и/или в G2 и митозе; в опытах по редактированию обработка продолжалась 48 часов. Такие условия отличаются от небольшого обратимого продления именно G2 перед входом в митоз.

Modulation of cell cycle increases CRISPR-mediated homology-directed DNA repair (Results: Effects of cell cycle inhibitor on CRISPR/Cas9-mediated KI; Figures 1-2; Materials and methods: KI efficiency assay.)

Продление G2 может улучшить точную гомологичную репарацию разрывов только при работающей загрузке RAD51 и сохраняющейся доступности и использовании шаблона репарации; если шаблон практически не используется, вмешательство может оказаться бесполезным.

В статье не проверено. Снижение содержания RAD51 нарушало репаративный синтез при гомологичной рекомбинации и приводило к сохранению одноцепочечных промежуточных продуктов в G2. Эти результаты подтверждают отдельное звено механизма, однако зависимость эффекта продления G2 от загрузки RAD51 и использования шаблона остаётся непроверенной.

ATM and Artemis promote homologous recombination of radiation-induced DNA double-strand breaks in G2 (Results: Artemis- and ATM-deficient cells show a defect in IR-induced repair synthesis during HR in G2; RPA, Rad51 and ssDNA foci formation is compromised; Figures 3 and 5.)

В эксперименте необходимо вводить одинаковый разрыв в G2 во всех сравниваемых группах.

Условия опыта отличаются. Один и тот же индуцируемый разрыв в участке распознавания I-Sce I исследовали на нескольких стадиях клеточного цикла, включая G2. При этом сохранение и снятие остановки сравнивали в митотических клетках, что отличается от введения одинакового разрыва в G2 во всех группах.

Mitotic cells can repair DNA double-strand breaks via a homology-directed pathway (Materials and methods: Establishment of the SCneo-Mer-I-Sce I cell line; Results: Cell cycle effect on HDR; Figures 2-4.)

Обратимое продление G2 необходимо сравнить с контролем как при сохранной, так и при частично сниженной загрузке RAD51.

В статье не проверено. Контрольные клетки сравнивали с клетками со сниженным содержанием RAD51 или BRCA2, однако сочетание сохранной и частично сниженной загрузки RAD51 с обратимым продлением G2 и соответствующим контролем в исследовании отсутствует.

ATM and Artemis promote homologous recombination of radiation-induced DNA double-strand breaks in G2 (Results and figure legends: Figures 2C, 3 and 5.)

Число делений за период последующего наблюдения необходимо уравнять между сравниваемыми группами.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение продления G2 с контролем, при котором число делений за период последующего наблюдения уравнивали бы между группами.

После снятия задержки G2 необходимо проверить возобновление клеточного цикла.

Условия опыта отличаются. Авторы прослеживали самостоятельное возобновление цикла после облучения, принудительное преодоление контрольной точки и последующую пролиферацию. Эти наблюдения отличаются от проверки возобновления цикла после снятия специально введённого небольшого продления G2.

Persistent repair intermediates induce senescence (Results: Spontaneous recovery awaits successful repair; ATR signalling is the main driver of cell cycle exit in G2 phase; Figures 1-2 and Supplementary Figure 2k,l.)

Ожидаемое улучшение репарации заключается в увеличении доли точных продуктов с метками шаблона среди исходно разрезанных аллелей.

Условия опыта отличаются. Встраивание последовательностей донорного шаблона оценивали по флуоресценции, расщеплению HindIII и белковым меткам. Отношение результатов расщепления HindIII и T7E1 характеризует встраивание относительно выявленных событий редактирования, тогда как требуемый исход предполагает независимое определение исходно разрезанных аллелей и доли точных продуктов среди них.

Modulation of cell cycle increases CRISPR-mediated homology-directed DNA repair (Results: Production of KI cells and embryos by cell cycle synchronization; Figure 3; Materials and methods: Screening of ssODN-mediated KI cells.)

Ожидаемое улучшение должно сопровождаться нормальной сегрегацией при следующем митозе.

В статье не проверено. В представленных исследованиях нормальное расхождение хромосом при следующем митозе не установлено как сопутствующий результат улучшения репарации после предлагаемого продления G2. Регистрация входа в митоз, репарации в метафазе и развития эмбрионов характеризует другие исходы.

Если снижение повреждений обусловлено исключительно отсутствием митозов, вмешательство не достигает цели.

В статье не проверено. Среди представленных опытов отсутствует проверка указанного критерия неэффективности, которая при одинаковом числе последующих делений отделяла бы улучшение репарации от снижения повреждений исключительно вследствие отсутствия митозов.

Если при одинаковой загрузке RAD51 точная репарация не усиливается, вмешательство не достигает цели.

В статье не проверено. Авторы измеряли экспрессию RAD51 и по её снижению предположили возможную независимость эффекта от RAD51. Сравнение точной репарации при продлении G2 и в контроле с одинаковой загрузкой RAD51 отсутствует, поэтому указанный критерий неэффективности остаётся непроверенным.

Modulation of cell cycle increases CRISPR-mediated homology-directed DNA repair (Results: Cell cycle synchronization promotes activation of HDR factors; Figures 4E and 5.)

В эксперименте исследуют механизм старения почечных канальцев на чипах проксимального канальца молодых взрослых и пожилых доноров.

Условия опыта отличаются. Опыты выполнены на клеточных линиях HEK-293/HEK-293T и мышиных фибробластах, что отличается от исследования чипов проксимального канальца молодых взрослых и пожилых доноров.

p97-dependent retrotranslocation and proteolytic processing govern formation of active Nrf1 upon proteasome inhibition (Materials and methods: Cell culture; Figures 1-4.)

Фактор NFE2L1 запускает компенсаторное образование протеасом после их ингибирования.

Совпадает с исследованием. В фибробластах с дефицитом NFE2L1 белок дикого типа восстанавливает индукцию генов субъединиц протеасом после воздействия MG132, тогда как вариант с нарушенным расщеплением обладает сниженной активностью, что подтверждает механизм компенсаторного образования протеасом.

p97-dependent retrotranslocation and proteolytic processing govern formation of active Nrf1 upon proteasome inhibition (Results: Transcriptionally active Nrf1 p110 is derived from p120 by proteolytic processing; Figure 2A-B.)

Предполагается, что скорость восстановления активности протеасом между эпизодами перегрузки определяет функциональный резерв старого почечного эпителия.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка того, определяет ли скорость восстановления протеасом между эпизодами перегрузки функциональный резерв старого почечного эпителия.

В чипах проксимального канальца проводят два обратимых импульса частичного ингибирования протеасом, которые создают две протеотоксические нагрузки.

Условия опыта отличаются. Клетки подвергали одному часовому воздействию бортезомиба или карфилзомиба с последующим удалением препарата, что отличается от двух обратимых импульсов частичного ингибирования в чипах проксимального канальца; карфилзомиб является необратимым ингибитором.

Early recovery of proteasome activity in cells pulse-treated with proteasome inhibitors is independent of DDI2 (Results; Figure 1B-C; Materials and methods: Cell culture; Discussion.)

Экспериментальное вмешательство состоит в кратковременном включении активной формы NFE2L1 в интервале между двумя протеотоксическими импульсами.

В статье не проверено. В представленных опытах отсутствует кратковременное включение активной формы NFE2L1 именно в интервале между двумя протеотоксическими импульсами.

Предполагается, что кратковременное включение активной формы NFE2L1 между импульсами даст старому канальцу преимущество только при восстановлении деградации белкового субстрата к началу второй нагрузки.

В статье не проверено. Представленные исследования оставляют непроверенным условие, согласно которому защита старого канальца зависит от восстановления деградации белкового субстрата к началу второй нагрузки.

Активацию NFE2L1 между нагрузками сравнивают с активацией только после второй нагрузки, неактивным вариантом и отсутствием вмешательства.

Условия опыта отличаются. При воздействии MG132 сравнивали NFE2L1 дикого типа, вариант с нарушенным расщеплением и векторный контроль. Сравнение активации между импульсами с активацией только после второй нагрузки в этой схеме отсутствует.

p97-dependent retrotranslocation and proteolytic processing govern formation of active Nrf1 upon proteasome inhibition (Figure 2A-B.)

Длительность интервала между двумя нагрузками варьируют.

Условия опыта отличаются. Восстановление оценивали в разные сроки после одного импульса, тогда как предложенный опыт предусматривает варьирование интервала между двумя нагрузками.

Early recovery of proteasome activity in cells pulse-treated with proteasome inhibitors is independent of DDI2 (Figures 2A-B and 3A; Discussion.)

При сравнении времени восстановления протеасом и функционального выигрыша от NFE2L1 между возрастными группами первую нагрузку поддерживают одинаковой.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует сравнение времени восстановления протеасом и функционального эффекта NFE2L1 между возрастными группами доноров при одинаковой первой нагрузке.

При сравнении возрастных групп контролируют площадь живого эпителия.

В статье не проверено. Контроль площади живого эпителия при сравнении возрастных групп доноров в представленных работах отсутствует. Нормирование активности по жизнеспособности клеток в исследовании импульсного воздействия относится к другому контрольному измерению.

Активность протеасом измеряют на белковом репортёре и независимо на нативных комплексах.

Условия опыта отличаются. Активность определяли по расщеплению коротких пептидных субстратов методом Proteasome-Glo или с использованием Suc-LLVY-AMC. Эти измерения отличаются от сочетания белкового репортёра деградации с независимой оценкой нативных комплексов.

Early recovery of proteasome activity in cells pulse-treated with proteasome inhibitors is independent of DDI2 (Materials and methods: Proteasome activity assays; Figures 1-3.)

Первичным исходом служит восстановление рецептор-зависимого захвата альбумина на единицу исходной поверхности через 48 часов после второй нагрузки.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует оценка восстановления рецептор-зависимого захвата альбумина на единицу исходной поверхности через 48 часов после второй нагрузки.

Защита транспорта при подтверждённом отсутствии восстановления протеасом будет опровергать предложенный механизм.

В статье не проверено. В представленных опытах отсутствует проверка сохранения транспорта почечного эпителия при подтверждённом отсутствии восстановления протеасом, которая служит критерием опровержения предложенного механизма.

В эксперименте используют гепатоциты старых и молодых мышей.

Условия опыта отличаются. Сочетанное снижение PEX16 и NBR1 исследовали в клетках пигментного эпителия сетчатки человека, а дополнительные опыты проводили на эмбриональных фибробластах мыши. Гепатоциты старых и молодых мышей в этих опытах отсутствуют.

Knockdown of PEX16 Induces Autophagic Degradation of Peroxisomes (Materials and Methods 4.2; Results 2.1-2.3)

Предполагается, что в старых гепатоцитах усиленное удаление окисленных пероксисом через рецептор пероксисом NBR1 восстановит укорочение очень длинноцепочечных жирных кислот только при сохранённом образовании новых функциональных пероксисом.

В статье не проверено. В клетках HeLa со сниженным содержанием пероксина 1 (PEX1) показана связь окислительного стресса, привлечения NBR1 и пексофагии. Восстановление укорочения жирных кислот в старых гепатоцитах и его зависимость от образования функциональных пероксисом остаются непроверенными.

Regulation of pexophagy by a novel TBK1-MARCHF7-PXMP4-NBR1 axis in PEX1-depleted HeLa cells (Results, Figures 5-6; Discussion)

Предполагается, что одного снижения окислительного сигнала недостаточно для восстановления укорочения жирных кислот.

В статье не проверено. Действие N-ацетилцистеина и каталазы, направленной к пероксисомам, оценивали по окислительному сигналу, аутофагии и количеству органелл. Достаточность одного снижения окислительного сигнала для восстановления укорочения жирных кислот в этих опытах остаётся непроверенной.

PEX13 prevents pexophagy by regulating ubiquitinated PEX5 and peroxisomal ROS (Results, Figures 6-7)

Число пероксисом, которые должны появиться взамен удалённых для восстановления метаболизма, остаётся неопределённым.

В статье не проверено. В гипотезе численный порог восполнения оставлен неопределённым, а представленные исследования не устанавливают, сколько новых пероксисом должно заменить удалённые органеллы для восстановления метаболизма в предложенной модели.

С помощью фотометки различают старые и вновь появляющиеся пероксисомы.

В статье не проверено. В представленных первичных исследованиях отсутствует разделение существующих и вновь появляющихся пероксисом с помощью фотометки. Использованные флуоресцентные маркеры импорта и чувствительные к кислотности индикаторы пексофагии характеризуют другие свойства органелл.

Изменяют NBR1 в сочетании с частичным ограничением биогенеза пероксисом через индуцируемое снижение PEX16.

Условия опыта отличаются. Совместное снижение NBR1 и PEX16 с помощью малых интерферирующих РНК уже выполнено, однако оно отличается от индуцируемого частичного ограничения восполнения пероксисом при усилении пексофагии. В этом опыте снижение NBR1 не восстанавливало количество пероксисом.

Knockdown of PEX16 Induces Autophagic Degradation of Peroxisomes (Results 2.3, Figure 3A-B; Materials and Methods 4.3)

Проверяют импорт ферментов в оставшиеся пероксисомы, причём изменение импорта в старые пероксисомы делает опыт неоднозначным.

В статье не проверено. После снижения PEX16 локализация каталазы сохранялась, что представляет собой близкий частичный контроль. Проверка импорта ферментов именно в старые пероксисомы с фотометкой при сочетанном воздействии и заданный критерий неоднозначности в статье отсутствуют.

PEX13 prevents pexophagy by regulating ubiquitinated PEX5 and peroxisomal ROS (Results, “Peroxisomal localized CAT prevents PEX1 and PEX13 depletion induced ROS”; Figure S5C-D)

После стресса укорочение жирных кислот оценивают по превращению меченой C26:0 в укороченные продукты.

Условия опыта отличаются. Бета-окисление радиоактивно меченой C26:0 измеряли в фибробластах с мутацией PEX1 после воздействия соединений. Это близкий функциональный метод, однако предложенная оценка укороченных продуктов после стресса в гепатоцитах при изменении NBR1 и PEX16 отсутствует.

Autophagy Inhibitors Do Not Restore Peroxisomal Functions in Cells With the Most Common Peroxisome Biogenesis Defect (Results, Figures 3A and 4G; Materials and Methods, “Biochemical Assays”)

При измерении превращения меченой C26:0 контролируют число живых клеток.

В статье не проверено. Авторы оценивали жизнеспособность и концентрацию клеток, а для анализа липидов использовали фиксированное количество белка. Эти процедуры не подтверждают контроль числа живых клеток при измерении превращения меченой C26:0.

The peroxisomal AAA ATPase complex prevents pexophagy and development of peroxisome biogenesis disorders (Results, Figure 6A; Materials and Methods, “MTT assay” and “LC-MS/MS analysis”)

В решающем сравнении проверяют, различается ли улучшение укорочения жирных кислот при усилении пексофагии в условиях достаточного и ограниченного восполнения пероксисом; одинаковое улучшение в этих условиях опровергнет заявленную зависимость от восполнения.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение улучшения укорочения жирных кислот при усиленной пексофагии в условиях достаточного и ограниченного восполнения пероксисом, в котором одинаковое улучшение служило бы критерием опровержения.

Предполагается, что доставка холинергического сигнала к ацинусам улучшает восстановление только при сохранённой полярности новых клеток.

В статье не проверено. Денервация, отслеживание клеточных линий и мускариновая стимуляция подтверждают холинергическую регуляцию пополнения ацинусов, однако сохранение полярности новых клеток как необходимое условие этого процесса в работе не проверяли.

Salivary glands regenerate after radiation injury through SOX2-mediated secretory cell replacement (Results, Figures 3-6)

Восстановленные ацинусы из старой ткани могут выделять секрет в межклеточное пространство при нормальном ответе на агонист, поскольку их ориентация и полярность определяют, поступает ли секрет в просвет протока или в межклеточное пространство.

Условия опыта отличаются. В железах генетически модифицированных мышей нарушение полярности сопровождалось снижением секреции при сохранённом высвобождении внутриклеточного кальция и нарушенном поступлении кальция извне. Восстановленные ацинусы старой ткани и выделение секрета в межклеточное пространство не исследовали.

Specific 3-O-sulfated heparan sulfate domains regulate salivary gland basement membrane metabolism and epithelial differentiation (Results, Figure 4c-g; Discussion)

Альтернативное объяснение связывает низкий выход секрета исключительно со снижением его синтеза.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует прямое сравнение перенаправления секреции с объяснением, которое связывает снижение выхода исключительно с уменьшением синтеза, в предложенной экспериментальной модели.

В качестве научного основания описано пополнение ацинарной линии SOX2-положительными клетками в подъязычной железе мыши после облучения; этот процесс зависел от нервного сигнала, который можно было воспроизвести мускариновым агонистом.

Совпадает с исследованием. Отслеживание клеточных линий в подъязычных железах мышей показало пополнение ацинусов SOX2-положительными клетками после облучения, а денервация и опыты с мускариновым агонистом и антагонистом подтвердили нервную и мускариновую регуляцию.

Salivary glands regenerate after radiation injury through SOX2-mediated secretory cell replacement (Results, Figures 3, 5 and 6; Materials and Methods, Organ culture experiments)

В качестве научного основания описано, что длительная локальная доставка цевимелина в геле в облучённые слюнные железы взрослых мышей поддерживала регенерацию ацинусов и восстановление секреции по сравнению с контрольным повреждением.

Совпадает с исследованием. Локальная доставка цевимелина в альгинатном геле поддерживала пополнение ацинусов и восстановление секреции у взрослых облучённых мышей. Однократное введение обеспечивало временное улучшение функции, тогда как длительное сохранение эффекта требовало последующих еженедельных инъекций цевимелина.

Long-term functional regeneration of radiation-damaged salivary glands through delivery of a neurogenic hydrogel (Results, Figures 2-4; Materials and Methods, Periglandular application)

В качестве научного основания также описано улучшение восстановления облучённых подчелюстных желёз мышей при использовании геля с пептидами ламинина по сравнению с контролем.

Совпадает с исследованием. Фибриновые гидрогели с пептидами ламинина-1 A99 и YIGSR улучшали организацию эпителия, полярность и стимулированное слюноотделение в облучённых подчелюстных железах мышей по сравнению с облучённой контрольной группой.

Laminin-1 Peptides Conjugated to Fibrin Hydrogels Promote Salivary Gland Regeneration in Irradiated Mouse Submandibular Glands (Materials and Methods, Transdermal Injection; Results, Figures 2, 3 and 5)

В решающем опыте необходимо использовать поляризованные ацинусы, построенные из клеток пожилых доноров в чипах, связанных с протоком.

Условия опыта отличаются. Стволовые клетки и клетки-предшественники околоушных желёз доноров в возрасте 22, 57 и 63 лет формировали микроструктуры в гиалуронатных гидрогелях. Предложенные поляризованные ацинусы пожилых доноров в чипах, соединённых с протоком, в этой работе отсутствуют.

Dynamic Assembly of Human Salivary Stem/Progenitor Microstructures Requires Coordinated α1β1 Integrin-Mediated Motility (Materials and Methods, Tissue Culture and Encapsulation and Hydrogel Culture)

После повреждения необходимо сравнить восстановление базальной ориентации на ламинине и на контрольном покрытии при равной дозе агониста.

Условия опыта отличаются. В работе сравнивали введение фибринового гидрогеля с пептидами ламинина и облучённые железы без такого лечения, стимулируя секрецию пилокарпином и изопротеренолом. Сравнение ламининового и контрольного покрытий для восстановления базальной ориентации в чипах отсутствует.

Laminin-1 Peptides Conjugated to Fibrin Hydrogels Promote Salivary Gland Regeneration in Irradiated Mouse Submandibular Glands (Materials and Methods, Animals and Saliva Flow Rate Measurements; Figures 3 and 5)

Молодые доноры должны служить референсной группой в опыте.

Условия опыта отличаются. Молодых контрольных мышей сравнивали с естественно состарившимися мышами и животными, получавшими D-галактозу. Группа молодых доноров человека для предложенного опыта на чипах в работе отсутствует.

Cellular Senescence Contributes to the Dysfunction of Tight Junctions in Submandibular Glands of Aging Mice (Materials and Methods, 2.1 Animals; Results, Figure 1)

Апикальный и наружный выход секрета необходимо измерять независимо.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует независимое измерение апикального и наружного выхода секрета в предложенной модели ацинусов.

В опыте необходимо подтвердить кальциевый ответ, уровень общего секрета и герметичность.

В статье не проверено. В работе оценивали кальциевые ответы, общее слюноотделение и белки слюны, однако совместная проверка кальциевого ответа, общей секреции и герметичности чипа отсутствует.

Specific 3-O-sulfated heparan sulfate domains regulate salivary gland basement membrane metabolism and epithelial differentiation (Results, Figure 4; Methods, Saliva collection and calcium measurements)

Первичным исходом должна быть доля стимулированного секрета, достигшего просвета протока при тесте на десятый день.

Условия опыта отличаются. Измеренным исходом была скорость общего слюноотделения на 8-й и 30-й дни, тогда как предложенный первичный исход представляет собой долю стимулированного секрета в просвете протока на десятый день.

Laminin-1 Peptides Conjugated to Fibrin Hydrogels Promote Salivary Gland Regeneration in Irradiated Mouse Submandibular Glands (Results, Figure 5; Materials and Methods, Saliva Flow Rate Measurements)

Независимой экспериментальной единицей должен быть донор эпителия.

Условия опыта отличаются. В исследовании человеческих микроструктур объём выборки определяли числом событий, объединяя данные трёх доноров. Донор эпителия как независимая единица предложенного анализа в этой работе не использовался.

Dynamic Assembly of Human Salivary Stem/Progenitor Microstructures Requires Coordinated α1β1 Integrin-Mediated Motility (Materials and Methods, Statistical Analysis)

Предсказывается, что коррекция ориентации повысит долю секрета, поступающего в просвет протока, при сходной общей секреции.

В статье не проверено. Сохранение полярности и улучшение слюноотделения описаны в одной работе, однако повышение доли секрета в просвете при сходной общей секреции в ней не показано.

Laminin-1 Peptides Conjugated to Fibrin Hydrogels Promote Salivary Gland Regeneration in Irradiated Mouse Submandibular Glands (Results, Figures 3 and 5)

Гипотеза перенаправления секреции не подтверждается, если увеличивается только общий синтез или если герметизация чипа устраняет различия.

В статье не проверено. В представленных опытах отсутствуют заданные проверки, при которых гипотеза отвергается вследствие увеличения только синтеза либо устранения различий герметизацией чипа.

Модель позволяет делать выводы о направлении секреции.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка предложенной модели, которая позволяла бы делать выводы о направлении стимулированной секреции слюнных желёз.

Базальная утечка через повреждённый чип должна оставаться ниже предела пилотного теста.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует установленный пилотным тестом предел базальной утечки через повреждённый чип.

Положительный результат даст основание оценивать полярность новых ацинусов перед дальнейшей стимуляцией; при опровержении гипотезы этот способ не переходит к следующей стадии.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует заданное правило перехода к дальнейшей стимуляции после оценки полярности либо прекращения продвижения подхода при опровержении гипотезы.

Распределение условий необходимо рандомизировать, а коды групп скрыть при измерении.

Совпадает с исследованием. Мышей дикого типа распределяли случайным образом, а уникальные идентификаторы обеспечивали слепой анализ. Это соответствует заданной методической мере в опытах на животных; предложенное исследование на чипах в работе отсутствует.

Salivary glands regenerate after radiation injury through SOX2-mediated secretory cell replacement (Materials and Methods, Animal experiments)

До основного опыта на независимом пилоте необходимо определить воспроизводимость, рабочий срок и минимальный различимый и биологически значимый эффект.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует независимое пилотное исследование, которое совместно определяло бы воспроизводимость, рабочий срок и минимальный различимый и биологически значимый эффект для предложенного опыта.

Контраст и его доверительный интервал необходимо оценивать на уровне независимых экспериментальных единиц.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствуют оценка контраста и доверительный интервал на уровне доноров для предложенного исхода, характеризующего долю секрета в просвете.

Опыт не позволяет различить объяснения, если воздействие не разделило группы или доверительный интервал допускает существенные эффекты обоих знаков.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует заданное правило признания опыта неопределённым при недостаточном разделении групп воздействием либо при доверительном интервале, допускающем существенные эффекты обоих знаков.

Предполагается, что химия абазического остатка определяет потребность в длиннозаплаточном ремонте митохондриальной ДНК (мтДНК).

В статье не проверено. В обсуждении абазические участки, возникающие при окислении дезоксирибозы в положении 1′, названы повреждениями, требующими замены протяжённого участка, однако экспериментального сравнения химически различных абазических остатков в этой работе нет.

Maintenance of Flap Endonucleases for Long-Patch Base Excision DNA Repair in Mouse Muscle and Neuronal Cells Differentiated In Vitro (Introduction; Discussion, final paragraph.)

При старении клеток ограниченный митохондриальный резерв FEN1-зависимого ремонта может избирательно затруднять устранение окисленного остатка, оставляющего трудноудаляемый 5′-конец, при сохранении нормальной обработки простого субстрата; это ограничение должно зависеть от типа повреждения.

Условия опыта отличаются. Исследовали дифференцировку нейрональных и мышечных клеток мыши, тогда как гипотеза относится к клеточному старению. В митохондриях нейрональных клеток содержание FEN1 сохранялось, а продукты расщепления указывали на участие экзонуклеазы поддержания митохондриального генома 1 (MGME1); избирательное ограничение удаления окисленного остатка не проверяли.

Maintenance of Flap Endonucleases for Long-Patch Base Excision DNA Repair in Mouse Muscle and Neuronal Cells Differentiated In Vitro (Results 2.1-2.2; Discussion; Figures 2, 4 and 5.)

Простой и устойчивый 5′-остатки следует исследовать в парных митохондриальных экстрактах.

Условия опыта отличаются. Митохондриальные экстракты пролиферирующих и дифференцированных нейрональных клеток сравнивали на субстрате с одноцепочечным выступом, тогда как предложенный опыт предусматривает парное сравнение простого и устойчивого 5′-остатков.

Maintenance of Flap Endonucleases for Long-Patch Base Excision DNA Repair in Mouse Muscle and Neuronal Cells Differentiated In Vitro (Materials and Methods 4.7-4.8; Figure 4.)

Длину заменённого участка ДНК следует различать с помощью меток.

Условия опыта отличаются. Включение радиоактивно меченного нуклеотида позволяет выявлять синтезированные промежуточные продукты и лигированные кольцевые молекулы, однако длину участка, заменённого при репарации двух указанных остатков, этим опытом не определяли.

Mitochondrial exonuclease EXOG supports DNA integrity by the removal of single-stranded DNA flaps (Materials and methods, Ligation assay—circular substrates; Figure 5.)

Для каждого субстрата следует сравнить исходную активность ремонта с активностью при добавлении FEN1 и с неактивным контролем.

В статье не проверено. Очищенную FEN1 использовали как отдельный контроль расщепления, однако сравнение исходной активности митохондриальных экстрактов с добавлением FEN1 и неактивным контролем для каждого остатка в работе отсутствует.

Maintenance of Flap Endonucleases for Long-Patch Base Excision DNA Repair in Mouse Muscle and Neuronal Cells Differentiated In Vitro (Materials and Methods 4.8; Figures 3 and 4.)

Следует проверить чистоту препаратов органелл.

Совпадает с исследованием. Митохондриальные препараты очищали в градиенте и обрабатывали протеиназой K, а при иммуноблоттинге использовали митохондриальный комплекс I и ядерный маркер для оценки полученных фракций.

Maintenance of Flap Endonucleases for Long-Patch Base Excision DNA Repair in Mouse Muscle and Neuronal Cells Differentiated In Vitro (Materials and Methods 4.4; Figure 2 and its caption.)

Основным исходом должна быть доля лигированных молекул, сохранивших исходную последовательность, измеренная отдельно для каждого остатка.

Условия опыта отличаются. В работе оценивали лигирование субстратов с короткими или длинными одноцепочечными выступами и выявляли замкнутые кольцевые продукты, однако долю молекул с сохранённой исходной последовательностью отдельно для простого и устойчивого абазических остатков не определяли.

Mitochondrial exonuclease EXOG supports DNA integrity by the removal of single-stranded DNA flaps (Results, DNA flaps removal by EXOG provides substrates for ligation; Figure 5; Supplementary Figure S12 as described in the main text.)

Предполагается, что добавление FEN1 увеличит выход конечной молекулы преимущественно для устойчивого субстрата.

Условия опыта отличаются. В системе очищенных белков показано, что митохондриальная экзо-/эндонуклеаза G (EXOG) способствует образованию лигированных продуктов из субстратов с одноцепочечными выступами. Фермент, сравниваемые субстраты и экспериментальная система отличаются от проверки преимущественного действия FEN1 на устойчивый остаток в митохондриальных экстрактах.

Mitochondrial exonuclease EXOG supports DNA integrity by the removal of single-stranded DNA flaps (Results, DNA flaps removal by EXOG provides substrates for ligation; Figure 5.)

Изменение промежуточных продуктов под действием FEN1 при сохранении прежнего выхода конечной молекулы должно служить критерием опровержения предполагаемого специфического ограничения.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка того, опровергает ли изменение промежуточных продуктов под действием FEN1 при прежнем выходе конечного продукта предполагаемое ограничение, зависящее от типа повреждения.

Одинаковая реакция простого и устойчивого субстратов на FEN1 должна служить критерием опровержения предполагаемого специфического ограничения.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение реакции простого и устойчивого остатков на FEN1, при котором одинаковую реакцию рассматривают как опровержение предполагаемого специфического ограничения.

Гипотеза касается старения кишечных стволовых клеток, и её предполагается проверить в органоидах молодых и пожилых доноров.

Условия опыта отличаются. В работе исследованы кишечные стволовые клетки мышей разного возраста и органоиды мышей с условным удалением Setd2 и контрольных животных. Предложенное сравнение органоидов молодых и пожилых доноров в этой работе отсутствует.

Histone 3 lysine 36 trimethylation by SETD2 shapes an epigenetic landscape in intestinal stem cells to orchestrate lipid metabolism and attenuate cell senescence (Results, Figures 1-2; Materials and methods, In vivo tamoxifen treatment and organoid culture.)

Метка H3K36me3 обеспечивает привлечение MSH6, а снижение её уровня при старении может ослаблять привлечение MSH6 и повышать число ошибок копирования в определённых участках генома.

В статье не проверено. В кишечных стволовых клетках мышей показано снижение H3K36me3 с возрастом, однако причинная связь этого снижения с ослаблением привлечения MSH6 и накоплением ошибок копирования в определённых участках генома остаётся непроверенной.

Histone 3 lysine 36 trimethylation by SETD2 shapes an epigenetic landscape in intestinal stem cells to orchestrate lipid metabolism and attenuate cell senescence (Results, The levels of H3K36me3 are reduced in the intestinal stem cells of aged mice; Figure 1.)

Предполагается, что восстановление H3K36me3 способствует исправлению ошибок копирования и снижает число новых ошибок только при сохранной области связывания MSH6 с меткой.

Условия опыта отличаются. Активная SETD2 восстанавливает H3K36me3 и частично восстанавливает гомологичную рекомбинацию в клетках U2OS. Исследован ремонт двуцепочечных разрывов с участием LEDGF, CtIP, RPA и RAD51; зависимость исправления ошибок копирования от связывания MSH6 с меткой остаётся непроверенной.

SETD2-Dependent Histone H3K36 Trimethylation Is Required for Homologous Recombination Repair and Genome Stability (Results, H3K36me3 Is Required for Homologous Recombination Repair; Figures 4-5.)

Восстановление SETD2 необходимо сравнить с каталитическим контролем как на фоне обычного MSH6, так и на фоне варианта MSH6, неспособного связываться с H3K36me3.

В статье не проверено. После подавления эндогенной SETD2 сравниваются обычная и каталитически неактивная формы белка. Такой каталитический контроль представлен, однако его сочетание с обычным MSH6 и вариантом, утратившим связывание с H3K36me3, отсутствует.

SETD2-Dependent Histone H3K36 Trimethylation Is Required for Homologous Recombination Repair and Genome Stability (Results, H3K36me3 Is Required for Homologous Recombination Repair; Figure 4A-D and Figure S4A-C.)

При сравнении экспериментальных групп необходимо обеспечить сопоставимость экспрессии, делений клеток, исходного уровня H3K36me3 и копийности.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка сопоставимости экспрессии, числа делений клеток, исходного уровня H3K36me3 и копийности между предложенными группами с сочетаниями вариантов SETD2 и MSH6.

Основной исход представляет собой число ошибок копирования на деление в участках генома с восстановленной H3K36me3, измеренное с помощью клонального и дуплексного секвенирования.

Условия опыта отличаются. В работе измерена частота мутаций после индуцированного разрыва в HPRT и секвенирован участок соединения концов в отдельных клонах. Измерение ошибок копирования на деление клональным и дуплексным секвенированием в участках с восстановленной H3K36me3 отсутствует.

SETD2-Dependent Histone H3K36 Trimethylation Is Required for Homologous Recombination Repair and Genome Stability (Results, SETD2 Suppresses Break-Induced Mutations; Figure 1; Experimental Procedures, I-SceI-Inducible HPRT Mutation Assay.)

Связывание MSH6 с участками генома необходимо измерить независимо.

В статье не проверено. Независимое измерение связывания MSH6 с участками генома в представленных работах отсутствует. Измерения связывания других белков репарации в исследовании гомологичной рекомбинации относятся к другому требованию.

Ожидается, что число ошибок на деление в участках с восстановленной H3K36me3 снизится только при сохранной способности MSH6 связываться с меткой.

В статье не проверено. В представленных экспериментах отсутствует проверка того, зависит ли снижение числа ошибок копирования на деление в участках с восстановленной H3K36me3 от сохранной способности MSH6 связываться с меткой.

Снижение числа ошибок на фоне варианта MSH6, неспособного связываться с меткой, опровергает предложенный механизм.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует предложенная проверка опровержения механизма по снижению числа ошибок после восстановления метки на фоне варианта MSH6, утратившего способность связываться с ней.

Снижение числа ошибок, которое не соответствует карте восстановления H3K36me3 в геноме, опровергает предложенный механизм.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сопоставление распределения снижения числа ошибок с картой восстановления H3K36me3, которое позволило бы отвергнуть предложенный механизм при расхождении этих карт.

Согласно гипотезе, возрастной риск зависит от повторяемости окисления наряду со средней длиной теломер.

В статье не проверено. В работе исследовали хроническое окислительное повреждение теломер и его влияние на старение фибробластов, однако вклад повторяемости окисления в возрастной риск независимо от средней длины теломер остался за пределами эксперимента.

OGG1 and MUTYH repair activities promote telomeric 8-oxoguanine induced senescence in human fibroblasts (Introduction; Results, Fig. 6; Discussion)

При одинаковой длине теломер и одинаковом первичном числе повреждений повторное окисление до завершения предыдущего репарационного процесса может приводить к перекрытию процессов репарации и непропорционально повышать теломерную хрупкость.

В статье не проверено. Эксперименты подтверждают вклад промежуточных продуктов репарации в теломерную хрупкость и клеточное старение. Непропорциональное усиление хрупкости после второго импульса до завершения репарации при одинаковой длине теломер и одинаковом первичном числе повреждений в этой работе не установлено.

OGG1 and MUTYH repair activities promote telomeric 8-oxoguanine induced senescence in human fibroblasts (Results, Figs. 3, 4 and 6; Discussion)

Перекрытие процессов репарации могло бы объяснить различия в ответах доноров на одинаковую суммарную нагрузку повреждениями.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка того, объясняет ли перекрытие процессов репарации различия в ответах доноров на одинаковую суммарную нагрузку повреждениями.

В эксперименте необходимо использовать парные фибробласты молодых и старших доноров.

Условия опыта отличаются. В работе использовали фибробласты BJ, экспрессирующие теломеразу, и их производные с дефицитом OGG1, MUTYH или обоих ферментов. Такая модель отличается от парных культур фибробластов молодых и старших доноров.

OGG1 and MUTYH repair activities promote telomeric 8-oxoguanine induced senescence in human fibroblasts (Methods, Cell culture and cell lines generation)

Необходимо локально внести два импульса 8-оксогуанина (8-oxoG).

Условия опыта отличаются. Локальное образование 8-oxoG в теломерах вызывали экспериментально, однако применяли однократное воздействие либо 18 воздействий за 24 дня, что отличается от предложенного вмешательства с двумя импульсами.

OGG1 and MUTYH repair activities promote telomeric 8-oxoguanine induced senescence in human fibroblasts (Results, Figs. 1 and 6A; Methods, Cell treatments)

В эксперименте необходимо сравнить короткий и длинный интервалы между двумя импульсами.

В статье не проверено. Сравнение короткого и длинного интервалов между двумя импульсами локального окисления отсутствует в представленных исследованиях.

Время до репликации необходимо выровнять между условиями с разными интервалами.

В статье не проверено. Авторы сравнивали пролиферирующие и покоящиеся клетки, в том числе после восстановления перед возвращением в условия роста. Эти опыты устанавливают зависимость эффекта от репликации, однако выравнивание времени до репликации между двумя вариантами межимпульсного интервала в них отсутствует.

Telomeric 8-oxo-guanine drives rapid premature senescence in the absence of telomere shortening (Results, Fig. 6d-g; Extended Data Fig. 10)

Необходимо независимо измерить вновь внесённые повреждения и остаточные промежуточные продукты репарации.

В статье не проверено. Флуоресцентная гибридизация in situ с обработкой экзонуклеазой выявляла одноцепочечные разрывы, а дополнительная обработка гликозилазой позволяла оценить повреждённые основания вместе с разрывами после хронического воздействия. Эти измерения не разделяли вновь внесённые вторым импульсом повреждения и промежуточные продукты, оставшиеся после первого.

OGG1 and MUTYH repair activities promote telomeric 8-oxoguanine induced senescence in human fibroblasts (Results, Fig. 4A-C and Fig. 6E-G; Methods, Exo-FISH)

Одним из основных исходов должно быть число хрупких теломер на метафазу.

Совпадает с исследованием. После однократного и хронического окислительного повреждения теломер авторы непосредственно подсчитывали число хрупких теломер на метафазу. Для выхода повреждённых клеток в митоз в этих опытах временно снижали содержание p53.

OGG1 and MUTYH repair activities promote telomeric 8-oxoguanine induced senescence in human fibroblasts (Results, Fig. 3B and Fig. 6I; Methods, Telomere FISH on metaphase spreads)

Другим основным исходом должна быть доля исходных клеток со стойкой остановкой после восстановления.

Условия опыта отличаются. Число клеток, частота маркеров старения, распределение по фазам клеточного цикла и образование колоний характеризовали подавление роста и клеточное старение. Эти показатели отличаются от заданной доли исходных фибробластов, у которых после восстановления сохраняется стойкая остановка пролиферации.

Telomeric 8-oxo-guanine drives rapid premature senescence in the absence of telomere shortening (Results, Fig. 1c-j and Fig. 6g; Methods, Growth analyses, Senescence-associated β-gal assay and Colony formation assay)

Анализ исходов необходимо проводить с поправкой на длину теломер.

В статье не проверено. Авторы измеряли общую длину теломер и распределение наиболее коротких теломер, чтобы проверить их укорочение после окисления. Анализ исходов с поправкой на длину теломер при сравнении доноров и межимпульсных интервалов в работе отсутствует.

Telomeric 8-oxo-guanine drives rapid premature senescence in the absence of telomere shortening (Results, Extended Data Fig. 8a-b; Methods, Telomere restriction fragment analysis and Telomere shortest length assay)

Гипотеза о перекрытии процессов репарации не получает поддержки, если исход полностью определяется суммарной нагрузкой повреждениями либо длиной теломер и интервал не оказывает эффекта.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка того, полностью ли суммарная нагрузка повреждениями либо длина теломер объясняет оба исхода при отсутствии самостоятельного эффекта интервала. Поэтому предложенный критерий опровержения в этих работах не применён.

Гипотеза касается остаточной прочности эпителия после закрытия разрыва в стареющей ткани или у пожилых людей с риском повторного повреждения.

В статье не проверено. В клиническом исследовании участвовали преимущественно пожилые жители учреждений с разрывами кожи, однако остаточную прочность эпителия после закрытия раны и восприимчивость к повторному повреждению не оценивали.

A pragmatic randomised controlled clinical study to evaluate the use of silicone dressings for the treatment of skin tears. (Sections 1.2, 1.8 and 2)

Старение может удлинять интервал между закрытием поверхностного дефекта кожи и восстановлением механической прочности.

В статье не проверено. В представленной литературе отсутствует подтверждённое сравнение возрастных групп по длительности интервала между закрытием поверхностного дефекта и восстановлением механической прочности.

Проницаемость кожи может нормализоваться раньше, чем восстановится прочность сцепления её слоёв, вследствие чего возникает период уязвимости к повторному механическому повреждению.

В статье не проверено. Представленные экспериментальные результаты не устанавливают, что нормализация проницаемости предшествует восстановлению сцепления слоёв кожи и что такая последовательность связана с повторным механическим повреждением.

При одинаковой нормализации барьерного теста кожа пожилых доноров должна позже кожи молодых доноров достигать индивидуального порога остаточной прочности, безопасного для повторной нагрузки.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение кожи молодых и пожилых доноров при одинаковой нормализации барьерной функции с определением срока достижения индивидуального порога прочности, безопасного для повторной нагрузки.

Продление защиты повреждённого участка до восстановления механической прочности должно снижать риск повторного разрыва.

Условия опыта отличаются. В испытании сравнивали силиконовые и обычные повязки в процессе заживления. Продолжительность защиты по результатам измерения прочности и профилактику повторных разрывов в этом исследовании не оценивали.

A pragmatic randomised controlled clinical study to evaluate the use of silicone dressings for the treatment of skin tears. (Sections 1.3, 1.5, 1.9 and 2)

В эксперименте используют парные экспланты кожи молодых и пожилых доноров.

Условия опыта отличаются. В исследовании лечили имеющиеся раны у жителей учреждений длительного ухода; эксперимент с парными эксплантами кожи молодых и пожилых доноров в его методы не входил.

A pragmatic randomised controlled clinical study to evaluate the use of silicone dressings for the treatment of skin tears. (Sections 1.1-1.3)

Перед оценкой восстановления создают стандартный дефект.

Условия опыта отличаются. Участников включали в исследование с уже возникшими разрывами кожи разных типов, поэтому исходное повреждение определялось клиническим состоянием, а стандартный дефект перед наблюдением не создавали.

A pragmatic randomised controlled clinical study to evaluate the use of silicone dressings for the treatment of skin tears. (Sections 1.2 and 1.8; Table 2)

Независимых молодых и пожилых доноров сравнивают при одинаковом исходном повреждении.

Условия опыта отличаются. Сравнивали группы лечения, распределённые по отделениям или этажам учреждений; сравнение независимых молодых и пожилых доноров при одинаковом исходном повреждении в исследовании отсутствует.

A pragmatic randomised controlled clinical study to evaluate the use of silicone dressings for the treatment of skin tears. (Sections 1.3, 1.10 and 2; Table 2)

Барьерную функцию и прочность сцепления измеряют в отдельные дни после создания стандартного дефекта.

В статье не проверено. При повторных осмотрах оценивали размеры раны и клинические признаки восстановления эпителиального покрова, однако измерения барьерной функции и прочности сцепления слоёв кожи в методы не входили.

A pragmatic randomised controlled clinical study to evaluate the use of silicone dressings for the treatment of skin tears. (Sections 1.7-1.9)

К независимым образцам прикладывают одинаковую повторную нагрузку.

В статье не проверено. В представленной литературе отсутствует описание опыта, в котором к независимым образцам прикладывали одинаковую повторную механическую нагрузку.

Необходимо заранее проверить взаимодействие возраста с исследуемым фактором и оценить доверительный интервал эффекта; исследуемый фактор дополнительно не уточнён.

В статье не проверено. Для среднего времени заживления приведены доверительные интервалы, однако предварительная проверка взаимодействия возраста с исследуемым фактором не описана; в самой гипотезе этот фактор дополнительно не уточнён.

A pragmatic randomised controlled clinical study to evaluate the use of silicone dressings for the treatment of skin tears. (Section 1.10; Table 5)

Одним из основных исходов служит интервал между нормализацией проницаемости кожи и восстановлением прочности.

Условия опыта отличаются. В исследовании оценивали заживление ран и время до их закрытия, тогда как интервал между нормализацией проницаемости и восстановлением прочности в число измеренных исходов не входил.

A pragmatic randomised controlled clinical study to evaluate the use of silicone dressings for the treatment of skin tears. (Sections 1.3 and 1.6-1.8; Table 5)

Другим основным исходом служит доля повторных разрывов внутри этого интервала.

В статье не проверено. Приведённые доли характеризуют зажившие раны; доля повторных разрывов в период между восстановлением барьера и прочности в результатах отсутствует.

A pragmatic randomised controlled clinical study to evaluate the use of silicone dressings for the treatment of skin tears. (Sections 1.3 and 2)

Прогноз опровергается, если в старшей группе отсутствует воспроизводимый интервал между нормализацией проницаемости и восстановлением прочности либо этот интервал не предсказывает повторный разрыв при одинаковой нагрузке.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка воспроизводимости предполагаемого интервала в коже пожилых доноров и его способности предсказывать повторные разрывы при одинаковой нагрузке.

Указанное научное основание включает сравнения восстановления кожного барьера после его нарушения у людей и в модели старения.

В статье не проверено. Текст указанной работы Ghadially с соавторами отсутствует среди представленных материалов, поэтому сравнения восстановления кожного барьера у людей и в модели старения по этим материалам проверить невозможно.

Указанное научное основание также включает клиническое сравнение повязок при разрывах кожи у жителей учреждений длительного ухода; в названии приведённого исследования указаны силиконовые повязки.

Совпадает с исследованием. В первичном клиническом исследовании сравнивали мягкие силиконовые и обычные повязки для лечения разрывов кожи у жителей двух учреждений длительного ухода.

A pragmatic randomised controlled clinical study to evaluate the use of silicone dressings for the treatment of skin tears. (Sections 1.1-1.5 and 2)

Отрастание аксонов может остановиться на непрерывном участке слабой шванновской поддержки, даже когда суммарная экспрессия c-Jun в старом нервном трансплантате нормальна.

В статье не проверено. У аксонов, лишённых направляющего влияния шванновских клеток, наблюдались замедление роста и отклонение траектории, однако остановка на участке слабой поддержки в старом трансплантате при нормальном суммарном c-Jun в этих опытах не установлена.

Analysis of Schwann Cell Migration and Axon Regeneration Following Nerve Injury in the Sciatic Nerve Bridge (Results, Figures 6-9)

Конкурирующая модель связывает результат только со средней экспрессией c-Jun, тогда как предложенная модель отводит ограничивающую роль пространственной непрерывности локальной шванновской поддержки.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует прямое сравнение пространственной непрерывности поддержки и средней экспрессии c-Jun при одинаковой суммарной экспрессии.

Указанное научное основание состоит в том, что повышение c-Jun в шванновских клетках улучшало отрастание аксонов у старых мышей и после длительной денервации.

Совпадает с исследованием. Повышение c-Jun избирательно в шванновских клетках восстанавливало регенерацию аксонов у стареющих мышей и сохраняло регенерацию через длительно денервированные культи нервов.

Failures of nerve regeneration caused by aging or chronic denervation are rescued by restoring Schwann cell c-Jun (Results, Figures 1D-F and 5A-C)

Линейные шванновские дорожки одинаковой длины следует собрать из клеток одних и тех же старых доноров для разных экспериментальных условий.

Условия опыта отличаются. В исследовании создавали микроколонки длиной 5 мм с продольно ориентированными шванновскими клетками крысы, однако предложенные пространственные условия с клетками одних и тех же старых доноров отсутствовали.

Tissue Engineered Bands of Büngner for Accelerated Motor and Sensory Axonal Outgrowth (Materials and Methods, Hydrogel Micro-Column Fabrication; Primary Schwann Cell Culture)

В сравнении пространственных распределений следует обратимо повысить c-Jun у половины шванновских клеток.

Условия опыта отличаются. Вмешательство представляло собой генетически обусловленное повышение c-Jun в шванновских клетках; обратимое повышение экспрессии у половины клеток каждой дорожки в исследовании отсутствовало.

Failures of nerve regeneration caused by aging or chronic denervation are rescued by restoring Schwann cell c-Jun (Materials and methods, Transgenic mice; Results, Figure 1)

Следует сравнить три варианта размещения активированных клеток: равномерное распределение, один проксимальный блок и один дистальный блок.

В статье не проверено. Среди представленных работ отсутствует сравнение равномерного размещения активированных клеток с одним проксимальным и одним дистальным блоком.

При сравнении пространственных распределений следует сохранить одинаковыми число клеток, интеграл c-Jun, адгезию и общий источник аксонов.

В статье не проверено. Одинаковое число высаженных шванновских клеток и центральный отсек с чувствительными нейронами обеспечивали сходные элементы контроля, однако равенство интеграла c-Jun, адгезии и источника аксонов при предложенных пространственных распределениях не установлено.

c-Jun Reprograms Schwann Cells of Injured Nerves to Generate a Repair Cell Essential for Regeneration (Experimental Procedures, Microfluidic Chambers; Figure 5I-K)

В качестве дополнительных групп сравнения следует включить полностью активную и неактивную шванновские дорожки.

Условия опыта отличаются. Сравнивали клетки дикого типа, клетки с удалённым c-Jun, мутантные клетки с восстановленной экспрессией и бесклеточный субстрат; полностью активные и неактивные дорожки старых доноров в пространственное сравнение не включали.

c-Jun Reprograms Schwann Cells of Injured Nerves to Generate a Repair Cell Essential for Regeneration (Figure 5I-K; Experimental Procedures, Microfluidic Chambers)

Первичный исход представляет собой долю меченых моторных аксонов, достигших выходной камеры к седьмому дню.

Условия опыта отличаются. В исследовании подсчитывали ретроградно меченные нейроны после отрастания аксонов на заданное расстояние по нерву. Недельный срок после нанесения метки относится к учёту нейронов, а долю моторных аксонов в выходной камере к седьмому дню не определяли.

Failures of nerve regeneration caused by aging or chronic denervation are rescued by restoring Schwann cell c-Jun (Results, Figures 1D-E and 5A-B; Materials and methods, Retrograde labeling with Fluorogold)

Предполагается, что равномерное распределение активированных шванновских клеток повысит долю аксонов, достигших выходной камеры, по сравнению как с проксимальным, так и с дистальным расположением блока.

В статье не проверено. Преимущество равномерной активации c-Jun перед обоими блочными вариантами по доле дошедших моторных аксонов к седьмому дню в представленных работах не проверяли.

Сходный выход аксонов при разных пространственных распределениях с точным интервалом опровергнет пространственное ограничение в этой модели.

В статье не проверено. Среди представленных работ отсутствует оценка сходного выхода аксонов при этих пространственных распределениях с интервалом, достаточно точным для опровержения предложенного пространственного ограничения.

Независимой экспериментальной единицей является донор шванновских клеток.

Условия опыта отличаются. В исследовании искусственных дорожек повторностями служили культуры или конструкции; старый донор шванновских клеток в качестве независимой экспериментальной единицы не указан.

Tissue Engineered Bands of Büngner for Accelerated Motor and Sensory Axonal Outgrowth (Materials and Methods, Study Design and Statistical Analysis)

Эксперимент представляет собой модель поддержки роста аксона, что определяет границы выводов.

Совпадает с исследованием. Исследование прямо использовало модель in vitro для оценки поддержки и направления роста аксонов шванновскими клетками, тогда как эффективность трансплантации была отнесена к будущим испытаниям.

Tissue Engineered Bands of Büngner for Accelerated Motor and Sensory Axonal Outgrowth (Materials and Methods, Study Design and Statistical Analysis; Discussion)

Плотность клеток вдоль каждой дорожки следует измерить до добавления аксонов, поскольку неодинаковая плотность вдоль дорожки может создать ложный пространственный эффект.

Условия опыта отличаются. Число и плотность клеток оценивали на поперечных срезах нерва на заданном расстоянии от повреждения. Такое измерение отличается от оценки плотности вдоль каждой дорожки до добавления аксонов.

Failures of nerve regeneration caused by aging or chronic denervation are rescued by restoring Schwann cell c-Jun (Results, Figure 6; Materials and methods, Electron microscopy)

Распределение экспериментальных условий следует рандомизировать.

Совпадает с исследованием. Авторы прямо указали случайное распределение мышей по хирургическим вмешательствам и лечению, хотя это условие относилось к опытам по удалению сенесцентных клеток, а не к предложенному пространственному сравнению.

Senescent Schwann cells induced by aging and chronic denervation impair axonal regeneration following peripheral nerve injury (Materials and Methods, Wild type and transgenic mice)

При измерении исхода следует скрыть код групп.

Совпадает с исследованием. Исследователям предоставляли только канал изображения аксонов со случайно присвоенным кодом, что скрывало сведения о группе при измерении по изображениям.

Tissue Engineered Bands of Büngner for Accelerated Motor and Sensory Axonal Outgrowth (Materials and Methods, Microscopy and Data Acquisition)

До основного опыта следует на независимом пилоте определить воспроизводимость, рабочий срок и минимальный различимый и биологически значимый эффект.

В статье не проверено. Представленные исследования не описывают независимый пилотный опыт, в котором совместно определяли воспроизводимость, рабочий срок и минимальный различимый и биологически значимый эффект.

Контраст и его доверительный интервал следует оценить на уровне независимых экспериментальных единиц.

Условия опыта отличаются. В работе представлены средние значения, стандартные ошибки и проверки значимости на уровне конструкций; контрасты пространственных условий с доверительными интервалами на уровне доноров отсутствуют.

Tissue Engineered Bands of Büngner for Accelerated Motor and Sensory Axonal Outgrowth (Materials and Methods, Study Design and Statistical Analysis)

Если воздействие не разделило группы или интервал допускает существенные эффекты обоих знаков, опыт не позволяет различить конкурирующие объяснения.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует предложенное правило неопределённого результата при отсутствии разделения групп воздействием или при интервале, допускающем существенные эффекты обоих знаков.

Положительный результат даст основание выбирать пространственную схему восстановления клеточной поддержки для старого нервного трансплантата.

В статье не проверено. Представленные данные не содержат результата, позволяющего выбрать один из этих вариантов пространственного восстановления клеточной поддержки старого нервного трансплантата.

При опровержении гипотезы пространственного ограничения этот способ не переходит к следующей стадии.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует правило прекращения дальнейшей разработки этого подхода после опровержения пространственного ограничения.

Предлагаемая биологическая система представлена стареющими клетками.

Условия опыта отличаются. В ближайшем по содержанию исследовании DDB2 использовали клетки U2OS и иммортализованные эпителиальные клетки и фибробласты; экспериментальная модель стареющих клеток в этой работе отсутствует.

Global and transcription-coupled repair of 8-oxoG is initiated by nucleotide excision repair proteins (Methods: Cell lines; Results, Figures 1-6)

Предполагается, что участие DDB2 в удалении окислительных повреждений ДНК зависит от локальной упаковки ДНК и взаимодействия с OGG1.

В статье не проверено. Показаны ассоциация DDB2 с OGG1, зависимое от DDB2 привлечение OGG1 и локальная декомпактизация хроматина, тогда как зависимость усиливающего эффекта DDB2 от экспериментально контролируемой плотности упаковки остаётся предложенным механизмом.

Global and transcription-coupled repair of 8-oxoG is initiated by nucleotide excision repair proteins (Results, Figures 2 and 6; Discussion: Chromatin structure defines the critical players required for 8-oxoG processing)

Ожидается, что DDB2 усиливает удаление 8-оксогуанина (8-oxoG) преимущественно в плотно упакованных нуклеосомах, а в открытом участке с той же последовательностью эффект будет слабее.

В статье не проверено. Снижение содержания DDB2 замедляло репарацию геномного 8-oxoG, а зависимость привлечения OGG1 от DDB2 различалась между теломерами и локально облучёнными участками. Преимущественное усиление репарации в плотном хроматине при одинаковой последовательности авторы оставили для дальнейшего исследования.

Global and transcription-coupled repair of 8-oxoG is initiated by nucleotide excision repair proteins (Results, Figures 1d, 2f and 5e; Discussion, final paragraph before Figure 7)

Одинаковые повреждённые репортеры следует включить в открытый и закрытый хроматин.

Условия опыта отличаются. Повреждения создавали фотосенсибилизаторами в эндогенных теломерах или локальных участках ядра, что отличается от включения одинаковых повреждённых репортёров в открытый и закрытый хроматин.

Global and transcription-coupled repair of 8-oxoG is initiated by nucleotide excision repair proteins (Methods: Oxidative DNA damage generation; Results, Figures 1f and 5)

Возврат DDB2 следует сравнить при наличии OGG1 и при частичном дефиците OGG1 для каждого состояния хроматина.

Условия опыта отличаются. Авторы исследовали снижение содержания OGG1, снижение содержания или выключение DDB2 и взаимное влияние этих вмешательств на привлечение белков. Сравнение восстановления DDB2 при наличии и частичном дефиците OGG1 в обоих заданных состояниях хроматина отсутствует.

Global and transcription-coupled repair of 8-oxoG is initiated by nucleotide excision repair proteins (Results, Figure 2c-f and Supplementary Figure 3; Methods: Knockout and knockdown cell line generation; siRNA transfections)

Следует контролировать исходный уровень 8-oxoG и локальную доступность участка с репортером.

В статье не проверено. В работе проверяли исходное образование окислительных повреждений после вызванной сахарозой компактизации и оценивали конденсацию хроматина. Совместный контроль исходного 8-oxoG и локальной доступности одинаковых репортёров при восстановлении DDB2 в представленных исследованиях отсутствует.

Oxidative stress triggers the preferential assembly of base excision repair complexes on open chromatin regions (Results: Recognition of 8-oxoG by OGG1 is not required for the recruitment of the protein to chromatin; Figure 6)

Кинетику удаления 8-oxoG следует измерять отдельно для каждого состояния хроматина.

Условия опыта отличаются. Кинетику репарации после обработки броматом калия определяли в суммарной геномной ДНК, тогда как предложенный опыт предусматривает отдельные измерения для репортёров в открытом и закрытом хроматине.

Global and transcription-coupled repair of 8-oxoG is initiated by nucleotide excision repair proteins (Figure 1c-d; Methods: Enzyme-based PFGE assay for 8-oxoG detection)

Выход продукта с безошибочно восстановленной ДНК следует измерять отдельно для каждого состояния хроматина.

Условия опыта отличаются. В системе очищенных белков измеряли включение нуклеотида и образование лигированного продукта на свободной ДНК с участком, лишённым основания. Выход безошибочно восстановленных репортёров с исходным 8-oxoG отдельно в открытом и закрытом клеточном хроматине остаётся неизмеренным.

Damage sensor role of UV-DDB during base excision repair (Results: Involvement of UV-DDB in base excision repair of oxidative damage in living cells; Figure 4a-b; Methods: Reconstituted human BER assay)

Одинаковое усиление удаления 8-oxoG под действием DDB2 на свободной ДНК и в плотно упакованном участке потребует пересмотра модели взаимодействия.

В статье не проверено. Комплекс связывания ДНК, повреждённой ультрафиолетом (UV-DDB), стимулировал OGG1 на свободной ДНК, однако парное сравнение усиления на свободном и плотно упакованном субстратах отсутствует. Само наличие стимуляции на свободной ДНК сохраняет возможность различий между этими условиями.

Damage sensor role of UV-DDB during base excision repair (Figure 1b-d; Discussion, final paragraph before Figure 5)

Сохранение усиливающего эффекта DDB2 после потери OGG1 при отсутствии компенсации другой гликозилазой потребует пересмотра модели взаимодействия.

В статье не проверено. Снижение содержания OGG1 увеличивало время удержания DDB2 и изменяло привлечение лигазного комплекса. Сохранение усиленного удаления повреждения после потери OGG1 при исключённой компенсации другой гликозилазой в этой работе не проверяли.

Global and transcription-coupled repair of 8-oxoG is initiated by nucleotide excision repair proteins (Results, Figure 2c-d and Figure 4h-i)

В эксперименте используют эпидермальные модели доноров в возрасте 25-40 и 70-85 лет.

Условия опыта отличаются. В работе изучали биоптаты кожи доноров 20-32, 35-47 и 51-71 года, образцы крайней плоти детей и культуры кератиноцитов, что отличается от эпидермальных моделей двух заданных возрастных групп 25-40 и 70-85 лет.

Dermal stiffness governs the topography of the epidermis and the underlying basement membrane in young and old human skin (Materials and Methods, section 4.1; Results, sections 2.2-2.3.)

Модели подвергают трём одинаковым воздействиям ультрафиолетового излучения диапазона A (UVA), после которых проводят слепую оценку.

Условия опыта отличаются. Реконструированную кожу подвергали однократному облучению либо ежедневному облучению в течение пяти дней смесью ультрафиолетового излучения диапазонов A и B. Три одинаковых воздействия только UVA с последующей слепой оценкой в работе не описаны.

Different Oxidative Stress Response in Keratinocytes and Fibroblasts of Reconstructed Skin Exposed to Non Extreme Daily-Ultraviolet Radiation (Results, DUVR source and Damage in reconstructed skin morphology after DUVR exposure; Figure 1c.)

Согласно гипотезе, в ходе серии одинаковых UVA-экспозиций пожилой эпидермис постепенно утрачивает способность противостоять следующей нагрузке.

В статье не проверено. Повторное облучение вызывало выраженные морфологические повреждения эпидермиса и дермы, однако постепенную потерю устойчивости к следующему воздействию именно в эпидермисе пожилых доноров в этой работе не проверяли.

Different Oxidative Stress Response in Keratinocytes and Fibroblasts of Reconstructed Skin Exposed to Non Extreme Daily-Ultraviolet Radiation (Results, Damage in reconstructed skin morphology after DUVR exposure; Figure 1b-c.)

Возрастное увеличение доли лабильного железа поддерживает окисление мембран после UVA-экспозиции, в том числе в темноте, и тем самым снижает устойчивость к последующим воздействиям.

В статье не проверено. В аннотации сообщается о немедленном высвобождении лабильного железа после UVA и связанном с железом повреждении ядерной мембраны фибробластов человека. Возрастное увеличение лабильного железа, поддержание окисления мембран в темноте и последующее снижение устойчивости эпидермиса к повторному облучению остаются непроверенными.

Ultraviolet A Radiation-Induced Immediate Iron Release Is a Key Modulator of the Activation of NF-κB in Human Skin Fibroblasts (Abstract displayed on the article page.)

После каждой UVA-экспозиции на модели воздействуют связывающим железо агентом для кратковременного связывания железа и проводят отмывку до следующей экспозиции.

В статье не проверено. В аннотации упоминается хелатирование железа, однако приведённое описание не позволяет подтвердить кратковременную обработку после каждого облучения с последующей отмывкой до следующего воздействия.

Ultraviolet A Radiation-Induced Immediate Iron Release Is a Key Modulator of the Activation of NF-κB in Human Skin Fibroblasts (Abstract displayed on the article page.)

В группах сравнения после каждой UVA-экспозиции применяют насыщенный железом аналог связывающего железо агента или носитель и проводят отмывку до следующей экспозиции.

В статье не проверено. В представленных работах не описаны обе требуемые контрольные группы, в которых после каждого воздействия UVA применяют насыщенный железом аналог или носитель и проводят отмывку до следующего облучения.

В эксперименте сравнивают число циклов воздействия до стойкой потери барьерной функции.

Условия опыта отличаются. После заданного числа повторных облучений оценивали морфологию ткани и продукцию матриксной металлопротеиназы-1, тогда как число циклов до стойкой потери барьерной функции в этой работе не измеряли.

Different Oxidative Stress Response in Keratinocytes and Fibroblasts of Reconstructed Skin Exposed to Non Extreme Daily-Ultraviolet Radiation (Figure 1c-d; Materials and Methods, Histology, immunolabelling and staining and MMP1 ELISA assay.)

Число циклов до стойкой потери барьерной функции сравнивают при сопоставимом начальном повреждении.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение возрастных групп по числу циклов до стойкой потери барьерной функции при сопоставимом начальном повреждении.

В эксперименте измеряют лабильное железо и окисленные липиды.

В статье не проверено. Авторы сообщают об увеличении концентрации перекисей липидов в эпидермисе, отмечая, что данные не показаны, однако совместное измерение лабильного железа и окисленных липидов в этой работе не описано.

Different Oxidative Stress Response in Keratinocytes and Fibroblasts of Reconstructed Skin Exposed to Non Extreme Daily-Ultraviolet Radiation (Results, Exposure of reconstructed skin to DUVR led to oxidative stress in epidermal keratinocytes and dermal fibroblasts.)

Предполагается, что кратковременное связывание железа уменьшит разницу между пожилым и молодым эпидермисом по сохранности барьера при повторных UVA-экспозициях.

В статье не проверено. В представленной литературе отсутствует проверка того, уменьшает ли кратковременное связывание железа разницу между молодыми и пожилыми донорами по сохранности эпидермального барьера при повторных воздействиях UVA.

Сохранение возрастной разницы в устойчивости к серии воздействий после устранения избытка лабильного железа и снижения окисления опровергнет гипотезу.

В статье не проверено. В представленных экспериментах не проверяли, сохраняется ли возрастная разница в устойчивости к повторным воздействиям после подтверждённого устранения избытка лабильного железа и снижения окисления.

Гипотеза также будет опровергнута, если насыщенный железом аналог даст тот же эффект по сохранности барьера, что и связывающий железо агент.

В статье не проверено. В представленных экспериментах отсутствует сравнение сохранности барьера при применении связывающего железо агента и его насыщенного железом аналога, которое предусмотрено как контроль для опровержения гипотезы.

Гипотеза предполагает, что функционально значимые циклобутановые пиримидиновые димеры (CPD) составляют основные повреждения, накапливающиеся при старении базального слоя, и сильнее ограничивают восстановление эпидермального барьера, чем фотопродукты типа 6-4.

В статье не проверено. Представленные исследования не устанавливают преимущественное накопление функционально значимых CPD в стареющем базальном слое и их более сильное влияние на восстановление барьера. Исследование на мышах показывает различия между повреждениями по другим кожным исходам.

Возрастную зависимость следует проверить в парных сериях клеток молодых и пожилых доноров; эксперимент предусматривает четыре парные культуры кожи и сравнение независимых молодых и пожилых доноров.

Условия опыта отличаются. В наиболее близком исследовании воздействий использовали мышей с нокаутом Xpa в возрасте от 8 до 10 недель, что отличается от четырёх парных культур кожи независимых молодых и пожилых доноров.

Photorepair of Either CPD or 6-4PP DNA Lesions in Basal Keratinocytes Attenuates Ultraviolet-Induced Skin Effects in Nucleotide Excision Repair Deficient Mice (Materials and Methods: Mouse Lines; Chronic UV Irradiation)

Экспериментальные группы должны получать отдельно фотолиазу, специфичную к CPD, отдельно фотолиазу, специфичную к фотопродуктам типа 6-4, обе фотолиазы вместе или неактивный фермент в качестве контроля.

Условия опыта отличаются. Отдельные группы с трансгенной экспрессией каждой фотолиазы сравнивали с мышами, у которых обе фотолиазы отсутствовали. Такой контроль отличается от неактивного фермента; группа совместного применения обеих фотолиаз в этом опыте отсутствовала.

Photorepair of Either CPD or 6-4PP DNA Lesions in Basal Keratinocytes Attenuates Ultraviolet-Induced Skin Effects in Nucleotide Excision Repair Deficient Mice (Materials and Methods: Mouse Lines; Results and Figure 1)

Селективное удаление разных типов повреждений следует сравнивать при одинаковой исходной дозе ультрафиолетового облучения, а молодых и пожилых доноров следует сравнивать при одинаковом исходном повреждении.

В статье не проверено. В пределах каждого протокола мыши получали одинаковые дозы ультрафиолетового излучения диапазона B: ежедневно 20 Дж/м² при хроническом воздействии или однократно 200 Дж/м² при остром. Сравнение молодых и пожилых доноров с одинаковым исходным повреждением отсутствует.

Photorepair of Either CPD or 6-4PP DNA Lesions in Basal Keratinocytes Attenuates Ultraviolet-Induced Skin Effects in Nucleotide Excision Repair Deficient Mice (Materials and Methods: Chronic UV Irradiation; Acute Irradiation)

Световую активацию необходимо уравнять между экспериментальными группами.

Совпадает с исследованием. Протокол предусматривает одинаковую трёхчасовую фотоактивацию сразу после ультрафиолетового облучения под четырьмя белыми лампами, установленными на высоте 40 см над мышами. Условие стандартизации освещения выполнено в другой модели.

Photorepair of Either CPD or 6-4PP DNA Lesions in Basal Keratinocytes Attenuates Ultraviolet-Induced Skin Effects in Nucleotide Excision Repair Deficient Mice (Materials and Methods: UV Radiation and Photoreactivation of Mice)

Удаление CPD и удаление фотопродуктов типа 6-4 необходимо проверить раздельно, чтобы подтвердить специфичность воздействий.

Совпадает с исследованием. В исследовании раздельно выявляли CPD и фотопродукты типа 6-4 с помощью специфичных антител, чтобы подтвердить удаление соответствующих повреждений фотолиазами, экспрессируемыми в коже мышей.

Photorepair of Either CPD or 6-4PP DNA Lesions in Basal Keratinocytes Attenuates Ultraviolet-Induced Skin Effects in Nucleotide Excision Repair Deficient Mice (Materials and Methods: Immunohistochemistry for the Detection of Photolesions; Results, reference to Supplementary Figure S1)

Перед оценкой восстановления барьера необходимо удалить повреждённый поверхностный слой.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует экспериментальное удаление повреждённого поверхностного слоя с последующей оценкой восстановления барьера. Описанное бритьё мышей перед облучением имеет другую цель и выполняется на другом этапе.

Основной исход представляет собой время возврата проницаемости к исходной величине после удаления повреждённого поверхностного слоя.

Условия опыта отличаются. В наиболее близком исследовании измеряли толщину эпидермиса, пролиферацию, апоптоз, воспаление и активность металлопротеиназ. Время возврата проницаемости к исходной величине после удаления поверхностного слоя в число исходов не входило.

Photorepair of Either CPD or 6-4PP DNA Lesions in Basal Keratinocytes Attenuates Ultraviolet-Induced Skin Effects in Nucleotide Excision Repair Deficient Mice (Materials and Methods; Results, Figures 1-4)

Согласно прогнозу, селективное удаление CPD должно сильнее улучшать повторное формирование эпидермального барьера и уменьшать возрастной разрыв в его устойчивости, чем селективное удаление фотопродуктов типа 6-4.

Условия опыта отличаются. Удаление CPD предотвращало гиперплазию после ультрафиолетового облучения, тогда как удаление фотопродуктов типа 6-4 уменьшало её выраженность. Этот результат подтверждает различия между повреждениями, однако подавление гиперплазии отличается от восстановления барьера и уменьшения возрастного разрыва.

Photorepair of Either CPD or 6-4PP DNA Lesions in Basal Keratinocytes Attenuates Ultraviolet-Induced Skin Effects in Nucleotide Excision Repair Deficient Mice (Results: Effects of Basal Keratinocyte-Specific Photoremoval; Figure 1)

Анализ должен включать предварительную проверку взаимодействия возраста с исследуемым фактором и оценку доверительного интервала эффекта.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует предварительная проверка взаимодействия возраста с воздействием и доверительный интервал эффекта на восстановление барьера. Для сравнения групп мышей применяли однофакторный дисперсионный анализ с поправкой Бонферрони.

При подтверждённой специфичности воздействий эквивалентные эффекты двух отдельно применяемых фотолиаз или преимущество удаления фотопродуктов типа 6-4 опровергнут прогноз.

В статье не проверено. Эквивалентность отдельных фотолиаз и преимущество удаления фотопродуктов типа 6-4 по заданному возрастному исходу восстановления барьера не проверяли. Благоприятное влияние обеих фотолиаз на апоптоз и воспаление у мышей относится к другим исходам.

Указанное научное основание включает измерение вырезания ультрафиолетовых повреждений на разных участках генома в человеческих клетках.

Совпадает с исследованием. Hu с соавторами картировали вырезание обоих типов повреждений в разных участках генома человеческих фибробластов, включая нормальные клетки и клетки с нарушением общей или сопряжённой с транскрипцией репарации.

Genome-wide analysis of human global and transcription-coupled excision repair of UV damage at single-nucleotide resolution (Results: The XR-seq procedure; Figures 1-4; Materials and methods: Cell lines)

Указанное научное основание также включает трансгенные модели, в которых изучали различия между фотоповреждениями и роль их удаления из базального слоя.

Совпадает с исследованием. В представленном первичном исследовании использовали трансгены фотолиаз под управлением промотора K14, чтобы сравнить удаление двух типов повреждений именно в базальных кератиноцитах. Этот компонент основания подтверждён непосредственно; цитируемая работа 2006 года представлена только библиографической ссылкой.

Photorepair of Either CPD or 6-4PP DNA Lesions in Basal Keratinocytes Attenuates Ultraviolet-Induced Skin Effects in Nucleotide Excision Repair Deficient Mice (Materials and Methods: Mouse Lines; Results, Figures 1-3)

В представленном тексте указано, что предложенные прогнозы о стойкости эпителия пожилых доноров в работе, приведённой в качестве научного основания, не оценивались.

В статье не проверено. Hu с соавторами исследовали эксцизионную репарацию в фибробластах, поэтому указанное ограничение подтверждается для этой работы. Полный текст второй цитируемой работы отсутствует среди предоставленных материалов, что ограничивает проверку утверждения об обоих исследованиях.

Genome-wide analysis of human global and transcription-coupled excision repair of UV damage at single-nucleotide resolution (Materials and methods: Cell lines; Results; SOURCE-1 References, reference 19)

Гипотеза относится к старению тканей при повторном окислительном стрессе.

В статье не проверено. Оба представленных первичных исследования посвящены заданным сочетаниям повреждений в культивируемых клетках или клеточных экстрактах; старение тканей при повторном окислительном стрессе в этих опытах не исследовали.

Расстояние между повреждениями на противоположных цепях и порядок инициации репарации определяют, будет ли одновременное начало репарации вреднее последовательного, причем при близко расположенных повреждениях пауза может быть полезной.

Условия опыта отличаются. Расстояние между повреждениями и их взаимная ориентация влияли на очередность надрезания цепей и кинетику двухцепочечных разрывов в субстратах с тремя повреждениями. Сравнивали конфигурации субстратов с естественной кинетикой обработки, тогда как одновременное и последовательное начало экспериментально не задавали.

Hierarchy of lesion processing governs the repair, double-strand break formation and mutability of three-lesion clustered DNA damage (Results, Figures 2 and 3; Discussion)

Предполагается, что короткая задержка удаления второго основания уменьшит образование двухцепочечных разрывов именно при близко расположенных повреждениях на противоположных цепях.

Условия опыта отличаются. Замедленное надрезание цепи во втором сайте, лишённом основания, сопровождалось более медленным образованием двухцепочечных разрывов при определённых малых расстояниях и ориентациях повреждений. Исследовали расщепление цепи в готовом абазическом сайте; управляемую короткую задержку удаления второго основания не задавали, а разрывы продолжали образовываться.

Hierarchy of lesion processing governs the repair, double-strand break formation and mutability of three-lesion clustered DNA damage (Results, subsection on retardation of incision of the single AP site; Figure 3)

В эксперименте необходимо сравнить двухцепочечные субстраты с повреждениями на разном расстоянии в экстрактах молодых и старших доноров.

Условия опыта отличаются. Двухцепочечные олигонуклеотиды с разным расстоянием между повреждениями исследовали в ядерных экстрактах экспоненциально растущих клеток яичника китайского хомячка линии CHO-K1. Сравнение экстрактов молодых и старших доноров в работе отсутствует.

Hierarchy of lesion processing governs the repair, double-strand break formation and mutability of three-lesion clustered DNA damage (Materials and Methods, Preparation of nuclear extract and Repair assay; Table 1)

Управляемым добавлением ферментов необходимо задать одновременное и последовательное начало обработки повреждений.

В статье не проверено. В обеих работах отсутствует управляемое добавление ферментов во времени, которое задавало бы одновременное и последовательное начало обработки противоположных повреждений. Сочетания ферментов, предварительная обработка субстратов и естественная очередность репарации представляют другие экспериментальные условия.

Одновременную и последовательную обработку необходимо сравнить при одинаковой общей активности ферментов.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение одновременной и последовательной обработки при одинаковой общей активности ферментов. Фиксированное количество экстракта или измерение экспрессии фермента не подтверждают выполнение этого контрольного условия.

Основными исходами служат доля точно восстановленных дуплексов и доля молекул, расколотых на две части.

Условия опыта отличаются. Электрофорезом определяли долю восстановленных меченых цепей и долю продуктов двухцепочечного разрыва. Восстановление одной меченой цепи не устанавливает точность восстановления всего повреждённого дуплекса; эти исходы также не сравнивали при управляемых режимах начала репарации.

Hierarchy of lesion processing governs the repair, double-strand break formation and mutability of three-lesion clustered DNA damage (Materials and Methods, Repair assay and Assessment of DSB induction during repair; Figures 1-3)

Направление эффекта необходимо подтвердить с помощью клеточного репортера.

Условия опыта отличаются. Люциферазный репортер в фибробластах мыши выявил зависимость эффекта противоположных тетрагидрофурановых повреждений от расстояния между ними и от снижения экспрессии эндонуклеазы Apex1. Направление эффекта заданной задержки удаления второго основания не проверяли; последовательную репарацию предложили как объяснение результатов.

DNA repair of clustered lesions in mammalian cells: involvement of non-homologous end-joining (Results, Figures 1 and 2; Discussion, Figure 4)

Критерий опровержения состоит в том, что последовательная схема не имеет преимуществ, если расстояние между повреждениями и порядок обработки не взаимодействуют по выходу точного продукта.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка взаимодействия расстояния между повреждениями и экспериментально заданного порядка обработки по выходу точного продукта, поэтому заявленный критерий опровержения в них не применён.

В эксперименте участвуют пожилые люди с клинически равноценными участками кожи для повторной фиксации повязки.

Условия опыта отличаются. В исследовании преобладали пожилые участники, однако экспериментальное снятие рогового слоя клейкой лентой проводили на размеченном участке предплечья; клинически равноценные зоны для повторной фиксации повязки в исследовании отсутствовали.

Demographic factors associated with skin barrier function in a large population-based study (Results, Figure 1; Materials and Methods, Study participants and Baseline barrier permeability.)

Повторное снятие клея связано с нарушением кожного барьера.

Совпадает с исследованием. Последовательное наложение и снятие клейких полосок сопровождалось увеличением трансэпидермальной потери воды, что непосредственно подтверждает нарушение кожного барьера при повторном снятии ленты.

Demographic factors associated with skin barrier function in a large population-based study (Materials and Methods, Barrier integrity; Results, Figure 3 and Table 1.)

Участников случайным образом распределяют в группу ротации мест крепления повязки или в группу с обычной схемой крепления.

Условия опыта отличаются. В доступной аннотации описано рандомизированное сравнение физиологического раствора, вазелина, спирта и удаления клеевого материала без дополнительного средства у одних и тех же участников; сравнение ротации с обычной схемой крепления отсутствует.

Topical normal saline, alcohol, and petrolatum for MARSI: A randomized controlled trial (Abstract, Methods.)

Материал повязки, частота смен и площадь ленты одинаковы в группе ротации и в группе с обычной схемой крепления.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение ротации с обычной схемой крепления, поэтому равенство материала повязки, частоты смен и площади ленты между такими группами остаётся непроверенным.

Предполагается, что ротация защищает кожу только тогда, когда обычный интервал до повторного использования того же участка короче индивидуального времени восстановления его барьера.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка условия, согласно которому ротация защищает кожу только при обычном интервале повторного крепления, более коротком, чем индивидуальное время восстановления барьера данного участка.

Два повреждённых участка меньшего размера могут оказаться столь же неблагоприятными, как один большой, поэтому само перемещение повреждения между участками не подтверждает защитный эффект.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует сопоставление совокупного повреждения двух небольших участков с повреждением одного большого участка, которое позволило бы отличить перемещение травмы от общего защитного эффекта.

Исходную индивидуальную скорость восстановления кожного барьера оценивают на отдельном участке кожи при обычной смене повязки.

Условия опыта отличаются. Восстановление оценивали через 24 ± 2 часа на участке предплечья после экспериментального снятия рогового слоя лентой, тогда как предложенный опыт предусматривает исходную оценку скорости восстановления на отдельном участке при обычной смене повязки.

Demographic factors associated with skin barrier function in a large population-based study (Materials and Methods, Baseline barrier permeability and Barrier recovery; Discussion, Limitations.)

Потерю воды измеряют перед каждым новым контактом с материалом крепления после стандартного периода акклиматизации.

Условия опыта отличаются. Участники проходили акклиматизацию в течение 15-20 минут, после чего потерю воды оценивали исходно, при последовательном снятии полосок сериями по пять и при оценке восстановления; измерение перед каждым новым креплением повязки отсутствует.

Demographic factors associated with skin barrier function in a large population-based study (Materials and Methods, Epidermal function measurements, Barrier integrity and Barrier recovery.)

Главный исход представляет собой суммарную площадь эрозий по обеим зонам крепления, интегрированную по времени за две недели; предполагается, что ротация уменьшит эту суммарную площадь-время по сравнению с обычной схемой.

Условия опыта отличаются. В исследовании рассчитывали площадь под кривой зависимости потери воды от числа снятых полосок; этот показатель отличается от суммарной площади эрозий двух зон, интегрированной по времени за две недели, а влияние ротации на предложенный исход остаётся непроверенным.

Demographic factors associated with skin barrier function in a large population-based study (Materials and Methods, Dynamic barrier function; Results, Figure 3.)

При первых признаках клинически значимой травмы в обеих группах применяют одинаковое правило спасательного ухода.

В статье не проверено. В представленных материалах отсутствует единое правило дополнительного ухода, которое применяли бы при первых признаках клинически значимой травмы в группах ротации и обычной схемы крепления.

Если ротация лишь переносит повреждение между участками и не уменьшает суммарную площадь-время эрозий, функциональная версия гипотезы отвергается.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка критерия опровержения функциональной гипотезы, согласно которому перенос повреждения между участками при сохранении суммарной площади-времени эрозий свидетельствует об отсутствии общей защиты.

Предполагается, что эффект ротации зависит от восстановления барьера до следующего крепления, а индивидуальная скорость восстановления предсказывает результат; эффект, независимый от восстановления, не подтверждает временной механизм.

В статье не проверено. В представленных исследованиях индивидуальные показатели восстановления барьера не сопоставляли с эффектом ротации и состоянием кожи перед следующим креплением, поэтому предложенная зависимость защитного эффекта от времени восстановления остаётся непроверенной.

Предполагается, что при возрастном накоплении экспансий повторов CAG усиление взаимодействия FAN1 с комплексом репарации способно уменьшить экспансии в отдельных локусах при сохранении коррекции простых несовпадений в остальном геноме и общей активности системы репарации неспаренных оснований (MMR).

В статье не проверено. Связывание с MLH1 участвует в стабилизации повторов CAG белком FAN1, однако сохранность общей активности MMR и коррекции простых несовпадений остается неподтвержденной. Повышенная устойчивость клеток U2OS со сверхэкспрессией FAN1 к 6-тиогуанину указывает на снижение активности MMR.

FAN1 controls mismatch repair complex assembly via MLH1 retention to stabilize CAG repeat expansion in Huntington’s disease (Results, Figures 2-4; Discussion)

В эксперименте необходимо использовать нейроны с репортером CAG.

Условия опыта отличаются. Внесенную конструкцию первого экзона HTT с повторами CAG и варианты FAN1 исследовали в клетках U2OS. В полученных из клеток пациента средних шипиковых нейронах изучали эндогенный расширенный участок HTT при подавлении экспрессии FAN1, что отличается от предложенного опыта с нейрональным репортером.

FAN1 controls mismatch repair complex assembly via MLH1 retention to stabilize CAG repeat expansion in Huntington’s disease (Figures 1J-1M, 3 and 4F; Methods, Cell culture and manipulation; iPSC culture and manipulation)

В эксперименте необходимо сравнить варианты FAN1 с сохранной и ослабленной связью с MLH1.

Совпадает с исследованием. Полноразмерный FAN1 и варианты с мутациями мотива SPYF сравнивали по связыванию с MLH1 и стабилизации повторов CAG. Таким образом, само сравнение вариантов выполнено в клетках U2OS, тогда как предложенная проверка относится к нейронам.

FAN1 controls mismatch repair complex assembly via MLH1 retention to stabilize CAG repeat expansion in Huntington’s disease (Figures 2G-2H and 3A-3B)

Отдельно необходимо исследовать варианты FAN1 с выключенной нуклеазной активностью.

Совпадает с исследованием. Вариант D960A с выключенной нуклеазной активностью исследовали отдельно и в сочетании с нарушающей связывание с MLH1 заменой F129A, что позволило разграничить каталитический вклад и вклад связывания в клетках U2OS.

FAN1 controls mismatch repair complex assembly via MLH1 retention to stabilize CAG repeat expansion in Huntington’s disease (Figures 1F-1J and 3C-3G)

Эксперимент должен включать парный тест на коррекцию одиночного простого несовпадения.

Условия опыта отличаются. Парные тесты репарации несовпадения T/G и петли CAG проводили в ядерных экстрактах клеток HeLa с пептидами на основе FAN1, нокаутами генов и вариантами MLH1. Их сочетание с измерением накопления экспансий в нейронах, экспрессирующих заданные варианты FAN1, остается непроверенным.

Disruption of protein–protein interaction hotspots in the C-terminal domain of MLH1 confers mismatch repair deficiency (Figures 2, 3 and 5; Materials and methods, In vitro repair assays)

Необходимо проверить экспрессию вариантов FAN1.

Совпадает с исследованием. Экспрессию вариантов FAN1 проверяли иммуноблоттингом, в том числе подтверждали сопоставимые уровни полноразмерного FAN1 и F129A/D960A. Этот контроль выполнен при сравнении вариантов в клетках U2OS.

FAN1 controls mismatch repair complex assembly via MLH1 retention to stabilize CAG repeat expansion in Huntington’s disease (Figures 2G and 3C; Results, FAN1 SPYF motif and nuclease activity)

Основными исходами должны быть частота и размер новых экспансий CAG при сохранной общей активности MMR.

В статье не проверено. В работе измеряли изменение длины повторов и скорость экспансии, однако совместная оценка частоты и размера новых экспансий при подтвержденном сохранении общей активности MMR в предложенных условиях остается непроверенной.

FAN1 controls mismatch repair complex assembly via MLH1 retention to stabilize CAG repeat expansion in Huntington’s disease (Figures 1J-1M, 3 and 4D; Methods, Somatic instability assay)

Длины повторов необходимо измерять с поправкой на исходную мозаичность.

Условия опыта отличаются. При анализе мышей использовали длину повторов в ткани уха при отъеме и учитывали наследуемую длину CAG при сравнении нестабильности. Такой подход отличается от поправки на исходное распределение длин повторов в нейронах с репортером.

Promotion of somatic CAG repeat expansion by Fan1 knock-out in Huntington’s disease knock-in mice is blocked by Mlh1 knock-out (Figures 1-4; Materials and methods, Htt CAG repeat somatic instability index and expansion index parameters; Statistics)

Если снижение экспансий требует общего падения активности MMR, предполагаемый селективный эффект опровергается.

В статье не проверено. Снижение активности MMR, сопровождающее стабилизацию повторов белком FAN1, ставит селективность под сомнение, однако необходимость общего снижения MMR для подавления экспансий в полном предложенном нейрональном опыте остается неподтвержденной.

FAN1 controls mismatch repair complex assembly via MLH1 retention to stabilize CAG repeat expansion in Huntington’s disease (Figure 4D; Discussion, MMR activity and 6-thioguanine resistance)

При анализе необходимо учитывать гибель клеток с длинными повторами; если после этой поправки снижение экспансий исчезает, предполагаемый селективный эффект опровергается.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует поправка подавления экспансий на преимущественную гибель клеток с длинными повторами. Оценка выживаемости после воздействия препаратов и измерение апоптоза характеризуют другие условия и оставляют этот контроль непроверенным.

В эксперименте используют микрососуды из клеток молодых и старших доноров, причём сосуды каждого донора включают в оба условия чередования.

Условия опыта отличаются. В работе использованы культуры эндотелиальных клеток аорты и пупочной вены человека, которые в обсуждении ограничений названы иммортализованными клеточными линиями; микрососуды молодых и старших доноров с распределением внутри каждого донора отсутствуют.

CDH1 reduces endothelial cell permeability by enhancing CDH5 membrane expression under chronic intermittent hypoxia (Methods: Antibodies and reagents; Cell culture; Discussion.)

Согласно гипотезе, число реоксигенаций наряду с общей гипоксической дозой определяет стойкое нарушение функции эндотелия вследствие повторных переходов между гипоксией и нормоксией.

В статье не проверено. Работа исследует зависимость проницаемости от кадгеринов при перемежающейся гипоксии, однако самостоятельная роль числа реоксигенаций в стойком нарушении функции при одинаковой гипоксической дозе остаётся непроверенной.

CDH1 reduces endothelial cell permeability by enhancing CDH5 membrane expression under chronic intermittent hypoxia (Methods: Establishment of cell models; Results: CDH1 reduces endothelial cell permeability by enhancing CDH5 membrane expression.)

Предполагается, что при одинаковом времени на каждом уровне кислорода более частое чередование гипоксии и нормоксии увеличит остаточную проницаемость возрастного микрососуда после прекращения циклов.

В статье не проверено. Сравнения проницаемости в статье не проверяют влияние частоты при равной кислородной экспозиции в микрососудах старших доноров после прекращения циклов. Поэтому отсутствие значимого различия между перемежающейся гипоксией и контролем не опровергает предложенное предсказание.

CDH1 reduces endothelial cell permeability by enhancing CDH5 membrane expression under chronic intermittent hypoxia (Methods: Establishment of cell models; Results: CDH1 significantly reduces HAEC permeability; Figures 2A and 5D.)

Микрососуды каждого донора необходимо случайным образом распределить между двумя условиями с разным числом чередований гипоксии и нормоксии.

Условия опыта отличаются. Для выбора модели клеточные культуры подвергали 2, 4, 6, 8, 10 или 12 циклам, после чего использовали шестиц икловую модель. Случайное распределение микрососудов каждого донора между двумя числами чередований в статье не описано.

CDH1 reduces endothelial cell permeability by enhancing CDH5 membrane expression under chronic intermittent hypoxia (Methods: Establishment of cell models.)

В двух условиях чередования должны быть одинаковыми крайние уровни кислорода, суммарная длительность пребывания на каждом уровне, поток и условия культивирования.

Условия опыта отличаются. Каждый цикл включает 30 минут при 1 % кислорода и 60 минут при 21 % кислорода, поэтому увеличение числа циклов одновременно увеличивает суммарную длительность обеих фаз. Сравнение при равной дозе и одинаковом потоке отсутствует.

CDH1 reduces endothelial cell permeability by enhancing CDH5 membrane expression under chronic intermittent hypoxia (Methods: Establishment of cell models.)

Контрольным условием должна служить постоянная нормоксия.

Совпадает с исследованием. Наряду с группами перемежающейся гипоксии в работе предусмотрен контроль при обычных условиях культивирования, что соответствует требованию постоянной нормоксии.

CDH1 reduces endothelial cell permeability by enhancing CDH5 membrane expression under chronic intermittent hypoxia (Methods: Cell culture; Results: Expression and localization of the CDH1 protein in HAECs under CIH and ox-LDL conditions; Figure 1.)

Фактический уровень кислорода необходимо измерять непосредственно у клеток; короткие импульсы, при которых заданная амплитуда не достигается, делают опыт неинтерпретируемым.

В статье не проверено. Кислородный датчик использован для определения парциального давления кислорода в культуральной среде и выбора длительности фаз. Измерение непосредственно у клеток и проверка амплитуды для обоих предложенных частотных режимов в статье не подтверждены.

CDH1 reduces endothelial cell permeability by enhancing CDH5 membrane expression under chronic intermittent hypoxia (Methods: Establishment of cell models.)

Первичным исходом должна быть проницаемость для альбумина, измеренная через сутки общей для экспериментальных групп нормоксии.

Условия опыта отличаются. Проницаемость измеряют по переносу флуоресцентно меченного декстрана массой 70 кДа через вставки Transwell в течение 30 минут после моделирования. Измерение проницаемости для альбумина через сутки общей нормоксии отсутствует.

CDH1 reduces endothelial cell permeability by enhancing CDH5 membrane expression under chronic intermittent hypoxia (Methods: FITC-dextran for endothelial permeability.)

Во втором независимом исследовании необходимо менять скорость перехода между уровнями кислорода при фиксированном числе циклов.

В статье не проверено. В представленной литературе отсутствует независимый эксперимент, в котором скорость перехода между уровнями кислорода изменяли бы при фиксированном числе циклов.

В анализе необходимо проверить взаимодействие возраста донора с частотой чередования, учитывая исходную проницаемость и происхождение сосудов.

В статье не проверено. В статье описаны однофакторные сравнения групп; анализ взаимодействия возраста с частотой с учётом исходной проницаемости и происхождения сосудов отсутствует.

CDH1 reduces endothelial cell permeability by enhancing CDH5 membrane expression under chronic intermittent hypoxia (Methods: Statistical analysis.)

В анализе необходимо объединять наблюдения по донорам; поля зрения нельзя учитывать как независимые биологические повторности.

В статье не проверено. Опыты выполняли в трёх повторностях и повторяли как минимум трижды, однако объединение наблюдений по донорам и учёт полей зрения как вложенных измерений в статье не описаны.

CDH1 reduces endothelial cell permeability by enhancing CDH5 membrane expression under chronic intermittent hypoxia (Methods: Statistical analysis.)

Отсутствие влияния частоты на проницаемость при равных профилях дозы и сопоставимой жизнеспособности опровергнет предсказание.

В статье не проверено. Жизнеспособность оценивали при выборе модели, однако сравнение частот по проницаемости при равных профилях дозы и сопоставимой жизнеспособности отсутствует. Поэтому опубликованный нулевой результат не соответствует предложенному критерию опровержения.

CDH1 reduces endothelial cell permeability by enhancing CDH5 membrane expression under chronic intermittent hypoxia (Methods: Establishment of cell models; Results: CDH1 significantly reduces HAEC permeability.)

Если эффект объясняется только скоростью перехода или потерей клеток, вывод о роли числа переходов необходимо сузить.

В статье не проверено. Авторы обсуждают ограничения измерения общей утечки, однако самостоятельные эффекты числа переходов, скорости перехода и потери клеток в работе не разделены.

CDH1 reduces endothelial cell permeability by enhancing CDH5 membrane expression under chronic intermittent hypoxia (Methods: Establishment of cell models; Discussion: limitations.)

Предлагаемый опыт проверяет роль повторных переходов между уровнями кислорода в стойком нарушении барьерной функции; общая польза или вред гипоксии выходят за пределы этого исследования.

Условия опыта отличаются. Работа посвящена кадгерин-зависимой защите эндотелия при перемежающейся гипоксии и воздействии окисленных липопротеинов; стойкое нарушение барьера, обусловленное именно повторными переходами между уровнями кислорода, выходит за пределы проведённого опыта.

CDH1 reduces endothelial cell permeability by enhancing CDH5 membrane expression under chronic intermittent hypoxia (Introduction; Results: CDH1 reduces endothelial cell permeability by enhancing CDH5 membrane expression; Discussion.)

Научное обоснование учитывает различия клеточных ответов на постоянную и перемежающуюся гипоксию, при этом данные о факторе, индуцируемом гипоксией (HIF), или о системном апноэ сами по себе не устанавливают влияние частоты на барьер.

В статье не проверено. Упомянутое исследование постоянной и перемежающейся гипоксии представлено только библиографической ссылкой. Доступная полная статья обсуждает фактор, индуцируемый гипоксией, и апноэ, однако экспериментального сравнения этих ответов и проверки частотного эффекта на барьер в ней нет.

Эксперимент предложен к проведению, его результаты ещё не получены.

В статье не проверено. В представленном описании эксперимент обозначен как предложенный к проведению, а его результаты ещё не получены. Среди предоставленных первичных работ отсутствует отчёт о выполнении этого опыта; сам статус предложения не доказывает научную новизну.

В эксперименте используют модель стандартной перфорации барабанной перепонки у старых животных для изучения возрастного снижения восстановления звукопроведения.

Условия опыта отличаются. Стандартные перфорации изучали у мышей в возрасте 6-8 недель; исследование восстановления звукопроведения у старых животных в этой работе отсутствует.

Tracking cell layer contribution during repair of the tympanic membrane (Materials and Methods: Perforation of the tympanic membrane.)

При заживлении перфорации слои барабанной перепонки восстанавливаются неодновременно, поэтому само закрытие дефекта ещё не подтверждает восстановление передачи звука.

Совпадает с исследованием. Эпителиальный мостик формировался раньше восстановления мезенхимального и слизистого слоёв, после чего происходили врастание сосудов и ремоделирование. Эти наблюдения подтверждают неодновременное восстановление слоёв и различие между закрытием дефекта и восстановлением ткани; передачу звука непосредственно не измеряли.

Tracking cell layer contribution during repair of the tympanic membrane (Results: Figures 1 and 3-8; Discussion.)

На перфорированную барабанную перепонку старых животных накладывают временную подложку с радиально ориентированными волокнами.

Условия опыта отличаются. Радиальные подложки изготовили и исследовали с культивируемыми клетками человека; наложение таких подложек на перфорированную барабанную перепонку старых животных в работе отсутствует.

Mimicking the Human Tympanic Membrane: The Significance of Scaffold Geometry (Results 2.1 and 2.4.3; Experimental Section: Biological Characterization.)

В эксперименте сравнивают заплаты с радиальными волокнами, заплаты с хаотично расположенными волокнами и самостоятельное заживление.

Условия опыта отличаются. Сравнивали радиальные, кольцевые и комбинированные подложки, а также электросформованную мембрану без добавленных микроволокон. Предложенное сравнение трёх групп животных с контролем самостоятельного заживления отсутствует.

Mimicking the Human Tympanic Membrane: The Significance of Scaffold Geometry (Results 2.1; Figure 2C.)

Заплаты с радиальными и хаотично расположенными волокнами уравнивают по толщине, массе, сроку деградации и начальной упругости.

Условия опыта отличаются. Подложки различались по измеренной жёсткости и толщине. Одновременное выравнивание радиальных и хаотичных заплат по толщине, массе, сроку деградации и начальной упругости в работе не показано.

Mimicking the Human Tympanic Membrane: The Significance of Scaffold Geometry (Results 2.4.1; Figure 5A; Discussion.)

Предполагается, что радиально ориентированные волокна подложки направляют укладку и ориентацию собственной соединительной ткани барабанной перепонки при заживлении, благодаря чему вибрация лучше восстанавливается после рассасывания подложки.

Условия опыта отличаются. Волокна подложки направляли ориентацию культивируемых клеток и отложение коллагена. Причинную связь между направленным восстановлением собственной ткани старых животных и улучшением вибрации после рассасывания материала не проверяли; деградацию подложки отнесли к дальнейшим исследованиям.

Mimicking the Human Tympanic Membrane: The Significance of Scaffold Geometry (Results 2.4.3: Collagen Deposition; Figure 7; Discussion.)

В эксперимент включают молодых взрослых животных и при одинаковом размере перфорации в возрастных группах проверяют, уменьшает ли направленная подложка возрастную разницу в восстановлении звукопроведения.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение старых и молодых взрослых животных с одинаковым размером перфорации, которое проверяло бы уменьшение возрастной разницы в восстановлении под действием ориентированной подложки.

Ориентацию собственного коллагена оценивают слепым методом.

В статье не проверено. Организацию собственного коллагена визуализировали при самостоятельном заживлении у мышей, однако слепая оценка его ориентации в предложенном эксперименте с подложками не описана.

Epimorphic regeneration in the mammalian tympanic membrane (Results: The TM displays scar-free repair; Figure 2d; Methods: Immunofluorescence and Imaging.)

Толщину барабанной перепонки измеряют слепым методом.

В статье не проверено. Толщину слоёв барабанной перепонки измеряли количественно, однако применение слепого метода в представленном описании измерений не указано.

Tracking cell layer contribution during repair of the tympanic membrane (Figure 1I-K; Materials and Methods: Quantification and statistics.)

Долю закрытых дефектов оценивают слепым методом.

В статье не проверено. Авторы сообщили о закрытии наблюдавшихся перфораций начиная с 7-го дня, однако слепая оценка доли закрытых дефектов в представленном тексте не описана.

Epimorphic regeneration in the mammalian tympanic membrane (Results: Injury to the TM induces a robust proliferative response; Figure 1.)

Первичным исходом служит скорость движения рукоятки молоточка после полного рассасывания заплаты, измеренная при заданном звуковом давлении в заранее выбранной полосе частот.

Условия опыта отличаются. Скорость движения пупка перепонки измеряли на свежих препаратах височной кости 9-недельных крыс при 80 дБ в диапазоне 1-10 кГц до перфорации и сразу после неё. Через две недели восстановление оценивали по слуховым вызванным потенциалам ствола мозга; измерение скорости рукоятки молоточка после полного рассасывания заплаты отсутствует.

Evaluation of acoustic changes in and the healing outcomes of rat eardrums with pars tensa and pars flaccida perforations (Methods 2.2-2.5; Results 3.1 and 3.3; Figures 2 and 4.)

Предсказание считается опровергнутым, если ориентация собственного коллагена изменилась, но передача колебаний при равном закрытии дефектов эквивалентна.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка эквивалентности передачи колебаний при равном закрытии дефектов после установленного изменения ориентации собственного коллагена и полного рассасывания подложки.

Эксперимент проводят на стареющих фибробластах с подтверждённым дефицитом комплекса XRCC4-LIG4.

Условия опыта отличаются. В работе использовали эмбриональные фибробласты мыши с отсутствующим p53 и генетически удалённым XRCC4, что проверяли иммуноблоттингом. Стареющие фибробласты с подтверждённым дефицитом комплекса XRCC4-LIG4 в этой работе не исследовали.

Distinct roles of XRCC4 and Ku80 in non-homologous end-joining of endonuclease- and ionizing radiation-induced DNA double-strand breaks (Materials and Methods: Cells; Results: Lack of XRCC4 reduces the efficiency and fidelity of NHEJ)

Предполагается, что точность соединения концов определяет качество первого деления стареющей клетки.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует прямая проверка того, как точность соединения концов определяет качество первого деления стареющей клетки.

Ускоренное соединение двухцепочечных разрывов в стареющих фибробластах может оставлять больше делеций, если ограничивающим фактором служит точность соединения концов, а не его скорость.

В статье не проверено. В представленных экспериментах не проверяли, увеличивает ли ускоренное закрытие разрывов число делеций в стареющих фибробластах при ограниченной точности репарации. Измерения эффективности соединения или накопления продуктов в других моделях эту причинную связь не устанавливают.

Предполагается, что дефицит комплекса XRCC4-LIG4 ограничивает точность соединения концов.

Совпадает с исследованием. Удаление XRCC4, нарушающее работу комплекса XRCC4-LIG4, увеличивало длину делеций и частоту ошибочного соединения комплементарных концов. Это подтверждает отдельное механистическое звено гипотезы, хотя опыты проводили на эмбриональных фибробластах.

Distinct roles of XRCC4 and Ku80 in non-homologous end-joining of endonuclease- and ionizing radiation-induced DNA double-strand breaks (Results: Lack of XRCC4 reduces the efficiency and fidelity of NHEJ, Figure 2B-D; Lack of XRCC4 or Ku80 enhances error-prone rejoining of complementary DNA ends)

Кратковременное восстановление комплекса XRCC4-LIG4 должно увеличить долю точных стыков в клетках с дефицитом этого комплекса.

Условия опыта отличаются. Добавление рекомбинантного комплекса Lig4-XRCC4 восстанавливало соединение и тесное сближение концов в экстрактах яиц Xenopus после удаления комплекса. Этот бесклеточный опыт отличается от кратковременного восстановления комплекса в стареющих фибробластах и не определяет прирост доли точно восстановленных последовательностей.

Structural role for DNA Ligase IV in promoting the fidelity of non-homologous end joining (Results: Characterization of Lig4 DNA-binding mutants, Figure 1C; DNA-binding by Lig4 is required for SR synapsis, Figure 2C)

В фазе G1 клеточного цикла индуцируют один кратковременный разрыв с совместимыми концами.

Условия опыта отличаются. Репортёр содержал два инвертированных сайта I-SceI и допускал разрезание одного сайта с образованием совместимых концов либо двух сайтов с образованием несовместимых концов. После введения плазмиды нуклеазы клетки инкубировали 48 часов; краткий импульс одного разрыва в фазе G1 не задавали.

Distinct roles of XRCC4 and Ku80 in non-homologous end-joining of endonuclease- and ionizing radiation-induced DNA double-strand breaks (Materials and Methods: NHEJ assay; Figure 1B; Results: reporter assay description)

Нуклеазу отключают сразу после разрезания.

В статье не проверено. Немедленное отключение нуклеазы после разрезания не описано ни в одной представленной работе. Введение предварительно разрезанной ДНК в клетки или экстракты отличается от заданного условия внутриклеточного разрезания с последующим отключением нуклеазы.

Восстановление комплекса XRCC4-LIG4 сравнивают с контролем с неактивной лигазой и контролем с вектором.

Условия опыта отличаются. В опытах с очищенными белками использовали каталитически неактивный вариант LIG4 K273R и измеряли сближение концов. Сравнение восстановления комплекса в стареющих фибробластах одновременно с неактивной лигазой и вектором в этой работе отсутствует.

Bridging of double-stranded breaks by the nonhomologous end-joining ligation complex is modulated by DNA end chemistry (Materials and Methods: Protein purification; Results and Discussion; Figure 1D)

Исходное разрезание и число неотремонтированных молекул измеряют отдельно.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует раздельное измерение исходного разрезания и числа неотремонтированных молекул для предложенного опыта с нуклеазой. Измерения радиационных разрывов и опыты с предварительно разрезанными субстратами относятся к другим условиям.

Основной исход представляет собой долю точно восстановленных последовательностей среди всех исходно разрезанных молекул, причём в знаменателе учитывают и потерянные аллели.

Условия опыта отличаются. Доли точных продуктов или продуктов прямого лигирования рассчитывали среди выделенных стыков, доступных для амплификации. Такой знаменатель не включает все исходно разрезанные молекулы и потерянные аллели, а расположение праймеров ограничивает выявление делеций.

The fidelity of the ligation step determines how ends are resolved during Nonhomologous end joining (Results: Ability of cellular NHEJ to bypass terminal mispairs, Figure 2C; Methods: Substrates and NHEJ assays; Sequencing)

Если разрывы закрываются быстрее, а доля точных стыков не увеличивается, предположение об улучшении точности отвергается.

В статье не проверено. В представленных работах заданный критерий опровержения не применяли к восстановлению XRCC4-LIG4 в стареющих фибробластах с совместной оценкой скорости репарации и доли точных продуктов среди всех исходно разрезанных молекул.

Гипотеза касается стареющих нейронов; эксперимент проводят на нейронах прямой конверсии, а основные исходы оценивают в неделящихся нейронах.

Условия опыта отличаются. Нейрональные эксперименты проводили на срезах гиппокампа молодых мышей и первичных культурах гиппокампа новорождённых мышей, что отличается от предложенной модели стареющих нейронов прямой конверсии.

Parp1 hyperactivity couples DNA breaks to aberrant neuronal calcium signalling and lethal seizures (Materials and Methods: Electrophysiology; Cell culture; Figures 3-6.)

Структура XRCC1 определяет длительность удержания PARP1 в местах повреждения в стареющих нейронах.

Условия опыта отличаются. Полноразмерный XRCC1 и укороченный вариант 161-406 различались по способности подавлять накопление PARP1 в хроматине клеток U2OS; подвижность PARP1 также исследовали в эмбриональных фибробластах мыши. Длительность удержания PARP1 в стареющих нейронах в этих опытах не оценивали.

XRCC1 prevents toxic PARP1 trapping during DNA base excision repair (Results: XRCC1 protein complexes prevent excessive PARP1 engagement and activity during BER; Figure 4A-C; Figure S2.)

При старении нейронов потеря сборки комплекса XRCC1 с ферментами заполнения и лигирования может стать фактором, ограничивающим репарацию, вследствие чего репарация остаётся незавершённой и удержание PARP1 в местах повреждения продлевается.

Условия опыта отличаются. Работа связывает сборку комплекса XRCC1 с ДНК-полимеразой β и ДНК-лигазой III с подавлением удержания PARP1. При этом избыточное связывание PARP1 вызывает нарушение репарации и накопление разрывов, после чего истощение никотинамидадениндинуклеотида (NAD+) снижает диссоциацию белка. Возрастную потерю сборки комплекса и предложенную последовательность событий в нейронах не проверяли.

XRCC1 prevents toxic PARP1 trapping during DNA base excision repair (Results: XRCC1 protein complexes prevent excessive PARP1 engagement and activity during BER; Figure 5A-B; Discussion.)

Необходимо сравнить полноразмерный XRCC1 с вариантом XRCC1, потерявшим выбранное взаимодействие.

Совпадает с исследованием. В работе сравнивают полноразмерный XRCC1 с вариантом, лишённым второго домена взаимодействия BRCT II, который связывает ДНК-лигазу IIIα, и показывают утрату привлечения лигазы. Такое сравнение соответствует предложенному вмешательству, хотя выполнено в ненейрональных клетках, а делеция также изменяет удержание самого XRCC1.

Damage response of XRCC1 at sites of DNA single strand breaks is regulated by phosphorylation and ubiquitylation after degradation of poly(ADP-ribose) (Results: The BRCT II domain of XRCC1 is necessary for the damage response of LigIIIα; Figures 1-2.)

В группах с полноразмерным XRCC1 и вариантом, потерявшим выбранное взаимодействие, необходимо обеспечить одинаковые экспрессию XRCC1, локализацию и исходное число разрывов.

В статье не проверено. Авторы оценивали экспрессию рекомбинантных белков и поступление укороченного варианта в хроматин, однако представленные методы не подтверждают одновременного выравнивания экспрессии, локализации и исходного числа разрывов между сравниваемыми группами.

XRCC1 prevents toxic PARP1 trapping during DNA base excision repair (Figure 4A-C; STAR Methods: siRNA and transfection; Chromatin retention assay & immunoblotting.)

Необходимо измерить удержание PARP1 и кинетику восстановления цепи.

Условия опыта отличаются. В работе измеряют удержание PARP1 в хроматине, его подвижность и накопление разрывов при воздействии метилметансульфоната. В сравнении полноразмерного и укороченного XRCC1 оценивают накопление разрывов после обработки; совместное измерение удержания PARP1 и кинетики репарации в нейронах прямой конверсии отсутствует.

XRCC1 prevents toxic PARP1 trapping during DNA base excision repair (Figures 2C-D and 4B-C; Figure S2; STAR Methods: Live cell imaging; Alkaline comet assays.)

Основными исходами являются остаточные одноцепочечные разрывы и время возвращения электрической активности к исходному уровню.

Условия опыта отличаются. В нейрональном исследовании оценивают судорожноподобную активность и вызванные стимуляцией пресинаптические кальциевые ответы после удаления или ингибирования Parp1. Сочетание остаточных одноцепочечных разрывов и времени возвращения электрической активности к исходному уровню после сравнения вариантов XRCC1 не исследовали.

Parp1 hyperactivity couples DNA breaks to aberrant neuronal calcium signalling and lethal seizures (Figures 3-6; Materials and Methods: Electrophysiology; SyGCaMP6f imaging.)

Если мутантный и полноразмерный XRCC1 одинаково устраняют разрывы при подтверждённом различии в выбранном взаимодействии, данный интерфейс взаимодействия не объясняет эффект.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует предложенная проверка на нейронах, при которой одинаковое устранение разрывов мутантным и полноразмерным XRCC1 при подтверждённом различии во взаимодействии служит решающим критерием отклонения объяснения через выбранный участок взаимодействия.

В эксперименте исследуют возрастное ухудшение восстановления сердца после стандартизованного инфаркта миокарда у молодых взрослых и старых мышей.

Условия опыта отличаются. Молодых и старых мышей сравнивали при исследовании старения сердца. Опыт с инфарктом относился к отдельной модели, в которой старение не изучали; возрастные различия восстановления после стандартизованного инфаркта оставались за пределами этого сравнения.

Age-associated loss of lymphatic vessels promotes cardiac inflammation (Results, Figures 1-2 and 5; Extended Data Figure 6)

Основанием служит участие лимфатической системы сердца в разрешении воспаления в моделях инфаркта миокарда.

Совпадает с исследованием. В исследовании показан перенос иммунных клеток из сердца по лимфатическим сосудам в лимфатические узлы средостения после инфаркта и усиление удаления этих клеток при введении фактора роста эндотелия сосудов C (VEGF-C).

The cardiac lymphatic system stimulates resolution of inflammation following myocardial infarction (Results, Figures 2-6; Supplemental Figure 9)

Согласно гипотезе, стимуляция роста лимфатических капилляров после повреждения старого миокарда улучшает диастолическое расслабление лишь при функционирующем лимфатическом оттоке из зоны повреждения, включая сохранённое соединение с отводящим сосудом; в эксперименте проверяют, достаточно ли роста капилляров без такого соединения для функционального эффекта в старости.

Условия опыта отличаются. Удаление гена лимфатического эндотелиального рецептора гиалуронана 1 (Lyve1) нарушало поступление и удаление лейкоцитов при сохранённом лимфангиогенезе, сопровождаясь ухудшением функции сердца. Этот опыт отличается от проверки необходимости соединения с отводящим сосудом для улучшения расслабления повреждённого старого сердца.

The cardiac lymphatic system stimulates resolution of inflammation following myocardial infarction (Results, Figures 3, 6-7; Supplemental Figure 9)

В обеих возрастных группах после инфаркта миокарда необходимо сравнить локальный лимфангиогенный стимул с носителем как при сохранном, так и при селективно ограниченном лимфатическом оттоке.

Условия опыта отличаются. Молодым мышам локально вводили VEGF-C Cys156Ser, носитель, MAZ-51 или нейтрализующее антитело к VEGF-C в отдельных группах. Сравнение стимула с носителем при двух состояниях оттока в обеих возрастных группах в этот опыт не входило.

Impact of Lymphangiogenesis on Cardiac Remodeling After Ischemia and Reperfusion Injury (Methods, Animals and Gelatin-Based Hydrogel Preparation; Results, Figures 5-7)

В эксперимент необходимо включить контроль с имитацией операции.

Совпадает с исследованием. Контрольным мышам выполняли имитацию операции, при которой нить проводили под коронарной артерией и оставляли незатянутой.

The cardiac lymphatic system stimulates resolution of inflammation following myocardial infarction (Methods, MI; Figure 5)

В сравниваемых группах необходимо уравнять исходный размер инфаркта и коронарную перфузию.

В статье не проверено. В отдельных группах через 24 часа были сопоставимы размеры инфаркта и зоны риска. Соответствие коронарной перфузии между группами предложенного опыта остаётся неподтверждённым, поскольку измерение плотности кровеносных сосудов характеризует другой показатель.

Impact of Lymphangiogenesis on Cardiac Remodeling After Ischemia and Reperfusion Injury (Methods, Infarct Size Analysis; Results, Figure 8A-E)

Необходимо измерить плотность лимфатической сети.

Совпадает с исследованием. Плотность лимфатических сосудов сердца измеряли и сравнивали между группами, получавшими носитель, стимулятор лимфангиогенеза и ингибирующие препараты.

Impact of Lymphangiogenesis on Cardiac Remodeling After Ischemia and Reperfusion Injury (Methods, Immunofluorescence; Results, Figure 5A-B)

Для оценки лимфатического оттока необходимо измерить скорость выхода инертного трассера в дренирующий лимфатический узел.

Условия опыта отличаются. Флуоресцентно меченный декстран массой 2000 кДа вводили в верхушку сердца и измеряли его содержание в крови через 30 минут. Место регистрации и показатель отличаются от скорости выхода трассера в дренирующий лимфатический узел.

Impact of Lymphangiogenesis on Cardiac Remodeling After Ischemia and Reperfusion Injury (Methods, Lymph Vessel Function; Results, Figure 5D)

Первичным исходом через 4 недели служит постоянная времени расслабления левого желудочка, измеренная при сопоставимых частоте сердечных сокращений и условиях нагрузки.

Условия опыта отличаются. В лечебном опыте на старых мышах через 8 недель оценивали отношение скорости раннего трансмитрального потока к ранней диастолической скорости митрального кольца (E/E′). Измерение постоянной времени расслабления через 4 недели после инфаркта при сопоставимых частоте и нагрузке отсутствует.

Age-associated loss of lymphatic vessels promotes cardiac inflammation (Figure 5o; Methods, Echocardiography)

Необходимо сопоставить величину лечебного эффекта у старых и молодых взрослых животных и отдельно проверить, объясняет ли качество оттока различие между возрастами.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение величины лечебного эффекта после инфаркта у молодых взрослых и старых мышей с отдельной проверкой того, объясняет ли качество оттока различие между возрастами.

Улучшение расслабления при подтверждённом отсутствии оттока опровергнет предполагаемую необходимость оттока.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует опыт, в котором улучшение расслабления повреждённого старого миокарда после стимуляции лимфангиогенеза оценивали бы при независимо подтверждённом отсутствии лимфатического оттока.

Отсутствие улучшения расслабления при сохранном оттоке не подтвердит ожидаемую пользу лимфангиогенного стимула.

В статье не проверено. VEGFC повышал плотность лимфатических сосудов, однако улучшения возрастной диастолической дисфункции выявлено не было. Опыт изучал старение вне модели инфаркта, а сохранность оттока независимо не подтверждали, поэтому заданный критерий отсутствия ожидаемой пользы остаётся непроверенным.

Age-associated loss of lymphatic vessels promotes cardiac inflammation (Results, VEGFC reduces macrophage accumulation but does not preserve cardiac diastolic function; Figure 5k-o)

Эксперимент посвящён повреждению и восстановлению нерва у старых животных с изменением активности аутофагии в шванновских клетках.

Условия опыта отличаются. Аутофагию в шванновских клетках изменяли после повреждения, однако опыты проводили на нервах мышей в возрасте 6-8 недель и клетках постнатальных животных; восстановление нерва у старых животных в этих опытах отсутствует.

Schwann cell autophagy, myelinophagy, initiates myelin clearance from injured nerves (Materials and methods: Models to study Schwann cell myelin breakdown; Results: Genetic inactivation of autophagy.)

После повреждения шванновские клетки разбирают собственный миелин посредством аутофагии.

Совпадает с исследованием. Обнаружение миелина в аутофагосомах, измерение аутофагического потока и результаты фармакологического и специфичного для шванновских клеток генетического подавления аутофагии подтверждают её участие в разрушении собственного миелина после повреждения.

Schwann cell autophagy, myelinophagy, initiates myelin clearance from injured nerves (Results: Figures 1-4; Pharmacological inhibition of autophagy impairs demyelination; Genetic inactivation of autophagy.)

Предполагается, что усиление миелинофагии полезно до очистки дистального сегмента нерва от старого миелина.

В статье не проверено. Пятидневное введение фактора роста нервов молодым крысам усиливало раннее удаление миелина и последующую регенерацию, однако зависимость пользы от достижения полной очистки дистального сегмента в этом исследовании не проверяли.

Nerve growth factor activates autophagy in Schwann cells to enhance myelin debris clearance and to expedite nerve regeneration (Results: Figures 1-6 and 12-13; Methods: Sciatic nerve crush model and drug treatments.)

Предполагается, что продолжение активации после очистки и возвращения аксонов задерживает образование новых миелиновых оболочек, поэтому прекращение миелинофагии после очистки должно ускорить восстановление проводимости нерва.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка того, задерживает ли продолжение активации после подтверждённой очистки и возвращения аксонов ремиелинизацию и ускоряет ли прекращение активации в этот момент восстановление проводимости.

Во всех сравниваемых группах необходимо провести одинаковое сдавление нерва.

Совпадает с исследованием. В группах лечения и контроля с физиологическим раствором применяли одинаковое сдавление седалищного нерва сосудистыми зажимами в течение 2 минут с усилием 30 г, что соответствует условию стандартизации повреждения.

Nerve growth factor activates autophagy in Schwann cells to enhance myelin debris clearance and to expedite nerve regeneration (Materials and methods: Sciatic nerve crush model and drug treatments.)

В эксперименте необходимо сравнить ограниченную по времени активацию аутофагии в шванновских клетках, продолжительную активацию и контроль без активации.

Условия опыта отличаются. В исследовании сравнивали пятидневное системное введение рапамицина, ингибитора аутофагии и растворителя, а также включали группу ложной операции; продолжительная и специфичная для шванновских клеток активация в схеме отсутствовали.

Autophagy Promotes Peripheral Nerve Regeneration and Motor Recovery Following Sciatic Nerve Crush Injury in Rats (Materials and Methods: Drug Treatment.)

Момент выключения ограниченной по времени активации необходимо выбрать по независимой пилотной серии.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует выбор момента прекращения активации по независимой пилотной серии, которая определяла бы предполагаемое временное окно очистки нерва.

Фактическое удаление старой миелиновой оболочки и аутофагический поток необходимо проверить с помощью метки старого миелина и репортёра аутофагического потока.

Условия опыта отличаются. Меченые экзогенные фрагменты миелина исследовали в культуре клеток, а тандемный флуоресцентный репортёр потока применяли в отдельном опыте с окислительным стрессом. Такая схема отличается от проверки удаления меченых старых оболочек и потока в предложенном опыте на старых животных.

Nerve growth factor activates autophagy in Schwann cells to enhance myelin debris clearance and to expedite nerve regeneration (Methods: Myelin phagocytosis assays using primary Schwann cells; Detection of autophagic flow; Results: Figures 5 and 14.)

Для проверки зависимости от аутофагии необходимо использовать генетическую потерю ATG7.

Совпадает с исследованием. Специфичная для шванновских клеток делеция Atg7 замедляла разрушение миелина и устраняла его ускорение под действием лития и церамида, что непосредственно проверяет зависимость этого эффекта от ATG7.

Schwann cell autophagy, myelinophagy, initiates myelin clearance from injured nerves (Results: Genetic inactivation of autophagy; Figures 4-6, especially Figure 6F.)

Первичным исходом должна быть скорость проведения по восстановленному нерву на 8-й неделе.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует первичный исход в виде скорости проведения по восстановленному нерву на 8-й неделе после повреждения.

При оценке восстановления проводимости нерва необходимо учитывать число и калибр вернувшихся аксонов.

Условия опыта отличаются. На 6-й неделе оценивали число аксонов, категории их диаметра и отношение диаметра аксона к диаметру миелинизированного волокна, однако эти показатели не использовали для учёта вернувшихся аксонов при анализе восстановления проводимости.

Autophagy Promotes Peripheral Nerve Regeneration and Motor Recovery Following Sciatic Nerve Crush Injury in Rats (Results: Autophagy Promotes Axonal Regeneration and SC Remyelination; Figure 5; Methods: Behavioral Analysis.)

Предполагаемое благоприятное временное окно считается отсутствующим, если при равной очистке от миелина и одинаковом числе аксонов постоянная активация восстанавливает проводимость не хуже кратковременной в заданном диапазоне эквивалентности.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение постоянной и кратковременной активации в заданном диапазоне эквивалентности при равной очистке от миелина и одинаковом числе аксонов.

После одинакового повреждения переходные клетки альвеолярного и воздухоносного эпителия могут различаться по способности формировать герметичный альвеолярный барьер при сходной экспрессии KRT8.

В статье не проверено. После повреждения блеомицином клетки обоих источников переходили в состояние с экспрессией Krt8, однако сравнение их барьерной функции при сопоставимой экспрессии KRT8 в статье отсутствует.

Alveolar regeneration through a Krt8+ transitional stem cell state that persists in human lung fibrosis (Results, Transcriptional convergence of alveolar and airway stem cells; Figures 6-7.)

Альтернативная гипотеза предполагает полную функциональную взаимозаменяемость клеток двух эпителиальных источников после перехода.

В статье не проверено. В представленных исследованиях полная функциональная взаимозаменяемость клеток двух источников после перехода остаётся непроверенной, поскольку сближение транскрипционных состояний само по себе её не устанавливает.

Научная опора включает схождение разных эпителиальных линий в переходное состояние с экспрессией Krt8 после повреждения лёгкого мыши и обнаружение сходных клеток в фиброзном лёгком человека.

Совпадает с исследованием. Прослеживание клеточных линий подтверждает альвеолярное и воздухоносное происхождение промежуточных клеток мыши с экспрессией Krt8, а сравнение транскриптомов и окрашивание тканей выявляют сходные клетки в фиброзном лёгком человека.

Alveolar regeneration through a Krt8+ transitional stem cell state that persists in human lung fibrosis (Results, Figures 6-7 and 9; lineage-tracing and human-tissue analyses.)

Научная опора включает индукцию переходного состояния фибробластов при накоплении промежуточных эпителиальных клеток в моделях повреждения альвеолы, а также нарушение архитектуры ткани при устранении переходных состояний.

В статье не проверено. Wang с соавторами исследовали переходные эпителиальные клетки, макрофаги и активированные фибробласты, однако указанное переходное состояние фибробластов вместе с нарушением архитектуры после устранения переходных состояний в этой работе не установлено.

Regulation of epithelial transitional states in murine and human pulmonary fibrosis (Results, Figures 2-5; Discussion, Figure 8.)

В опыт должны входить переходные клетки альвеолярного и воздухоносного происхождения от молодых и старых мышей-доноров.

Условия опыта отличаются. В работе преимущественно использованы мыши в возрасте 6-10 недель и промежуточные клетки, происходящие из альвеолоцитов II типа; сравнение обоих эпителиальных источников у молодых и старых доноров отсутствует.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (Experimental Model and Subject Details, Mouse Models; Results, Figures 1-4.)

Два эпителиальных источника необходимо независимо промаркировать до повреждения.

Совпадает с исследованием. В отдельных опытах с репортёрными линиями Sftpc-CreERT2 и Sox2-CreERT2 альвеолярный и воздухоносный источники маркировали до повреждения, выдерживая после введения тамоксифена период более 21 дня.

Alveolar regeneration through a Krt8+ transitional stem cell state that persists in human lung fibrosis (Methods, Lineage tracing experiments; Figure 7.)

Изолированные промежуточные клетки сравниваемых источников должны иметь одинаковую жизнеспособность.

В статье не проверено. При сортировке исключали погибшие клетки, однако одинаковая жизнеспособность промежуточных популяций альвеолярного и воздухоносного происхождения в представленных опытах не установлена.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (Method Details, Lung tissue dissociation and flow cytometry.)

Барьеры необходимо построить из равного числа клеток на одинаковом матриксе, разместив клетки обоих происхождений в общей среде.

Условия опыта отличаются. Заданное число альвеолоцитов II типа культивировали со стромальными клетками в органоидах на Matrigel, что отличается от формирования барьеров из равного числа клеток обоих происхождений в общей среде.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (Experimental Model and Subject Details, Primary 3D Lung organoid co-culture.)

Необходимо проверить чистоту клеточных линий по происхождению и долю поверхности, покрытой клетками.

В статье не проверено. Авторы охарактеризовали маркировку клеточных линий, однако совместная проверка чистоты выделенных популяций по происхождению и доли поверхности, покрытой барьерным слоем, в статье отсутствует.

Alveolar regeneration through a Krt8+ transitional stem cell state that persists in human lung fibrosis (Methods, Lineage tracing experiments and Uninjured labeling; Figure 7.)

Интактный альвеолярный эпителиальный слой должен служить референсом.

В статье не проверено. В представленных опытах отсутствует сравнение проницаемости предложенных барьеров с интактным альвеолярным эпителиальным слоем, который должен служить эталоном.

Первичный исход представляет собой проницаемость для альбумина через полностью покрытый слой на седьмой день.

Условия опыта отличаются. Проницаемость оценивали на четвёртый день повреждения in vivo, а в культурах на седьмой день изучали дифференцировку; измерение проницаемости для альбумина через полностью покрытый восстановленный слой на седьмой день отсутствует.

Regulation of epithelial transitional states in murine and human pulmonary fibrosis (Results, Figure 2E-F; Figures 3 and 5E.)

Независимой экспериментальной единицей должно быть животное-донор.

Совпадает с исследованием. При моделировании изменений экспрессии независимыми наблюдениями служили образцы отдельных мышей, что соответствует учёту животного как экспериментальной единицы; к предложенному испытанию барьера этот подход в статье не применялся.

Alveolar regeneration through a Krt8+ transitional stem cell state that persists in human lung fibrosis (Methods, Analysis of the whole-lung data set, Time course differential expression analysis.)

Для клеток старых доноров предполагается меньшая утечка альбумина через слои альвеолярного происхождения по сравнению со слоями воздухоносного происхождения.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует результат, согласно которому слои альвеолярного происхождения от старых доноров пропускают меньше альбумина, чем слои воздухоносного происхождения.

Точно установленное равенство между клетками двух происхождений при сохранённых метках исключит эпителиальное происхождение как критерий выбора клеток в этой модели.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка функционального равенства клеток двух происхождений с требуемой точностью и подтверждением сохранности меток клеточных линий.

Поскольку сортировка может отбирать неодинаковые стадии перехода, клетки необходимо сопоставить по нескольким белкам и истории повреждения.

В статье не проверено. Авторы исследовали несколько маркеров и сроки дифференцировки, однако сопоставление отсортированных промежуточных клеток двух источников по белкам и истории повреждения перед сравнением барьерной функции отсутствует.

Alveolar regeneration through a Krt8+ transitional stem cell state that persists in human lung fibrosis (Results, Figures 6-8; Methods, Flow cytometry.)

Положительный результат даст основание выбирать источник клеток для восстановления альвеолярного барьера, а при опровержении этот способ не переходит к следующей стадии.

В статье не проверено. Представленные исследования не реализуют предложенное правило выбора клеточного источника после положительного результата испытания барьера или прекращения развития подхода после опровержения.

Распределение экспериментальных условий необходимо рандомизировать.

Совпадает с исследованием. Мышей случайным образом распределяли в группы введения физиологического раствора или блеомицина, что подтверждает применение рандомизации как отдельного методического компонента.

Alveolar regeneration through a Krt8+ transitional stem cell state that persists in human lung fibrosis (Methods, Experimental design and animal treatment.)

При измерении код групп должен быть скрыт.

Совпадает с исследованием. При подсчёте клеток исследователь был ослеплён относительно генотипа и условий получения образца, что соответствует сокрытию групп при измерении отдельного показателя.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (Quantification and Statistical Analysis.)

До основного опыта в независимом пилотном исследовании необходимо определить воспроизводимость, рабочий срок и минимальный различимый и биологически значимый эффект.

В статье не проверено. Пилотные опыты использовали для определения числа животных, однако независимая предварительная оценка воспроизводимости, срока измерения и минимального различимого и биологически значимого эффекта на проницаемость в статье отсутствует.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (Quantification and Statistical Analysis.)

Контраст между группами и его доверительный интервал необходимо оценить на уровне независимых экспериментальных единиц.

В статье не проверено. Моделирование экспрессии на уровне мышей и доверительные интервалы сглаженных траекторий характеризуют другие показатели; оценка разности барьерной проницаемости между происхождениями с доверительным интервалом на уровне доноров отсутствует.

Alveolar regeneration through a Krt8+ transitional stem cell state that persists in human lung fibrosis (Methods, Time course differential expression analysis; Figures 6 and 8.)

Опыт следует считать не позволяющим различить объяснения, если воздействие не разделило группы или доверительный интервал допускает существенные эффекты обоих знаков.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует заданное правило признания опыта неразличающим объяснения при отсутствии разделения групп или при доверительном интервале, допускающем существенные эффекты обоих знаков.

Предполагаемый отдельный фенотип старения представляет собой задержку заполнения однонуклеотидной бреши у части старших доноров, которую оценивают в экстрактах фибробластов.

Условия опыта отличаются. В исследовании использовали экстракты трансформированных эмбриональных фибробластов мыши с направленным выключением генов полимераз; возрастной фенотип селективной задержки заполнения бреши у старших доноров в этой модели не проверяли.

DNA Polymerases β and λ Mediate Overlapping and Independent Roles in Base Excision Repair in Mouse Embryonic Fibroblasts (Results and Discussion, Generation of the double knockout cell line; Materials and Methods, Cell lines and Transformation of primary mouse embryonic fibroblast cells.)

Недостаток ДНК-полимеразы β (POLB) может задерживать заполнение однонуклеотидной бреши и завершение репарации после нормального удаления основания.

Условия опыта отличаются. Экстракты клеток с выключенным геном POLB показали выраженное снижение эксцизионной репарации оснований. Полное выключение гена отличается от возрастного недостатка фермента, а селективную задержку заполнения бреши после подтверждённого нормального удаления основания отдельно не оценивали.

DNA Polymerases β and λ Mediate Overlapping and Independent Roles in Base Excision Repair in Mouse Embryonic Fibroblasts (Results and Discussion, Comparison of extract-mediated BER for wild-type and knockout mouse cell lines; Figure 2.)

Увеличение числа разрывов должно предсказывать пользу восстановления POLB только при сохранной лигазной активности.

В статье не проверено. В представленных экспериментах отсутствует проверка того, предсказывает ли увеличение числа разрывов пользу восстановления POLB именно при сохранной лигазной активности.

Экстракты фибробластов следует сравнить на трёх субстратах: исходном повреждении, готовой однонуклеотидной бреши и готовом к лигированию разрыве.

Условия опыта отличаются. В опытах использовали двуцепочечные субстраты с урацилом или 8-оксогуанином. Предложенное сравнение исходного повреждения, готовой однонуклеотидной бреши и готового к лигированию разрыва в статье отсутствует.

DNA Polymerases β and λ Mediate Overlapping and Independent Roles in Base Excision Repair in Mouse Embryonic Fibroblasts (Materials and Methods, In vitro BER assay; Figure 2A-B.)

POLB следует восстановить до физиологического диапазона.

В статье не проверено. В представленных экспериментах отсутствуют данные о восстановлении POLB до установленного физиологического диапазона.

В качестве контроля восстановления POLB следует включить неактивный фермент.

В статье не проверено. Контроль восстановления POLB с неактивным ферментом в представленном материале отсутствует. Описанные в полной статье контроли иммунопреципитации относятся к взаимодействиям белков.

Основной исход представляет собой количество полноразмерного точного продукта относительно субстрата с брешью при равном лигировании контрольного разрыва.

Условия опыта отличаются. Авторы определяли количество полностью репарированных и лигированных продуктов из субстратов с повреждённым основанием относительно активности экстракта клеток дикого типа. Выход точного продукта относительно субстрата с брешью при равном лигировании контрольного разрыва не определяли.

DNA Polymerases β and λ Mediate Overlapping and Independent Roles in Base Excision Repair in Mouse Embryonic Fibroblasts (Figure 2A-C; Materials and Methods, In vitro BER assay.)

POLB исключают как фактор, ограничивающий репарацию, если селективная задержка заполнения бреши отсутствует либо добавление POLB не увеличивает количество точного конечного продукта.

В статье не проверено. В представленных экспериментах отсутствует проверка предложенного критерия исключения POLB как ограничивающего фактора, который учитывает селективную задержку заполнения бреши и изменение количества точного конечного продукта после добавления фермента.

В эксперименте используют чип альвеолярного эпителия из клеток пожилых доноров для моделирования старого эпителия.

Условия опыта отличаются. Эксперименты выполнены на органоидах из мышиных альвеолярных предшественников в Matrigel и на взрослых мышах; чипы альвеолярного эпителия из клеток пожилых доноров в этой работе отсутствуют.

Alveolar epithelial progenitor cells require Nkx2-1 to maintain progenitor-specific epigenomic state during lung homeostasis and regeneration (Methods: Ethical compliance and animals; Standard organoid plating and maintenance.)

Wnt-чувствительные предшественники альвеолярных клеток 2-го типа (AT2) участвуют в регенерации альвеол, а их пространственное распределение определяет, какие участки альвеолы восстановятся и насколько большой будет восстановленная поверхность.

В статье не проверено. Показаны зависимость роста предшественников от сигналов Wnt и пространственные отношения между клетками AT2 и фибробластами, экспрессирующими Wnt. Причинное влияние размещения предшественников на расположение и площадь восстановленного эпителия остаётся непроверенным.

Hypercapnia alters stroma-derived Wnt production to limit β-catenin signaling and proliferation in AT2 cells (Results: Activation of βcat-signaling rescues AT2 progenitor activity during hypercapnia; Figures 6-8.)

На чипе создают равные пространственно разнесённые микроповреждения.

Условия опыта отличаются. Повреждение лёгких у мышей вызывали гриппозной инфекцией и гипероксией, после чего участки классифицировали по тяжести повреждения. Такая постановка отличается от создания равных пространственно разнесённых микроповреждений на чипе.

Temporal and spatial staging of lung alveolar regeneration is determined by the grainyhead transcription factor Tfcp2l1 (Results and Figures 2-3; Methods: Influenza infection; Hyperoxia treatment and lung assessment program.)

Клетки с подтверждённым Wnt-ответом размещают либо равномерно у нескольких дефектов, либо в виде одного компактного скопления.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение равномерного размещения клеток с подтверждённым ответом на Wnt у нескольких дефектов с размещением этих клеток одним компактным скоплением.

В группах с равномерным размещением и компактным скоплением сохраняют одинаковые общее число размещённых клеток, матрикс и ориентацию потока.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует опыт, в котором между двумя заданными вариантами размещения одновременно сохраняли одинаковыми общее число клеток, матрикс и ориентацию потока.

В эксперимент включают контроль с обычными клетками AT2.

В статье не проверено. Контроль с обычными клетками AT2 в опыте по сравнению вариантов размещения Wnt-чувствительных клеток в представленных работах отсутствует. Описанные генетические и культуральные контроли относятся к другим сравнениям.

Клеточные клоны отслеживают независимо.

Условия опыта отличаются. Флуоресцентная маркировка позволяла различать клональные мышиные органоиды и выявлять растущие эпителиальные клоны у мышей. Независимое отслеживание клонов при заданных вариантах размещения на чипах из клеток пожилых доноров остаётся непроверенным условием.

Alveolar epithelial progenitor cells require Nkx2-1 to maintain progenitor-specific epigenomic state during lung homeostasis and regeneration (Results: In vitro gene editing of AEP-derived alveolar organoids via AAV6.2FF-Cre; Figures 5 and 7.)

Основным исходом служит доля исходно повреждённой поверхности, на которой через две недели отсутствует локальная утечка трассера.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует измерение доли исходно повреждённой поверхности, на которой через две недели отсутствует локальная утечка трассера.

Согласно предсказанию, равномерное размещение должно восстановить большую герметичную долю исходно повреждённой поверхности, чем размещение в виде одного компактного скопления.

В статье не проверено. Преимущество равномерного размещения перед одним компактным скоплением по доле восстановленной герметичной поверхности остаётся непроверенным в представленных исследованиях.

Одних различий в числе растущих органоидов недостаточно для подтверждения предсказания.

В статье не проверено. В представленных работах оценивали рост органоидов, дифференцировку или морфологию ткани. Условие, согласно которому одних различий в числе органоидов недостаточно для подтверждения преимущества определённого размещения, в этих опытах отсутствует.

Одинаковое восстановление поверхности в сравниваемых группах при сохранённом различии геометрии размещения клеток опровергнет предсказание.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка одинакового восстановления поверхности при подтверждённом сохранении различий между равномерным размещением клеток и их размещением одним скоплением.

Предлагаемая проверка касается сохранения регенеративного резерва возрастной ткани лимбального и роговичного эпителия.

Условия опыта отличаются. У возрастных мышей исследовали лимбальный и роговичный эпителий после однократного повреждения, включая снижение активации клеток, сохраняющих метку. Сохранение резерва возрастной ткани посредством предложенной трансплантации донорских культур в этой работе не проверяли.

Limbal epithelial stem cell activity and corneal epithelial cell cycle parameters in adult and aging mice (Methods 2.3, 2.7-2.8; Results 3.5; Figure 7; Table 2)

Предполагается, что пространственное соседство уцелевших лимбальных клонов определяет долговечность эпителия роговицы, причём старение лимбального эпителия может усиливать зависимость репарации от расстояния между уцелевшими клонами.

В статье не проверено. В работе исследовали миграцию клонов, длительное замещение эпителия и движение клеток под влиянием различий плотности. Причинное влияние расстояния между уцелевшими лимбальными клонами и изменение этого влияния при старении остаются непроверенными.

Peripheral (not central) corneal epithelia contribute to the closure of an annular debridement injury (Results, Figures 2-4 and 6; Materials and Methods, Computational Model of Corneal Epithelial Wound Healing)

Меченые культуры одного донора необходимо собрать в двух пространственных конфигурациях, с равномерным распределением и в виде нескольких плотных островков, и перенести на парные донорские роговицы.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует опыт, в котором меченые культуры одного донора собирали в равномерную конфигурацию и несколько плотных островков, после чего переносили на парные донорские роговицы.

Пространственные конфигурации необходимо сравнивать при одинаковом общем числе клеток и одинаковой доле клоногенных лимбальных клеток.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует сравнение двух конфигураций трансплантата при одновременном сохранении одинакового общего числа клеток и одинаковой доли клоногенных лимбальных клеток.

Для двух пространственных конфигураций необходимо уравнять площадь, состав клеток и носитель.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует описание опыта, в котором для указанных пространственных конфигураций трансплантата одновременно уравнивали площадь, клеточный состав и носитель.

Ожидается, что равномерное распределение клоногенных лимбальных клеток в трансплантате сохранит поверхность роговицы лучше, чем их размещение в виде нескольких плотных островков.

В статье не проверено. В представленных экспериментах отсутствует результат сравнения, который показывал бы преимущество равномерного распределения клоногенных клеток трансплантата перед несколькими плотными островками по сохранению поверхности роговицы.

Ожидается, что пространственное распределение трансплантата при прежнем числе клеток будет преимущественно улучшать повторное восстановление роговиц с малым регенеративным резервом.

В статье не проверено. Условное удаление Lhx2 нарушало восстановление после повторного удаления эпителия, что поддерживает связь регенеративной способности ткани с повторной репарацией. Преимущественное улучшение восстановления роговиц с малым резервом посредством перераспределения трансплантата при прежнем числе клеток не проверяли.

LIM Homeobox Domain 2 Is Required for Corneal Epithelial Homeostasis (Results, Lhx2 cKO Mice Showed Impaired Corneal Epithelial Wound Healing; Figure 5)

Для оценки повторного восстановления на экспериментальных роговицах необходимо создать первый и второй поверхностные дефекты.

Совпадает с исследованием. Для оценки повторного восстановления последовательно создавали два дефекта центрального эпителия роговицы. Этот компонент проверяли у молодых мышей, тогда как сравнение конфигураций трансплантата на возрастных донорских роговицах в данный опыт не входило.

Differentiation Trajectory of Limbal Stem and Progenitor Cells under Normal Homeostasis and upon Corneal Wounding (Methods 2.2; Results 3.2; Figures 1 and 4)

Основной исход представляет собой долю непрерывного эпителия через семь дней после второго поверхностного дефекта с учётом числа активных клонов; при равномерном размещении ожидается более высокая доля.

Условия опыта отличаются. Исследователи измеряли площадь дефекта после повторного повреждения и получали ткани через 13 дней после второго дефекта. Долю непрерывного эпителия на седьмой день с учётом числа активных клонов и сравнением конфигураций трансплантата в работе не оценивали.

Differentiation Trajectory of Limbal Stem and Progenitor Cells under Normal Homeostasis and upon Corneal Wounding (Results 3.1-3.2; Figures 2-4)

Прогноз опровергается, если при подтверждённой разнице пространственных конфигураций воспроизводимое преимущество равномерного размещения отсутствует.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка воспроизводимости преимущества равномерного размещения при подтверждённом различии двух заданных конфигураций трансплантата. Нулевые результаты других сравнений относятся к иным экспериментальным условиям.

Указанное научное основание включает наблюдения после трансплантации аутологичных культур, в том числе связь состава культуры с результатом трансплантации.

В статье не проверено. В статье приведена ссылка на исследование трансплантации Rama с соавторами, однако его методы и результаты, устанавливающие связь состава культуры с исходом трансплантации, в представленных материалах отсутствуют. Библиографическая ссылка подтверждает только упоминание этой работы.

Differentiation Trajectory of Limbal Stem and Progenitor Cells under Normal Homeostasis and upon Corneal Wounding (Introduction; References, entry 14)

Указанное научное основание также включает исследование влияния механики подложки на свойства лимбальных клеток.

В статье не проверено. В гипотезе указано исследование биомеханики подложки, однако его экспериментальный текст отсутствует. Представленные модели миграции и наблюдения за внеклеточным матриксом рассматривают смежные вопросы и не подтверждают указанную проверку влияния механики подложки на свойства лимбальных клеток.

Возрастная потеря способности альвеол восстанавливать барьер после повторных малых повреждений может переноситься с внеклеточным матриксом после устранения воспаления и удаления исходных клеток.

Условия опыта отличаются. Децеллюляризованный матрикс более старых мышей изменял экспрессию ламинина в клетках лёгкого человека; перенос нарушения восстановления альвеолярного барьера после устранения воспаления и повторной травмы в этой работе не проверяли.

Decreased Laminin Expression by Human Lung Epithelial Cells and Fibroblasts Cultured in Acellular Lung Scaffolds from Aged Mice (Results, Aged matrix regulates phenotype and ECM production in human lung epithelial and fibroblast cells; Figures 3-4.)

Альтернативное объяснение связывает возрастной дефект восстановления с самими эпителиальными клетками.

Условия опыта отличаются. Перекрёстное сочетание возрастов эпителиальных и стромальных клеток позволяло сравнить вклад эпителия и его окружения в образование альвеолосфер, однако использовались живые стромальные клетки и другой исход.

Mesenchymal stromal cell aging impairs the self-organizing capacity of lung alveolar epithelial stem cells (Results and discussion; Figure 1H-J.)

Научное обоснование включает данные мышиных моделей, в которых интерлейкин-1β (IL-1β), выделяемый макрофагами, способствовал переходу альвеолярных клеток II типа в промежуточное состояние, а длительное воспалительное воздействие препятствовало завершению их созревания.

Совпадает с исследованием. В мышиных моделях IL-1β интерстициальных макрофагов способствовал формированию промежуточных эпителиальных состояний, тогда как длительное воздействие препятствовало завершению созревания, а отмена воздействия восстанавливала экспрессию маркеров зрелых клеток.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (Results, IL-1β Secreted from Interstitial Macrophages Triggers Reprogramming of AT2 Cells; Figures 2, 4 and 7.)

Научное обоснование включает данные о переходе разных линий эпителия в переходное состояние Krt8+ после повреждения лёгкого мыши и об обнаружении сходных клеток в фиброзном лёгком человека.

Совпадает с исследованием. Прослеживание клеточных линий подтвердило образование переходных клеток Krt8+ из эпителия дыхательных путей и альвеол после повреждения лёгкого мыши; сходные состояния выявили в фиброзной ткани лёгкого человека.

Alveolar regeneration through a Krt8+ transitional stem cell state that persists in human lung fibrosis (Results, Transcriptional convergence of alveolar and airway stem cells; Figures 6-7 and 9.)

Научное обоснование включает данные моделей повреждения альвеолы, в которых накопление промежуточных эпителиальных клеток индуцировало переходное состояние фибробластов, а устранение переходных состояний также нарушало архитектуру ткани.

В статье не проверено. В представленных первичных статьях отсутствует проверка обоих положений: индукции переходных фибробластов накопившимися промежуточными эпителиальными клетками и нарушения архитектуры ткани после устранения переходных состояний.

Матриксы лёгкого следует получать от здоровых взрослых молодых и естественно состарившихся мышей, а заселяющий их эпителий должен происходить от молодых или старых животных.

Условия опыта отличаются. Матриксы получали от мышей в возрасте 4-6 и 20-24 месяцев, однако заселяли их мезенхимальными стромальными клетками костного мозга человека; молодой и старый эпителий мышей в этом опыте отсутствовал.

Effects of aging on the biomechanical properties of the lung extracellular matrix: dependence on tissular stretch (Materials and methods, sections 2.1 and 2.5.)

Матриксы следует получать после одинакового краткого импульса IL-1β или воздействия контрольной среды.

Условия опыта отличаются. Воздействие IL-1β и его отмену изучали в органоидах с живыми эпителиальными и стромальными клетками; краткое воздействие перед выделением молодого и старого матрикса лёгкого в этот опыт не входило.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (Figure 7D-E; STAR Methods, Primary 3D Lung organoid co-culture.)

После импульса IL-1β следует отмыть, а исходные клетки удалить до заселения матриксов эпителием.

В статье не проверено. IL-1β отменяли после 14 дней воздействия, сохраняя исходные клетки органоидов; последовательность отмывки цитокина, децеллюляризации и повторного заселения матрикса в статье отсутствует.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (Results, Chronic Inflammation Mediated by Sustained IL-1β Levels Stalls Transition of DATPs into Mature AT1 Cells; Figure 7D-E.)

Как после IL-1β, так и после контрольной среды следует исследовать все четыре сочетания возрастов: молодой матрикс с молодым эпителием, молодой матрикс со старым эпителием, старый матрикс с молодым эпителием и старый матрикс со старым эпителием.

Условия опыта отличаются. В Matrigel исследовали все четыре сочетания возрастов стромальных и эпителиальных клеток, однако возраст бесклеточного матрикса и предварительное воздействие IL-1β либо контрольной среды в схему не входили.

Mesenchymal stromal cell aging impairs the self-organizing capacity of lung alveolar epithelial stem cells (Figure 1H-J; Materials and methods, Cell culture.)

Число и состав высаженных эпителиальных клеток следует выровнять между экспериментальными группами.

Совпадает с исследованием. В опыте с перекрёстным сочетанием возрастов на лунку высаживали 5000 очищенных альвеолярных клеток II типа и 100 000 стромальных клеток, причём чистоту эпителиальной популяции проверяли.

Mesenchymal stromal cell aging impairs the self-organizing capacity of lung alveolar epithelial stem cells (Figure 1A,H; Materials and methods, Cell culture.)

Перед вторым повреждением следует отдельно проверить сохранение матрикса, отсутствие активного IL-1β и герметичность барьера.

В статье не проверено. Авторы оценивали архитектуру и состав матрикса, а также удаление клеток, однако отдельные проверки отсутствия активного IL-1β и герметичности барьера перед вторым повреждением в статье отсутствуют.

Decreased Laminin Expression by Human Lung Epithelial Cells and Fibroblasts Cultured in Acellular Lung Scaffolds from Aged Mice (Methods, qRT-PCR; Results, Age-related changes in matrix composition; Figures 1-2.)

Системы с высаженным эпителием следует подвергнуть одинаковому второму микроповреждению.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует одинаковое второе микроповреждение систем, полученных при заселении матриксов эпителием по предложенной схеме.

Следует сравнивать только области с одинаковой начальной утечкой и регистрировать все исключения.

В статье не проверено. Отбор областей с одинаковой начальной утечкой и регистрация всех исключений из такого сравнения в представленных статьях не описаны.

Первичный исход представляет собой время возврата альбуминовой проницаемости к индивидуальному дотравменному уровню после второго повреждения.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует измерение времени возврата альбуминовой проницаемости к индивидуальному дотравменному уровню после второго повреждения.

Независимые экспериментальные единицы должны определяться донорами матрикса и эпителия, а возраст матрикса и возраст эпителия следует скрестить в анализе.

Условия опыта отличаются. Мыши служили биологическими повторностями, а возраст эпителиальных и стромальных клеток учитывали в двухфакторном анализе; предложенный анализ независимых доноров матрикса и эпителия в этой работе отсутствует.

Mesenchymal stromal cell aging impairs the self-organizing capacity of lung alveolar epithelial stem cells (Materials and methods, Statistical analysis; Figure 1H-J; Author response, reviewer 2, point 3.)

Гипотеза матриксной памяти предсказывает, что старый матрикс после IL-1β замедлит восстановление барьера даже у молодого эпителия.

Условия опыта отличаются. Старые живые стромальные клетки нарушали организацию альвеолосфер с молодым эпителием; замедление восстановления барьера старым матриксом после IL-1β в этом опыте не проверяли.

Mesenchymal stromal cell aging impairs the self-organizing capacity of lung alveolar epithelial stem cells (Results and discussion; Figure 1H-J.)

Гипотеза матриксной памяти предсказывает, что молодой матрикс ускорит восстановление барьера у старого эпителия, частично возвращая его способность к восстановлению.

Условия опыта отличаются. Молодые живые стромальные клетки поддерживали формирование относительно нормальных альвеолосфер со старым эпителием, однако ускорение восстановления барьера молодым бесклеточным матриксом в работе не исследовали.

Mesenchymal stromal cell aging impairs the self-organizing capacity of lung alveolar epithelial stem cells (Results and discussion; Figure 1H-J.)

Влияние возраста матрикса на восстановление барьера должно быть больше после импульса IL-1β, чем при воздействии контрольной среды.

В статье не проверено. Предсказанное усиление влияния возраста матрикса на время восстановления барьера после предварительного воздействия IL-1β в представленных работах не проверяли.

Если скорость восстановления меняется только с возрастом эпителиальных клеток, матриксный механизм отвергается.

В статье не проверено. Критерий опровержения матриксного механизма при зависимости восстановления барьера исключительно от возраста эпителия в представленных исследованиях не применялся.

Вывод ограничивается обратимостью одного компонента старения лёгкого, а именно потери барьерного резерва.

В статье не проверено. Представленные опыты не устанавливают обратимость именно возрастной потери барьерного резерва, которой ограничен вывод предложенного исследования.

Если молодая и старая системы восстанавливаются одинаково после повторной травмы, оснований считать матрикс мишенью возрастной репарации нет.

В статье не проверено. Правило, исключающее основание для выбора матрикса мишенью при одинаковом восстановлении молодых и старых систем после повторной травмы, в представленных работах не проверялось.

Положительный результат даст основание различать возрастное повреждение матрикса и старение эпителия при выборе мишени для восстановления устойчивости лёгкого.

В статье не проверено. Имеющиеся результаты о старении клеточного окружения не содержат положительного опыта переноса матрикса, который позволил бы разделить вклад матрикса и эпителия при выборе мишени восстановления барьерного резерва.

При опровержении гипотезы этот способ не переходит к следующей стадии.

В статье не проверено. Правило прекращения дальнейшего продвижения предложенного способа переноса матрикса после опровержения гипотезы в представленных исследованиях не описано.

Распределение условий следует рандомизировать, а коды групп скрыть при измерении.

Совпадает с исследованием. Мышей случайным образом распределяли между воздействием и контролем, а подсчёт клеток проводили со скрытыми генотипом и условием. Эти меры подтверждены для подсчёта клеток, тогда как предложенная оценка барьера в работе отсутствует.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (STAR Methods, Quantification and Statistical Analysis.)

До основного опыта в независимом пилотном исследовании следует определить воспроизводимость, рабочий срок и минимальный различимый и биологически значимый эффект.

В статье не проверено. Пилотные опыты использовали для определения числа животных, однако независимое пилотное исследование воспроизводимости, рабочего срока и минимального различимого и биологически значимого эффекта в статье не описано.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (STAR Methods, Quantification and Statistical Analysis.)

Контраст и его доверительный интервал следует оценивать на уровне независимых экспериментальных единиц.

В статье не проверено. Контраст восстановления барьера и его доверительный интервал на уровне независимых доноров матрикса и эпителия в представленных исследованиях не оценивались.

Опыт не позволяет различить объяснения, если воздействие не разделило группы или доверительный интервал допускает существенные эффекты обоих знаков.

В статье не проверено. Правило признания опыта неразличающим объяснения при отсутствии разделения групп или при доверительном интервале, допускающем существенные эффекты обоих знаков, в представленных работах не применялось.

Гипотеза касается репарации ДНК при клеточном старении.

Условия опыта отличаются. Pfister с соавторами исследовали опухолевые клеточные линии человека с экспериментальным изменением SETD2 или H3K36me3; клеточное старение в этих опытах отсутствовало.

SETD2-Dependent Histone H3K36 Trimethylation Is Required for Homologous Recombination Repair and Genome Stability (Results, Figures 1-5; Experimental Procedures.)

Снижение уровня триметилирования лизина 36 гистона H3 (H3K36me3) может локально ограничивать точную гомологичную репарацию в активно транскрибируемых участках даже при достаточном глобальном уровне RAD51.

Совпадает с исследованием. Подавление SETD2 снижало H3K36me3, гомологичную репарацию репортера и локальное привлечение RAD51 при сохранении общего уровня этого белка. Репортер находился под активным промотором цитомегаловируса, что соответствует механистическому компоненту; условие клеточного старения оценивается отдельно.

SETD2-Dependent Histone H3K36 Trimethylation Is Required for Homologous Recombination Repair and Genome Stability (Results, Figures 2B-2D and 3D; Discussion.)

Следует сравнить один и тот же репортер в транскрипционно активном и выключенном состояниях.

В статье не проверено. В представленных опытах отсутствует сравнение одного репортера при включённой и выключенной транскрипции. В исследовании на дрожжах сравнивали разрывы в разных плазмидных конструкциях.

Следует локально восстановить H3K36me3 с помощью каталитически активного домена SETD2.

Условия опыта отличаются. Индуцируемая экспрессия SETD2 восстанавливала H3K36me3 после подавления эндогенного SETD2. Такое восстановление обеспечивалось экспрессией фермента в клетке; адресное локальное действие каталитического домена отсутствовало.

SETD2-Dependent Histone H3K36 Trimethylation Is Required for Homologous Recombination Repair and Genome Stability (Results, H3K36me3 Is Required for Homologous Recombination Repair; Figure 4 and Figure S4A.)

Следует сравнить каталитически активный домен SETD2 с неактивным вариантом.

Условия опыта отличаются. Авторы непосредственно сравнили SETD2 дикого типа с каталитически неактивным вариантом, поэтому контроль зависимости от ферментативной активности уже выполнен. Использованные конструкции отличались от предложенных доменов, адресно направленных к репортеру.

SETD2-Dependent Histone H3K36 Trimethylation Is Required for Homologous Recombination Repair and Genome Stability (Results and Figure 4A-4D; Figures S4A-S4C.)

В эксперименте с репортером следует измерить транскрипцию.

Совпадает с исследованием. В опыте с репортером на основе гена гипоксантин-гуанин-фосфорибозилтрансферазы (HPRT) измеряли сплайсированные и несплайсированные транскрипты, уровень которых сохранялся после подавления SETD2. Измерение относилось к подавлению фермента, а локальное восстановление метки отсутствовало.

SETD2-Dependent Histone H3K36 Trimethylation Is Required for Homologous Recombination Repair and Genome Stability (Results, SETD2 Suppresses Break-Induced Mutations; Figures S1D and S1E.)

В эксперименте с репортером следует измерить исходный разрез.

Совпадает с исследованием. Экспрессию эндонуклеазы I-SceI и эффективность расщепления проверяли в контрольных клетках и клетках с подавленным SETD2, получив сопоставимые результаты. Такой контроль выполнен, хотя вмешательство отличалось от предложенного.

SETD2-Dependent Histone H3K36 Trimethylation Is Required for Homologous Recombination Repair and Genome Stability (Results, SETD2 Suppresses Break-Induced Mutations; Figures S1A-S1C.)

В эксперименте с репортером следует измерить уровень H3K36me3.

Совпадает с исследованием. Иммунопреципитацией хроматина измеряли H3K36me3 в репортере с прямыми повторами последовательности зелёного флуоресцентного белка (DR-GFP) рядом с индуцированным разрывом, включая снижение метки после подавления SETD2.

SETD2-Dependent Histone H3K36 Trimethylation Is Required for Homologous Recombination Repair and Genome Stability (Results, An Early Role for SETD2 in Homologous Recombination; Figure 3D and Figures S3A-S3C.)

Основной исход представляет собой частоту безошибочного копирования размеченного гомологичного шаблона, которая, согласно прогнозу, должна увеличиться после локального восстановления H3K36me3.

Условия опыта отличаются. Репортер DR-GFP позволял измерять восстановление функционального гена по гомологичному шаблону, причём SETD2 дикого типа частично восстанавливал репарацию. Частоту безошибочного копирования размеченного шаблона после адресного локального восстановления H3K36me3 в этом опыте не определяли.

SETD2-Dependent Histone H3K36 Trimethylation Is Required for Homologous Recombination Repair and Genome Stability (Figures 2C-2D and 4D; Results, H3K36me3 Is Required for Homologous Recombination Repair.)

В сравниваемых группах следует поддерживать одинаковую долю клеток в фазах S/G2.

Условия опыта отличаются. Распределение клеток по фазам цикла измеряли и после подавления SETD2 обнаруживаемых изменений не выявили. Такой контроль учитывает возможное влияние клеточного цикла, однако поддержание равных долей S/G2 при локальном восстановлении метки и переключении транскрипции отсутствовало.

SETD2 is required for DNA double-strand break repair and activation of the p53-mediated checkpoint (Results, Figure 5B; Materials and methods, Cell cycle analysis and survival assays.)

Ожидается, что локальное восстановление H3K36me3 улучшит репарацию преимущественно в фазах S/G2.

В статье не проверено. Представленные работы исследовали привлечение RAD51 в S/G2 и зависимость репарации от клеточного цикла, однако преимущественное улучшение точной репарации в S/G2 после локального восстановления H3K36me3 остаётся непроверенным.

Если результат объясняется изменённой транскрипцией, локальное улучшение качества репарации нельзя считать показанным.

Совпадает с исследованием. Сохранение транскрипции HPRT использовали для обоснования связи изменённой частоты мутаций с репарацией. Этот компонент контроля уже выполнен, тогда как независимость эффекта локального восстановления метки от транскрипции остаётся непроверенной.

SETD2-Dependent Histone H3K36 Trimethylation Is Required for Homologous Recombination Repair and Genome Stability (Results, SETD2 Suppresses Break-Induced Mutations; Figures S1D and S1E.)

Если результат достигается ценой увеличения крупных перестроек, локальное улучшение качества репарации нельзя считать показанным.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка увеличения крупных перестроек как основания отвергнуть улучшение качества репарации после локального восстановления метки. Секвенирование небольших делеций в участке разрыва HPRT такого контроля не обеспечивает.

Полинуклеотидкиназа/фосфатаза (PNKP) становится ограничивающим фактором восстановления нейрональной ДНК только при разрывах с химически заблокированным концом.

В статье не проверено. Опыты с очищенным ферментом показывают зависимость обработки концов от их химии, а в экстрактах HeLa скорость репарации заблокированных разрывов ограничивается киназной активностью. Исключительная зависимость репарации нейрональной ДНК от PNKP при заблокированных концах остаётся непроверенной.

The phosphatase activity of mammalian polynucleotide kinase takes precedence over its kinase activity in repair of single strand breaks (Results and Discussion, Figures 2, 5 and 7.)

Возрастное замедление восстановления нейрональной ДНК может зависеть от химии конца разрыва.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует экспериментальное сопоставление возрастного замедления репарации нейрональной ДНК при разных, заранее заданных химических группах на концах разрыва.

Эксперимент проводят с нейрональными экстрактами и включают проверку на нейронах, полученных прямой конверсией от молодых и пожилых доноров.

Условия опыта отличаются. В работе использованы фибробласты пациентов, лимфобластоидные клетки, клеточные экстракты и рекомбинантные белки, что отличается от нейрональных экстрактов и нейронов, полученных прямой конверсией от молодых и пожилых доноров.

Pathological mutations in PNKP trigger defects in DNA single-strand break repair but not DNA double-strand break repair (Materials and Methods, Cell lines and PNKP biochemical activity; Figures 1 and 4.)

Необходимо сравнить парные репортеры с одинаковой последовательностью и разными концами разрыва: с 3′-фосфатом и с обычным 3′-OH.

Условия опыта отличаются. Субстраты Nick1 и Nick2 содержат олигонуклеотиды с одинаковой последовательностью, различающиеся наличием 3′-фосфата или 3′-OH, поэтому такое парное сравнение уже представлено. Однако исследована обработка субстратов очищенным ферментом, тогда как гипотеза предусматривает эксперимент по репарации в нейрональной системе.

The phosphatase activity of mammalian polynucleotide kinase takes precedence over its kinase activity in repair of single strand breaks (Figure 1; Results and Discussion, Figure 5A and the section on wild-type phosphatase preceding kinase activity.)

Следует ввести PNKP или вариант PNKP с отключённой фосфатазной активностью, чтобы проверить, требует ли предполагаемая зависимость от химии конца разрыва фосфатазной активности PNKP.

Условия опыта отличаются. В фибробласты пациентов вводили PNKP дикого типа и вариант D171N с неактивной фосфатазой, после чего сравнивали эффекты облучения или камптотецина. Проверка с парными репортёрами в нейронах разных возрастных групп в этой работе отсутствует.

Pathological mutations in PNKP trigger defects in DNA single-strand break repair but not DNA double-strand break repair (Materials and Methods, Constructs, protein purification and transfection; Figure 4A-D.)

Основной исход включает долю полноразмерного лигированного продукта для каждого типа конца и взаимодействие типа конца с возрастной группой доноров.

В статье не проверено. В экстрактах фибробластов выявлен полноразмерный продукт лигирования длиной 40 нуклеотидов, однако доли продукта для парных типов концов вместе с взаимодействием типа конца и возраста доноров в работе не представлены.

Pathological mutations in PNKP trigger defects in DNA single-strand break repair but not DNA double-strand break repair (Figure 1C; Materials and Methods, PNKP biochemical activity.)

Предполагается, что восстановление PNKP улучшит восстановление ДНК при 3′-фосфатных концах заметнее, чем при обычных 3′-OH-концах.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует измерение того, сильнее ли восстановление PNKP улучшает лигирование в нейрональной системе при 3′-фосфатных концах, чем при 3′-OH-концах субстратов с одинаковой последовательностью.

Предложенный механизм отвергается, если эффект не зависит от химии конца разрыва или сохраняется при использовании варианта PNKP с неактивной фосфатазой.

В статье не проверено. PNKP с неактивной фосфатазой восстанавливал репарацию в фибробластах после воздействия камптотецина, но не после облучения. Этот результат уточняет границы зависимости от фосфатазной активности, однако оба критерия опровержения остаются непроверенными в предложенном опыте с нейронами, возрастными группами и парными репортёрами.

Pathological mutations in PNKP trigger defects in DNA single-strand break repair but not DNA double-strand break repair (Results, Requirement for the DNA 5′-kinase, DNA 3′-phosphatase, and FHA Domains of PNKP for SSBR; Figure 4B-D.)

Биологической системой служат стареющие фибробласты.

Условия опыта отличаются. В опытах использованы фибробласты человека BJ с экспрессией теломеразы, в которых повреждение теломер вызывает преждевременное клеточное старение. Эта модель близка по процессу старения, однако предложенный контекст стареющих фибробластов старших доноров остаётся непроверенным.

OGG1 and MUTYH repair activities promote telomeric 8-oxoguanine induced senescence in human fibroblasts (Results, Figure 1; Methods, Cell culture and cell lines generation)

Предполагается, что ускорение удаления 8-оксогуанина (8-oxoG) полезно только при достаточной функциональной мощности фермента APE1.

В статье не проверено. Снижение содержания APE1 частично уменьшает вызванное повреждением клеточное старение, что указывает на роль образования разрывов при репарации. Необходимость достаточной мощности APE1 для повышения конечной точности при ускоренном удалении 8-oxoG в этом исследовании не проверена.

OGG1 and MUTYH repair activities promote telomeric 8-oxoguanine induced senescence in human fibroblasts (Results, BER intermediates promote telomeric 8oxoG-induced senescence; Supplementary Figure 4G-I as described in the main text)

Усиление действия гликозилазы OGG1 при старении фибробластов может увеличить количество незавершённых промежуточных структур репарации, если следующий фермент APE1 работает медленно.

Условия опыта отличаются. Образование промежуточных одноцепочечных разрывов в теломерах при участии OGG1 и их вклад в клеточное старение исследованы путём удаления и ингибирования гликозилаз, а также ингибирования поли(АДФ-рибоза)-полимераз. Усиление OGG1 при замедленной работе APE1 в стареющих фибробластах остаётся непроверенным.

OGG1 and MUTYH repair activities promote telomeric 8-oxoguanine induced senescence in human fibroblasts (Results, Figure 4A-F; Discussion)

Предполагается, что совместное восстановление OGG1 и APE1 уменьшит риск накопления незавершённых промежуточных структур репарации.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка того, уменьшает ли совместное восстановление OGG1 и APE1 накопление незавершённых промежуточных продуктов репарации в стареющих фибробластах.

В эксперименте необходимо сравнить четыре комбинации восстановления OGG1 и APE1.

Условия опыта отличаются. Четыре основные группы включают клетки дикого типа, клетки с удалением OGG1, клетки с удалением аденин-ДНК-гликозилазы MUTYH и клетки с удалением обоих генов. Отдельные опыты со снижением APE1 также отличаются от четырёх комбинаций восстановления OGG1 и APE1.

OGG1 and MUTYH repair activities promote telomeric 8-oxoguanine induced senescence in human fibroblasts (Figure 1A-B; Methods, Cell culture and cell lines generation; siRNA transfections)

Сравниваемые экспериментальные группы должны подвергаться одинаковому окислительному импульсу.

Совпадает с исследованием. Сравниваемые варианты фибробластов подвергаются одинаковому 20-минутному воздействию света в присутствии красителя; сопоставимость экспрессии белка, направляющего воздействие к теломерам, проверена. Условие одинакового окислительного импульса соблюдено при другой схеме вмешательств.

OGG1 and MUTYH repair activities promote telomeric 8-oxoguanine induced senescence in human fibroblasts (Figure 1B; Results, OGG1 and MUTYH deficiency reduces sensitivity to acute oxidative telomere damage; Methods, Cell treatments)

В эксперимент необходимо включить каталитически неактивные варианты.

В статье не проверено. В исследовании использован неактивный структурный аналог ингибитора OGG1, который служит химическим контролем. Каталитически неактивные варианты белков OGG1 или APE1 в сравнении групп восстановления отсутствуют.

OGG1 and MUTYH repair activities promote telomeric 8-oxoguanine induced senescence in human fibroblasts (Results, Supplementary Figure 1D-E as described in the main text; Methods, Synthesis of OGG1i (TH5487) and OGG1i NA)

В эксперименте необходимо измерить исходный уровень 8-oxoG, количество абазических сайтов, разрывов и конечных мутаций.

В статье не проверено. В исследовании измерены промежуточные разрывы в теломерах, а после хронического воздействия остаточные повреждения выявлены с помощью обработки гликозилазой. Полный набор измерений исходного 8-oxoG, абазических сайтов, разрывов и конечных мутаций отсутствует.

OGG1 and MUTYH repair activities promote telomeric 8-oxoguanine induced senescence in human fibroblasts (Figures 4A-C and 6E-G; Methods, Exo-FISH)

Основным исходом должна быть доля полностью восстановленных молекул репортера с заданным повреждением 8-oxoG.

Условия опыта отличаются. Репортёрные плазмиды содержат единичное повреждение 8-oxoG в заданной позиции, однако в клетках HeLa оцениваются экспрессия репортера и подавление транскрипции. Доля полностью восстановленных молекул репортера в качестве исхода отсутствует.

Widespread transcriptional gene inactivation initiated by a repair intermediate of 8-oxoguanine (Methods, Expression vectors and EGFP expression analyses by flow cytometry; Figures 1-2)

Дополнительным исходом должно быть число замен G→T на деление у старших доноров.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствуют результаты измерения числа замен G→T на клеточное деление в фибробластах старших доноров.

Предполагаемую зависимость от APE1 следует отвергнуть, если ускоренное исчезновение 8-oxoG одинаково улучшает конечную точность репарации при любом уровне APE1.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует сравнение влияния ускоренного исчезновения 8-oxoG на конечную точность репарации при разных уровнях APE1, которое позволило бы применить заданный критерий опровержения.

В эксперименте используют чипы с органоидами тонкой кишки пожилых доноров для моделирования барьера старой кишки.

Условия опыта отличаются. В исследовании использовали чипы с эпителием из органоидов толстой кишки человека и эндотелиальными клетками; модель тонкой кишки пожилых доноров в этой работе отсутствует.

A Novel Microphysiological Colon Platform to Decipher Mechanisms Driving Human Intestinal Permeability (Results: Development of a Colon Intestine-Chip Platform; Materials and Methods: Cell Culture)

Интерлейкин-22 (IL-22) стимулирует кишечные стволовые клетки в моделях повреждения.

Совпадает с исследованием. В опытах на мышах введение IL-22 увеличивало восстановление кишечных стволовых клеток после повреждения, связанного с трансплантацией, и поддерживало их выживание или регенерацию после облучения.

Interleukin-22 Promotes Intestinal Stem Cell-Mediated Epithelial Regeneration (Figure 3c-d; Extended Data Figure 5a-c; Extended Data Figure 10e-f)

Предполагается, что краткая подача IL-22 восстановит барьерную функцию кишечника только при остаточном числе жизнеспособных крипт выше порога, даже при одинаковой силе ответа белка STAT3 в отдельных клетках.

В статье не проверено. После удаления клеток, экспрессирующих Lgr5, рост органоидов в ответ на IL-22 прекращался, что подтверждает зависимость эффекта от этих клеток. Порог остаточного числа жизнеспособных крипт для восстановления барьера при краткой подаче и одинаковом ответе STAT3 отдельных клеток не исследовали.

Interleukin-22 Promotes Intestinal Stem Cell-Mediated Epithelial Regeneration (Figure 4d; Extended Data Figure 9a)

С помощью микропаттернирования задают три плотности независимых крипт.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует опыт с IL-22, в котором микропаттернированием задавали бы три плотности независимых крипт.

При трёх плотностях крипт поддерживают одинаковую исходную площадь дефекта и общую эпителиальную плотность.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует сравнение трёх заданных плотностей крипт при одинаковой исходной площади дефекта и общей эпителиальной плотности.

В пределах каждого донора сравнивают IL-22, носитель и блокаду рецептора интерлейкина-22 (IL-22R).

Условия опыта отличаются. В работе с чипами сравнивали IL-22 с носителем и применяли связывающий интерлейкин-22 белок для нейтрализации цитокина. Такое вмешательство отличается от блокады IL-22R в предусмотренном сравнении внутри каждого пожилого донора тонкокишечных органоидов.

A Novel Microphysiological Colon Platform to Decipher Mechanisms Driving Human Intestinal Permeability (Figure 8B, E-F; Materials and Methods: Cytokine Stimulation)

Дозу уравнивают, при этом в предложении не уточняется, к каким сравнениям относится это условие.

В статье не проверено. В статьях указаны концентрации цитокина, однако уравнивание дозы в предложенном опыте остаётся непроверенным условием, причём само предложение оставляет открытым перечень сравнений, к которым оно относится.

Измеряют активацию STAT3.

Совпадает с исследованием. Методом проточной цитометрии измеряли вызванное IL-22 фосфорилирование STAT3 по Y705 в кишечных стволовых клетках, экспрессирующих Lgr5. Эти измерения подтверждают активацию белка, но не равную силу ответа при разных плотностях крипт.

Interleukin-22 Promotes Intestinal Stem Cell-Mediated Epithelial Regeneration (Figure 4b-c; Methods: Flow cytometry)

Главный исход представляет собой долю повреждённой поверхности с восстановленным непроницаемым эпителием на 7-й день.

Условия опыта отличаются. В исходно здоровом монослое эпителия толстой кишки измеряли проницаемость для декстрана в течение 72 часов воздействия IL-22. Долю повреждённой поверхности с восстановленным непроницаемым эпителием на 7-й день в этой работе не оценивали.

A Novel Microphysiological Colon Platform to Decipher Mechanisms Driving Human Intestinal Permeability (Figure 8F; Materials and Methods: Assessment of Apparent Permeability)

Порог числа крипт определяют по пилотной серии и фиксируют до валидации.

В статье не проверено. В представленных статьях отсутствует исследование, в котором порог числа жизнеспособных крипт определяли по пилотной серии и фиксировали до валидации.

Одинаковый функциональный выигрыш при всех трёх плотностях крипт опровергнет гипотезу.

В статье не проверено. В представленных исследованиях одинаковое улучшение барьерной функции при трёх плотностях крипт не проверяли как критерий опровержения гипотезы.

Улучшение, обусловленное исключительно меньшей исходной площадью раны, опровергнет гипотезу.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка того, объясняется ли наблюдаемое улучшение исключительно меньшей исходной площадью раны, как предусмотрено критерием опровержения гипотезы.

Гипотеза касается старения кишечного эпителия, и её предполагается проверить в органоидах нескольких доноров.

Условия опыта отличаются. В исследовании изучали ткани тонкой кишки мышей, получавших бромат калия с четырёхнедельного возраста; проверка старения кишечного эпителия в органоидах нескольких доноров в эту работу не входила.

Oxidative stress accelerates intestinal tumorigenesis by enhancing 8-oxoguanine-mediated mutagenesis in MUTYH-deficient mice (Methods: Mice and KBrO3 administration; Figure 1)

Предполагается, что польза MUTYH зависит от момента первого деления: в первой S-фазе после окислительного стресса MUTYH может сильнее снижать фиксацию ошибок, чем после второго деления.

В статье не проверено. Представленные исследования подтверждают защитную роль MUTYH при окислительном мутагенезе, однако сравнение его действия в первой S-фазе после стресса и после второго деления в них отсутствует.

Предполагается, что после второго деления часть замен уже закреплена, что может ограничивать пользу MUTYH на этом этапе.

В статье не проверено. В представленных экспериментах отсутствует прослеживание замен до второго деления с проверкой того, ограничивает ли их предшествующая фиксация защитное действие MUTYH при последующем воздействии.

В эксперименте необходимо использовать репортер с парой 8-oxoG:A и метками исходных цепей.

Условия опыта отличаются. Авторы использовали встроенный репортер мутаций rpsL при воздействии окислительного стресса; заданная пара 8-oxoG:A и метки, позволяющие определить исходные цепи, в описании этого репортера отсутствуют.

Oxidative stress accelerates intestinal tumorigenesis by enhancing 8-oxoguanine-mediated mutagenesis in MUTYH-deficient mice (Results: Analysis of somatic mutations in the normal precancer tissues by reporter gene assay; Methods: Mutation assay by rpsL-Tg mice)

Необходимо сравнить импульсы MUTYH до первого деления и после него.

В статье не проверено. Сравнение импульсов MUTYH до первого деления и после него в представленных исследованиях отсутствует.

Экспериментальные сравнения должны включать неактивный фермент и неповреждённый репортер.

В статье не проверено. Совместное использование неактивного MUTYH и неповреждённого репортера в качестве контролей не описано. Мыши, получавшие обычную воду, и каталитически неактивная гликозилаза OGG1 в структурном исследовании служили другим экспериментальным задачам.

Основной исход должен включать частоту восстановления исходной пары G:C и частоту фиксации G→T в дочерних молекулах.

Условия опыта отличаются. Авторы определяли частоту замен G:C > T:A среди выделенных копий rpsL; совместное измерение восстановления исходной пары G:C и фиксации G→T в прослеживаемых дочерних молекулах в работу не входило.

Oxidative stress accelerates intestinal tumorigenesis by enhancing 8-oxoguanine-mediated mutagenesis in MUTYH-deficient mice (Results: Analysis of somatic mutations in the normal precancer tissues by reporter gene assay; Table 2; Figure 3)

Основной исход необходимо сравнивать при одинаковом числе делений.

В статье не проверено. Cordero с соавторами описывают длительный эксперимент на протяжении 100 поколений, однако сравнение предложенных репортерных исходов между группами с разными импульсами MUTYH при одинаковом числе делений в представленных работах отсутствует.

Если эффект определяется только общей длительностью экспрессии, а не номером деления, предложенное временное ограничение не подтверждается.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует раздельная оценка влияния общей длительности экспрессии MUTYH и номера деления, которая позволила бы применить предложенный критерий опровержения.

Гипотеза предполагает, что базолатеральная утечка WNT2B определяет переход регенерирующего канальцевого эпителия в профибротическое состояние, поскольку доступ WNT2B к стромальной стороне усиливает отложение коллагена фибробластами при равной общей продукции лиганда.

В статье не проверено. Исследование связывает регулируемую FoxM1 экспрессию Wnt, включая Wnt2b, с профибротическими изменениями, однако направленный доступ к строме при равной продукции и обусловленное WNT2B отложение коллагена фибробластами остаются непроверенными.

FoxM1 promotes Wnt/β-catenin pathway activation and renal fibrosis via transcriptionally regulating multi-Wnts expressions (Results 3.3-3.7; Figures 3-7)

Альтернативное объяснение связывает активацию фибробластов исключительно с количеством синтезированного лиганда.

В статье не проверено. Изменение экспрессии Wnt в этой работе оставляет открытым вопрос о том, определяется ли активация фибробластов исключительно количеством лиганда независимо от его доступности.

FoxM1 promotes Wnt/β-catenin pathway activation and renal fibrosis via transcriptionally regulating multi-Wnts expressions (Results 3.3-3.7; Discussion)

В приведённом научном обосновании после острого повреждения почки у мышей эпителиальные клетки с восстановленной полярностью выключали SOX9, тогда как клетки, сохранявшие SOX9 и CDH6, передавали WNT-сигнал соседним фибробластам.

В статье не проверено. В представленной литературе отсутствуют данные о связанных с полярностью состояниях эпителия с SOX9/CDH6 и передаче сигнала соседним фибробластам; указанная работа Aggarwal с соавторами отсутствует среди предоставленных статей.

В научном обосновании также указано, что сходные клеточные состояния обнаружены в пересаженных почках человека.

В статье не проверено. Биопсии человека показывают экспрессию FoxM1 в канальцах при хронической болезни почек, однако указанные клеточные состояния в пересаженных почках в этой работе не подтверждены.

FoxM1 promotes Wnt/β-catenin pathway activation and renal fibrosis via transcriptionally regulating multi-Wnts expressions (Methods 2.12; Results 3.1; Figure 1G)

Решающий опыт проводят в двухкамерном чипе с проксимальным канальцевым эпителием пожилых доноров и фибробластами, расположенными снаружи эпителия со стороны стромы.

Условия опыта отличаются. В исследовании использованы молодые мыши, крысиные эпителиальные клетки NRK-52E, клетки HEK 293T для репортёрного анализа и биопсии человека; двухкамерный чип с эпителием пожилых доноров и стромальными фибробластами отсутствует.

FoxM1 promotes Wnt/β-catenin pathway activation and renal fibrosis via transcriptionally regulating multi-Wnts expressions (Methods 2.1, 2.2, 2.10 and 2.12)

Перед экспериментальными воздействиями эпителиальные препараты подвергают одинаковой ишемии.

Условия опыта отличаются. Повреждение вызывают обструкцией мочеточника или фолиевой кислотой у мышей и ангиотензином II в культуре клеток; одинаковая ишемия эпителиальных препаратов в схему опыта не входит.

FoxM1 promotes Wnt/β-catenin pathway activation and renal fibrosis via transcriptionally regulating multi-Wnts expressions (Methods 2.1-2.2)

В опыте сравнивают введение одинаковой массы активного WNT2B исключительно в просвет или исключительно к базальной стороне.

В статье не проверено. В представленных опытах отсутствует сравнение одинаковой массы активного WNT2B при введении исключительно в просветный или базальный отсек.

Сравнение сторон введения повторяют при подавлении эпителиального WNT2B с последующим возвратом WNT2B в просвет или к базальной стороне.

Условия опыта отличаются. Вмешательства подавляют FoxM1 или β-катенин либо ингибируют FoxM1 сиомицином A; избирательное подавление эпителиального WNT2B с последующим добавлением лиганда с разных сторон отсутствует.

FoxM1 promotes Wnt/β-catenin pathway activation and renal fibrosis via transcriptionally regulating multi-Wnts expressions (Methods 2.7; Results 3.3-3.5; Figures 3-5)

Активность WNT2B измеряют с обеих сторон с помощью биорепортёра.

Условия опыта отличаются. Люциферазные репортёры измеряют регуляцию промоторов Wnt в клетках HEK 293T; активность внеклеточного WNT2B по обе стороны эпителиального барьера этим методом в работе не оценивали.

FoxM1 promotes Wnt/β-catenin pathway activation and renal fibrosis via transcriptionally regulating multi-Wnts expressions (Methods 2.10; Results 3.6; Figure 6E)

Сквозную утечку между сторонами исключают, чтобы подтвердить раздельность просветного и базального отсеков чипа.

В статье не проверено. В представленной литературе отсутствует проверка, исключающая сквозную утечку между просветным и базальным отсеками чипа.

Первичный исход представляет собой количество вновь отложенного фибробластами коллагена на единицу площади за семь суток.

Условия опыта отличаются. В работе оценивают площадь фиброза и содержание коллагена I в почках или эпителиальных культурах; количество вновь отложенного фибробластами коллагена на единицу площади за семь суток отсутствует среди исходов.

FoxM1 promotes Wnt/β-catenin pathway activation and renal fibrosis via transcriptionally regulating multi-Wnts expressions (Methods 2.3 and 2.5; Results 3.2-3.5; Figures 2-5)

Предполагается, что возврат WNT2B с базальной стороны восстановит отложение коллагена сильнее, чем возврат с апикальной стороны, при одинаковой продукции и жизнеспособности.

В статье не проверено. Среди представленных результатов отсутствует сравнение восстановления отложения коллагена после базального и апикального добавления WNT2B при одинаковой продукции и жизнеспособности.

Точное равенство исходов между сторонами в герметичном чипе исключит роль направленного доступа в исследованных условиях.

В статье не проверено. Точное равенство исходов при введении с разных сторон в герметичном чипе отсутствует среди проверенных условий и представленных результатов.

Независимой экспериментальной единицей служит донор эпителия, а блокирование проводят по донору фибробластов.

Условия опыта отличаются. Эксперименты выполнены на мышах и в повторных опытах с культурами клеток; независимые единицы в виде доноров эпителия с блокированием по донору фибробластов в работе отсутствуют.

FoxM1 promotes Wnt/β-catenin pathway activation and renal fibrosis via transcriptionally regulating multi-Wnts expressions (Methods 2.1-2.2 and 2.13; Figures 1-7)

Распределение экспериментальных условий рандомизируют.

В статье не проверено. В представленных методах отсутствует описание случайного распределения экспериментальных условий.

При измерении исхода коды групп скрывают.

В статье не проверено. В представленном описании отсутствуют сведения о сокрытии кодов групп при измерении исходов.

До основного опыта в независимом пилотном исследовании определяют воспроизводимость, рабочий срок и минимальный различимый и биологически значимый эффект.

В статье не проверено. Представленные материалы не описывают независимое пилотное исследование для определения воспроизводимости, рабочего срока и минимального различимого и биологически значимого эффекта.

При анализе оценивают контраст между условиями и его доверительный интервал на уровне независимых экспериментальных единиц.

Условия опыта отличаются. В работе представлены средние со стандартными ошибками и однофакторный дисперсионный анализ с критерием Тьюки; предусмотренный гипотезой контраст на уровне доноров с доверительным интервалом отсутствует.

FoxM1 promotes Wnt/β-catenin pathway activation and renal fibrosis via transcriptionally regulating multi-Wnts expressions (Methods 2.13)

Если воздействие не разделило группы или доверительный интервал допускает существенные эффекты обоих знаков, опыт не позволяет различить объяснения.

В статье не проверено. В представленной литературе отсутствует правило признания опыта неразличающим объяснения при недостаточном разделении групп или доверительном интервале, допускающем существенные эффекты обоих знаков.

Вывод ограничивается доступностью лиганда; в повреждённом негерметичном канальце стороны невозможно различить.

В статье не проверено. Представленные опыты не обосновывают вывод о доступности лиганда, применимость которого определяется сохранным разделением просветного и стромального отсеков.

Положительный результат даст основание направлять локальную нейтрализацию WNT2B на стромальную сторону канальца.

В статье не проверено. Системное ингибирование FoxM1 относится к другому терапевтическому вмешательству; экспериментального обоснования локальной нейтрализации WNT2B со стромальной стороны посредством предложенного сравнения в работе нет.

FoxM1 promotes Wnt/β-catenin pathway activation and renal fibrosis via transcriptionally regulating multi-Wnts expressions (Methods 2.1; Results 3.2 and 3.7; Discussion)

При опровержении гипотезы предложенный способ локальной нейтрализации со стромальной стороны не переходит к следующей стадии.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует условие прекращения разработки локальной нейтрализации со стромальной стороны при опровержении гипотезы о направленном доступе.

В эксперименте используют чипы с мечеными альвеолярными клетками 2-го типа (AT2) пожилых доноров для изучения созревания клеток в старом эпителии.

Условия опыта отличаются. Клетки AT2 пациентов размножали в органоидах, после чего смешанную популяцию эпителиальных клеток культивировали на чипах. Отбор пожилых доноров и устойчивое мечение клеточной линии AT2 в описании отсутствуют; магнитная метка для выделения клеток не обеспечивает отслеживание их потомков.

A novel alveoli-on-chip platform for modeling cyclic stretch in patient-derived alveolar epithelial cells cultured from organoids (Methods 2.4-2.7 and 2.12; Results 3.5, Figure 5A.)

Предполагается, что механические силы дыхания поддерживают идентичность зрелых альвеолярных клеток 1-го типа (AT1).

В статье не проверено. В статье приведена ссылка на исследование поддержания клеточной идентичности дыхательными силами, однако его методы и результаты в предоставленных материалах отсутствуют. В самом эксперименте на чипах оценивали изменения экспрессии генов смешанной эпителиальной популяции, что оставляет поддержание идентичности зрелых клеток AT1 непроверенным.

A novel alveoli-on-chip platform for modeling cyclic stretch in patient-derived alveolar epithelial cells cultured from organoids (Introduction; Discussion; References, Shiraishi et al., Cell 2023.)

Предсказывается, что восстановление физиологического циклического растяжения после появления переходных клеток улучшит их созревание и поможет им достроить альвеолярный барьер при одинаковых воспалительных условиях.

Условия опыта отличаются. Созревание задержавшихся переходных клеток восстанавливали отменой IL-1β либо добавлением 2-дезоксиглюкозы при продолжающемся воздействии IL-1β в мышиных органоидах. Восстановление физиологического растяжения и последующее завершение формирования барьера в чипах с клетками пожилых доноров в этот опыт не входили.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (Results, Chronic Inflammation Mediated by Sustained IL-1β Levels Stalls Transition of DATPs into Mature AT1 Cells; Figure 7D-H.)

В эксперименте сравнивают циклическое растяжение в ранний и поздний периоды, а также статическое растяжение с той же средней деформацией.

Условия опыта отличаются. На искусственно созданные ткани лёгкого крысы воздействовали циклическим или постоянным растяжением 2,5 % с 7-го по 10-й день, используя также контроль без растяжения. Сравнение раннего и позднего воздействия отсутствует, а равенство средней деформации при циклическом и постоянном растяжении не подтверждено.

Rational engineering of lung alveolar epithelium (Results, Tidal strain synergizes with Wnt/FGF withdrawal to promote the AEC1 fate; Figure 7A-B; Methods, Engineered lung (slice) tissue culture.)

Длительность импульсов растяжения должна быть одинаковой.

В статье не проверено. В предоставленных исследованиях отсутствует сравнение раннего и позднего воздействия с подтверждённой одинаковой длительностью импульсов растяжения. Равная продолжительность культивирования или суммарного воздействия сама по себе этого условия не устанавливает.

Подача кислорода, подача интерлейкина-1β (IL-1β) и режим потока должны быть одинаковыми в сравниваемых условиях.

В статье не проверено. Ни один из предоставленных опытов с растяжением не подтверждает одновременное соблюдение одинаковой подачи кислорода, одинаковой подачи IL-1β и одинакового режима потока во всех предложенных группах сравнения.

Необходимо отслеживать AT1-потомков меченых клеток AT2 и повреждение мембран.

В статье не проверено. Прослеживание клеточных линий у мышей подтверждает происхождение переходных клеток и клеток AT1 от клеток AT2. Совместное отслеживание этих потомков и повреждения мембран при предложенном воздействии растяжением в чипах с клетками пожилых доноров отсутствует.

Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration (Results, Figures 1, 3 and 4; Methods, Mouse Models and lineage tracing.)

Основной исход оценивают по утечке меченого альбумина на 14-й день после ранения; ожидается снижение утечки при восстановлении физиологического циклического растяжения после появления переходных клеток.

Условия опыта отличаются. Проницаемость измеряли на 5-й день культивирования с помощью флуоресцеина и декстрана массой 70 кДа после растяжения со 2-го по 5-й день; она возрастала. Такой опыт отличается от оценки утечки меченого альбумина на 14-й день после ранения при восстановлении растяжения после появления переходных клеток.

Medium throughput breathing human primary cell alveolus-on-chip model (Methods, Permeability assay; Results and Discussion, Figure 6A-C.)

Рост числа AGER-положительных клеток при сохранении утечки альбумина не подтверждает предсказание.

В статье не проверено. В предоставленных исследованиях отсутствует заданный совместный критерий подтверждения предсказания, согласно которому увеличение числа AGER-положительных клеток должно сопровождаться снижением утечки альбумина.

Если различие исчезает при выравнивании гибели клеток, оно не устанавливает роль созревания.

Условия опыта отличаются. В исследовании монослоёв клеток крысы оценивали жизнеспособность и обнаружили, что ингибиторы киназ изменяли проницаемость при сходной гибели клеток после растяжения. Выравнивание гибели клеток между группами с разными сроками растяжения для проверки вклада созревания отсутствует.

MAPk Activation Modulates Permeability of Isolated Rat Alveolar Epithelial Cell Monolayers Following Cyclic Stretch (Methods, Cell Viability Measurement; Results, inhibitor toxicity assessment and Figure 4; Discussion.)

Предполагается, что доступность сигнала дочерней цепи ограничивает точность репарации ошибочно спаренных нуклеотидов (MMR) после паузы репликации.

Условия опыта отличаются. В опытах на дрожжах продолжительность периода репарации связывали со временем существования разрывов, задерживая экспрессию Pms1 и активность Cdc9. Исследовали временное разобщение репликации и репарации, тогда как правильность выбора цепи после паузы репликации отдельно не проверяли.

Ligation of newly replicated DNA controls the timing of DNA mismatch repair (Results and Discussion; Figure 4)

При старении пролиферирующих клеток короткая задержка между ошибкой копирования и её обнаружением может снижать способность исправлять именно дочернюю цепь.

В статье не проверено. В представленных исследованиях отсутствует проверка того, снижает ли короткая задержка обнаружения ошибки способность исправлять дочернюю цепь при старении пролиферирующих клеток.

Предполагается, что сигнал дочерней цепи зависит от времени, а преждевременное закрытие ближайшего одноцепочечного разрыва должно усиливать зависимость правильного выбора цепи от времени.

Условия опыта отличаются. Повышение экспрессии Cdc9 увеличивало частоту мутаций, тогда как снижение или задержка активности лигазы продлевали период репарации у дрожжей. Эти результаты подтверждают близкое звено механизма, однако влияние преждевременного закрытия ближайшего заданного разрыва на временную зависимость правильного выбора цепи непосредственно не проверялось.

Ligation of newly replicated DNA controls the timing of DNA mismatch repair (Results and Discussion; Figures 1 and 4)

Эксперимент следует проводить в экстрактах кишечных органоидов.

Условия опыта отличаются. Ближайшие биохимические опыты с изменением времени начала репарации проводили в экстрактах яиц Xenopus. Экстракты кишечных органоидов в представленных исследованиях не использовались.

MutSα maintains the mismatch repair capability by inhibiting PCNA unloading (Results; Materials and methods, Xenopus egg extracts)

Репортер должен содержать одну заданную ошибку спаривания и одноцепочечный разрыв только в дочерней цепи, причём момент лигирования должен быть управляемым.

Условия опыта отличаются. Авторы использовали заданное несовпадение A:C с пробелом или разрывом в определённой цепи и лигировали разрывы лигазой T4 после загрузки ядерного антигена пролиферирующих клеток (PCNA). В опытах с задержкой репарации исследовали заполнение пробела или предварительно лигированные субстраты; момент лигирования заданного разрыва только в дочерней цепи не варьировали.

MutSα maintains the mismatch repair capability by inhibiting PCNA unloading (Figures 1-4; Materials and methods, Preparation of the MMR substrates and In vitro PCNA-loading assay)

Необходимо сравнить раннее и позднее предъявление субстрата.

Условия опыта отличаются. При последовательных инкубациях сравнивали разные задержки перед добавлением свежего экстракта, восстанавливающего недостающие факторы репарации. Такой опыт оценивает последствия задержки начала репарации, однако время восстановления факторов отличается от предусмотренного сравнения раннего и позднего предъявления субстрата.

MutSα maintains the mismatch repair capability by inhibiting PCNA unloading (Figures 2, 6, 7 and 9)

В эксперименте необходимо проверить зависимость наблюдаемого эффекта от комплекса MSH2-MSH6.

Совпадает с исследованием. Удаление белков и добавление рекомбинантного комплекса Msh2-Msh6 позволили непосредственно проверить зависимость сохранения информации о цепи от MutSα, включая комплекс дикого типа и варианты с нарушенным взаимодействием. Этот контроль выполнен как отдельная часть проверки механизма в экстрактах Xenopus.

MutSα maintains the mismatch repair capability by inhibiting PCNA unloading (Figures 8 and 9; Figure 8 supplement 1)

Основной исход представляет собой долю исправлений в правильной цепи, которую необходимо измерять отдельно от общего числа исчезнувших несовпадений.

Условия опыта отличаются. С помощью рестрикционного анализа раздельно определяли продукты исправления A в G и C в T, что позволяло различать репарацию двух цепей. Измеряли выход продуктов относительно количества субстрата, тогда как предложенный опыт требует отдельно оценивать долю исправлений в правильной цепи и общее исчезновение несовпадений при изменении момента лигирования.

MutSα maintains the mismatch repair capability by inhibiting PCNA unloading (Figure 1C-F; Figures 4 and 7; Materials and methods, MMR and gap-filling assays in NPE)

Если при сохранных ферментах репарации правильность выбора цепи не зависит от момента лигирования, гипотеза о временном сигнале не подтверждается.

В статье не проверено. В представленных работах отсутствует проверка указанного критерия опровержения: изменять момент лигирования при сохранных ферментах репарации и определять, сохраняется ли правильность выбора цепи в экстрактах кишечных органоидов.